1.Biominerals

金沢大学大学院自然科学研究科　環境科学金沢医科大学Editor : Tazaki, Kazue, Cover:Scanning electoron microscopic photograph of Gallionella sp. in biomats of Aso caldera, Kyusyu, Japan. Various shapes of Gallonella sp. are shown (image:Moriichi, Shingo).COE, 金沢大学 水・土壌環境領域シンポジウム「地球環境における微生物の役割」, 日時：2002年12月4日（水）13：00～, 場所：金沢大学理学部3階第一実験

Behavior of Ionic Liquids Under Nanoconfinement Greatly Affects Actual Friction

Ionic liquids (ILs) are organic salts consisting of anions and cations that exist as liquids at room temperature. ILs exhibit many attractive properties such as negligible volatility, low flammability, and relatively high thermal stability. These properties can be varied in a controlled fashion through systematic changes in the molecular structure of their constituent ions. Some recent studies have aimed to use ILs as new lubricant materials. However, the behavior of ILs as lubricants on the sliding interfaces has not been elucidated. In this chapter, we describe the nano- and macrolubrication properties of some ILs with different types of anions using resonance shear measurement (RSM) and conventional ball-on-plate-type tribotests, respectively. This study reveals that the properties observed by RSM for nanoscale systems can provide important insights for the study of the friction coefficients (macrolubrication properties) obtained by tribotests

Effect of a Fatty Acid Additive on the Kinetic Friction and Stiction of Confined Liquid Lubricants

Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.The paper presents part of the research productions that accompanied the construction of bodies inserted in a Psychosocial Care Center for Alcohol and Other Drugs (CAPS-AD) of a city in the northern region of Brasil, focusing more sharply on masculinities arrangements. Special attention is given to the tension between normalized bodies and attempts at resistance and (re) exist. The argument is in the field of public health, particularly mental health, and rooted in gender and sexuality studies. The data production methodology made use of observations recorded in a diary, itinerant follow-up of a collective of research, interviews, focus groups where, among other things, was discussed diary topics, conversation circles and workshops. The attempt was to produce a way of collective narrating strategy, combining up experience and body (un)learn well as ways of producing health care and doing research

The whole blood transcriptional regulation landscape in 465 COVID-19 infected samples from Japan COVID-19 Task Force

「コロナ制圧タスクフォース」COVID-19患者由来の血液細胞における遺伝子発現の網羅的解析 --重症度に応じた遺伝子発現の変化には、ヒトゲノム配列の個人差が影響する--. 京都大学プレスリリース. 2022-08-23.Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a recently-emerged infectious disease that has caused millions of deaths, where comprehensive understanding of disease mechanisms is still unestablished. In particular, studies of gene expression dynamics and regulation landscape in COVID-19 infected individuals are limited. Here, we report on a thorough analysis of whole blood RNA-seq data from 465 genotyped samples from the Japan COVID-19 Task Force, including 359 severe and 106 non-severe COVID-19 cases. We discover 1169 putative causal expression quantitative trait loci (eQTLs) including 34 possible colocalizations with biobank fine-mapping results of hematopoietic traits in a Japanese population, 1549 putative causal splice QTLs (sQTLs; e.g. two independent sQTLs at TOR1AIP1), as well as biologically interpretable trans-eQTL examples (e.g., REST and STING1), all fine-mapped at single variant resolution. We perform differential gene expression analysis to elucidate 198 genes with increased expression in severe COVID-19 cases and enriched for innate immune-related functions. Finally, we evaluate the limited but non-zero effect of COVID-19 phenotype on eQTL discovery, and highlight the presence of COVID-19 severity-interaction eQTLs (ieQTLs; e.g., CLEC4C and MYBL2). Our study provides a comprehensive catalog of whole blood regulatory variants in Japanese, as well as a reference for transcriptional landscapes in response to COVID-19 infection

DOCK2 is involved in the host genetics and biology of severe COVID-19

「コロナ制圧タスクフォース」COVID-19疾患感受性遺伝子DOCK2の重症化機序を解明 --アジア最大のバイオレポジトリーでCOVID-19の治療標的を発見--. 京都大学プレスリリース. 2022-08-10.Identifying the host genetic factors underlying severe COVID-19 is an emerging challenge. Here we conducted a genome-wide association study (GWAS) involving 2, 393 cases of COVID-19 in a cohort of Japanese individuals collected during the initial waves of the pandemic, with 3, 289 unaffected controls. We identified a variant on chromosome 5 at 5q35 (rs60200309-A), close to the dedicator of cytokinesis 2 gene (DOCK2), which was associated with severe COVID-19 in patients less than 65 years of age. This risk allele was prevalent in East Asian individuals but rare in Europeans, highlighting the value of genome-wide association studies in non-European populations. RNA-sequencing analysis of 473 bulk peripheral blood samples identified decreased expression of DOCK2 associated with the risk allele in these younger patients. DOCK2 expression was suppressed in patients with severe cases of COVID-19. Single-cell RNA-sequencing analysis (n = 61 individuals) identified cell-type-specific downregulation of DOCK2 and a COVID-19-specific decreasing effect of the risk allele on DOCK2 expression in non-classical monocytes. Immunohistochemistry of lung specimens from patients with severe COVID-19 pneumonia showed suppressed DOCK2 expression. Moreover, inhibition of DOCK2 function with CPYPP increased the severity of pneumonia in a Syrian hamster model of SARS-CoV-2 infection, characterized by weight loss, lung oedema, enhanced viral loads, impaired macrophage recruitment and dysregulated type I interferon responses. We conclude that DOCK2 has an important role in the host immune response to SARS-CoV-2 infection and the development of severe COVID-19, and could be further explored as a potential biomarker and/or therapeutic target

Characterization of Ferrocene-Modified Electrode Using Electrochemical Surface Forces Apparatus

A electrochemical surface forces apparatus (EC-SFA) was employed to measure the interactions between gold electrodes modified with self-assembled monolayers of ferrocene alkyl thiol (Fc-SAM) and oxidized ferrocene (ferrocenium cation, Fc⁺-SAM) in a 1 mM aqueous electrolyte. The double-layer repulsion in both cases of the Fc-SAM and Fc⁺-SAM electrodes was observed. The surface charge density (σ) evaluated from the double-layer repulsions between the Fc⁺-SAM electrodes in 1 mM aqueous KClO₄ was 0.0027 C/m², which was 2.5 times greater than that of the Fc-SAM, at 0.0011 C/m². The σ values of the Fc⁺-SAM were evaluated for various counteranions using the same method, which were 0.0048, 0.0040, and 0.0104 C/m² for NO₃^–, SO₄^2–, and CF₃SO₃^–, respectively. The degrees of dissociation (α_d) between the ferrocenium cation and these counteranions were obtained from σ and the density of the ferrocenium on the electrode. The α_d value of CF₃SO₃^–, 4.1%, was the highest, followed in the order, SO₄^2– > NO₃^– > ClO₄^–, indicating that most of the positive charges of the ferrocenium cation were compensated by formation of an ion pair with counteranions