Absence of Neu5Gc and Presence of Anti-Neu5Gc Antibodies in Humans-An Evolutionary Perspective.

The glycocalyx of human cells differs from that of many other mammals by the lack of the sialic acid N-glycolylneuraminic acid (Neu5Gc) and increased abundance of its precursor N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Most humans also have circulating antibodies specifically targeting the non-human sialic acid Neu5Gc. Recently, several additional mammalian species have been found to also lack Neu5Gc. In all cases, loss-of-function mutations in the gene encoding the sialic acid-modifying enzyme CMAH are responsible for the drastic change in these species. Unlike other glycan antigens, Neu5Gc apparently cannot be produced by microbes, raising the question about the origin of these antibodies in humans. Dietary exposure and presentation on bacteria coating themselves with Neu5Gc from the diet are distinct possibilities. However, the majority of the non-human species that lack Neu5Gc do not consume diets rich in Neu5Gc, making it unlikely that they will have been immunized against this sialic acid. A notable exception are mustelids (ferrets, martens and their relatives) known for preying on various small mammal species rich in Neu5Gc. No studies exist on levels of anti-Neu5Gc antibodies in non-human species. Evolutionary scenarios for the repeated, independent fixation of CMAH loss-of-function mutations at various time points in the past include strong selection by parasites, especially enveloped viruses, stochastic effects of genetic drift, and directional selection via female immunity to paternal Neu5Gc. Convergent evolution of losses of the vertebrate-specific self-glycan Neu5Gc are puzzling and may represent a prominent way in which glycans become agents of evolutionary change in their own right. Such change may include the reconfiguration of innate immune lectins that use self-sialic acids as recognition patterns

Host–pathogen coevolution in human tuberculosis

Tuberculosis (TB) is a disease of antiquity. Yet TB today still causes more adult deaths than any other single infectious disease. Recent studies show that contrary to the common view postulating an animal origin for TB, Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC), the causative agent of TB, emerged as a human pathogen in Africa and colonized the world accompanying the Out-of-Africa migrations of modern humans. More recently, evolutionarily ‘modern’ lineages of MTBC expanded as a consequence of the global human population increase, and spread throughout the world following waves of exploration, trade and conquest. While epidemiological data suggest that the different phylogenetic lineages of MTBC might have adapted to different human populations, overall, the phylogenetically ‘modern’ MTBC lineages are more successful in terms of their geographical spread compared with the ‘ancient’ lineages. Interestingly, the global success of ‘modern’ MTBC correlates with a hypo-inflammatory phenotype in macrophages, possibly reflecting higher virulence, and a shorter latency in humans. Finally, various human genetic variants have been associated with different MTBC lineages, suggesting an interaction between human genetic diversity and MTBC variation. In summary, the biology and the epidemiology of human TB have been shaped by the long-standing association between MTBC and its human host

Sur des problèmes d\u27asservissements stratigraphiques

On expose les difficultés d'ordre mathématique que posent des modèles récents de sédimentation-érosion de bassins élaborés par l'Institut Français du Pétrole et fondés sur la prise en compte de diverses contraintes d'unilatéralité. On présente quelques résultats partiels théoriques et des directions de recherche pour la résolution d'un problème inverse posé par l'étude stratigraphique d'une colonne monolithologique

Quelques objets surprenants en textile non tissé dans les réserves du musée Bénaki

Τα πλεγμένα αντικείμενα που εξετάζονται στην παρούσα μελέτη μαρτυρούν σημαντικά τεχνικά στάδια στην ιστορία του υφάσματος, τα οποία εμφανίστηκαν διαδοχικά αλλά και συνυπήρξαν. Στο πλαίσιο αυτό τα συγκεκριμένα έργα παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον από εθνολογική άποψη. Στα αντικείμενα με αρ. ευρ. 16113 και 16115 χρησιμοποιήθηκε κλωστή περιορισμένου μήκους που, περασμένη σε βελόνα τύπου ραπτικής, δημιούργησε διαπλοκή από θηλιές. Η παλαιότερη αυτή τεχνική πλεξίματος προέρχεται τόσο από τη ραπτική, όσο και από την ψαθοπλεκτική. Με πολλές διαφορές μεταξύ τους, τα δύο αυτά αντικείμενα αποτελούν χαρακτηριστικά δείγματα του είδους που ο R. d’Harcourt ονόμασε το 1934 «δίχτυ με βελόνα» (είναι πλεκτά με την αυστηρή έννοια του όρου. Εδώ χρησιμοποιήθηκε κλωστή “απεριόριστου” μήκους, δηλαδή που δεν είχε κοπεί από πριν, με την οποία ο τεχνίτης δημιούργησε με τα χέρια θηλιές σε δύο βελόνες τύπου πλεξίματος. Τα δείγματα του Μουσείου Μπενάκη είναι από τα παλαιότερα του είδους και βρέθηκαν στα ερείπια του μουσουλμανικού Καΐρου. Ωστόσο, δεν μας επιτρέπουν να θεωρήσουμε ότι το πλεκτό κατάγεται από την Αίγυπτο ή ότι σχετίζεται με κάποια πληθυσμιακή κοινότητα. Σχετικά με τη χρήση των τεσσάρων παραπάνω αντικειμένων, η λειτουργία του γαντιού με αρ. ευρ. 16113 είναι προφανής: το αντικείμενο χρησίμευε για την προστασία των χεριών στο κυνήγι, στην εργασία και από το κρύο. Αντίστοιχα δείγματα πλεκτικής έχουν βρεθεί ανάμεσα σε κάλτσες της κοπτικής Αιγύπτου (από τον 4ο αι.), αλλά και σε γάντια από περιοχές της Βόρειας Ευρώπης (9ος-10ος αι.). Η πυκνοϋφασμένη βαμβακερή ταινία με αρ. ευρ. 16115 θα μπορούσε να έχει διακοσμητική χρήση, ανήκοντας σε μαξιλάρι, κουρτίνα ή κεφαλόδεσμο. Παραπλήσια μοτίβα ψαροκόκκαλου (chevron) σε αντικείμενα που μοιάζει να έχουν την ίδια τεχνική έχουν εντοπιστεί σε απομακρυσμένες χρονικά και γεωγραφικά περιοχές (δαντέλες από την Ιρλανδία (19ος αι.), σκούφοι από το Κονγκό (20ός αι.). Η χρήση των σωληνοειδών πλεκτών με αρ. ευρ. 16114 και 16117 παραμένει άγνωστη. Οι ερμηνευτικές τους προσεγγίσεις ως πορτοφολιών ή παιδικών καλτσών δεν στηρίζονται σε επαρκή τεκμηρίωση. Παρόμοια δείγματα έχουν ανευρεθεί μόνο στην Αίγυπτο. Περίπου 40 αντικείμενα με τις χρωματικές επιλογές του πλεκτού αρ. ευρ. 16117 (μπλε και υπόλευκο) φυλάσσονται σε μουσεία της Αμερικής και της Ευρώπης, και τέσσερα στο Μουσείο Μπενάκη.No abstract

Multiple merger genealogies in outbreaks of Mycobacterium tuberculosis

The Kingman coalescent and its developments are often considered among the most important advances in population genetics of the last decades. Demographic inference based on coalescent theory has been used to reconstruct the population dynamics and evolutionary history of several species, including Mycobacterium tuberculosis (MTB), an important human pathogen causing tuberculosis. One key assumption of the Kingman coalescent is that the number of descendants of different individuals does not vary strongly, and violating this assumption could lead to severe biases caused by model misspecification. Individual lineages of MTB are expected to vary strongly in reproductive success because 1) MTB is potentially under constant selection due to the pressure of the host immune system and of antibiotic treatment, 2) MTB undergoes repeated population bottlenecks when it transmits from one host to the next, and 3) some hosts show much higher transmission rates compared to the average ("super-spreaders"). Here we used an Approximate Bayesian Computation approach to test whether multiple merger coalescents (MMC), a class of models that allow for large variation in reproductive success among lineages, are more appropriate models to study MTB populations. We considered eleven publicly available whole genome sequence data sets sampled from local MTB populations and outbreaks, and found that MMC had a better fit compared to the Kingman coalescent for ten of the eleven data sets. These results indicate that the null model for analyzing MTB outbreaks should be reassessed, and that past findings based on the Kingman coalescent need to be revisited