Une approche ontologique dédiée à la production de ressources pédagogiques en ligne : Expérience dans le contexte du campus numérique International e-mi@ge

26 pagesCe rapport décrit la contribution de chercheurs du Laboratoire Modélisation Information Systèmes (MIS) de l'Université de Picardie Jules Verne dans le projet OURAL (Ontologies pour l'Utilisation de Ressources de formation et d'Annotations sémantiques en Ligne). Ce projet, initié en 2003, avait pour objectif de proposer, en s'appuyant sur plusieurs études de cas, des modèles et des services à base d'ontologies pour la manipulation de ressources pédagogiques en ligne. L'étude de cas qui concernait l'équipe amiénoise est basée sur une étude terrain dans le cadre du campus numérique International e-MIAGE et une analyse bibliographique ciblées sur les Activités Pédagogiques Collectives Distantes (APCD). Ce travail nous a alors permis de proposer une ontologie spécifique au contexte e-MIAGE et de définir des prototypes de services dédiés à apporter une assistance aux enseignants concepteurs de ressources dans le cadre de ce campus numérique

Oxygen dependence of metabolic fluxes and energy generation of Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-1A

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The yeast <it>Saccharomyces cerevisiae </it>is able to adjust to external oxygen availability by utilizing both respirative and fermentative metabolic modes. Adjusting the metabolic mode involves alteration of the intracellular metabolic fluxes that are determined by the cell's multilevel regulatory network. Oxygen is a major determinant of the physiology of <it>S. cerevisiae </it>but understanding of the oxygen dependence of intracellular flux distributions is still scarce.</p> <p>Results</p> <p>Metabolic flux distributions of <it>S. cerevisiae </it>CEN.PK113-1A growing in glucose-limited chemostat cultures at a dilution rate of 0.1 h^-1with 20.9%, 2.8%, 1.0%, 0.5% or 0.0% O₂in the inlet gas were quantified by ¹³C-MFA. Metabolic flux ratios from fractional [U-¹³C]glucose labelling experiments were used to solve the underdetermined MFA system of central carbon metabolism of <it>S. cerevisiae</it>.</p> <p>While ethanol production was observed already in 2.8% oxygen, only minor differences in the flux distribution were observed, compared to fully aerobic conditions. However, in 1.0% and 0.5% oxygen the respiratory rate was severely restricted, resulting in progressively reduced fluxes through the TCA cycle and the direction of major fluxes to the fermentative pathway. A redistribution of fluxes was observed in all branching points of central carbon metabolism. Yet only when oxygen provision was reduced to 0.5%, was the biomass yield exceeded by the yields of ethanol and CO₂. Respirative ATP generation provided 59% of the ATP demand in fully aerobic conditions and still a substantial 25% in 0.5% oxygenation. An extensive redistribution of fluxes was observed in anaerobic conditions compared to all the aerobic conditions. Positive correlation between the transcriptional levels of metabolic enzymes and the corresponding fluxes in the different oxygenation conditions was found only in the respirative pathway.</p> <p>Conclusion</p> <p>¹³C-constrained MFA enabled quantitative determination of intracellular fluxes in conditions of different redox challenges without including redox cofactors in metabolite mass balances. A redistribution of fluxes was observed not only for respirative, respiro-fermentative and fermentative metabolisms, but also for cells grown with 2.8%, 1.0% and 0.5% oxygen. Although the cellular metabolism was respiro-fermentative in each of these low oxygen conditions, the actual amount of oxygen available resulted in different contributions through respirative and fermentative pathways.</p

Anne Lapujade Définition d'un méta-modèle et préservation de son intégrité dans le cadre du méta-atelier de conception de systèmes de formation MATIF Thèse de doctorat de l'université Toulouse I, Toulouse, 14 janvier 1997

Lapujade Anne. Anne Lapujade Définition d'un méta-modèle et préservation de son intégrité dans le cadre du méta-atelier de conception de systèmes de formation MATIF Thèse de doctorat de l'université Toulouse I, Toulouse, 14 janvier 1997. In: Sciences et techniques éducatives, volume 4 n°1, 1997. Interactions homme-machine et apprentissage. pp. 114-115

Anne Lapujade Définition d'un méta-modèle et préservation de son intégrité dans le cadre du méta-atelier de conception de systèmes de formation MATIF Thèse de doctorat de l'université Toulouse I, Toulouse, 14 janvier 1997

Lapujade Anne. Anne Lapujade Définition d'un méta-modèle et préservation de son intégrité dans le cadre du méta-atelier de conception de systèmes de formation MATIF Thèse de doctorat de l'université Toulouse I, Toulouse, 14 janvier 1997. In: Sciences et techniques éducatives, volume 4 n°1, 1997. Interactions homme-machine et apprentissage. pp. 114-115

Un panorama des systèmes d'aide à la conception de logiciels éducatifs

This article presents different kinds of courseware computer assisted design tools that it is possible to meet at a research level. In this presentation, we propose a typology drawn from software engineering articulated around the concept of design process. This typology makes a distinction between three kinds of systems : tools making a particular task in one step of the design process, workbenches integrating tools to perform a step of the design process and environments integrating several design process steps. We present several systems associated with each kind of system.Cet article présente les différents types de systèmes d'aide à la conception de logiciels éducatifs qui font actuellement l'objet de travaux de recherche. Pour présenter ces systèmes, nous proposons une typologie issue du génie logiciel qui s'articule autour de la notion de processus de développement des logiciels. Cette typologie distingue trois catégories de systèmes par rapport à leur couverture des phases du processus de développement de logiciels éducatifs : des outils qui permettent d'effectuer une tâche particulière au sein d'une phase, des ateliers qui intègrent, pour une même application plusieurs outils permettant de réaliser entièrement une phase et des environnements qui permettent d'intégrer plusieurs phases du processus de développement. Pour chaque catégorie nous présentons plusieurs systèmes.Lapujade Anne, Ernst Christian. Un panorama des systèmes d'aide à la conception de logiciels éducatifs. In: Sciences et techniques éducatives, volume 3 n°3, 1996. pp. 297-334

Premiers pas vers une ontologie générale des programmes informatiques

National audienceLe domaine des programmes informatiques fait l'objet depuis plusieurs années d'investigations ontologiques, l'enjeu étant de disposer de descriptions conceptuelles des programmes pour mieux maîtriser leur conception et leur utilisation. Il s'avère toutefois que les efforts entrepris jusqu'à présent n'ont permis d'aboutir qu'à des résultats partiels. Dans cet article, nous présentons les bases d'une ontologie générale des programmes (COPS) intégrant des concepts et relations centraux de ce domaine. Au-delà du contenu lui-même de l'ontologie, l'article met l'accent sur la méthode retenue pour sa construction. L'ontologie spécialise ainsi l'ontologie formelle de haut niveau DOLCE ainsi que les ontologies générales d'autres domaines(ex. : documents, artefacts) situées à des niveaux d'abstraction plus élevés. Cette démarche nous permet de rendre compte de la nature duale des programmes en les assimilant tout à la fois à des entités syntaxiques, des expressions formulées dans un langage de programmation, et à des artefacts dont la fonction est de permettre à des ordinateurs de réaliser des traitements de l'information

OntoNeuroBase: a multi-layered application ontology in neuroimaging

OntoNeuroBase is an application ontology that is being developed within the NeuroBase project, which seeks to create a federated system for the management of distributed and heterogeneous information sources in neuroimaging. Having adopted a specific, multi-layered, modular approach to ontology design, we used DOLCE as a foundational ontology together with three core ontologies: I&DA for modelling documents (texts and images), COPS for modelling programs and software and OntoKADS for modelling problem solving activities. Here, we report on how we built OntoNeuroBase by refining the concepts present in the existing modules. Neuroimaging is a very active and rapidly changing field. It is essential to ensure that a newly developed ontology is compatible with other available ontologies and to enable extension of the new ontology to a variety of neuroscience applications. The work reported here is in line with these ambitious objectives

Extreme calorie restriction in yeast retentostats induces uniform non-quiescent growth arrest

Non-dividing Saccharomyces cerevisiae cultures are highly relevant for fundamental and applied studies. However, cultivation conditions in which non-dividing cells retain substantial metabolic activity are lacking. Unlike stationary-phase (SP) batch cultures, the current experimental paradigm for non-dividing yeast cultures, cultivation under extreme calorie restriction (ECR) in retentostat enables non-dividing yeast cells to retain substantial metabolic activity and to prevent rapid cellular deterioration. Distribution of F-actin structures and single-cell copy numbers of specific transcripts revealed that cultivation under ECR yields highly homogeneous cultures, in contrast to SP cultures that differentiate into quiescent and non-quiescent subpopulations. Combined with previous physiological studies, these results indicate that yeast cells subjected to ECR survive in an extended G1 phase. This study demonstrates that yeast cells exposed to ECR differ from carbon-starved cells and offer a promising experimental model for studying non-dividing, metabolically active, and robust eukaryotic cells

Systems Vaccinology Identifies an Early Innate Immune Signature as a Correlate of Antibody Responses to the Ebola Vaccine rVSV-ZEBOV

Predicting vaccine efficacy remains a challenge. We used a systems vaccinology approach to identify early innate immune correlates of antibody induction in humans receiving the Ebola vaccine rVSV-ZEBOV. Blood samples from days 0, 1, 3, 7, and 14 were analyzed for changes in cytokine levels, innate immune cell subsets, and gene expression. Integrative statistical analyses with cross-validation identified a signature of 5 early innate markers correlating with antibody titers on day 28 and beyond. Among those, IP-10 on day 3 and MFI of CXCR6 on NK cells on day 1 were independent correlates. Consistently, we found an early gene expression signature linked to IP-10. This comprehensive characterization of early innate immune responses to the rVSV-ZEBOV vaccine in humans revealed immune signatures linked to IP-10. These results suggest correlates of vaccine-induced antibody induction and provide a rationale to explore strategies for augmenting the effectiveness of vaccines through manipulation of IP-10