Desenvolvimento de um método rápido para detecção de Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) em cromatografia liquida acoplada a espectrometria de massas (LC-MS/MS)

Enterobacterales resistentes aos carbapenêmicos (ERC) foram reconhecidas como uma ameaça urgente à saúde global que causam a maioria das infecções de difícil tratamento em estabelecimentos de saúde e estão associadas a elevada mortalidade. ERCs produtoras de Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), principalmente Klebsiella pneumoniae, são mundialmente disseminadas e responsáveis por um grande número de surtos. Métodos rápidos de diagnóstico proporcionam grandes benefícios clínicos e epidemiológicos. Recentemente, um método de detecção direta de KPC baseado em cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas (LC-MS/MS) foi desenvolvido. O objetivo deste trabalho foi padronizar e validar este método, com adaptações adequadas às nossas especificações e disponibilidade de equipamentos. Testamos o nosso método contra uma ampla variedade de isolados, incluindo produtores de outras carbapenemases. Para fase de validação foram selecionados 111 isolados (49 KPC-positivos e 62 KPC-negativos) provenientes de um estudo de vigilância para o monitoramento de Enterobacterales com susceptibilidade reduzida aos carbapenêmicos. Os resultados foram avaliados por um operador experiente que desconhecia a caracterização prévia dos isolados. O operador classificou corretamente 47 dos 49 isolados KPC-positivos. Todos os isolados KPC-negativos (n=62) foram corretamente classificados. O método apresentou uma sensibilidade de 96,07% e uma especificidade de 100%. A presença de outras carbapenemases não interferiu nos resultados. O peptídeo APIVLAVYTR se apresentou negativo em 19 dos 49 isolados KPC-positivos, enquanto GFLAAAVLAR apresentou apenas um resultado negativo. LTLGSALAAPQR e LALEGLGVNGQ foram detectados em todos extratos proteicos. Em conclusão, nossos resultados demonstram que os peptídeos marcadores de KPC foram robustamente detectados pelo método em LC-MS/MS, que apresentou elevada sensibilidade e especificidade e pode ser utilizado como um método confirmatório para detecção deste mecanismo de resistência em Enterobacterales.Carbapenem-resistant Enterobacterales (CRE) have been recognized as an urgent threat to global health that cause of the majority of the difficult-to-treat infections in health-care settings and are associated with high mortality. Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) producing CREs, specially Klebsiella pneumoniae, are globally disseminated and responsible for a large number of outbreaks. Rapid methods for KPC detection provide great clinical and epidemiological benefits. Recently, a method based in liquid chromatography-tandem MS (LC-MS/MS) was developed. The aim of this study was to standardize and validate this method, with adaptations to suit our equipment availability and specifications. We tested our method against a broad variety of isolates, including other carbapenemases producers. For validation phase 111 isolates (49 KPC-positives and 62 KPC-negatives) from a surveillance study monitoring Enterobacterales with reduced susceptibility to carbapenems were selected. The results were evaluated by an expert operator blinded to the isolates previous characterization. The operator correctly classified 47 of 49 KPC-positive isolates. All KPC-negative isolates (n=62) were correctly classified. The method yields 96.07% sensitivity and 100% specificity. The presence of other carbapenemases did not interfere in the results. The APIVLAVYTR peptide was called negative in 19 from 49 KPC-positive isolates while GFLAAAVLAR presented just one negative result. LTLGSALAAPQR and LALEGLGVNGQ were detected in all protein extracts. In conclusion, our results demonstrate that the KPC peptide markers were robustly detected by the method which presented high sensitivity and specificity and therefore can be used as a confirmatory method to identify this resistance mechanism among Enterobacterales

Estudo retrospectivo sobre a prevalência de Streptococcus agalactiae em gestantes em um município do interior do Rio Grande do Sul, Brasil

Introdução: O Streptococcus agalactiae, também conhecido como estreptococo do grupo B (EGB), é uma bactéria pertencente à microbiota de seres humanos e encontra-se aderido às membranas das mucosas, colonizando principalmente os tratos gastrointestinal e geniturinário. Métodos: Trata-se de um estudo retrospectivo que envolveu a coleta de dados do Laboratório de Análises Clínicas de Veranópolis (RS), no período de abril de 2014 a fevereiro de 2017. Resultados: No período estudado, realizaram o exame no referido laboratório 109 gestantes que se encontravam a partir da 27ª semana de gestação, das quais 92 (84,4%) apresentaram resultado negativo e 17 (15,6%) apresentaram resultado positivo para S. agalactiae. Conclusão: Os resultados demonstram a importância de realizar a pesquisa de S. agalactiae antes do parto, para manter o recém-nascido e a mãe em segurança e sem complicações. Palavras-chave: Streptococcus agalactiae; gestante

Prevalência de infecções do trato urinário e perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos em pacientes atendidos em um laboratório de análises clínicas

Introdução: A infecção do trato urinário (ITU) é uma doença comum na clínica médica; assim é importante o conhecimento dos agentes etiológicos envolvidos e seu perfil de suscetibilidade. Objetivo: Verificar a prevalência e o perfil de suscetibilidade dos principais agentes etiológicos das ITUs em um laboratório de análises clínicas de Veranópolis. Métodos: Foram analisados 3070 laudos de uroculturas do período de um de junho de 2015 a 30 junho de 2018. Resultados: Houve crescimento bacteriano em 20,1% (616/3070) das uroculturas analisadas. Escherichia coli foi a bactéria mais frequentemente isolada, em 67% (413/616) das amostras, seguida de Proteus mirabilis e Klebsiella pneumoniae, em 7,1% (44/616) e 7% (43/616), respectivamente. Verificou-se uma maior prevalência de ITUs no sexo feminino; a faixa etária de 0 a 10 anos a mais acometida com 16,7% (84/498). No sexo masculino, as maiores incidências foram nas faixas de 0 a 10 e 71 a 80 anos, ambas com 19,5% (23/118). Quanto ao perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos das bactérias mais prevalentes, verificou-se uma elevada resistência da E. coli à ampicilina (46,49%), seguido de sulfazotrim (30,02%) e ampicilina-sulbactam (20,10%). P. mirabilis também apresentou elevada resistência à ampicilina (52,27%), seguida de sulfazotrim (29,55%) e amoxicilina-clavulanato (29,55%). Todos os isolados de K. pneumoniae apresentaram resistência à ampicilina, seguida de nitrofurantoína (69,77%) e cefalexina (44,19%). Conclusão: Verificou-se uma maior prevalência de ITUs em pacientes da faixa etária entre 0 e 10 anos e no sexo feminino. Altas taxas de resistência a alguns antimicrobianos e considerável sensibilidade a outros foram verificadas nas três bactérias mais frequentemente isoladas

Genomic surveillance of SARS-CoV-2 lineages indicates early circulation of P.1 (gamma) variant of concern in Southern Brazil

The SARS-CoV-2 P.1 lineage emerged in Amazonas (AM), North Brazil and its evolution has been dynamically reported associated with increased transmissibility and/or immune evasion. Here, we evaluated the lineages circulating in 29 cities in Rio Grande do Sul (RS), Southern Brazil between March 2020 and May 2021 and investigated the genetic events associated with the emergence of the P.1. A total of 202 oro/nasopharyngeal SARS-CoV-2 specimens from patients during routine hospital care were submitted to whole-genome sequencing. Phylogenetic and Bayesian Evolutionary Analyses of the P.1 lineage were carried out to determine the relationship between sequences from RS and AM and dated their common ancestor and origin. One hundred six (53%) sequences were assigned as P.1 and most carried the 22 lineage-defining mutations. All the P.1 sequences included other important mutations, such as P314L and R203K/G204R, and revealed a high genetic diversity in the phylogenetic tree. The time-scaled inference suggests that the oldest P.1 sequences from different Brazilian states share a ancestor with those from AM, but the origin of some sequences from RS is unknown. Further, the common ancestor of sequences from RS is dated to mid-June/July 2020, earlier than those previously reported from AM. Our results demonstrate that there is a high degree of genetic diversity among P.1 sequences, which suggests a continuous evolution and community spread of the virus. Although the first P.1 outbreak was reported in AM, the lineage was associated with multiple introductory events and had already been circulating in Southern Brazil prior to November 2020

Desenvolvimento de um método rápido para detecção de Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) em cromatografia liquida acoplada a espectrometria de massas (LC-MS/MS)

Enterobacterales resistentes aos carbapenêmicos (ERC) foram reconhecidas como uma ameaça urgente à saúde global que causam a maioria das infecções de difícil tratamento em estabelecimentos de saúde e estão associadas a elevada mortalidade. ERCs produtoras de Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), principalmente Klebsiella pneumoniae, são mundialmente disseminadas e responsáveis por um grande número de surtos. Métodos rápidos de diagnóstico proporcionam grandes benefícios clínicos e epidemiológicos. Recentemente, um método de detecção direta de KPC baseado em cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas (LC-MS/MS) foi desenvolvido. O objetivo deste trabalho foi padronizar e validar este método, com adaptações adequadas às nossas especificações e disponibilidade de equipamentos. Testamos o nosso método contra uma ampla variedade de isolados, incluindo produtores de outras carbapenemases. Para fase de validação foram selecionados 111 isolados (49 KPC-positivos e 62 KPC-negativos) provenientes de um estudo de vigilância para o monitoramento de Enterobacterales com susceptibilidade reduzida aos carbapenêmicos. Os resultados foram avaliados por um operador experiente que desconhecia a caracterização prévia dos isolados. O operador classificou corretamente 47 dos 49 isolados KPC-positivos. Todos os isolados KPC-negativos (n=62) foram corretamente classificados. O método apresentou uma sensibilidade de 96,07% e uma especificidade de 100%. A presença de outras carbapenemases não interferiu nos resultados. O peptídeo APIVLAVYTR se apresentou negativo em 19 dos 49 isolados KPC-positivos, enquanto GFLAAAVLAR apresentou apenas um resultado negativo. LTLGSALAAPQR e LALEGLGVNGQ foram detectados em todos extratos proteicos. Em conclusão, nossos resultados demonstram que os peptídeos marcadores de KPC foram robustamente detectados pelo método em LC-MS/MS, que apresentou elevada sensibilidade e especificidade e pode ser utilizado como um método confirmatório para detecção deste mecanismo de resistência em Enterobacterales.Carbapenem-resistant Enterobacterales (CRE) have been recognized as an urgent threat to global health that cause of the majority of the difficult-to-treat infections in health-care settings and are associated with high mortality. Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) producing CREs, specially Klebsiella pneumoniae, are globally disseminated and responsible for a large number of outbreaks. Rapid methods for KPC detection provide great clinical and epidemiological benefits. Recently, a method based in liquid chromatography-tandem MS (LC-MS/MS) was developed. The aim of this study was to standardize and validate this method, with adaptations to suit our equipment availability and specifications. We tested our method against a broad variety of isolates, including other carbapenemases producers. For validation phase 111 isolates (49 KPC-positives and 62 KPC-negatives) from a surveillance study monitoring Enterobacterales with reduced susceptibility to carbapenems were selected. The results were evaluated by an expert operator blinded to the isolates previous characterization. The operator correctly classified 47 of 49 KPC-positive isolates. All KPC-negative isolates (n=62) were correctly classified. The method yields 96.07% sensitivity and 100% specificity. The presence of other carbapenemases did not interfere in the results. The APIVLAVYTR peptide was called negative in 19 from 49 KPC-positive isolates while GFLAAAVLAR presented just one negative result. LTLGSALAAPQR and LALEGLGVNGQ were detected in all protein extracts. In conclusion, our results demonstrate that the KPC peptide markers were robustly detected by the method which presented high sensitivity and specificity and therefore can be used as a confirmatory method to identify this resistance mechanism among Enterobacterales

Estudo retrospectivo sobre a prevalência de Streptococcus agalactiae em gestantes em um município do interior do Rio Grande do Sul, Brasil

Introdução: O Streptococcus agalactiae, também conhecido como estreptococo do grupo B (EGB), é uma bactéria pertencente à microbiota de seres humanos e encontra-se aderido às membranas das mucosas, colonizando principalmente os tratos gastrointestinal e geniturinário.Métodos: Trata-se de um estudo retrospectivo que envolveu a coleta de dados do Laboratório de Análises Clínicas de Veranópolis (RS), no período de abril de 2014 a fevereiro de 2017.Resultados: No período estudado, realizaram o exame no referido laboratório 109 gestantes que se encontravam a partir da 27ª semana de gestação, das quais 92 (84,4%) apresentaram resultado negativo e 17 (15,6%) apresentaram resultado positivo para S. agalactiae.Conclusão: Os resultados demonstram a importância de realizar a pesquisa de S. agalactiae antes do parto, para manter o recém-nascido e a mãe em segurança e sem complicações.Palavras-chave: Streptococcus agalactiae; gestantes