In vitro emergence of rifampicin resistance in Propionibacterium acnes and molecular characterization of mutations in the rpoB gene

Objectives Activity of rifampicin against Propionibacterium acnes biofilms was recently demonstrated, but rifampicin resistance has not yet been described in this organism. We investigated the in vitro emergence of rifampicin resistance in P. acnes and characterized its molecular background. Methods P. acnes ATCC 11827 was used (MIC 0.007 mg/L). The mutation rate was determined by inoculation of 109 cfu of P. acnes on rifampicin-containing agar plates incubated anaerobically for 7 days. Progressive emergence of resistance was studied by serial exposure to increasing concentrations of rifampicin in 72 h cycles using a low (106 cfu/mL) and high (108 cfu/mL) inoculum. The stability of resistance was determined after three subcultures of rifampicin-resistant isolates on rifampicin-free agar. For resistant mutants, the whole rpoB gene was amplified, sequenced and compared with a P. acnes reference sequence (NC006085). Results P. acnes growth was observed on rifampicin-containing plates with mutation rates of 2 ± 1 cfu × 10−9 (4096× MIC) and 12 ± 5 cfu × 10−9 (4× MIC). High-level rifampicin resistance emerged progressively after 4 (high inoculum) and 13 (low inoculum) cycles. In rifampicin-resistant isolates, the MIC remained >32 mg/L after three subcultures. Mutations were detected in clusters I (amino acids 418-444) and II (amino acids 471-486) of the rpoB gene after sequence alignment with a Staphylococcus aureus reference sequence (CAA45512). The five following substitutions were found: His-437 → Tyr, Ser-442 → Leu, Leu-444 → Ser, Ile-483 → Valand Ser-485 → Leu. Conclusion The rifampicin MIC increased from highly susceptible to highly resistant values. The resistance remained stable and was associated with mutations in the rpoB gene. To our knowledge, this is the first report of the emergence of rifampicin resistance in P. acne

Cutibacterium acnes (Propionibacterium acnes) and acne vulgaris: a brief look at the latest updates

While the commensal bacterium Propionibacterium acnes (P. acnes) is involved in the maintenance of a healthy skin, it can also act as an opportunistic pathogen in acne vulgaris. The latest findings on P. acnes shed light on the critical role of a tight equilibrium between members of its phylotypes and within the skin microbiota in the development of this skin disease. Indeed, contrary to what was previously thought, proliferation of P. acnes is not the trigger of acne as patients with acne do not harbour more P. acnes in follicles than normal individuals. Instead, the loss of the skin microbial diversity together with the activation of the innate immunity might lead to this chronic inflammatory condition. This review provides results of the most recent biochemical and genomic investigations that led to the new taxonomic classification of P. acnes renamed Cutibacterium acnes (C. acnes), and to the better characterisation of its phylogenetic cluster groups. Moreover, the latest data on the role of C. acnes and its different phylotypes in acne are presented, providing an overview of the factors that could participate in the virulence and in the antimicrobial resistance of acne-associated strains. Overall, this emerging key information offers new perspectives in the treatment of acne, with future innovative strategies focusing on C. acnes biofilms and/or on its acne-associated phylotypes

Épidémiologie et caractérisation moléculaire des souches de Klebsiella oxytoca isolées en 2006-2007 au CHU de Nantes

La b-lactamase chromosomique OXY est synthétisée à bas niveau par K. oxytoca et confère une résistance aux aminopénicillines et carboxypénicillines. Certaines souches de K. oxytoca sont résistantes ou de sensibilité diminuée à l association amoxicilline-acide clavulanique +- à l aztréonam +- aux céphalosporines de 3ème génération. Des mutations du promoteur du gène de la b-lactamase blaOXY ont été impliquées dans cette augmentation du niveau de résistance, en provoquant une hyperproduction de la b-lactamase OXY. Nous avons constitué un panel de 45 souches de K. oxytoca de sensibilité diminuée à l association amoxicilline-acide clavulanique isolées au CHU de Nantes en 2006 et 2007. Les caractéristiques bactériologiques et génétiques de ces souches suspectées d'être hyperproductrices de OXY ont été étudiées. Nous avons observé que la résistance de K. oxytoca aux céphalosporines à large spectre, notamment à la ceftazidime, a continué à progresser ces dernières années. Par ailleurs, l'étude du promoteur du gène blaOXY a confirmé la présence de mutations dans le promoteur du gène blaOXY chez toutes les souches étudiées. Aucun nouveau mécanisme moléculaire de résistance n a été détecté dans le promoteur. De plus, la b-lactamase OXY a montré une plasticité génétique importante. Certaines mutations peptidiques dont la substitution Ala237Ser ont semblé élargir le spectre d'hydrolyse de OXY. Le sous-groupe OXY-2-7 constituait le groupe génétique le plus représenté (56 % des isolats), avec le niveau de résistance le plus élevé aux b-lactamines et une mutation constante (G->T) au niveau de la 1ère base de la boîte -10 du promoteur. Enfin, le typage moléculaire des souches de sous-groupe OXY-2-7 par ERIC 2-PCR et électrophorèse en champs pulsés a permis de détecter deux clones, témoignant d'un probable potentiel épidémique de K. oxytoca.The chromosomal b-lactamase of K. oxytoca is synthesized at a low level and confers resistance to amino- and carboxypenicillins. Some strains of K. oxytoca show resistance or reduced-susceptibility to amoxicillin-clavulanate, aztreonam or cephalosporins. Mutations in the promoter of the b-lactamase gene has been shown to be behind this increased resistance, causing overproduction of the b-lactamase OXY. In this study, forty-five K. oxytoca strains resistant to amoxicillin-clavulanate were isolated in Nantes Hospital in 2006 and 2007, for which the b-lactam susceptibility and molecular characterization were determined. Our study confirmes that mutations were present in the promoters of all resistant strains, and that no new molecular mechanisms of resistance were found in the promoters. The genetic variability of the b-lactamase was significant. Some mutations, like Ala237Ser, seem to extend the hydrolysis spectrum of OXY b-lactamases. The most important group in terms of frequency (56%) and level of resistance was OXY-2-7. All OXY-2-7 had the same mutation in the box -10 of the promoter (GATAGT). This study also demonstrates that the majority of strains harbouring the OXY-2-7 b-lactamase belonged to two clones, illustrating the epidemic potential of K. oxytoca.NANTES-BU Médecine pharmacie (441092101) / SudocSudocFranceF

Comparaison du typage moléculaire par M.L.V.A. et M.L.S.T. d'une collection de 70 isolats de E. coli au C.H.U. de Nantes

Le M.L.V.A. est une nouvelle technique de typage moléculaire innovante basée sur l analyse de plusieurs loci présentant des séquences répétées. Le but de cette étude était de développer une approche de typage par M.L.V.A. sur une cohorte de souches de E. coli préalablement caractérisées par M.L.S.T. Soixante-neuf souches d'origine humaine ou animale et un témoin ont été analysés. La technique développée par Lindsted et al. a été adaptée. Une typicité de 100 % et un polymorphisme des loci (index de diversité : de 0,03 à 0,91) étaient mis en évidence. Trente-cinq profils M.L.V.A. ont été retrouvés et 54 % des souches présentaient un profil qui ne variait que pour l'allèle 14. Les souches exprimant un mécanisme de résistance chromosomique (ST23, ST155) présentaient une homologie des profils où seul l allèle 14 variait. A l'inverse, les souches sauvages ou possédant un mécanisme de résistance plasmidique (BLSE ou AmpC plasmidique) présentaient des profils plus hétérogènes tant en M.L.V.A. qu'en M.L.S.T. Cette technique simple et rapide semble être plus discriminante que le M.L.S.T., pour des souches de même ST présentant des profils M.L.V.A. différents. Des études complémentaires devraient comparer ces performances à celles de l'E.C.P. lors d'épidémies ou pour analyser la circulation de certaines souches.NANTES-BU Médecine pharmacie (441092101) / SudocSudocFranceF

Etude de la résistance plasmidique aux fluoroquinolones chez des entérobactéries productrices de béta-lactamases à spectre étendu

ANGERS-BU Médecine-Pharmacie (490072105) / SudocSudocFranceF

Sensibilité diminuée de Escherichia coli aux céphalosporines de 3ème génération (étude génétique et corrélation avec l'utilisation des b-lactamines en thérapeutique)

La présence de certaines mutations au niveau du promoteur situé en amont du gène ampC entraîne une hyperexpression de la céphalosporinase chromosomique AmpC, induisant un haut niveau de résistance vis-à-vis de nombreuses b-lactamines, incluant les céphalosporines de 3ème génération. Nous avons étudié comparativement un panel de 100 souches de E. coli sensibles à toutes les b-lactamines avec 55 isolats cliniques de E. coli hyperproducteurs de la céphalosporinase AmpC, de façon à déterminer le groupe phylogénétique de ces souches, comparer le polymorphisme génétique de la région promotrice du gène ampC, et à détecter chez les souches résistantes, la présence ou l absence de cinq facteurs de virulence représentatifs de la pathogénicité de E. coli. Les souches hyperproductrices de céphalosporinase AmpC appartenaient beaucoup plus fréquemment au groupe phylogénétique A que les souches sensibles et présentaient une trame génétique caractéristique avec un polymorphisme aux positions -88, -82, -18, -1 et +58, par rapport à la séquence de référence de E. coli K12. Par ailleurs, les souches sensibles présentant ce même polymorphisme appartenaient également au groupe phylogénétique A, et pourraient constituer un réservoir au sein de la flore digestive et être d'excellents candidats pour évoluer vers la résistance.NANTES-BU Médecine pharmacie (441092101) / SudocSudocFranceF

Épidémiologie et caractérisation moléculaire de souches cliniques de Klebsiella pneumoniae résistantes aux céphalosporines de 3ème génération, hors BLSE, isolées entre 2007 et 2009, au C.H.U. de Nantes

Depuis 2007, nous constatons au C.H.U. de Nantes, une recrudescence de souches de K. pneumoniae, résistantes aux céphalosporines de 3ème génération, hors BLSE. L'objectif de notre étude était de caractériser, sur un plan moléculaire et sur un plan épidémiologique, le mécanisme de résistance aux b-lactamines impliqué chez 15 souches isolées entre 2007 et 2009. Pour la 1ère fois, à Nantes, nous avons mis en évidence, l'émergence de souches de K. pneumoniae productrices d une céphalosporinase plasmidique de type DHA-1 : sept souches ont été détectées positives (prévalence 0,47 %). Parmi les souches sélectionnées, une seule souche (contrôle qualité) produisait une enzyme de type CMY-2. Enfin, une mutation au sein du promoteur de la b-lactamase chromosomique SHV-1, à l'origine d une hyperproduction de l enzyme, a été rapportée chez deux souches, associée à un déficit en porine OmpK35 et/ou OmpK36. Par ailleurs, l'étude des gènes de résistance associés et l'analyse épidémiologique clinique et moléculaire a permis de mettre en évidence la diffusion, d une part, d une souche de K. pneumoniae hébergeant un plasmide support de blaDHA-1, qnrB4 et aac(6 )-Ib-cr et, d'autre part, la dissémination de ce même plasmide au sein de souches de K. pneumoniae possédant un fond génétique différent.NANTES-BU Médecine pharmacie (441092101) / SudocSudocFranceF

Caractérisation de souches de Staphylococcus caprae isolées d'infections ostéo-articulaires chez l'Homme et comparaison à des souches isolées de mastites chez la chèvre

POITIERS-BU Médecine pharmacie (861942103) / SudocSudocFranceF

Novel Tn916-like elements confer aminoglycoside/macrolide co-resistance in clinical isolates of Streptococcus gallolyticus ssp. gallolyticus

International audienceBackground:Streptococcus gallolyticus ssp. gallolyticus (Sgg) is a commensal bacterium and an opportunistic pathogen. In humans it has been clinically associated with the incidence of colorectal cancer (CRC) and epidemiologically recognized as an emerging cause of infective endocarditis (IE). The standard therapy of Sgg includes the administration of a penicillin in combination with an aminoglycoside. Even though penicillin-resistant isolates have still not been reported, epidemiological studies have shown that this microbe is a reservoir of multiple acquired genes, conferring resistance to tetracyclines, aminoglycosides, macrolides and glycopeptides. However, the underlying antibiotic resistance mobilome of Sgg remains poorly understood.Objectives:To investigate the mobile genetic basis of antibiotic resistance in multiresistant clinical Sgg.Methods:Isolate NTS31106099 was recovered from a patient with IE and CRC at Nantes University Hospital, France and studied by Illumina WGS and comparative genomics. Molecular epidemiology of the identified mobile element(s) was performed using antibiotic susceptibility testing (AST), PCR, PFGE and WGS. Mobility was investigated by PCR and filter mating.Results:Two novel conjugative transposons, Tn6263 and Tn6331, confer aminoglycoside/macrolide co-resistance in clinical Sgg. They display classical family Tn916/Tn1545 modular architecture and harbour an aph(3')-III→sat4→ant(6)-Ia→erm(B) multiresistance gene cluster, related to pRE25 of Enterococcus faecium. These and/or closely related elements are highly prevalent among genetically heterogeneous clinical isolates of Sgg.Conclusions:Previously unknown Tn916-like mobile genetic elements conferring aminoglycoside/macrolide co-resistance make Sgg, collectively with other gut Firmicutes such as enterococci and eubacteria, a potential laterally active reservoir of these antibiotic resistance determinants among the mammalian gastrointestinal microbiota