Purification of sheep liver pyruvate kinase and the effect of storage on the kinetic properties.

Ph.D. - Doctoral Progra

A novel non-invasive prenatal test technique with genosensor

Amaç: Bu çalışmanın amacı, maternal kandaki “cell-free” fetal DNA'dan paternal mutasyon tayini için nanopolimer bazlı genosensör ile yeni bir prosedür geliştirmektir. Gereç ve Yöntem: Kuvars-kristal mikrobalans (QCM) ve biyosensör teknolojilerini kullanılarak β-talasemi IVS1-110 mutasyonun analizine uygulanmıştır. Bu amaçla, mutasyona ait problar genosensör elektrodu üzerine PoliHema-MAC nanopolimeri aracılığıyla bağlandı ve daha sonra örnekler tespit amacıyla çalışma hücresine eklendi. Genosensörün optimizasyon, karakterizasyon, duyarlılık ve özgüllük çalışmaları yapıldı. Bulgular: Biyosensör ölçümleri -0,6 - 0,8 V sabit akım aralığında döngüsel volatmetriyle elde edildi. Girişimsel olmayan doğum öncesi tanı testi yapılan fetüslerde ARMS yöntemiyle ortak sonuçlar elde edilmiştir. ARMS sonuçları genosensör sonuçları ile istatistiksel olarak karşılaştırıldığında çizilen ROC eğrisinde %99 uyumluluk oranı elde edilmiştir. Sonuç: Geliştirilen biyosensör, yüzeyinde bulunan proba özgül olarak, fetüsün paternal mutasyonunun varlığını ortaya koyabilmektedir. Rutinde kullanılan geleneksel yöntemlerle karşılaştırıldığında, daha düşük maliyetli, hızlı sonuç verebilen, özgüllüğü ve saptama etkinliği yüksek olarak bulunmuştur

Biogenesis and Functions of PIWI-Interacting RNAs

Küçük RNA aracılı gen regülasyonu, biyolojide tekrarlanan bir konudur. Hayvan germ hücreleri, PIWI yolu olarak bilinen ilginç bir küçük RNA aracılı gen susturma mekanizması ile karakterizedir. PIWI etkileşimli RNA'lar (piRNA'lar) genomun koruyucuları olarak davranan, invaziv transpoze edilebilir elementlerden koruyan endojen küçük RNA'lardır. Bağlandıkları PIWI proteinine bağlı olarak, piRNA'lar 25-33 nt uzunluğundadır. piRNA'lar, piRNA kümeleri olarak adlandırılan farklı transpozonlardan elde edilir. piRNA'ların nasıl üretildiği belirsizliğini koruyor ancak potansiyel yöntemler önerilmektedir. Biyogenez yolağı, miRNA ve siRNA'dan farklı olarak rasiRNA'lar da piRNA alttürlerindendir. Bu derlemenin amacı, piRNA dünyasında piRNA faktörlerini, biyogenezini, gonadal olmayan fonksiyonu ve genom bütünlüğünün korunmasındaki rolünü vurgulamaktırKüçük RNA aracılı gen regülasyonu, biyolojide tekrarlanan bir konudur. Hayvan germ hücreleri, PIWI yolu olarak bilinen ilginç bir küçük RNA aracılı gen susturma mekanizması ile karakterizedir. PIWI etkileşimli RNA'lar (piRNA'lar) genomun koruyucuları olarak davranan, invaziv transpoze edilebilir elementlerden koruyan endojen küçük RNA'lardır. Bağlandıkları PIWI proteinine bağlı olarak, piRNA'lar 25-33 nt uzunluğundadır. piRNA'lar, piRNA kümeleri olarak adlandırılan farklı transpozonlardan elde edilir. piRNA'ların nasıl üretildiği belirsizliğini koruyor ancak potansiyel yöntemler önerilmektedir. Biyogenez yolağı, miRNA ve siRNA'dan farklı olarak rasiRNA'lar da piRNA alttürlerindendir. Bu derlemenin amacı, piRNA dünyasında piRNA faktörlerini, biyogenezini, gonadal olmayan fonksiyonu ve genom bütünlüğünün korunmasındaki rolünü vurgulamaktır

Archives Medical Review Journal

Apoptozis üzerinde uzun süredir çalışılan bir hücre ölüm tipidir. Son 30 yıl boyunca bu hücre ölüm tipi oldukça geniş bir şekilde araştırılmış ve bu hücre intiharının altında yatan moleküler mekanizmalar açıklanmıştır. Apoptozisin çok az ya da çok fazla olması hematolojik bozukluklar, otoimmün hastalıklar, nörodejeneratif hastalıklar, iskemik hasar ve birçok kanser türü gibi durumları içeren önemli bir etmendir. Bir hücrenin yaşamının ya da ölümünün düzenlenme yeteneği onun terapötik potansiyelini belirler. Bu amaçla apoptoz araştırma alanı muazzam bir hızla ilerlemektedir. Bu derlemenin amacı apoptotik mekanizmaları, hastalıkta ve sağlıkta apoptozisin rolü, kanser tedavisinde apoptozisten yararlanılarak oluşturulan terapötik fırsatlar ve tedavi örneklerini içeren apoptozis sürecinde güncel bilgilere genel bir bakış sağlamaktırApoptosis is one of the cell death types which is studied for a long times. During the last 30 years many investigation were carried out for this type cell death and the molecular mechanism of this self destruction of live cell were explained. Whether the effect is too little or high. Apoptosis is one of the most important reason for many disease such as hematologic disorder, autoimmune and neurodegenerative diseases, ischemic damages and for various type of cancers. The cell life cycle regulation of the cell is the indication of it is therapeutic potentials. For this reason the studies still hardly continue on the life cycle and signaling pathways that control the cell cycle and apoptosis. The goal of this review is to provide a general overview of current knowledge on the process of apoptosis including apoptotic mechanisms, the role of apoptosis in health and disease, therapeutic opportunities to exploit apoptosis for cancer therapy and treatment sample

Effects Of Fresh And Sea Water On Growth, Estradiol-17β Concentration And Ovarian Development In Juvenile Tilapia

The effects of fresh water and sea water on growth, estradiol-17β levels, ovarian and oocyte development of Oreochromis niloticus, O. aureus and Tilapia zilli were determined. Sea water affected growth positively (p0.05)

Reference values for plasma Cu, Zn, Mg and erythrocyte Zn and Mg in Southern Turkey

Copper (Cu), Zinc (Zn), and Magnesium (Mg) are essential trace elements for health and show variations in disease states. Reference values for these have been determined. However, reference values for the population in Southern Turkey, has not been determined. Thus the aim of this study was to determine the reference values for Zn, Cu and Mg in plasma and Zn and Mg in erythrocytes. Blood was taken into EDTA. Atomic Absorption Spectrophotometry was used for analysis of plasma and erythrocytes. A total of 2067 samples were analyzed for plasma and erythrocytes. A total of 2067 samples analyzed for plasma Cu, Zn, Mge were; 15.89±2.20. mmol/L, 13.92±2.60 mmol/L, 859.65±102.82 mmol/L, respectively. Erythrocyte Zne - and Mge - were 4.59±2.29 mmol/gHb and 7.36±2.67 mmol/gHb in a total of 1861 persons. There was no statistically significant difference between the sexes but there was statistically significant difference in different age groups.Copper (Cu), Zinc (Zn), and Magnesium (Mg) are essential trace elements for health and show variations in disease states. Reference values for these have been determined. However, reference values for the population in Southern Turkey, has not been determined. Thus the aim of this study was to determine the reference values for Zn, Cu and Mg in plasma and Zn and Mg in erythrocytes. Blood was taken into EDTA. Atomic Absorption Spectrophotometry was used for analysis of plasma and erythrocytes. A total of 2067 samples were analyzed for plasma and erythrocytes. A total of 2067 samples analyzed for plasma Cu, Zn, Mge were; 15.89±2.20. mmol/L, 13.92±2.60 mmol/L, 859.65±102.82 mmol/L, respectively. Erythrocyte Zne - and Mge - were 4.59±2.29 mmol/gHb and 7.36±2.67 mmol/gHb in a total of 1861 persons. There was no statistically significant difference between the sexes but there was statistically significant difference in different age groups

Relationship between Epigenetics and Circadian Clock

Sirkadiyen saat organizmaların biyokimyalarının, fizyolojilerinin ve davranışlarının günlük ritmlerini kontrol eder. Sirkadiyen ritmin bozulması, kanserler de dahil olmak üzere birçok uzun süreli hastalığı ve vücuttaki biyolojik süreçleri etkilemektedir. Sirkadiyen düzenleyici yollar, sirkadiyen epigenomların oluşumuna ve ritmik epigenetik değişikliklere neden olur. Sirkadiyenin bozulmasından dolayı oluşan hipermetilasyon gibi anormal epigenetik modifikasyonlar, normal hücrelerin kanser hücrelerine dönüşümüne sebep olabilir. Bu derlemede sirkadiyen genler ve düzenleyici proteinler, sirkadiyen saatin bozulması sonucu oluşan epigenetik değişikliklere ilişkin güncel kanıtlar ve sirkadiyen bozulmanın karsinojenik etkileri ve insanlardaki farklı kanserlerdeki potansiyel rolü tartışılacaktırThe circadian clock controls the daily rhythmicity of the biochemistry, physiology, and behavior of the organisms. Disruption of circadian rhythms, affects many biological processes within the body and results in different long-term diseases, such as cancer. Circadian regulatory pathways causes rhythmic epigenetic modifications and the formation of circadian epigenomes. Abnormal epigenetic modifications, such as hypermethylation, may be involved in the transformation of normal cells into cancer cells. In this review, some of the circadian genes and regulatory proteins, the current evidence related to the epigenetic modifications that result in circadian disruption and he carcinogenic effects of circadian disruption and its potential role in different human cancers using an epigenetic viewpoint will be reviewe

A new biosensor for noninvasive determination of fetal RHD status in maternal blood of RhD negative pregnant women.

Prenatal detection of the fetal RHD status can be useful in the management of RhD incompatibility to identify fetuses at risk of hemolytic disease. Hemolytic disease causes morbidity and mortality of the fetus in the neonatal period. The routine use of antenatal and postnatal anti-D prophylaxis has reduced the incidence of hemolytic disease of the fetus and newborn. This study describe the detection of fetal RhD antigens in blood of RhD negative pregnant women using a nanopolymer coated electrochemical biosensor for medical diagnosis. Cell free fetal DNA in maternal plasma was also used to genotyping fetal RHD status using multiplex real-time PCR. Twenty-six RhD negative pregnant women in different gestational ages were included in the study. RhD positive fetal antibodies detected with a developed biosensor in maternal blood of RhD negative mothers. The electrochemical measurements were performed on a PalmSens potentiostat, and corundum ceramic based screen printed gold electrode combined with the reference Ag/AgCl electrode, and the auxiliary Au/Pd (98/2%) electrode. Fetal RHD genotyping performed using fluorescence-based multiplex real-time PCR exons 5 and 7 of the RHD gene. The fetal RHD status of 26 RhD negative cases were detected 21 as RhD positive and 5 as RhD negative with electrochemical biosensor. Fetal RHD status confirmed with extracted fetal DNA in maternal plasma using multiplex real-time PCR RHD genotyping and by serological test after delivery. The new method for fetal RhD detection in early pregnancy is useful and can be carry out rapidly in clinical diagnosis. Using automated biosensors are reproducible, quick and results can be generated within a few minutes compared to noninvasive fetal RHD genotyping from maternal plasma with real-time PCR-based techniques. We suggest the biosensor techniques could become an alternative part of fetal RHD genotyping from maternal plasma as a prenatal screening in the management of RhD incompatibility