The ProDom database of protein domain families: more emphasis on 3D

ProDom is a comprehensive database of protein domain families generated from the global comparison of all available protein sequences. Recent improvements include the use of three-dimensional (3D) information from the SCOP database; a completely redesigned web interface (http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html); visualization of ProDom domains on 3D structures; coupling of ProDom analysis with the Geno3D homology modelling server; Bayesian inference of evolutionary scenarios for ProDom families. In addition, we have developed ProDom-SG, a ProDom-based server dedicated to the selection of candidate proteins for structural genomics

Narcisse: a mirror view of conserved syntenies

New methods and tools are needed to exploit the unprecedented source of information made available by the completed and ongoing whole genome sequencing projects. The Narcisse database is dedicated to the study of genome conservation, from sequence similarities to conserved chromosomal segments or conserved syntenies, for a large number of animals, plants and bacterial completely sequenced genomes. The query interface, a comparative genome browser, enables to navigate between genome dotplots, comparative maps and sequence alignments. The Narcisse database can be accessed at http://narcisse.toulouse.inra.fr

Analysis of trailing-edge tonal noise generation for a NACA 0012 airfoil by using beamforming and time-resolved particle image velocimetry techniques

Cette étude expérimentale s'intéresse au bruit tonal de bord de fuite sur un profil NACA 0012, et en particulier aux effets de l'inhomogénéité en envergure de l'écoulement sur les sources de bruit. L'originalité de l'approche consiste dans la mesure simultanée du bruit rayonné par antennerie acoustique et des champs de vitesse dans le sillage par Vélocimétrie par Images de Particules (PIV) résolue en temps (fréquence de 20 kHz afin de résoudre les échelles de temps acoustiques).Une expérience préliminaire retrouve, comme dans la bibliographie, des résultats de PIV altérés pour des fréquences inférieures à la limite de Shannon, et permet d'identifier l'allure des distorsions liées à cette erreur. La précision de la synchronisation entre le signal focalisé par formation de voies temporelle et les champs de vitesse est ensuite évaluée, et est de l'ordre du centième de milliseconde.La mesure acoustique révèle un bruit tonal (constitué d'un ou plusieurs pics fréquentiels) pour des conditions d'écoulement en accord avec la littérature. La formation de voies permet alors d'identifier des zones sources le long de l'envergure, distinctes pour chaque fréquence. Cela constitue un apport intéressant car les modèles théoriques utilisés pour décrire la formation de bruit tonal au bord de fuite sont bidimensionnels.L'analyse fréquentielle des champs de vitesse dans un plan parallèle au profil d'aile indique un détachement tourbillonnaire variable en fonction de la position en envergure, avec les mêmes fréquences dans les mêmes zones que les sources de bruit identifiées. Il est aussi montré que les zones sources de bruit sont celles où la cohérence transverse du détachement tourbillonnaire présente un maximum. Une mesure dans le plan perpendiculaire à l'aile permet le suivi temporel des tourbillons détachés au bord de fuite, et une comparaison entre le signal de vorticité et le signal acoustique focalisé sur la zone de mesure aboutit à un taux de corrélation satisfaisant, de l'ordre de 60%.In this experimental study about the generation of trailing-edge tonal noise by a NACA 0012 airfoil, we evaluated the effects of flow inhomogeneity in the spanwise dimension on noise sources. In this original approach, the acoustic measurements performed with a microphonic array are used in conjunction with simultaneous time-resolved PIV measurements (20 kHz) in the wake of the wing.In a first part, a preliminary experiment is performed to test the limits of PIV measurements. As was discussed in the bibliography, the results are altered at frequencies lower than the Shannon limit, and the shape of these alterations is identified. Then, another experiment with a piloted micro-jet allows us to affirm that the precision of the synchronisation between the focused time-domain beamforming signal and the velocity field is around a hundredth of a millisecond. The acoustic measurements on the trailing-edge noise reveal tonal noise (with one or multiple frequency peaks), at flow conditions in accordance with literature. With the use of frequency-domain beamforming, multiple noise sources are localised along different positions on the trailing-edge, one for each peak on the far-field spectrum. This constitutes an interesting result, because theoretical models used for the description of tonal trailing-edge noise are bidimensional.Then, the frequential analysis of the velocity field obtained with PIV measurements in the plane of the wing show that the vortex shedding is also dependent on the position in the spanwise dimension. The same frequencies are observed as in the acoustic analysis, and on the same locations on the span. Moreover, the noise sources are shown to be superimposed with the locations of the maxima of the vortex shedding transverse coherence. Finally, a PIV measurement in a plane perpendicular to the wing allows for the assessment of the correlation factor (60%) between the vorticity signal and the focused time-domain beamforming signal

Étude du bruit tonal généré au bord de fuite d'un profil d'aile NACA 0012 par méthode de formation de voies et de l'écoulement associé par vélocimétrie par images de particules résolue en temps

In this experimental study about the generation of trailing-edge tonal noise by a NACA 0012 airfoil, we evaluated the effects of flow inhomogeneity in the spanwise dimension on noise sources. In this original approach, the acoustic measurements performed with a microphonic array are used in conjunction with simultaneous time-resolved PIV measurements (20 kHz) in the wake of the wing.In a first part, a preliminary experiment is performed to test the limits of PIV measurements. As was discussed in the bibliography, the results are altered at frequencies lower than the Shannon limit, and the shape of these alterations is identified. Then, another experiment with a piloted micro-jet allows us to affirm that the precision of the synchronisation between the focused time-domain beamforming signal and the velocity field is around a hundredth of a millisecond. The acoustic measurements on the trailing-edge noise reveal tonal noise (with one or multiple frequency peaks), at flow conditions in accordance with literature. With the use of frequency-domain beamforming, multiple noise sources are localised along different positions on the trailing-edge, one for each peak on the far-field spectrum. This constitutes an interesting result, because theoretical models used for the description of tonal trailing-edge noise are bidimensional.Then, the frequential analysis of the velocity field obtained with PIV measurements in the plane of the wing show that the vortex shedding is also dependent on the position in the spanwise dimension. The same frequencies are observed as in the acoustic analysis, and on the same locations on the span. Moreover, the noise sources are shown to be superimposed with the locations of the maxima of the vortex shedding transverse coherence. Finally, a PIV measurement in a plane perpendicular to the wing allows for the assessment of the correlation factor (60%) between the vorticity signal and the focused time-domain beamforming signal.Cette étude expérimentale s'intéresse au bruit tonal de bord de fuite sur un profil NACA 0012, et en particulier aux effets de l'inhomogénéité en envergure de l'écoulement sur les sources de bruit. L'originalité de l'approche consiste dans la mesure simultanée du bruit rayonné par antennerie acoustique et des champs de vitesse dans le sillage par Vélocimétrie par Images de Particules (PIV) résolue en temps (fréquence de 20 kHz afin de résoudre les échelles de temps acoustiques).Une expérience préliminaire retrouve, comme dans la bibliographie, des résultats de PIV altérés pour des fréquences inférieures à la limite de Shannon, et permet d'identifier l'allure des distorsions liées à cette erreur. La précision de la synchronisation entre le signal focalisé par formation de voies temporelle et les champs de vitesse est ensuite évaluée, et est de l'ordre du centième de milliseconde.La mesure acoustique révèle un bruit tonal (constitué d'un ou plusieurs pics fréquentiels) pour des conditions d'écoulement en accord avec la littérature. La formation de voies permet alors d'identifier des zones sources le long de l'envergure, distinctes pour chaque fréquence. Cela constitue un apport intéressant car les modèles théoriques utilisés pour décrire la formation de bruit tonal au bord de fuite sont bidimensionnels.L'analyse fréquentielle des champs de vitesse dans un plan parallèle au profil d'aile indique un détachement tourbillonnaire variable en fonction de la position en envergure, avec les mêmes fréquences dans les mêmes zones que les sources de bruit identifiées. Il est aussi montré que les zones sources de bruit sont celles où la cohérence transverse du détachement tourbillonnaire présente un maximum. Une mesure dans le plan perpendiculaire à l'aile permet le suivi temporel des tourbillons détachés au bord de fuite, et une comparaison entre le signal de vorticité et le signal acoustique focalisé sur la zone de mesure aboutit à un taux de corrélation satisfaisant, de l'ordre de 60%

BioMAJ : A workflow engine dedicated to biological bank management

Jobim 2007BioMAJ (BIOlogie Mises A Jour) is a workflow engine dedicated to biological bank management. The Software automates the update cycle and the supervision of the locally mirrored bank repository. This project is a collaborative effort between two French Research Institutes INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique) & INRA (Institut National de la Recherche Agronomique). Biological knowledge in a genomic or post-genomic context is mainly based on transitive bioinformatics analysis consisting in an iterative and periodic comparison of data newly produced against corpus of known information. In lab context, this approach needs accurate bioinformatics software, pipelines, interfaces and numerous heterogeneous biological banks, which are distributed around the world. An integration process that consist in mirroring and indexing those data is obviously an essential preliminary step which represents a major challenge and bottleneck in most bioinformatics projects; BioMAJ aims to resolve this problem, by proposing a flexible fully automated environment among the French genopole network, and/or any other network. Major Features: - Multiple Remote protocol ( ftp, http, rsync , local copy); - Powerful Exception Handling; - Data transfers integrity check; - Advanced workflow description (D.A.G) using Easy normalized syntax language; Post-process indexation for various bioinformatics software (blast, srs, fastacmd, readseq, etc ...); Easy integration of personal scripts for bank post-processing automation; History Graph generation for better bank repository analysis; Reporting facility: automatic Web report generation; Alert facility for the update cycle supervision

BioMAJ : A workflow engine dedicated to biological bank management

Jobim 2007BioMAJ (BIOlogie Mises A Jour) is a workflow engine dedicated to biological bank management. The Software automates the update cycle and the supervision of the locally mirrored bank repository. This project is a collaborative effort between two French Research Institutes INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique) & INRA (Institut National de la Recherche Agronomique). Biological knowledge in a genomic or post-genomic context is mainly based on transitive bioinformatics analysis consisting in an iterative and periodic comparison of data newly produced against corpus of known information. In lab context, this approach needs accurate bioinformatics software, pipelines, interfaces and numerous heterogeneous biological banks, which are distributed around the world. An integration process that consist in mirroring and indexing those data is obviously an essential preliminary step which represents a major challenge and bottleneck in most bioinformatics projects; BioMAJ aims to resolve this problem, by proposing a flexible fully automated environment among the French genopole network, and/or any other network. Major Features: - Multiple Remote protocol ( ftp, http, rsync , local copy); - Powerful Exception Handling; - Data transfers integrity check; - Advanced workflow description (D.A.G) using Easy normalized syntax language; Post-process indexation for various bioinformatics software (blast, srs, fastacmd, readseq, etc ...); Easy integration of personal scripts for bank post-processing automation; History Graph generation for better bank repository analysis; Reporting facility: automatic Web report generation; Alert facility for the update cycle supervision