Chapter 6: The Compact Dynamic Bus Station

AbstractThis document is one of the parts of the electronic version of the PhD thesis by S.F.M. van Vlijmen [8]. The goal of the PhD project was to get a better understanding of the problems with the integration of formal specification technique in the day to day software practice. The approach followed was to execute a number of projects in cooperation with industry on realistic cases.In this document is reported on the design of an innovative system for the control of bus stations. The innovative aspect is that buses do not have a fixed platform at the station, the platform is dynamically assigned and communicated to the driver upon entering the station. It was tried to specify data and processes in an algebraic style. During the project it turned out that formal specification in this style did not work to our advantage

QQ-SNV: single nucleotide variant detection at low frequency by comparing the quality quantiles

Background: Next generation sequencing enables studying heterogeneous populations of viral infections. When the sequencing is done at high coverage depth ("deep sequencing"), low frequency variants can be detected. Here we present QQ-SNV (http://sourceforge.net/projects/qqsnv), a logistic regression classifier model developed for the Illumina sequencing platforms that uses the quantiles of the quality scores, to distinguish true single nucleotide variants from sequencing errors based on the estimated SNV probability. To train the model, we created a dataset of an in silico mixture of five HIV-1 plasmids. Testing of our method in comparison to the existing methods LoFreq, ShoRAH, and V-Phaser 2 was performed on two HIV and four HCV plasmid mixture datasets and one influenza H1N1 clinical dataset. Results: For default application of QQ-SNV, variants were called using a SNV probability cutoff of 0.5 (QQ-SNVD). To improve the sensitivity we used a SNV probability cutoff of 0.0001 (QQ-SNVHS). To also increase specificity, SNVs called were overruled when their frequency was below the 80th percentile calculated on the distribution of error frequencies (QQ-SNVHS-P80). When comparing QQ-SNV versus the other methods on the plasmid mixture test sets, QQ-SNVD performed similarly to the existing approaches. QQ-SNVHS was more sensitive on all test sets but with more false positives. QQ-SNVHS-P80 was found to be the most accurate method over all test sets by balancing sensitivity and specificity. When applied to a paired-end HCV sequencing study, with lowest spiked-in true frequency of 0.5 %, QQ-SNVHS-P80 revealed a sensitivity of 100 % (vs. 40-60 % for the existing methods) and a specificity of 100 % (vs. 98.0-99.7 % for the existing methods). In addition, QQ-SNV required the least overall computation time to process the test sets. Finally, when testing on a clinical sample, four putative true variants with frequency below 0.5 % were consistently detected by QQ-SNVHS-P80 from different generations of Illumina sequencers. Conclusions: We developed and successfully evaluated a novel method, called QQ-SNV, for highly efficient single nucleotide variant calling on Illumina deep sequencing virology data

Business Mereology: Imaginative Definitions of Insourcing and Outsourcing Transformations

Outsourcing, the passing on of tasks by organizations to other organizations, often including the personnel and means to perform these tasks, has become an important IT-business strategy over the past decades. We investigate imaginative definitions for outsourcing relations and outsourcing transformations. Abstract models of an extreme and unrealistic simplicity are considered in order to investigate possible definitions of outsourcing. Rather than covering all relevant practical cases an imaginative definition of a concept provides obvious cases of its instantiation from which more refined or liberal definitions may be derived. A definition of outsourcing induces to a complementary definition of insourcing. Outsourcing and insourcing have more complex variations in which multiple parties are involved. All of these terms both refer to state transformations and to state descriptions pertaining to the state obtained after such transformations. We make an attempt to disambiguate the terminology in that respect and we make an attempt to characterize the general concept of sourcing which captures some representative cases. Because mereology is the most general theory of parthood relations we coin business mereology as the general theory in business studies which concerns the full variety of sourcing relations and transformations

Fysica en Filatelie

Algorithm

The pill and thrombosis

Bij pilgebruik wordt het tromboserisico vooral bepaald door de aanwezigheid van additionele risicofactoren Het gebruik van orale gecombineerde anticonceptiva, beter bekend als de ‘Pil’, is geassocieerd met trombose. Het betreft gelukkig een zeldzame bijwerking. Het risico op trombose kan echter toenemen wanneer naast pilgebruik ook sprake is van andere risicofactoren op trombose, zoals een erfelijke stollingsafwijking of een positieve familie anamnese. Dit is de belangrijkste conclusie van dit proefschrift. Van Vlijmen onderzocht de bijdrage van additionele risicofactoren voor het optreden van trombose tijdens pilgebruik. Bij vrouwen met een ernstige erfelijke stollingsafwijking (tekort aan antitrombine, proteïne C, of proteïne S) blijkt dat het tromboserisico tijdens pilgebruik sterk toeneemt. Pilgebruik wordt daarom afgeraden. Ook bij vrouwen met een milde erfelijke stollingsafwijking (factor-V-Leiden of protrombine-G20210A mutatie) neemt het risico toe tijdens pilgebruik, maar de toename is veel groter tijdens een zwangerschap. Daarom wordt geadviseerd om in plaats van pilgebruik strikt te verbieden, deze vrouwen te informeren over alle anticonceptiemethoden, inclusief de ‘Pil’, waarbij het tromboserisico en betrouwbaarheid van de anticonceptiemethoden en eventueel aanwezige andere risicofactoren worden besproken. Op basis hiervan kunnen zij de meest geschikte anticonceptiemethode kiezen. Daarnaast is een positieve familieanamnese afkomstig van een moeder of zus met trombose tijdens pilgebruik of zwangerschap mogelijk ook een extra risico waar men rekening mee moet houden. Vooraf voorspellen wie een trombose tijdens pilgebruik zal ontwikkelen blijft echter lastig; een cohort van vrouwen met pilgerelateerde trombose liet zien dat het merendeel naast pilgebruik ook andere risicofactoren had, met name erfelijke stollingsafwijkingen (34%), positieve familieanamnese (31%) en obesitas (24%). De kans op een recidief bij deze vrouwen was laag wanneer verder pilgebruik werd gestopt en tromboprofylaxe werd gegeven tijdens de zwangerschap. Lies van Vlijmen studeerde Geneeskunde aan de Universiteit van Groningen. Zij verrichtte haar promotieonderzoek bij de afdeling Hematologie, sectie Hemostase en Trombose, van het Universitair Medisch Centrum Groningen. Een deel van de initiële onderzoeken, die gezamenlijk werden uitgevoerd met het AMC en MUMC+, werd medegefinancierd met een bijdrage van de Nederlandse Organisatie voor Gezondheidsonderzoek en ontwikkeling (ZonMw no. 28-2783) en de Nederlandse Hartstichting (nr. 99.187). Naast dit onderzoekstraject werkt Van Vlijmen als senior klinisch beoordelaar gynaecologische geneesmiddelen bij het College ter beoordeling van geneesmiddelen (CBG) en het Europese Medische Agentschap (EMA)