Minkin aleutian tauti -parvoviruskantojen fylogeneettinen erittelytutkimus

Aleutian tauti (AD, Aleutian disease) on parvoviruksiin kuuluvan minkin aleutian tauti -viruksen (AMDV, Aleutian mink disease parvovirus) aiheuttama immunokompleksitauti. Se on yleinen kaikissa minkintuottajamaissa aiheuttaen merkittäviä tuotantotappioita tarhaajille. Aleutian taudin taudinkuva vaihtelee viruskannasta ja isäntätekijöistä riippuen. Viruskantoja esiintyy apatogeenisista voimakkaasti patogeenisiin. Siniharmaaturkkiset aleutian-genotyypin minkit (Mustela vison) ovat alttiimpia tartunnalle ja kehittävät vakavamman tautimuodon. Klassiselle AD:lle tyypillisiä piirteitä ovat pysyvä viremia, plasmasytoosi, hypergammaglobulinemia, korkeat vasta-ainetasot, infektiivisten immunokompleksien muodostuminen, vaskuliitti ja glomerulonefriitti. Minkin aleutian tauti -virusta on tutkittu laajalti viimeisen 30 vuoden aikana, mutta tutkimuksia viruksen fylogeniasta on tehty vähän. Lisäksi suomalaisten AMDV-kantojen molekyyliepidemiologiasta ja patogeenisuudesta ei ole ollut tarkkaa tietoa. Tämän tutkimuksen tavoitteina oli: 1) pystyttää menetelmät DNA:n eristämiseen ja AMDV-NS1 (major non-structural protein) –geenialueen osan monistamiseen sekä tutkia näiden menetelmien avulla suomalaisia AMDV-kantoja eri tiloilta löytyneistä luonnollisesti infektoituneista minkeistä; 2) analysoida kyseisiä viruskantoja erilaisilla fylogeniamenetelmillä ja verrata niitä aikaisemmin julkaistuihin kantoihin; 3) arvioida kantojen mahdollisia infektioreittejä, patogeenisuutta, ajallista ja maantieteellistä jakautumista sekä muunteluastetta. Neljästätoista suomalaisesta minkistä viideltä pohjanmaalaiselta ja pohjois-pohjanmaalaiselta tilalta eristettiin viruksen DNA:ta. Tämän jälkeen DNA:sta monistettiin osa NS1-geenistä semi-nested PCR -menetelmää käyttäen. Näiden 14 AMDV-sekvenssin lisäksi 31 ruotsalaista, 4 suomalaista ja 5 muuta viruksen sekvenssiä haettiin GenBank-tietokannasta. Kyseiset sekvenssit analysoitiin käyttäen useita erilaisia fylogeniaohjelmia, -menetelmiä ja -malleja. Parhaiten puun ratkaisi MEGA-ohjelmalla tehty nukleotidisekvenssiin perustuva juurrettu parsimonia-puu. Fylogeneettinen analyysi viittasi siihen, että eri AMDV-kannat jakautuvat kolmeen ryhmään (I-III). Jokaisessa näistä ryhmistä oli suomalaisia AMDV-kantoja. Yksi ryhmä (II) koostui pelkästään pohjoismaisista kannoista. Ryhmän III muodostivat vanhimmat ja vähemmän muutoksia sisältävät kannat. Näytti siltä, että kaikki AMDV-kannat ovat elinvoimaisia, ja että patogeeniset kannat syntyvät de novo lievästi patogeenisista kannoista ja päinvastoin. Puun perusteella voitiin myös päätellä, että AMDV on tullut Suomeen kahteen - kolmeen eri otteeseen. Suomalaisten AMDV-kantojen tai kaikkien kantojen yhteistä maantieteellistä alkuperää ei pystytty puun perusteella luotettavasti selvittämään. Rekombinaatiota tai kantojen ryvästymistä eristysvuoden perusteella ei todettu. Kuten aikaisemmissa tutkimuksissa, myöskään tässä tutkimuksessa ei löydetty selitystä kantojen patogeenisuuseroille. Tutkimuksessa kuvatut kannat poikkesivat toisistaan nukleotiditasolla 0-14 % ja aminohappotasolla 0-22 %. Tutkimuksessa kuvattiin ensimmäinen AMD-viruksen fylogenia-analyysi Suomessa. Tämä AMDV:n fylogeneettinen puu on myös ensimmäinen AMDV:sta julkaistu nukleotidisekvenssiin perustuva merkkipohjaista menetelmää käyttäen rakennettu ulkoryhmän avulla juurrettu puu. Lisäksi analyysissä oli mukana enemmän viruskantoja kuin aiemmin. Tutkimuksessa pystytetyt viruksen DNA-eristys- ja PCR-menetelmät hyödyttävät myös tulevia tutkimuksia aiheesta. Esimerkiksi uusien sekvenssien kerääminen muista maista, villeistä näätäeläimistä ja freteistä saattaa auttaa muodostamaan tarkempaa kuvaa viruksen sukulaisuussuhteista ja kehityksestä

Aleutian tautiviruksen diagnostiikka ja epidemiologia

Aleutian mink disease virus (AMDV) is a widespread parvovirus mainly affecting American mink (Neovison vison). It can cause a progressive and persistent immune complex-mediated disease (Aleutian disease, AD) in adult mink and an acute and fatal pneumonia in mink kits. The virus has a wide geographical distribution both in farmed mink and in the wild. Aleutian mink disease virus poses a major economic threat to mink farmers and it may affect the conservation and management of indigenous mustelids and other species. Infected farms are difficult to sanitize as the virus is resistant to physical and chemical treatments, it can be transmitted through several vectors and routes, and no effective medications or vaccines currently exist. Since the 1970s, diagnosis on AMDV in farmed mink has been based on the identification of specific antibodies with a counter-current immunoelectrophoresis (CIEP) test. In 2005, the Finnish Fur Breeders Association implemented an eradication program that required the development of a new AMDV-detection protocol to screen ca. 600 000 samples per year. Although AMDV can infect and may cause disease in other mustelids and carnivores, little is known about the epidemiology and evolutionary relationships of AMDV strains in the wild in Finland and elsewhere. Thus, this study aimed to develop a modern automated test for the large-scale serodiagnosis of AMDV in mink and to elucidate the epidemiology and phylogeny of this virus in farmed mink and free-ranging mustelids in Finland. A new antigen for the serological test was developed with a recombinant DNA technique. The major capsid protein (VP2) gene of a Finnish AMDV strain obtained from a farmed mink was amplified, cloned into a baculovirus transfer vector with subsequent recombination to baculovirus genome, and expressed in insect cells. The antigen formed virus-like particles and was confirmed to be antigenic with several serological methods. Subsequently, an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) was designed for the antigen and automated. Because the small glass capillaries used to collect blood samples in CIEP could not be utilized in the ELISA test, a wicking technique using a filter paper blood comb was developed. The performance of this test was compared to CIEP (an imperfect gold standard) by testing blood/serum samples from farmed mink. The results were analyzed with Bayesian modelling allowing for conditional dependence. The new automated ELISA test was found to be accurate with a diagnostic sensitivity of 96.2% (95% probability interval [PI], 91.5 99.0) and specificity of 98.4% (95% PI, 95.3 99.8), and was therefore determined suitable for the serodiagnosis of AMDV. The epidemiology and phylogenetics of AMDV were inferred from organ and/or blood samples from farmed mink and free-ranging mustelids. The samples were screened with the newly-developed ELISA (described above) or CIEP test for anti-AMDV antibodies and with previously described or newly-developed PCR assays for AMDV DNA. Test results were studied with statistical, phylogenetic, and sequence analysis methods. Aleutian mink disease virus was found to be prevalent in the wild in Finland. A new host species, the European badger (Meles meles), with a prevalence of 27% (7/26; 95% confidence interval [CI], 13 46), was identified. In addition to the badger, infection markers were found in 54% (31/57; 95% CI, 42 67) of feral American mink and in one European polecat (Mustela putorius) (1/14; 95% CI, 1 29). No infection was found in Eurasian otters (Lutra lutra) (24; 95% CI, 0 10), European pine martens (Martes martes) (183; 95% CI 0 1), least weasels (Mustela nivalis) (2; 95% CI, 0 67), stoat (Mustela erminea) (1; 95% CI, 0 85), or wolverine (Gulo gulo) (1; 95% CI, 0 85). Positive animals were distributed throughout western, southern, and eastern Finland (10/17 of sampled regions). American mink (odds ratio [OR], 335) and badger (OR, 74) had higher odds of infection compared to other species. Also, animals sampled during the first sampling period (2006 2009; OR, 5) had higher odds of infection compared to the second period (2010 2014). No significant association was detected between infection and age, sex, or region. Furthermore, mink farms were not associated with higher odds of AMDV infection nor appeared to serve as a major source of infection for free-ranging mustelids at the municipal or regional level. Based on these results, it appears that domestic and sylvatic transmission pathways are largely decoupled, but it seems probable that infections occasionally move between the farmed and wild populations (e.g., via infected escapees/intruders). A phylogenetic analysis, including Finnish, Estonian, and global strains, indicated that AMDV strains form at least five main clusters. It also inferred that the virus has been introduced to Finnish farms on at least three occasions. Unfortunately, it could not be discerned whether the occurrence of AMDV in Finland is natural or a consequence of the global mink trade. In addition to its main hosts (farmed and wild mink), similar strains of AMDV were found in pine martens, polecats, and badgers. Interestingly, Estonian badgers carried a divergent strain, possibly representing a new amdoparvovirus. Other than the strain found in Estonian badgers, and the tendency of strains from Finnish farmed and feral mink to diverge into separate clusters, AMDV strains did not cluster according to location, year, species, or pathogenicity. The nucleotide differences between Finnish AMDV sequences, based on partial non-structural protein 1 gene, ranged from 0% to 14% and similar levels of variability were observed in farmed and natural populations. As a result of these studies, an automated ELISA test for the serodiagnosis of AMDV was developed and validated with high diagnostic sensitivity and specificity. The test offers a low cost, easy sampling, rapid throughput of large sample numbers, reduced processing time, and automated data management. The new test can be utilized for the monitoring, control and eradication of the virus, calculating the seroprevalence, and confirming the infection status of farms or individual mink. In addition, new information on AMDV epidemiology and genetic variation in Finnish farmed mink and free-ranging mustelids were established with potential impact on the biosecurity of farms, outbreak investigations, and the conservation of threatened mustelid species. Moreover, the new diagnostic tools and additional sequence data generated in this study can be utilized in the future research on the epidemiology of AMDV.Aleutian tautivirus (Aleutian mink disease virus, AMDV, plasmasytoosivirus) on yleinen minkeillä (Neovison vison) esiintyvä parvovirus. Aikuisilla eläimillä AMDV voi aiheuttaa kroonisen immuunivälitteisen sairauden (Aleutian tauti, Aleutian disease, AD, plasmasytoosi) ja pennuilla akuutin kuolemaan johtavan hengitystiesairauden. Viruksella on laaja maantieteellinen levinneisyys ja tarhattujen minkkien lisäksi sitä tavataan myös luonnossa. Tartunnan saaneita minkkitiloja on vaikea saneerata, sillä virus voi säilyttää taudinaiheutuskykynsä erilaisista puhdistus- ja desinfektiotoimenpiteistä huolimatta. Lisäksi AMD-virus leviää useiden eri reittien välityksellä, eikä sitä vastaan ole tehokasta hoitoa tai rokotetta. Aleutian tautivirus aiheuttaa tarhaajille merkittäviä taloudellisia tappioita ja sillä saattaa olla merkitystä myös kotoperäisten näätäeläinlajien suojelussa. Tarhattujen minkkien tautidiagnostiikka on 1970-luvulta lähtien perustunut AMDV-vasta-aineiden tunnistamiseen seeruminäytteestä vastavirtaimmunoelekroforeesitestillä (counter-current immunoelectrophoresis, CIEP, ns. agartesti). Suomen Turkiseläinten Kasvattajain Liitto käynnisti Aleutian taudin hävitysohjelman vuonna 2005. Tämän vuoksi CIEP-menetelmälle tarvittiin korvaava testi, joka voitaisiin automatisoida ja joka soveltuisi suurien näytemäärien (noin 500 000 700 000 vuodessa) käsittelyyn. Minkin lisäksi AMDV kykenee tarttumaan myös muihin näätä- ja petoeläinlajeihin. Suomalaisten viruskantojen epidemiologiasta ja evolutiivisista suhteista on vain vähän tietoa, ja etenkin luonnonvaraisten näätäeläinten tilanne on tuntematon sekä Suomessa että maailmanlaajuisesti. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli kehittää uusi serologinen testi AMDV-tartunnan toteamiseksi minkeissä sekä selvittää tämän viruksen epidemiologiaa ja evolutiivisia suhteita tarhatuissa minkeissä ja luonnonvaraisissa näätäeläimissä Suomessa. Tässä väitöskirjatyössä kehitettiin ja automatisoitiin uusi entsyymi-immunologiseen määritykseen (enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA) perustuva testi AMD-viruksen vasta-aineiden toteamiseksi tarhatuissa minkeissä. ELISA-testiä varten rakennettiin uusi antigeeni yhdistelmä-DNA-tekniikkaa käyttäen. Suomalaisen AMD-viruskannan kuoriproteiinin (VP2) geeni kloonattiin bakulovirukseen, joka tuotti VP2-proteiinia hyönteissoluissa. Tämä proteiini muodosti tyhjiä viruksen kaltaisia partikkeleita, joiden todettiin olevan antigeenisia useilla serologisilla menetelmillä. Koska CIEP-menetelmässä verinäytteenottoon käytetyt lasikapillaarit eivät soveltuneet käytettäväksi ELISA-menetelmässä, tätä tarkoitusta varten kehitettiin uusi näytteenottomenetelmä, suodatinpaperista valmistettu näytteenottokampa. Uuden ELISA-menetelmän toimivuutta verrattiin CIEP-menetelmään (ns. epätäydellinen kultainen standardi) testaamalla veri- tai seeruminäytteitä minkeistä. Nämä tulokset analysoitiin Bayesian mallintamisella, jossa huomioitiin testien riippuvuus. Uuden ELISA-testin diagnostinen herkkyys oli 96.2 % ja tarkkuus 98.4 % ja sen todettiin soveltuvan AMDV:n serodiagnostiikkaan. Aleutian tautiviruksen epidemiologista ja fylogeneettistä tutkimusta varten kerättiin elin- ja/tai verinäytteitä tarhatuista minkeistä ja luonnonvaraisista näätäeläimistä. Näytteet tutkittiin vasta-aineiden varalta joko CIEP- tai uudella ELISA-menetelmällä. Viruksen DNA:ta todennettiin joko jo olemassa olevilla tai tätä tarkoitusta varten kehitetyillä uusilla PCR-testeillä. Tulokset analysoitiin useilla erilaisilla tilastollisilla, fylogeneettisillä ja sekvenssianalyysimenetelmillä. Tutkimuksissa todettiin, että AMDV-tartunta on yleinen Suomen luonnonvaraisissa näätäeläimissä. Aleutian tautivirusta löydettiin tiettävästi ensimmäistä kertaa mäyristä (Meles meles), joissa tartunta todettiin 27 %:ssa (7/26) tutkituista näytteistä. Mäyrän lisäksi positiivisia näytteitä todettiin 54 %:lla villiminkeistä (31/57) ja yhdellä hillerillä (14) (Mustela putorius). Saukoista (Lutra lutra) (24), näädistä (Martes martes) (183), lumikoista (Mustela nivalis) (2), kärpästä (Mustela erminea) (1) ja ahmasta (Gulo gulo) (1) kerätyt näytteet olivat negatiivisia. Tartunta oli levinnyt laajalle maantieteellisesti ja positiivisia eläimiä löytyi sekä Länsi-, Etelä- että Itä-Suomen maakunnista. Tartunnalle altistavia tekijöitä olivat eläimen laji ja näytteenottoajanjakso. Villiminkeillä oli 335-kertainen ja mäyrillä 74-kertainen suhteellinen tautipaine verrattuna muihin lajeihin ja vuosijaksona 2006 2009 suhteellinen tautipaine oli 5-kertainen verrattuna vuosiin 2010 2014. Ikä, sukupuoli ja maakunta eivät sen sijaan olleet riskitekijöitä tartunnalle. Minkkitilat eivät ilmeisesti ole, ainakaan suuressa mittakaavassa kunnan ja maakunnan tasolla, merkittävä tartunnan lähde luontoon. Vaikuttaakin siltä, että tarhattujen minkkien ja luonnonvaraisten näätäeläinten tartuntaketjut ovat pääasiassa erillisiä. Satunnaisia tartuntoja näiden välillä kuitenkin todennäköisesti tapahtuu. Suomalaisten, virolaisten ja globaalien viruskantojen fylogeneettisen analyysin perusteella AMDV-kannat jakautuvat viiteen eri geneettiseen ryhmään. Näyttää siltä, että suomalaisille tiloille virus on saapunut ainakin kolmeen eri otteeseen. Suomalaisten viruskantojen alkuperä jäi kuitenkin epäselväksi. On mahdollista, että virus on tullut Suomeen jalostuseläinten mukana muista minkinkasvattajamaista, mutta toisaalta suomalaiset kotoperäiset näätäeläimet ovat saattaneet kantaa virusta jo ennen minkkitarhauksen alkamista. Tarhatuille ja villiminkeille tyypillisiä kantoja todettiin myös näädissä, hillereissä ja mäyrissä, joten AMDV kykenee ylittämään lajirajat. Virolaisista mäyristä löytyi kuitenkin myös hyvin poikkeava kanta, joka edustaa mahdollisesti kokonaan uutta amdoparvoviruslajia. Lukuun ottamatta tätä virolaisissa mäyrissä todettua erilaista viruskantaa ja sitä, että suomalaisista tarhatuista ja villiminkeistä löytyneet kannat näyttävät muodostavan erillisiä ryhmittymiä, selkeää jakautumista eri genoryhmiin maantieteellisen sijainnin, näytteenottoajankohdan, isäntälajin tai patogeenisuuden perusteella ei havaittu. Osittaisen NS1-geenin (non-structural protein 1) perusteella suomalaisten AMDV-viruskantojen nukleiinihappojen erot vaihtelivat 0 %:sta 14 %:iin ja vaihtelevuus oli samankaltaista sekä tarhatuista minkeistä, että luonnonvaraisista näätäeläimistä eristetyillä viruskannoilla. Tässä väitöskirjatyössä kehitettiin uusi automatisoitu ELISA-menetelmään perustuva testi minkin Aleutian taudin diagnostiikkaa varten. Tällä testillä on useita etuja, kuten alhaiset kustannukset, helppo näytteenotto, nopea läpimenoaika isoille näyte-erille, vähentynyt käsityövaltaisuus sekä automaattinen tulosten luku, tallennus ja käsittely. Tätä testiä voidaan hyödyntää taudin kontrolloinnissa ja hävittämisessä, esiintyvyyden laskemisessa ja tilojen sekä yksittäisten eläinten tautivapauden todentamisessa. Lisäksi saatiin lisätietoa AMD-viruksen epidemiologiasta ja fylogeniasta suomalaisissa tarhaminkeissä sekä luonnonvaraisissa näätäeläimissä. Näillä tuloksilla voi olla vaikutusta tilojen tautitorjunnassa, taudinpurkausten selvittämisessä sekä uhanalaisten näätäeläinten suojelussa. Lisäksi tässä yhteydessä kehitettyjä uusia diagnostisia menetelmiä ja uusien viruskantojen sekvenssejä voidaan hyödyntää viruksen epidemiologiaan liittyvissä jatkotutkimuksissa

Mikä kiinnostaa ja mikä pelottaa? Luokanopettajaopiskelijoiden käsityksiä opettajan työtodellisuudesta

Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää miksi opettajaksi halutaan ja minkälaiset tekijät herättävät pelkoa luokanopettajan työssä. Tutkimuksessa verrattiin Turun yliopis-ton ensimmäisen vuosikurssin opiskelijoita ja maisterivaiheen opiskelijoita sekä tutkit-tiin, onko sukupuolella, opintojen vaiheella tai aiemmalla kokemuksella yhteyttä synty-neisiin pelkoihin. Lisäksi selvitettiin, miten luokanopettajakoulutus tukee opiskelijoiden opettajaksi kasvua ja mitä opiskelijat toivoisivat koulutukselta lisää. Tutkimukseen osal-listui yhteensä 119 opiskelijaa. Tutkimusaineisto kerättiin Webropol-kyselylomakkeen avulla ja aineisto käsiteltiin kvalitatiivisin ja kvantitatiivisin tutkimusmenetelmin. Tutkimustuloksista saatiin kuvaus siitä, miksi luokanopettajaksi halutaan ja mitä opetta-jaopiskelijat pelkäävät opettajan työtodellisuudessa. Tulosten mukaan syyt opettajaksi hakeutumiselle ovat opettajan työn luonne, ihmisläheinen työ, samaistuminen, soveltu-minen opettajaksi ja sattuma. Pelkoja tutkittaessa aineistoanalyysissä muodostettiin nel-jä eri kategoriaa, joihin molempien tutkimusjoukkojen vastaukset jaoteltiin: vuorovaiku-tuksesta johtuviin pelkoihin, opettamisesta ja opettajuudesta johtuviin pelkoihin, työn-kuvasta ja –luonteesta johtuviin pelkoihin sekä hyvinvoinnista ja omasta jaksamisesta johtuviin pelkoihin. Sukupuolella todettiin olevan yhteyttä syntyneisiin pelkoihin, sillä naiset pelkäsivät miehiä enemmän. Lisäksi opintojen vaiheella löydettiin yhteys kahteen eri pelkokategoriaan, maisteriopiskelijat pelkäsivät ensimmäisen vuosikurssin opiskeli-joita enemmän vuorovaikutukseen ja omaan hyvinvointiin liittyviä tekijöitä. Ristiintau-lukoimalla selvisi myös, ettei aiemmalla työkokemuksella opettajana ole yhteyttä pel-koihin missään pelkokategoriassa. Muun työkokemuksen ja pelkojen välillä yhteys löy-tyi ainoastaan ohjauskokemuksen ja vuorovaikutuksista johtuvien pelkojen kohdalla. Viimeiseen tutkimusongelmaan löydettiin vastauksia viidessä eri teemassa. Opiskelijat toivoivat opintoja vuorovaikutuksesta, didaktiikasta sekä ryhmänhallinnasta, työtehtä-vistä luokkahuoneen ulkopuolella sekä opintoja psykologiasta ja työhyvinvoinnista. Viides teema ”ei osaa sanoa” nousi esille ainoastaan ensimmäisen vuosikurssin vastauk-sissa. Luokanopettaja ei ole koskaan valmis. Koulutuksen ja opiskelijoiden tulisi löytää uusia keinoja ennaltaehkäistä opiskelijoiden pelkoja ja saada jo koulutuksen aikana realisti-sempi käsitys opettajan työtodellisuudesta

Co-circulation of highly diverse Aleutian mink disease virus strains in Finland

Aleutian mink disease virus (AMDV) is the causative agent of Aleutian disease (AD), which affects mink of all genotypes and also infects other mustelids such as ferrets, martens and badgers. Previous studies have investigated diversity in Finnish AMDV strains, but these studies have been restricted to small parts of the virus genome, and mostly from newly infected farms and free-ranging mustelids. Here, we investigated the diversity and evolution of Finnish AMDV strains by sequencing the complete coding sequences of 31 strains from mink originating from farms differing in their virus history, as well as from free-ranging mink. The data set was supplemented with partial genomes obtained from 26 strains. The sequences demonstrate that the Finnish AMDV strains have considerable diversity, and that the virus has been introduced to Finland in multiple events. Frequent recombination events were observed, as well as variation in the evolutionary rate in different parts of the genome and between different branches of the phylogenetic tree. Mink in the wild carry viruses with high intra-host diversity and are occasionally even co-infected by two different strains, suggesting that free-ranging mink tolerate chronic infections for extended periods of time. These findings highlight the need for further sampling to understand the mechanisms playing a role in the evolution and pathogenesis of AMDV.Peer reviewe

Automated image analysis of keratin 7 staining can predict disease outcome in primary sclerosing cholangitis

Background and AimsPrimary sclerosing cholangitis (PSC) is a chronic cholestatic liver disease that obstructs the bile ducts and causes liver cirrhosis and cholangiocarcinoma. Efficient surrogate markers are required to measure disease progression. The cytokeratin 7 (K7) load in a liver specimen is an independent prognostic indicator that can be measured from digitalized slides using artificial intelligence (AI)-based models. MethodsA K7-AI model 2.0 was built to measure the hepatocellular K7 load area of the parenchyma, portal tracts, and biliary epithelium. K7-stained PSC liver biopsy specimens (n = 295) were analyzed. A compound endpoint (liver transplantation, liver-related death, and cholangiocarcinoma) was applied in Kaplan-Meier survival analysis to measure AUC values and positive likelihood ratios for each histological variable detected by the model. ResultsThe K7-AI model 2.0 was a better prognostic tool than plasma alkaline phosphatase, the fibrosis stage evaluated by Nakanuma classification, or K7 score evaluated by a pathologist based on the AUC values of measured variables. A combination of parameters, such as portal tract volume and area of K7-positive hepatocytes analyzed by the model, produced an AUC of 0.81 for predicting the compound endpoint. Portal tract volume measured by the model correlated with the histological fibrosis stage. ConclusionsThe K7 staining of histological liver specimens in PSC provides significant information on disease outcomes through objective and reproducible data, including variables that cannot be measured by a human pathologist. The K7-AI model 2.0 could serve as a prognostic tool for clinical endpoints and as a surrogate marker in drug trials.Peer reviewe

Chronic cholestasis detection by a novel tool : automated analysis of cytokeratin 7-stained liver specimens

Background The objective was to build a novel method for automated image analysis to locate and quantify the number of cytokeratin 7 (K7)-positive hepatocytes reflecting cholestasis by applying deep learning neural networks (AI model) in a cohort of 210 liver specimens. We aimed to study the correlation between the AI model's results and disease progression. The cohort of liver biopsies which served as a model of chronic cholestatic liver disease comprised of patients diagnosed with primary sclerosing cholangitis (PSC). Methods In a cohort of patients with PSC identified from the PSC registry of the University Hospital of Helsinki, their K7-stained liver biopsy specimens were scored by a pathologist (human K7 score) and then digitally analyzed for K7-positive hepatocytes (K7%area). The digital analysis was by a K7-AI model created in an Aiforia Technologies cloud platform. For validation, values were human K7 score, stage of disease (Metavir and Nakunuma fibrosis score), and plasma liver enzymes indicating clinical cholestasis, all subjected to correlation analysis. Results The K7-AI model results (K7%area) correlated with the human K7 score (0.896; p < 2.2e(- 16)). In addition, K7%area correlated with stage of PSC (Metavir 0.446; p < 1.849e(- 10) and Nakanuma 0.424; p < 4.23e(- 10)) and with plasma alkaline phosphatase (P-ALP) levels (0.369, p < 5.749e(- 5)). Conclusions The accuracy of the AI-based analysis was comparable to that of the human K7 score. Automated quantitative image analysis correlated with stage of PSC and with P-ALP. Based on the results of the K7-AI model, we recommend K7 staining in the assessment of cholestasis by means of automated methods that provide fast (9.75 s/specimen) quantitative analysis.Peer reviewe

Use of oral health care services in Finnish adults - results from the cross-sectional Health 2000 and 2011 Surveys

Background: During the 2000s, two major legislative reforms concerning oral health care have been implemented in Finland. One entitled the whole population to subsidized care and the other regulated the timeframes of access to care. Our aim was, in a cross-sectional setting, to assess changes in and determinants of use of oral health care services before the first reform in 2000 and after both reforms in 2011. Methods: The data were part of the nationally representative Health 2000 and 2011 Surveys of adults aged >= 30 years and were gathered by interviews and questionnaires. The outcome was the use of oral health care services during the previous year. Determinants of use among the dentate were grouped according to Andersen's model: predisposing (sex, age group), enabling (education, recall, dental fear, habitual use of services, household income, barriers of access to care), and need (perceived need, self-rated oral health, denture status). Chi square tests and logistic regression analyses were used for statistical evaluation. Results: No major changes or only a minor increase in overall use of oral health care services was seen between the study years. An exception were those belonging to oldest age group who clearly increased their use of services. Also, a significant increase in visiting a public sector dentist was observed, particularly in the age groups that became entitled to subsidized care in 2000. In the private sector, use of services decreased in younger age groups. Determinants for visiting a dentist, regardless of the service sector, remained relatively stable. Being a regular dental visitor was the most significant determinant for having visited a dentist during the previous year. Enabling factors, both organizational and individual, were emphasized. They seemed to enable service utilization particularly in the private sector. Conclusions: Overall changes in the use of oral health care services were relatively small, but in line with the goals set for the reform. Older persons increased use of services in both sectors, implying growing need. Differences between public and private sectors persisted, and recall, costs of care and socioeconomic factors steered choices between the sectors, sustaining inequity in access to care.Peer reviewe

Safety and biodistribution of a double-deleted oncolytic vaccinia virus encoding CD40 ligand in laboratory Beagles

Peer reviewe