Introducing DInaMo: A Package for Calculating Protein Circular Dichroism Using Classical Electromagnetic Theory

The dipole interaction model is a classical electromagnetic theory for calculating circular dichroism (CD) resulting from the π-π* transitions of amides. The theoretical model, pioneered by J. Applequist, is assembled into a package, DInaMo, written in Fortran allowing for treatment of proteins. DInaMo reads Protein Data Bank formatted files of structures generated by molecular mechanics or reconstructed secondary structures. Crystal structures cannot be used directly with DInaMo; they either need to be rebuilt with idealized bond angles and lengths, or they need to be energy minimized to adjust bond lengths and bond angles because it is common for crystal structure geometries to have slightly short bond lengths, and DInaMo is sensitive to this. DInaMo reduces all the amide chromophores to points with anisotropic polarizability and all nonchromophoric aliphatic atoms including hydrogens to points with isotropic polarizability; all other atoms are ignored. By determining the interactions among the chromophoric and nonchromophoric parts of the molecule using empirically derived polarizabilities, the rotational and dipole strengths are determined leading to the calculation of CD. Furthermore, ignoring hydrogens bound to methyl groups is initially explored and proves to be a good approximation. Theoretical calculations on 24 proteins agree with experiment showing bands with similar morphology and maxima

Расчет и исследование пространственно-временных характеристик рубежей атаки астероидов орбитальными средствами

Развитие работ по борьбе с астероидной опасностью требует построения и исследования областей космического пространства, перемещаясь в которых космические аппараты-перехватчики могут воздействовать на астероиды. В предлагаемой статье такие области названы рубежами атаки, пространственно-временные характеристики которых зависят от параметров орбит астероидов, а также фазовых координат узловых точек. В указанных точках происходит пересечение траекторией движения астероидов и плоскостей орбит космических аппаратов-перехватчиков. В случае воздействия космических аппаратов-перехватчиков на астероиды в узловых точках особую значимость приобретает исследование пространственно-временных характеристик рубежей атаки с учетом ограничений на относительные скорости сближения астероидов и космических аппаратов-перехватчиков. Для этого предлагается построить и проанализировать соответствующие зоны обратной досягаемости. В состав разработанного комплекса моделей включена имитационная модель, с использованием которой генерируются случайные углы между проекциями векторов скоростей астероидов на плоскости орбит космических аппаратов-перехватчиков и текущими направлениями на годографы векторов их скоростей в узловых точках, а также аналитическая модель оценивания пространственно-временных характеристик рубежей атаки астероидов, задаваемых радиусами их наружных и внутренних границ и используемых для определенных значений соответствующих аргументов широт и времени прибытия космических аппаратов-перехватчиков в узловые точки. Апробация разработанных моделей и исследование соответствующих характеристик рубежей атаки проведена в ходе вычислительных экспериментов по двухцикловому моделированию величин углов между проекциями векторов скоростей астероидов на плоскости орбит космических аппаратов-перехватчиков и текущими направлениями на годографы векторов их скоростей в узловых точках. Полученные результаты позволили провести верификацию и валидацию разработанных моделей, на основе чего был сделан вывод о требуемой степени их адекватности. Также предложена процедура оценивания параметров рубежей атаки, зависящих как от значений аргументов широт космических аппаратов-перехватчиков, так и высот их полета над поверхностью Земли. При этом обоснован подход к оцениванию пространственно-временных характеристик рубежей атаки астероидов космическими аппаратами-перехватчиками для любых внутриплоскостных параметров их орбит

Anisotropy of DC Electric Field Influence on Acoustic Wave Propagation in Piezoelectric Plate

Anisotropy of dc electric field influence on the different types of acoustic waves in the piezoelectric plate has been investigated by means of computer simulation. Detail calculations have made for bismuth germanium oxide crystalsРассмотрена анизотропия влияния однородного электрического поля E на характеристики и условия распространения волн различных типов в пьезоэлектрической пластине германосилле- нита

Інтегрований навчально атестаційний комплекс (посібник для фахівців системи Пенсійного фонду України, автоматизовані інформаційно-довідкова та навчально-атестаційна системи на компакт-диску та Інтернет-портал)

Рекомендовано Міністерством освіти і науки України як навчальний посібник для студентів вищих навчальних закладів, які навчаються за освітньо-професійною програмою спеціаліста, магістра з напряму «Економіка і підприємство» від 24.11.04 « 14/18.2-2489У посібнику висвітлено суспільну природу пенсійного страхування, дано загальну характеристику, описано правові основи та соціально-економічні засади загальнообов’язкового державного пенсійного страхування. В особливій частині посібника вміщено докладну характеристику солідарної пенсійної системи та обов’язкової накопичувальної пенсійної системи, зокрема: учасники, їхні функції, права та обов’язки; страхові внески; види виплат; порядок і терміни обчислення та сплати страхових внесків; тарифи тощо. Посібник є частиною інтегрованого навчально-атестаційного комплексу, який складається з трьох взаємопов’язаних частин: 1) Посібник (у двох томах) для фахівців усіх рівнів системи Пенсійного фонду України, студентів і наукових працівників, які займаються питаннями діяльності Пенсійного фонду України. 2) Автоматизована система навчання (АСН), створена на основі найсучасніших методів навчання (озвучені фільми-лекції, практичні завдання, тренінги, тести, контрольні роботи, іспити). Поставляється на компакт-диску у комплекті з посібником. 3) Інтернет - портал (www.dbu.com.ua), на якому накопичуються новини, інформація про електронні посібники та дистанційні системи навчання і який дає можливість обмінюватися досвідом, підтримує і реалізує режим оновлення програмних компонентів та інформаційних блоків в автоматизованих системах навчання.В пособии освещена общественная природа пенсионного страхования, дана общая характеристика, описаны правовые основы и социально-экономические основы обязательного государственного пенсионного страхования. В основной части пособия помещены подробная характеристика солидарной пенсионной системы и описание обязательной накопительной пенсионной системы. В пособии описаны: участники, их функции, права и обязанности; страховые взносы; виды выплат; порядок, сроки исчисления и уплаты страховых взносов; тарифы. Пособие является частью интегрированного учебно-аттестационного комплекса, который состоит из трех взаимосвязанных частей: 1) Руководства для специалистов всех уровней системы Пенсионного фонда Украины, студентов и научных работников, занимающихся вопросами деятельности Пенсионного фонда Украины. 2) Автоматизированной системы обучения (АСО), созданной на основе самых современных методов обучения (озвученные фильмы-лекции, практические задания, тренинги, тесты, контрольные работы, экзамены). Поставляется на компакт-диске в комплекте с руководством. 3) Интернет - портал, на котором накапливаются новости и информация об электронных пособиях и дистанционных системах обучения, Интернет - портал дает возможность обмениваться опытом, поддерживает и реализует режим обновления программных компонентов и информационных блоков в автоматизированных системах обучения.The manual highlights the social nature of pension insurance, the general characteristic, described the legal framework and the socio-economic foundations of compulsory state pension insurance. In the main part of the book placed a detailed description of the solidarity of the pension system and a description of the mandatory funded pension system. The manual describes: the participants, their roles, rights and responsibilities; insurance premiums; types of payments; procedure, terms of calculation and payment of insurance premiums; rates. The manual is part of an integrated training and qualifying complex, which consists of three interrelated parts: 1) Guidelines for specialists at all levels of the Pension Fund of Ukraine, students and researchers involved in the activities of the Pension Fund of Ukraine. 2) Automated training system (ASO), established on the basis of the most modern training methods (voiced movies, lectures, practical exercises, trainings, tests, tests, exams). Available on the CD bundled with the leadership. 3) Internet - portal, which accumulate news and information about the benefits of electronic and distance learning systems, the Internet Portal - provides an opportunity to share experiences, supports and implements the update mode of software components and information units in the automated systems of education

Measurement of quarkonium production at forward rapidity in pp collisions at √s=7 TeV

The inclusive production cross sections at forward rapidity of J/ψ , ψ(2S) , Υ (1S) and Υ (2S) are measured in pp collisions at s√=7 TeV with the ALICE detector at the LHC. The analysis is based on a data sample corresponding to an integrated luminosity of 1.35 pb‾¹ . Quarkonia are reconstructed in the dimuon-decay channel and the signal yields are evaluated by fitting the μ+μ− invariant mass distributions. The differential production cross sections are measured as a function of the transverse momentum pT and rapidity y , over the ranges 0<pT<20 GeV/c for J/ψ , 0<pT<12 GeV/c for all other resonances and for \(2.5 . The measured cross sections integrated over pT and y , and assuming unpolarized quarkonia, are: σJ/ψ=6.69±0.04±0.63 μ b, σψ(2S)=1.13±0.07±0.19 μ b, σΥ(1S)=54.2±5.0±6.7 nb and σΥ(2S)=18.4±3.7±2.9 nb, where the first uncertainty is statistical and the second one is systematic. The results are compared to measurements performed by other LHC experiments and to theoretical models

The Behavior, onḂ0,11, of an Oscillatory Integral with Polynomial Phase Function

AbstractWe study the convolution oscillatory singular integral operatorTf=p.v.Ω∗f, with Ω(x)=eiq(x)K(x), whereqis a real-valued polynomial of a real variable, of degreed≥2, andKis a Calderón–Zygmund-type kernel. We prove that this operator extends to an operator that maps the Besov spaceḂ0,11into the Hardy-type spaceH10

Dehydroepiandrosterone sulfate mediates activation of transcription factors CREB and ATF-1 via a Gα11-coupled receptor in the spermatogenic cell line GC-2

AbstractDehydroepiandrosterone sulfate (DHEAS) is a circulating steroid produced in the adrenal cortex, brain, and gonads. Whereas a series of investigations attest to neuroprotective effects of the steroid in the brain, surprisingly little is known about the physiological effects of DHEAS on cells of the reproductive system. Here we demonstrate that DHEAS acting on the spermatogenic cell line GC-2 induces a time- and concentration-dependent phosphorylation of c-Src and Erk1/2 and activates the transcription factors activating transforming factor-1 (ATF-1) and cyclic AMP-responsive element binding protein (CREB). These actions are consistent with the non-classical signaling pathway of testosterone and suggest that DHEAS is a pro-androgen that is converted into testosterone in order to exert its biological activity. The fact, however, that steroid sulfatase mRNA was not detected in the GC-2 cells and the clear demonstration of DHEAS-induced activation of Erk1/2, ATF-1 and CREB after silencing the androgen receptor by small interfering RNA (siRNA) clearly contradict this assumption and make it appear unlikely that DHEAS has to be converted in the cytosol into a different steroid in order to activate the kinases and transcription factors mentioned. Instead, it is likely that the DHEAS-induced signaling is mediated through the interaction of the steroid with a membrane-bound G-protein-coupled receptor, since silencing of Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11 (Gnα11) leads to the abolition of the DHEAS-induced stimulation of Erk1/2, ATF-1, and CREB. The investigation presented here shows a hormone-like activity of DHEAS on a spermatogenic cell line. Since DHEAS is produced in male and female reproductive organs, these findings could help to define new roles for DHEAS in the physiology of reproduction

Transverse momentum dependence of inclusive primary charged-particle production in p–Pb collisions at √sNN=5.02 TeV

The transverse momentum ( pT ) distribution of primary charged particles is measured at midrapidity in minimum-bias p–Pb collisions at sNN−−−√=5.02 TeV with the ALICE detector at the LHC in the range \(0.15 GeV/ c . The spectra are compared to the expectation based on binary collision scaling of particle production in pp collisions, leading to a nuclear modification factor consistent with unity for pT larger than 2 GeV/ c , with a weak indication of a Cronin-like enhancement for pT around 4 GeV/c . The measurement is compared to theoretical calculations and to data in Pb–Pb collisions at sNN−−−√=2.76 TeV

Multiplicity dependence of the average transverse momentum in pp, p-Pb, and Pb-Pb collisions at the LHC

The average transverse momentum versus the charged-particle multiplicity $N_{ch}$ was measured in p-Pb collisions at a collision energy per nucleon-nucleon pair $\sqrt{s_{NN}}$ = 5.02 TeV and in pp collisions at collision energies of $\sqrt{s}$ = 0.9, 2.76, and 7 Tev in the kinematic range 0.15 with $N_{ch}$ is observed, which is much stronger than that measured in Pb-Pb collisions. For pp collisions, this could be attributed, within a model of hadronizing strings, to multiple-parton interactions and to a final-state color reconnection mechanism. The data in p-Pb and Pb-Pb collisions cannot be described by an incoherent superposition of nucleon-nucleon collisions and pose a challenge to most of the event generators.publishedVersio

Charmonium and e+e−e^+e^- pair photoproduction at mid-rapidity in ultra-peripheral Pb-Pb collisions at sNN\sqrt{s_{NN}} = 2.76 TeV

The ALICE Collaboration at the LHC has measured the $J/\psi$ and $\psi$' photoproduction at mid-rapidity in ultra-peripheral Pb-Pb collisions at $\sqrt{s_{NN}}$ = 2.76 TeV. The charmonium is identified via its leptonic decay for events where the hadronic activity is required to be minimal. The analysis is based on an event sample corresponding to an integrated luminosity of about 23 ${\mu}b^{-1}$, The cross section for coherent and incoherent $J/\psi$ production in the rapidity interval -0.9 < y < 0.9, are $d\sigma_{J/\psi}^{coh}/dy = 2.38^{+0.34}_{-0.24}(sta+sys)$ mb and $d\sigma_{J/\psi}^{inc}/dy = 0.98^{+0.19}_{-0.17}(sta+sys)$ mb, respectively. The results are compared to theoretical models for $J/\psi$ production and the coherent cross section is found to be in good agreement with those models which include nuclear gluon shadowing consistent with EPS09 parametrization. In addition the cross section for the process $\gamma\gamma \to e^+e^-$ has been measured and found to be in agreement with the STARLIGHT Monte Carlo predictions.publishedVersio