Uçan general ve şair-yazar oğlu

Taha Toros Arşivi, Dosya No: 78-Muhsin, Afife, Enis Batur. Not: Gazetenin "Kuşaklararası" köşesinde yayımlanmıştır.Unutma İstanbul projesi İstanbul Kalkınma Ajansı'nın 2016 yılı "Yenilikçi ve Yaratıcı İstanbul Mali Destek Programı" kapsamında desteklenmiştir. Proje No: TR10/16/YNY/010

Presence and expression of hydrogenase specific C-terminal endopeptidases in cyanobacteria

BACKGROUND: Hydrogenases catalyze the simplest of all chemical reactions: the reduction of protons to molecular hydrogen or vice versa. Cyanobacteria can express an uptake, a bidirectional or both NiFe-hydrogenases. Maturation of those depends on accessory proteins encoded by hyp-genes. The last maturation step involves the cleavage of a ca. 30 amino acid long peptide from the large subunit by a C-terminal endopeptidase. Until know, nothing is known about the maturation of cyanobacterial NiFe-hydrogenases. The availability of three complete cyanobacterial genome sequences from strains with either only the uptake (Nostoc punctiforme ATCC 29133/PCC 73102), only the bidirectional (Synechocystis PCC 6803) or both NiFe-hydrogenases (Anabaena PCC 7120) prompted us to mine these genomes for hydrogenase maturation related genes. In this communication we focus on the presence and the expression of the NiFe-hydrogenases and the corresponding C-terminal endopeptidases, in the three strains mentioned above. RESULTS: We identified genes encoding putative cyanobacterial hydrogenase specific C-terminal endopeptidases in all analyzed cyanobacterial genomes. The genes are not part of any known hydrogenase related gene cluster. The derived amino acid sequences show only low similarity (28–41%) to the well-analyzed hydrogenase specific C-terminal endopeptidase HybD from Escherichia coli, the crystal structure of which is known. However, computational secondary and tertiary structure modeling revealed the presence of conserved structural patterns around the highly conserved active site. Gene expression analysis shows that the endopeptidase encoding genes are expressed under both nitrogen-fixing and non-nitrogen-fixing conditions. CONCLUSION: Anabaena PCC 7120 possesses two NiFe-hydrogenases and two hydrogenase specific C-terminal endopeptidases but only one set of hyp-genes. Thus, in contrast to the Hyp-proteins, the C-terminal endopeptidases are the only known hydrogenase maturation factors that are specific. Therefore, in accordance with previous nomenclature, we propose the gene names hoxW and hupW for the bidirectional and uptake hydrogenase processing endopeptidases, respectively. Due to their constitutive expression we expect that, at least in cyanobacteria, the endopeptidases take over multiple functions

Ölümünün 30. yılında Ahmet Hamdi Tanpınar:Tanpınar için portre denemesi

Taha Toros Arşivi, Dosya No: 40-Ahmet Hamdi Tanpınarİstanbul Kalkınma Ajansı (TR10/14/YEN/0033) İstanbul Development Agency (TR10/14/YEN/0033

Genç futbolculara

Taha Toros Arşivi, Dosya Adı: Galatasaray. Not: Makale ekli dokümanın 12. sayfasında yer almaktadır.İstanbul Kalkınma Ajansı (TR10/14/YEN/0033) İstanbul Development Agency (TR10/14/YEN/0033

Koca Ragıp Paşa Library

Taha Toros Arşivi, Dosya No: 111-Kütüphanelerİstanbul Kalkınma Ajansı (TR10/14/YEN/0033) İstanbul Development Agency (TR10/14/YEN/0033

Küre çağına mektup:İnecek var

Taha Toros Arşivi, Dosya No: 78-Muhsin, Afife, Enis BaturUnutma İstanbul projesi İstanbul Kalkınma Ajansı'nın 2016 yılı "Yenilikçi ve Yaratıcı İstanbul Mali Destek Programı" kapsamında desteklenmiştir. Proje No: TR10/16/YNY/010

Sarkis'e mektup

Taha Toros Arşivi, Dosya No: 454-Sarkisİstanbul Kalkınma Ajansı (TR10/14/YEN/0033) İstanbul Development Agency (TR10/14/YEN/0033

Şeniz'in küçük lokantasında annem ve arkadaşlarıyla bir öğle buluşması

Taha Toros Arşivi, Dosya No: 112-Lokantalarİstanbul Kalkınma Ajansı (TR10/14/YEN/0033) İstanbul Development Agency (TR10/14/YEN/0033

Anadolu destanı

Taha Toros Arşivi, Dosya No: 185, 186) Eyuboğlu, Orhan-Cemal-Osman Zeki-Bedri Rahmi-Mualla-SabahattinUnutma İstanbul projesi İstanbul Kalkınma Ajansı'nın 2016 yılı "Yenilikçi ve Yaratıcı İstanbul Mali Destek Programı" kapsamında desteklenmiştir. Proje No: TR10/16/YNY/010

Mustafa Kemal Ağaoğlu

Taha Toros Arşivi, Dosya No: 56-Ahmet-Samet-Süreyya-Tektaş-Mustafa Kemal Ağaoğlu. Not: Gazetenin "Köşebent" köşesinde yayımlanmıştır.Unutma İstanbul projesi İstanbul Kalkınma Ajansı'nın 2016 yılı "Yenilikçi ve Yaratıcı İstanbul Mali Destek Programı" kapsamında desteklenmiştir. Proje No: TR10/16/YNY/010