Análisis genómico global en los Síndromes de Sobrecrecimiento: evaluación de la dosis genómica mediante el uso de microarrays personalizados y estudio de genes candidatos mediante el uso de secuenciación masiva de nueva generación

Tesis doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Medicina, Departamento de Bioquímica. Fecha de lectura: 13-01-201

Towards an Agent-supported Online Assembly: Prototyping a Collaborative Decision-Making Tool

The promise of online assemblies has been present for years already, and a diversity of tools have attempted to fulfill it. This work aims to reapproach the issue from a novel standpoint that relies on a federated architecture, a real-time collaborative environment, goal-oriented software agents and a consensus-based methodology. Consensuall is a prototype of consensual decision-making collaborative webtool that allows the elaboration, rating and commenting proposals in order to build consensus among a group. The webtool design follows the AgentOriented Software Engineering paradigm. Thus, it proposes the use of software agents as complementary automatic participants fulfilling specific roles, as a way to address decision-making common issues. The article presents Consensuall, a prototype of an agent-based collaborative decision-making webtool within the distributed real-time collaborative platform Apache Wave, providing a proof-of-concept of the adopted approach

The Challenges of Finding Peer Reviewers: Insights from our Product Design Research

Finding good peer reviewers is a difficult task. In Decentralized Science project we are designing and developing a tool to improve the quality, fairness and reliability of academic peer reviewing. Our approach relies in opening peer review, giving transparency to the peer reviewing process using decentralized technologies such as Blockchain. During our ongoing product design research we gained interesting insights about the peer reviewing selection process, and how editors currently deal with it. Our research methods are oriented towards the development of a software tool. We use Lean Design and Agile development principles, favoring fast iterative learning over the precision and completeness of more formal approaches. This contribution shares what we learned in the process about how editors deal with peer reviewer selection: from their needs and complains to their tricks, including some of their confessions. It also explains how we embraced this insights to improve our current prototype design

Decentralizing peer reviewing to increase transparency, quality and reliability

Fac. de InformáticaTRUEUnión Europea. Horizonte 2020pu

Intestinal microbiota modulation at the strain level by the olive oil polyphenols in the diet

Introduction: Previously we have reported a r16S gene next generation sequencing study on the effect of high fat diets in the intestinal microbiota using a murine model. However, many important microbial traits occur at strain level and, in order to detect these population changes, culture-dependent approaches need to be applied. With this goal, we decided to study a very well-known commensal genus, Enterococcus, and therefore, intestinal enterococci methodically isolated during the above-mentioned experiment were analyzed. Materials and methods: A collection of 75 distinct enterococcal strains isolated from feces of mice fed a standard diet or high-fat diets enriched with butter, refined olive oil, or extra virgin olive oil and after 0, 6 or 12 weeks of diet, were genetically and phenotypically characterized in search of virulence factors, biogenic amine production and antibiotic resistance. All strains were tested for the susceptibility in vitro to two virgin olive oil polyphenols, oleuropein (the bitter principle of olives) and hydroxytyrosol (derived from oleuropein by enzymatic hydrolysis and responsible for the high stability of olive oil). Results: No drastic polyphenol effect was found except at high concentrations. However, when carrying out a comparative statistical study in the 75 strains of the collection according to the different diets, we have detected significant differences between the strains isolated from mice fed with a diet enriched with virgin olive oil and the rest of the diets. EVOO strains also presented less resistance to antibiotics and a more beneficial profile overall. Discussion: These results support the prebiotic role of polyphenols, showing how they are able to modulate the set of strains that comprises a genus in the gut, allowing them to adapt to a changing environment in the host’s intestine and possibly exerting effects on its physiologyUniversity of Jaéngrant number PP2015/08/08 (to MM-C and IP)Junta de Andalucía, grant PI Excelencia_2010 AGR 6340 (to MM-C

Peer-to-Peer System Design Trade-Offs: A Framework Exploring the Balance between Blockchain and IPFS

The current state of the Web, which is dominated by centralized cloud services, raises several concerns on different aspects such as governance, privacy, surveillance, and security. A way to address these issues is to decentralize the platforms by adopting new distributed technologies, such as IPFS and Blockchain, which follow a full peer-to-peer model. This work proposes a set of guidelines to design decentralized systems, taking into consideration the different trade-offs these technologies face with regard to their consistency requirements. These guidelines are then illustrated with the design of a decentralized questions and answers system. This system serves to illustrate a framework to create decentralized services and applications, that uses IPFS and Blockchain technologies and incorporates the discussion and guidelines of the paper, providing solutions for data access, data provenance and data discovery. Thus, this work proposes a framework for the design of decentralized systems and contributes a set of guidelines to decide in which cases Blockchain technology may be required, or when other technologies, such as IPFS, are sufficient

Building Real-Time Collaborative Applications with a Federated Architecture

Real-time collaboration is being offered by multiple libraries and APIs (Google Drive Real-time API, Microsoft Real-Time Communications API, TogetherJS, ShareJS), rapidly becoming a mainstream option for webservices developers. However, they are offered as centralised services running in a single server, regardless if they are free/open source or proprietary software. After re-engineering Apache Wave (former Google Wave), we can now provide the first decentralised and federated free/open source alternative. The new API allows to develop new real-time collaborative web applications in both JavaScript and Java environments

Test-Case Generation for SQL Nested Queries with Existential Conditions

This paper presents a test-case generator for SQL queries.Starting with a set of related SQL views that can include existential subqueries in the conditions,the technique finds a database instance that can be used as a test-case for the target view.The proposal reduces the problem of generating the test-cases to a Constraint Satisfaction Problem using finite domain constraints. In particular, we present a new approach for existential conditions that makes possible to find test-cases for a wider set of queries. The soundness and correctness of the technique with respect to a simple operational semantics for SQL queries without aggregates is proven. The theoretical ideas have been implemented in an available prototype

Blind Deconvolution of Sparse Graph Signals in the Presence of Perturbations

Blind deconvolution over graphs involves using (observed) output graph signals to obtain both the inputs (sources) as well as the filter that drives (models) the graph diffusion process. This is an ill-posed problem that requires additional assumptions, such as the sources being sparse, to be solvable. This paper addresses the blind deconvolution problem in the presence of imperfect graph information, where the observed graph is a perturbed version of the (unknown) true graph. While not having perfect knowledge of the graph is arguably more the norm than the exception, the body of literature on this topic is relatively small. This is partly due to the fact that translating the uncertainty about the graph topology to standard graph signal processing tools (e.g. eigenvectors or polynomials of the graph) is a challenging endeavor. To address this limitation, we propose an optimization-based estimator that solves the blind identification in the vertex domain, aims at estimating the inverse of the generating filter, and accounts explicitly for additive graph perturbations. Preliminary numerical experiments showcase the effectiveness and potential of the proposed algorithm.Comment: Submitted to the 2024 IEEE International Conference on Acoustics, Speech, and Signal Processing (ICASSP 2024

Crisis económica del 2008 y Estado de bienestar. El caso de la provincia de Cádiz.

Contra todo pronóstico, en el que la preocupación de finales del siglo XX no era otro que el efecto 2000 (Saugar, 1999), el siglo XXI se presenta con una de la crisis económica más dura que ha vivido la humanidad y que puso en alerta a gobiernos de todo el mundo, el siglo XXI se está caracterizando por las sucesiones de diferentes crisis Tessore y Petrella (2020), comenzando con la crisis económica del 2008 y llegando hasta nuestros días con la crisis sanitaria de la COVID_19 o la crisis económica provocada por la guerra de Ucrania. Desde este trabajo y a través de su marco teórico se realiza un periplo por todos y cada uno de los efectos más perniciosos que produjo la crisis económica del 2008 en la población, donde se detallan las causas y significados de estas consecuencias al mismo tiempo que se indaga sobre los efectos y los cambios. También se estudia pobreza y salud, pero sobretodo se profundiza en el Estado de bienestar como garante de la calidad de vida de los ciudadanos, ciudadanos que adquieren identidad distinta ante la crisis económica del 2008 y el Estado de bienestar. Asimismo, se ha investigado sobre los ciudadanos, sus transformaciones, cambios, adaptaciones y resiliencia, además se ha explorado sobre nuevos movimientos sociales y sus grupos, todo ello en aras de estudiar la relación que existe entre crisis económica del 2008 y Estado de bienestar en un escenario concreto: la provincia de Cádiz. Con más de 7.000 km² y 1.200.000 habitantes, la provincia de Cádiz se sitúa al sur de la península Ibérica y en cuya demarcación geográfica se encuentra la colonia británica de Gibraltar, y a sólo 14 km de las costas africanas, lo que constituye por su emplazamiento, su devenir histórico y sus complejas relaciones con otros espacios y civilizaciones, una realidad cultural con identidad propia. La localización entre dos continentes, el africano y el europeo, y su ubicación estratégica entre el mar Mediterráneo y el océano Atlántico ha permitido a sus pobladores desarrollar una actividad comercial importante a lo largo de su historia, desarrollo que se ha ido trasladando a su población. Se puede decir que un conjunto de circunstancias naturales y culturales han configurado distintas identidades naturales y socio-culturales, su análisis geográfico nos ayudó a presentar un estudio con carácter de unidad y una estructura no rígida utilizando éste para entender y analizar la realidad global de la provincia de Cádiz. La utilización de una técnica híbrida de investigación a partir de entrevistas en profundidad, observaciones más el desarrollo de dos grupos focales (o grupos de discusión) junto con una etnografía reflexiva realizada por el investigador/entrevistador/mediador nos ha permitido desarrollar un proceso de triangulación al mismo tiempo que le hemos dado un empoderamiento a nuestra investigación. El enfoque y marco metodológico, el diseño del estudio, y el proceso de investigación se ha desarrollado explicando el propósito y la justificación donde hemos acreditado nuestro posicionamiento sobre la aplicación de la metodología cualitativa en el estudio. Para organizar y amparar el análisis cualitativo de los textos nos hemos apoyado en los programas informáticos MAXQDA y Microsoft Excel. También se ha descrito las características y los puntos más significativos que definen este tipo de metodología, se ha explicado el desarrollo de la muestra y la selección de participantes, en el que además, se justifica y describe la técnica de toma de datos y se explica el procedimiento para la realización y elaboración de guiones de entrevistas y registros de observación, a partir de la realización de un estudio piloto previo. Igualmente se ha desarrollado las cuestiones éticas y los protocolos de calidad utilizados en el desarrollo de la investigación. Además, se explica cuál ha sido el proceso del trabajo de campo, la recogida de datos y finalmente, se detalla la estrategia y el plan seguido para el análisis y la interpretación de los resultados, dichos resultados, obtenidos después de analizar las entrevistas propuestas, que trasladan las percepciones y opiniones de los y las participantes sobre las cuestiones planteadas en el estudio en relación a las crisis económicas y sanitarias y su efecto en el Estado de bienestar. Se realizan 1403 codificaciones a 21 entrevistas. Esta investigación tuvo como propósito conocer la relación entre la crisis económica del 2008 y el Estado de bienestar en la provincia de Cádiz. Así como identificar y describir aquellas experiencias que daban respuestas a las peguntas de investigación. Se discuten en detalle los principales hallazgos de este estudio en relación a aquellos aspectos convergentes y divergentes reportados en la revisión de la literatura, sencillamente se entrelazaron los datos y resultados que se encontraron en la investigación con los datos o información de la base teórica y los antecedentes. Así mismo, se han discutido posibles explicaciones relativas a los hallazgos de esta investigación. Por último, se refleja las conclusiones de la investigación, en él se recogen, de forma resumida, las claves que se han obtenido, así como las propuestas del propio investigador. En definitiva, la investigación ha cumplido con el objetivo con el que se realizó, pues muestra la relación existente entre la crisis económica del 2008 y el Estado de bienestar en la provincia de Cádiz, siendo su aportación un material de gran valor para el ámbito teórico y futuras investigaciones.Administración y Dirección de Empresa