Identification of Leishmania infantum Epidemiology, Drug Resistance and Pathogenicity Biomarkers with Nanopore Sequencing

The emergence of drug-resistant strains of the parasite Leishmania infantum infecting dogs and humans represents an increasing threat. L. infantum genomes are complex and unstable with extensive structural variations, ranging from aneuploidies to multiple copy number variations (CNVs). These CNVs have recently been validated as biomarkers of Leishmania concerning virulence, tissue tropism, and drug resistance. As a proof-of-concept to develop a novel diagnosis platform (LeishGenApp), four L. infantum samples from humans and dogs were nanopore sequenced. Samples were epidemiologically typed within the Mediterranean L. infantum group, identifying members of the JCP5 and non-JCP5 subgroups, using the conserved region (CR) of the maxicircle kinetoplast. Aneuploidies were frequent and heterogenous between samples, yet only chromosome 31 tetrasomy was common between all the samples. A high frequency of aneuploidies was observed for samples with long passage history (MHOM/TN/80/IPT-1), whereas fewer were detected for samples maintained in vivo (MCRI/ES/2006/CATB033). Twenty-two genes were studied to generate a genetic pharmacoresistance profile against miltefosine, allopurinol, trivalent antimonials, amphotericin, and paromomycin. MHOM/TN/80/IPT-1 and MCRI/ES/2006/CATB033 displayed a genetic profile with potential resistance against miltefosine and allopurinol. Meanwhile, MHOM/ES/2016/CATB101 and LCAN/ES/2020/CATB102 were identified as potentially resistant against paromomycin. All four samples displayed a genetic profile for resistance against trivalent antimonials. Overall, this proof-of-concept revealed the potential of nanopore sequencing and LeishGenApp for the determination of epidemiological, drug resistance, and pathogenicity biomarkers in L. infantum

Indicadors de pressió ambiental a les platges de Menorca : prova pilot (IPAPM'pp)

L'augment del turisme experimentat des de principis dels anys 70 a l'illa de Menorca (Illes Balears, Espanya) ha provocat un impacte sobre les seves platges, el seu principal atractiu turístic. Molts d'aquests impactes s'incrementen durant la temporada alta, compresa entre els mesos de maig a octubre. L'objectiu principal d'aquest projecte és l'elaboració d'un sistema d'indicadors de pressió ambiental útils per a l'anàlisi de les platges. La zona objecte d'estudi de la prova-pilot, correspon a les platges del sud-oest de Menorca, aquestes cales són les que actualment es troben sotmeses a una major pressió. Es tracta de catorze platges tipificades en tres categories (A, B, C) segons les característiques del tipus d'espai on es troben situades. Són les platges de: Cala Degollador, Cala Blanca, Cala'n Bosch, Son Xoriguer, Son Saura-Es Banyul, Son Saura-Bellavista, Es Talaier, Cala Turqueta, Cala Macarelleta, Cala Macarella, Cala Galdana, Cala Mitjana, Cala Trebalúger i Cala Escorxada. Partint d'un treball bibliogràfic, s'ha realitzat una selecció de mig centenar d'indicadors potencials dels quals catorze han format part dels IPAPM'pp, mitjançant l'elaboració d'una anàlisi multicriteri. Per a cada un dels IPAPM'pp s'ha desenvolupat una metodologia amb les corresponents fitxes individuals descriptives per al seu seguiment temporal. En aquest primer estudi, l'indicador que presenta un nombre de valors no acceptables en una major proporció de platges, és l'indicador 3. Índex de valoració de les mesures de conservació del sistema natural, seguit de l'indicador 6. Superfície subsistema sorra per usuari. El 2006, les platges de tipologia A, presenten un major percentatge positiu de les variables dels indicadors. Les platges de tipologia B i C presenten un percentatge menor d'acceptabilitat dels valors dels indicadors.El aumento del turismo experimentado desde principios de los años 1970 en la isla de Menorca (Islas Baleares, España) ha provocado un impacto sobre sus playas, su principal atractivo turístico. Muchos de los impactos se incrementan durante la temporada alta, comprendida entre los meses de mayo a octubre. El objetivo principal de este proyecto es la elaboración de un sistema de indicadores de presión ambiental útiles para el análisis de las playas. La zona objecto de estudio de la prueba-piloto, corresponde a las playas del sur-oeste de Menorca, estas calas són las que actualmente se encuentran sometidas a una mayor presión. Se trata de catorce playas tipificadas en tres categorías (A, B, C) según las características del tipo de espacio donde se encuentran situadas. Son las playas de: Cala Degollador, Cala Blanca, Cala'n Bosch, Son Xoriguer, Son Saura-Es Banyul, Son Saura-Bellavista, Es Talaier, Cala Turqueta, Cala Macarelleta, Cala Macarella, Cala Galdana, Cala Mitjana, Cala Trebalúger i Cala Escorxada. Partiendo de un trabajo bibliográfico, se ha realizado una selección de medio centenar de indicadores potenciales de los cuales catorce han formado parte de los IPAPM'pp, mediante la elaboración de un análisis multicriterio. Para cada uno de los IPAPM'pp se ha desarrollado una metodología con las correspondientes fichas individuales descriptivas para su seguimiento temporal. En este primer estudio, el indicador que presenta un mayor número de valores no aceptables en una mayor proporción de playas, es el indicador 3. Índice de valoración de las medidas de conservación del sistema natural, seguido del indicador 6. Superficie subsistema arena por usuario.The tourism in Menorca has been increased since 1970s (Balearic Islands, Spain), this fact has caused an impact on its beaches, which are the main tourist attraction. Most of the impacts have been increased during the high season, between May and October. The principal objective of this project is the development of an environmental pressure indicators system, which could be useful for beaches analysis. The area that has been studied belongs to the south-west area of Menorca, which is the most pressed area. It is an amount of fourteen beaches classified in three categories (A, B, C) depending on their local situation. These beaches are: Cala Degollador, Cala Blanca, Cala'n Bosch, Son Xoriguer, Son Saura-Es Banyul, Son Saura-Bellavista, Es Talaier, Cala Turqueta, Cala Macarelleta, Cala Macarella, Cala Galdana, Cala Mitjana, Cala Trebalúger and Cala Escorxada. The bibliography research job, has been realised a selection of half hundred of potential indicators, that only fourteen of them has composed the IPAPM'pp (Environmental Pressure Indicators of Menorca Beaches. Pilot Proof) by a multicriteria analysis. For each of the IPAPM'pp has been developed a methodology with an individual describing form in order to its temporal monitoring. In this first study, the indicator whose values are the worst is indicator 3. Quality factor of the natural system conservation measures. Indicator 6. Area of sand subsystem per user is the second indicator which has the worse values.Nota: Aquest document conté originàriament altre material i/o programari només consultable a la Biblioteca de Ciència i Tecnologia

Inherited functional variants of the lymphocyte receptor CD5 influence melanoma survival

Despite the recent progress in treatment options, malignant melanoma remains a deadly disease. Besides therapy, inherited factors might modulate clinical outcome, explaining in part widely varying survival rates. T-cell effector function regulators on antitumor immune responses could also influence survival. CD5, a T-cell receptor inhibitory molecule, contributes to the modulation of antimelanoma immune responses as deduced from genetically modified mouse models. The CD5 SNPs rs2241002 (NM_014207.3:c.671C > T, p.Pro224Leu) and rs2229177 (NM_014207.3:c.1412C > T, p.Ala471Val) constitute an ancestral haplotype (Pro224-Ala471) that confers T-cell hyper-responsiveness and worsens clinical autoimmune outcome. The assessment of these SNPs on survival impact from two melanoma patient cohorts (Barcelona, N = 493 and Essen, N = 215) reveals that p.Ala471 correlates with a better outcome (OR= 0.57, 95% CI = 0.33-0.99, Adj. p = 0.043, in Barcelona OR = 0.63, 95% CI = 0.40-1.01, Adj. p = 0.051, in Essen). While, p.Leu224 was associated with increased melanoma-associated mortality in both cohorts (OR = 1.87, 95% CI = 1.07-3.24, Adj. p = 0.030 in Barcelona and OR = 1.84, 95% CI = 1.04-3.26, Adj. p = 0.037, in Essen). Furthermore survival analyses showed that the Pro224-Ala471 haplotype in homozygosis improved melanoma survival in the entire set of patients (HR = 0.27, 95% CI 0.11-0.67, Adj. p = 0.005). These findings highlight the relevance of genetic variability in immune-related genes for clinical outcome in melanoma

A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19

peer reviewe

Indicadors de pressió ambiental a les platges de Menorca : prova pilot (IPAPM'pp)

L'augment del turisme experimentat des de principis dels anys 70 a l'illa de Menorca (Illes Balears, Espanya) ha provocat un impacte sobre les seves platges, el seu principal atractiu turístic. Molts d'aquests impactes s'incrementen durant la temporada alta, compresa entre els mesos de maig a octubre. L'objectiu principal d'aquest projecte és l'elaboració d'un sistema d'indicadors de pressió ambiental útils per a l'anàlisi de les platges. La zona objecte d'estudi de la prova-pilot, correspon a les platges del sud-oest de Menorca, aquestes cales són les que actualment es troben sotmeses a una major pressió. Es tracta de catorze platges tipificades en tres categories (A, B, C) segons les característiques del tipus d'espai on es troben situades. Són les platges de: Cala Degollador, Cala Blanca, Cala'n Bosch, Son Xoriguer, Son Saura-Es Banyul, Son Saura-Bellavista, Es Talaier, Cala Turqueta, Cala Macarelleta, Cala Macarella, Cala Galdana, Cala Mitjana, Cala Trebalúger i Cala Escorxada. Partint d'un treball bibliogràfic, s'ha realitzat una selecció de mig centenar d'indicadors potencials dels quals catorze han format part dels IPAPM'pp, mitjançant l'elaboració d'una anàlisi multicriteri. Per a cada un dels IPAPM'pp s'ha desenvolupat una metodologia amb les corresponents fitxes individuals descriptives per al seu seguiment temporal. En aquest primer estudi, l'indicador que presenta un nombre de valors no acceptables en una major proporció de platges, és l'indicador 3. Índex de valoració de les mesures de conservació del sistema natural, seguit de l'indicador 6. Superfície subsistema sorra per usuari. El 2006, les platges de tipologia A, presenten un major percentatge positiu de les variables dels indicadors. Les platges de tipologia B i C presenten un percentatge menor d'acceptabilitat dels valors dels indicadors.El aumento del turismo experimentado desde principios de los años 1970 en la isla de Menorca (Islas Baleares, España) ha provocado un impacto sobre sus playas, su principal atractivo turístico. Muchos de los impactos se incrementan durante la temporada alta, comprendida entre los meses de mayo a octubre. El objetivo principal de este proyecto es la elaboración de un sistema de indicadores de presión ambiental útiles para el análisis de las playas. La zona objecto de estudio de la prueba-piloto, corresponde a las playas del sur-oeste de Menorca, estas calas són las que actualmente se encuentran sometidas a una mayor presión. Se trata de catorce playas tipificadas en tres categorías (A, B, C) según las características del tipo de espacio donde se encuentran situadas. Son las playas de: Cala Degollador, Cala Blanca, Cala'n Bosch, Son Xoriguer, Son Saura-Es Banyul, Son Saura-Bellavista, Es Talaier, Cala Turqueta, Cala Macarelleta, Cala Macarella, Cala Galdana, Cala Mitjana, Cala Trebalúger i Cala Escorxada. Partiendo de un trabajo bibliográfico, se ha realizado una selección de medio centenar de indicadores potenciales de los cuales catorce han formado parte de los IPAPM'pp, mediante la elaboración de un análisis multicriterio. Para cada uno de los IPAPM'pp se ha desarrollado una metodología con las correspondientes fichas individuales descriptivas para su seguimiento temporal. En este primer estudio, el indicador que presenta un mayor número de valores no aceptables en una mayor proporción de playas, es el indicador 3. Índice de valoración de las medidas de conservación del sistema natural, seguido del indicador 6. Superficie subsistema arena por usuario.The tourism in Menorca has been increased since 1970s (Balearic Islands, Spain), this fact has caused an impact on its beaches, which are the main tourist attraction. Most of the impacts have been increased during the high season, between May and October. The principal objective of this project is the development of an environmental pressure indicators system, which could be useful for beaches analysis. The area that has been studied belongs to the south-west area of Menorca, which is the most pressed area. It is an amount of fourteen beaches classified in three categories (A, B, C) depending on their local situation. These beaches are: Cala Degollador, Cala Blanca, Cala'n Bosch, Son Xoriguer, Son Saura-Es Banyul, Son Saura-Bellavista, Es Talaier, Cala Turqueta, Cala Macarelleta, Cala Macarella, Cala Galdana, Cala Mitjana, Cala Trebalúger and Cala Escorxada. The bibliography research job, has been realised a selection of half hundred of potential indicators, that only fourteen of them has composed the IPAPM'pp (Environmental Pressure Indicators of Menorca Beaches. Pilot Proof) by a multicriteria analysis. For each of the IPAPM'pp has been developed a methodology with an individual describing form in order to its temporal monitoring. In this first study, the indicator whose values are the worst is indicator 3. Quality factor of the natural system conservation measures. Indicator 6. Area of sand subsystem per user is the second indicator which has the worse values.Nota: Aquest document conté originàriament altre material i/o programari només consultable a la Biblioteca de Ciència i Tecnologia

Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19

Altres ajuts: Department of Health and Social Care (DHSC); Illumina; LifeArc; Medical Research Council (MRC); UKRI; Sepsis Research (the Fiona Elizabeth Agnew Trust); the Intensive Care Society, Wellcome Trust Senior Research Fellowship (223164/Z/21/Z); BBSRC Institute Program Support Grant to the Roslin Institute (BBS/E/D/20002172, BBS/E/D/10002070, BBS/E/D/30002275); UKRI grants (MC_PC_20004, MC_PC_19025, MC_PC_1905, MRNO2995X/1); UK Research and Innovation (MC_PC_20029); the Wellcome PhD training fellowship for clinicians (204979/Z/16/Z); the Edinburgh Clinical Academic Track (ECAT) programme; the National Institute for Health Research, the Wellcome Trust; the MRC; Cancer Research UK; the DHSC; NHS England; the Smilow family; the National Center for Advancing Translational Sciences of the National Institutes of Health (CTSA award number UL1TR001878); the Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania; National Institute on Aging (NIA U01AG009740); the National Institute on Aging (RC2 AG036495, RC4 AG039029); the Common Fund of the Office of the Director of the National Institutes of Health; NCI; NHGRI; NHLBI; NIDA; NIMH; NINDS.Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care or hospitalization after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes-including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)-in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease