A protocol for large scale genomic DNA isolation for cacao genetics analysis

Advances in DNA technology, such as marker assisted selection, detection of quantitative trait loci and genomic selection also require the isolation of DNA from a large number of samples and the preservation of tissue samples for future use in cacao genome studies. The present study proposes a method for the preservation of sample tissues for DNA extraction and for manual extraction of large number of samples using spheres. The integrity and concentration of the DNA by these methods were assessed and compared with conventional method using mortar. The best parameters in order to obtain a fine powder using spheres was the use of 4 lyophilized leaf disks (50 mg), a single steel ball of 6 mm in diameter, followed by 30 s of manual maceration. The quantity of DNA obtained was four times higher than the conventional method. The purity of the DNA obtained was satisfactory and proved to be amplifiable by PCR using SSR primers. The present approach is a reliable, rapid, simple and consistent DNA isolation method for cacao, compared to the conventional methods. The protocol greatly increases the efficiency of extraction and suggests an inexpensive and practical way of DNA isolation of cacao for large scale.Keywords: DNA extraction, cacao, spheres, lyophilized

Diagnóstico Citogenético em Líquidos Amnióticos Realizado entre 2000-2011 no Centro de Genética Médica Jacinto Magalhães, INSA, IP

Introdução: O diagnóstico pré-natal citogenético efetuado em líquido amniótico é um método seguro e fiável para deteção de anomalias cromossómicas fetais, sendo habitualmente realizado a partir das 15 semanas de gestação. Obtêm-se resultados, em média, após 8-10 dias de cultura dos amniócitos. Objectivo: Apresentar a estatística dos resultados obtidos na análise citogenética de líquidos amnióticos realizada na Unidade de Citogenética do Centro de Genética Médica Jacinto Magalhães entre 2000 e 2011, comparando-os com o descrito na literatura. Material e métodos: Entre janeiro de 2000 e dezembro de 2011 foram processados 10149 líquidos amnióticos. Os motivos para a realização da amniocentese foram, nomeadamente, idade materna avançada, anomalias ecográficas, marcadores ecográficos, rastreio bioquímico positivo, familiares com anomalias cromossómicas e risco de doença monogénica. Foram realizadas culturas de amniócitos de acordo com as técnicas convencionais de citogenética e os cromossomas identificados com bandas GTG ou GTL. Sempre que necessário efetuaram-se estudos de citogenética molecular (FISH) com as sondas adequadas ao esclarecimento do caso. Resultados: A análise revelou 342 cariótipos anormais (3,4%) dos quais 234 tinham anomalias numéricas e 108 estruturais. Os Síndromes de Down, de Edwards e de Turner foram as anomalias mais frequentes. Vinte e três culturas não cresceram, representando uma percentagem de 0,2% de insucesso. Conclusões: Os autores correlacionam os resultados obtidos com as indicações clínicas fornecidas e comparam-nas com o descrito na literatura. O presente estudo poderá ser utilizado para o estabelecimento de uma base de dados a nível nacional

Finite element studies of the mechanical behaviour of the diaphragm in normal and pathological cases

The diaphragm is a muscular membrane separating the abdominal and thoracic cavities, and its motion is directly linked to respiration. In this study, using data from a 59-year-old female cadaver obtained from the Visible Human Project, the diaphragm is reconstructed and, from the corresponding solid object, a shell finite element mesh is generated and used in several analyses performed with the ABAQUS 6.7 software. These analyses consider the direction of the muscle fibres and the incompressibility of the tissue. The constitutive model for the isotropic strain energy as well as the passive and active strain energy stored in the fibres is adapted from Humphrey's model for cardiac muscles. Furthermore, numerical results for the diaphragmatic floor under pressure and active contraction in normal and pathological cases are presented

Quantitative trait loci mapping for meat quality traits in swine chromosome 6.

The current study was carried out to perform QTL mapping on swine chromosome 6 (SSC6) associated to meat quality traits. The F2 population was produced by outbreed crossing using two native Brazilian breed Piau boars and 18 commercial sows. A total of 557 F2 animals were genotyped for 13 microsatellite markers. The traits evaluated on the F2 population were: pH measured 45 minutes and 24 hours post mortem (pH 45, pH24, respectively), drip loss (DL), cooking loss (CL), total loss (TL), intramuscular fat content (IMF), objective tenderness (OT), lightness (L), redness (A), yellowness (B), hue angle (h) and chrome (c). Data were analyzed by multiple regression developed for analysis of outbreed line crosses, using the QTL Express Software. Significant QTL were detected for pH45 and DL traits, and suggestive QTL for DL. QTL were not found for other traits. The pH45 and DL traits may be under the influence of one gene or a gene group located at about 76, 88 and 97cM. More markers should be included in the regions where F-value peaks and suggestive QTL for the DL trait were detected to ascertain whether they are real QTL. Realizou-se o mapeamento de QTL no cromossomo 6 suíno (SSC6), associado às características de qualidade da carne. Um total de 557 animais de uma população F2 foi obtido do cruzamento entre dois machos da raça nativa brasileira Piau e 18 fêmeas comerciais, cujos genótipos foram obtidos para 13 marcadores microssatélites. As características avaliadas na F2 foram pH, medido 45 minutos e 24 horas post-mortem (pH45 e pH24, respectivamente); perda por gotejamento (DL); perda por cozimento (CL); perda total (TL); gordura intramuscular (IMF); maciez objetiva (OT); luminosidade (L); índice de vermelho (A); índice de amarelo (B); tonalidade de cor (h); e índice de saturação (c). Utilizou-se o método de regressão por intervalo de mapeamento, por meio do programa QTL Express. Foram detectados QTLs significativos para pH45 e DL, sugestivos para DL, e não foram encontrados QTLs para as demais características. Constatou-se que grupos gênicos, localizados em torno de 76, 88 e 97cM, podem atuar no pH45 e no DL. Nas regiões dos picos da estatística F, onde se verificaram QTLs sugestivos para DL, devem ser incluídos mais marcadores, para confirmar a presença de QTLs

Avaliação de germoplasma de feijão-caupi porte ereto e semi-ereto para resistência à Microphamina phaseolina (TASSI) GOID.

O feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp] é uma fonte geradora de emprego e renda nas Regiões Norte e Nordeste do Brasil. Por ser cultivado em ambientes com altas temperaturas e baixa umidade do solo pode ser acometido pela podridão-cinzenta-do-caule, doença causada pelo fungo Macrophomina phaseolina, cujo manejo tem como principal recomendação à adoção de cultivares resistentes. O ensaio foi realizado na Embrapa Meio-Norte, sendo cada germoplasma plantado em vasos plásticos contendo solo previamente esterilizado e infestado em cada cova com quatro sementes de crotalária colonizados pelo patógeno. O delineamento foi inteiramente casualizado, com 16 tratamentos constituídos por germoplasmas de feijão-caupi de porte ereto e semi-ereto, e cinco repetições, representadas por cinco plantas por vaso. As plantas foram mantidas sob condições de casa de vegetação e a avaliação da doença foi efetuada 20 dias após a semeadura com o auxílio de uma escala de notas de zero a cinco. Os germoplasmas de feijão-caupi avaliados diferiram significativamente (p<0,01) entre si, com a severidade da doença variando de 20 a 80%. Apenas o germoplasmas MNCO2-675F-4-2 foi altamente resistente a M. phaseolina, constituindo um importante material para o Programa de Melhoramento do Feijão-caupi

Zinc regulates reactive oxygen species generation in platelets

Vascular complications resulting from atherosclerosis development are a major cause of death. Reactive oxygen species (ROS) are produced by platelets during activation, and have been demonstrated to positively regulate platelet activatory responses. Zn2+ is also an important haemostatic cofactor in platelets, acting both as a platelet agonist and secondary messenger. Whilst the effect of Zn2+-dependent signalling mechanisms on ROS production in nucleated cells has been demonstrated, comparable roles in platelets have yet to be investigated. In this study we investigate the relationship between fluctuations in cytosolic Zn2 [Zn2+]i and platelet ROS production. Agonist-evoked ROS production, GSH levels and GPx activity are abrogated in platelets treated with the Zn2+-chelator, TPEN. Conversely, increasing platelet [Zn2+]i using Zn2+ ionophores potentiated ROS generation and decreased GSH levels and GPx activity. Zn2+-dependent ROS production was sensitive to pretreatment with DPI or mitoTEMPO, a NADPH oxidase and mitochondria inhibitors respectively. Increasing [Zn2+]i resulted in increases of Erk1/2 and JNK phosphorylation. Our data are consistent with a functional association between [Zn2+]i and ROS production in platelets that could influence thrombus formation in a clinical context

Variáveis multicategóricas na determinação da divergência genética entre genótipos elite de feijão-caupi.

Populações de regiões tropicais dependem das leguminosas como fonte de proteínas e minerais nas suas dietas diárias. O feijão-caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp) é uma leguminosa cultivada de ampla adaptação nas regiões Nordeste e Norte do Brasil, sendo uma fonte geradora de emprego e renda. O presente trabalho teve como objetivo estimar a divergência genética entre 40 genótipos elite de feijão-caupi por meio de análise multicategórica. O ensaio foi conduzido na Embrapa Meio-Norte, Teresina, Piauí, utilizando-se o delineamento blocos casualizados, com duas repetições, realizado em outubro de 2010. Foram avaliados 40 descritores morfológicos relacionados à flor, vagem, folha, semente e ao porte e habito de crescimento da planta. Houve a formação de três grupos pelo método de agrupamento de Tocher, na qual revelou que o genótipo BRS-Itaim como o mais divergente entre os genótipos avaliados. Os caracteres cor e formato de semente foram os que mais contribuíram para a divergência entre os genótipos, representando 48,05 % da variabilidade existente. Os resultados evidenciam a presença de variabilidade entre os genótipos

Divergência genética entre acessos de feijão-caupi pertencentes ao banco ativo de germoplasma da Embrapa Meio-Norte.

Estudos de divergência genética têm sido realizados em diversas culturas visando à obtenção de populações segregantes a partir do cruzamento de genótipos divergentes possuidores de características complementares. O objetivo deste trabalho foi estimar a divergência genética entre 42 acessos de feijão-caupi pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma de Feijão-caupi da Embrapa Meio-Norte por meio de descritores qualitativos. Os ensaios foram conduzidos no Campo Experimental da Embrapa Meio-Norte, Teresina-PI, no período de outubro de 2010 a janeiro de 2011, utilizando-se delineamento de blocos ao acaso com duas repetições. Foram avaliados 40 descritores qualitativos. Os acessos TE-MNC-133 e TE-MNC-243 foram os mais divergentes em relação aos demais acessos estudados

Divergência genética entre genótipos elite de feijão-caupi a partir de análises multivariadas.

O feijão-caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp) é uma leguminosa cultivada de ampla adaptação nas regiões Nordeste e Norte do Brasil, sendo uma fonte geradora de emprego e renda. O cultivo de feijão-caupi nos últimos anos vem adquirindo maior expressão econômica. Assim, objetivou-se realizar a caracterização morfoagronômica para analisar a divergência genética de 40 genótipos de feijão-caupi. O ensaio foi conduzido na Embrapa Meio-Norte, Teresina, Piauí, utilizando-se o delineamento experimental blocos casualizados, com duas repetições, semeado em julho de 2011. Foram analisados seis dados quantitativos: comprimento da vagem, peso da vagem, número de grãos por vagem, peso de grãos por vagem, peso de 100 grãos e produção total. Os caracteres que mais contribuíram para a divergência genética foram o peso de 100 grãos (37,95 %), comprimento de vagem (19,48 %) e peso de vagem (18,11 %). Os valores máximos e mínimos de divergência genética foram calculados com base na distância de Mahalanobis, (D2 = 279,08) foi obtido entre as cultivares BRS17-Gurguéia e BRS-Itaim e (D2 = 1,35) entre a cultivar BRS-Juruá e a linhagem MNCO3-737F-5-11, respectivamente. Os resultados evidenciaram a presença de variabilidade genética entre os genótipos