Use It or Lose It Harmony in Komo

This paper discusses a case of putative dominance reversal in the Komo language (Otero 2015, 2019), which we analyze as a related, but distinct repair strategy called “Use it or Lose it” (Mullin & Pater 2015).Mullin & Pater (2015) argue that Use it or Lose it harmony is a pathological prediction of Agree for the same basic reason that “Sour Grapes” harmony (Wilson 2003, 2006; Heinz & Lai 2013) has been regarded as pathological – both Use it or Lose it and Sour Grapes harmony patterns are non-myopic (Wilson 2003, 2006). Wilson argues that unbounded spreading patterns are universally myopic, and as such, no theory should predict that the realization of some element in spreading – trigger or target – depends on downstream information. However, recent research has shown that some patterns in natural languages are, in fact, non-myopic, indicating that the predictions of Agree are not as problematic as previously thought. This paper argues that the best analysis of Komo relies on the activity of [Atr] and both regressive [+Atr] spreading and [+Atr] trigger effacement are repairs to a single marked structure in the language, *VC0[Hi, Atr]

Icy Targets in Karajá ATR Harmony as Contrast Preservation

This paper presents a novel application of Contrast Preservation (Lubowicz 2003) to analyze a puzzling pattern of icy targets (Jurgec 2011). Icy targets are segments which harmonize but then block the spread of harmony, and a particularly theoretically challenging type is present in Karajá, in which derived and underlying [+ATR] high vowels behave differently (Ribeiro 2002;2012). We show that this harmony pattern can be successfully analyzed by considering the behaviour of these icy targets as a form of contrast preservation, where high [-ATR] vowels must harmonize when followed by a [+ATR] vowel, but the underlying contrast between [-ATR] and [+ATR] high vowels is preserved on any preceding vowels. The icy target effect thus emerges as a way to compromise between the pressure to harmonize high vowels and the pressure to preserve underlying ATR contrasts in high vowels. In this way, we extend Contrast Preservation Theory to include vowel harmony patterns, opening new opportunities to analyze puzzling patterns as a choice in which contrasts to preserve

SLY regulates genes involved in chromatin remodeling and interacts with TBL1XR1 during sperm differentiation

Sperm differentiation requires unique transcriptional regulation and chromatin remodeling after meiosis to ensure proper compaction and protection of the paternal genome. Abnormal sperm chromatin remodeling can induce sperm DNA damage, embryo lethality and male infertility, yet, little is known about the factors which regulate this process. Deficiency in Sly, a mouse Y chromosome-encoded gene expressed only in postmeiotic male germ cells, has been shown to result in the deregulation of hundreds of sex chromosome-encoded genes associated with multiple sperm differentiation defects and subsequent male infertility. The underlying mechanism remained, to date, unknown. Here, we show that SLY binds to the promoter of sex chromosome-encoded and autosomal genes highly expressed postmeiotically and involved in chromatin regulation. Specifically, we demonstrate that Sly knockdown directly induces the deregulation of sex chromosome-encoded H2A variants and of the H3K79 methyltransferase DOT1L. The modifications prompted by loss of Sly alter the postmeiotic chromatin structure and ultimately result in abnormal sperm chromatin remodeling with negative consequences on the sperm genome integrity. Altogether our results show that SLY is a regulator of sperm chromatin remodeling. Finally we identified that SMRT/N-CoR repressor complex is involved in gene regulation during sperm differentiation since members of this complex, in particular TBL1XR1, interact with SLY in postmeiotic male germ cells.This work was supported by Inserm (Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale), the Agence Nationale de la Recherche program ANR-12–JSV2-0005–01 (to JC), Labex ‘Who am I?’(ANR-11- LABX-0071 under program ANR-11-IDEX-0005-01) and a Marie Curie fellowship FP7-PEOPLE-2010-IEF-273143 (to JC

Nouvelles données sur l’axe hepcidine-ferroportine par des méthodes d’analyses protéomiques

L’hepcidine est une hormone présentant un rôle essentiel dans l’homéostasie du fer. Elle agit sur la ferroportine : un transporteur membranaire du fer. Ce transporteur est présent à la surface des macrophages (cellules intervenant dans le recyclage de l’hème érythrocytaire) et des cellules absorbantes du duodénum : les entérocytes (point d’entrée du fer alimentaire). La ferroportine permet l’absorption et le recyclage du fer. Pour maintenir un taux de fer non toxique pour l’organisme, l’hepcidine se lie à la ferroportine et induit son internalisation puis sa dégradation. Un défaut d'homéostasie du fer peut engendrer de très diverses maladies telles qu'une hémochromatose ou une anémie microcytaire hypochrome. L'étude des 2 protagonistes du maintien de l'homéostasie du fer (ferroportine et hepcidine) permettra d'identifier des cibles thérapeutiques.Ce projet porte, d’une part, sur l’étude de l’effet du fer sur la formation des ponts disulfures de l’hepcidine, et d’autre part, sur l’identification des partenaires sériques de l’hepcidine. Nous avons aussi étudié le signal de dégradation de la ferroportine. Pour ces trois problématiques, l’approche réalisée est une approche protéomique par spectrométrie de masse.L’étude in vitro portant sur la formation des ponts disulfures de l’hepcidine a montré qu’en présence de fer, les ponts disulfures s’oxydent plus rapidement qu’en absence de fer. Ceci montre que le fer est un catalyseur du repliement tridimensionnel de l’hepcidine. Il reste à démontrer si cette observation existe in vivo.L’étude des partenaires sériques de l’hepcidine a mis en évidence l’alpha 2 macroglobuline, la protéine C3 du complément, la Glycosyl PhosphatidyLinositol phospholipidase D1, le plasminogène et une protéine encore non caractérisée. L’albumine, bien que peu spécifique, a aussi été détectée comme étant un transporteur potentiel de l’hepcidine dans le sérum.Enfin, l’étude quantitative des Rafts lipidiques contenant la ferroportine a montré que Skap2 et Fyb (2 kinases) étaient recrutés de façon précoce dans ces microdomaines en présence de Fer et diminués en présence d’hepcidine, au même titre que la ferroportine. Ce phénomène suggère qu’il s’agit de partenaires de la ferroportine et que des systèmes de phosphorylation peuvent être impliqués lors de l’internalisation de la ferroportine. Par ailleurs, nous avons observé le même profil quantitatif que la ferroportine avec l’hèmoxygénase 1. Il est connu que cette protéine est régulée transcriptionnellement par l’hème, mais notre étude révèle qu’elle est aussi directement augmentée par le fer dans les rafts

Analyse de la différenciation érythroïde humaine, murine et aviaire : évolution du protéome et des histones

Terminal erythroid differentiation (TED) is the transformation of progenitors to red cells. I used proteomic analysis to characterize the evolution of the proteome of murine, human and avian cells during TED. From 5000 to 8000 proteins were quantified in copy numbers per cell in these models. The main results are : 1- Most differences between human and murine TED observed at the transcriptomique level are largely buffered at the proteome level. 2- The avian erythroblasts show molecular features very different of those of murine and human erythroid cells such as an increase of KIT expression during TED. 3- Unlike murine cell lines usually used to study TED, G1ER and MEL, that only partially differentiate, MEDEP cells realize a complete TED, similar to that of primary cells. 4- Using different analysis strategies some of which being based on the use of heavy isotopes (SuperSILAC), I show that, unlike a hypothesis proposed by some teams, the total quantity of nuclear histones doesn’t decrease during TED. 5- Using a multiple digestion method, I identified isoformes of histones in erythroid cells and their evolution during TED. I performed an analysis of their post translational modifications showing a temporary increase of the phosphorylation of residue 18 of histones H1.3, H1.4, H1.5, and many changes of post translational modifications of histone H3 during TED.La différenciation érythroïde terminale (DET) correspond à la formation de globules rouges à partir des progéniteurs. J’ai utilisé l’analyse protéomique pour caractériser l’évolution du protéome des cellules murines, humaines et aviaires lors de la DET. Entre 5000 et 8000 protéines ont été quantifiées en nombre de copies par cellule dans ces différents modèles. Les principaux résultats sont les suivants : 1- Les différences importantes entre les DET humaine et murine décrites au niveau des transcriptomes sont largement réduites au niveau des protéomes. 2 - Les érythroblastes de poulet présentent des caractéristiques moléculaires très différentes de celles des cellules érythroïdes murines ou humaines comme l’augmentation d’expression de KIT lors de la DET. 3- Contrairement aux lignées murines généralement utilisées GIER et MEL qui ne réalisent qu’une différenciation partielle, les cellules MEDEP réalisent une DET complète, semblable à celle des cellules primaires. 4- En utilisant différentes approches dont certaines basées sur l’utilisation d’isotopes lourds (SuperSILAC), j’ai montré que, contrairement à une hypothèse défendue par différentes équipes, la quantité totale d’histones nucléaires ne diminue pas au cours de la DET. 5- En utilisant une méthode de digestions multiples, j’ai identifié les isoformes d’histones exprimées dans les cellules érythroïdes et leur évolution au cours de la DET. J’ai réalisé une analyse de leurs modifications post traductionnelles qui a montré l’augmentation transitoire de la phosphorylation des résidus 18 des histones H1.3, H1.4 et H1.5, ainsi que de nombreux changements de modifications post traductionnelles des histones H3 jusqu’ici jamais décrites lors de la DE

Analysis of human, murine and avian erythroid differentiation : modification of the proteome and histones

La différenciation érythroïde terminale (DET) correspond à la formation de globules rouges à partir des progéniteurs. J’ai utilisé l’analyse protéomique pour caractériser l’évolution du protéome des cellules murines, humaines et aviaires lors de la DET. Entre 5000 et 8000 protéines ont été quantifiées en nombre de copies par cellule dans ces différents modèles. Les principaux résultats sont les suivants : 1- Les différences importantes entre les DET humaine et murine décrites au niveau des transcriptomes sont largement réduites au niveau des protéomes. 2 - Les érythroblastes de poulet présentent des caractéristiques moléculaires très différentes de celles des cellules érythroïdes murines ou humaines comme l’augmentation d’expression de KIT lors de la DET. 3- Contrairement aux lignées murines généralement utilisées GIER et MEL qui ne réalisent qu’une différenciation partielle, les cellules MEDEP réalisent une DET complète, semblable à celle des cellules primaires. 4- En utilisant différentes approches dont certaines basées sur l’utilisation d’isotopes lourds (SuperSILAC), j’ai montré que, contrairement à une hypothèse défendue par différentes équipes, la quantité totale d’histones nucléaires ne diminue pas au cours de la DET. 5- En utilisant une méthode de digestions multiples, j’ai identifié les isoformes d’histones exprimées dans les cellules érythroïdes et leur évolution au cours de la DET. J’ai réalisé une analyse de leurs modifications post traductionnelles qui a montré l’augmentation transitoire de la phosphorylation des résidus 18 des histones H1.3, H1.4 et H1.5, ainsi que de nombreux changements de modifications post traductionnelles des histones H3 jusqu’ici jamais décrites lors de la DETTerminal erythroid differentiation (TED) is the transformation of progenitors to red cells. I used proteomic analysis to characterize the evolution of the proteome of murine, human and avian cells during TED. From 5000 to 8000 proteins were quantified in copy numbers per cell in these models. The main results are : 1- Most differences between human and murine TED observed at the transcriptomique level are largely buffered at the proteome level. 2- The avian erythroblasts show molecular features very different of those of murine and human erythroid cells such as an increase of KIT expression during TED. 3- Unlike murine cell lines usually used to study TED, G1ER and MEL, that only partially differentiate, MEDEP cells realize a complete TED, similar to that of primary cells. 4- Using different analysis strategies some of which being based on the use of heavy isotopes (SuperSILAC), I show that, unlike a hypothesis proposed by some teams, the total quantity of nuclear histones doesn’t decrease during TED. 5- Using a multiple digestion method, I identified isoformes of histones in erythroid cells and their evolution during TED. I performed an analysis of their post translational modifications showing a temporary increase of the phosphorylation of residue 18 of histones H1.3, H1.4, H1.5, and many changes of post translational modifications of histone H3 during TED

Nouvelles données sur l’axe hepcidine-ferroportine par des méthodes d’analyses protéomiques

L’hepcidine est une hormone présentant un rôle essentiel dans l’homéostasie du fer. Elle agit sur la ferroportine : un transporteur membranaire du fer. Ce transporteur est présent à la surface des macrophages (cellules intervenant dans le recyclage de l’hème érythrocytaire) et des cellules absorbantes du duodénum : les entérocytes (point d’entrée du fer alimentaire). La ferroportine permet l’absorption et le recyclage du fer. Pour maintenir un taux de fer non toxique pour l’organisme, l’hepcidine se lie à la ferroportine et induit son internalisation puis sa dégradation. Un défaut d'homéostasie du fer peut engendrer de très diverses maladies telles qu'une hémochromatose ou une anémie microcytaire hypochrome. L'étude des 2 protagonistes du maintien de l'homéostasie du fer (ferroportine et hepcidine) permettra d'identifier des cibles thérapeutiques.Ce projet porte, d’une part, sur l’étude de l’effet du fer sur la formation des ponts disulfures de l’hepcidine, et d’autre part, sur l’identification des partenaires sériques de l’hepcidine. Nous avons aussi étudié le signal de dégradation de la ferroportine. Pour ces trois problématiques, l’approche réalisée est une approche protéomique par spectrométrie de masse.L’étude in vitro portant sur la formation des ponts disulfures de l’hepcidine a montré qu’en présence de fer, les ponts disulfures s’oxydent plus rapidement qu’en absence de fer. Ceci montre que le fer est un catalyseur du repliement tridimensionnel de l’hepcidine. Il reste à démontrer si cette observation existe in vivo.L’étude des partenaires sériques de l’hepcidine a mis en évidence l’alpha 2 macroglobuline, la protéine C3 du complément, la Glycosyl PhosphatidyLinositol phospholipidase D1, le plasminogène et une protéine encore non caractérisée. L’albumine, bien que peu spécifique, a aussi été détectée comme étant un transporteur potentiel de l’hepcidine dans le sérum.Enfin, l’étude quantitative des Rafts lipidiques contenant la ferroportine a montré que Skap2 et Fyb (2 kinases) étaient recrutés de façon précoce dans ces microdomaines en présence de Fer et diminués en présence d’hepcidine, au même titre que la ferroportine. Ce phénomène suggère qu’il s’agit de partenaires de la ferroportine et que des systèmes de phosphorylation peuvent être impliqués lors de l’internalisation de la ferroportine. Par ailleurs, nous avons observé le même profil quantitatif que la ferroportine avec l’hèmoxygénase 1. Il est connu que cette protéine est régulée transcriptionnellement par l’hème, mais notre étude révèle qu’elle est aussi directement augmentée par le fer dans les rafts

Towards a QGIS-based Graph Carrier of Urban Information and Spotting Wind Behavior at the Pedestrian Level

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