Characterization of specific random amplified polymorphic (RAPD) DNA fragments related to catechin content for early detection methods in gambier plant (Uncaria gambir (Hunter) Roxb.)

The existence of a target DNA fragments associated with the potential high level of catechins in gambier plant was carried out preliminary using RAPD markers. Target fragment was ligated and transformed into Escherichia coli DH5α strains using pGem-T Easy vector. The purpose of this study was to obtain information of specific DNA fragments and to generate specific primer combinations associated with potentially high content of catechins. DNA sequence was successfully generated with 206 nucleotides in length. The combination of specific primers, designated as Udtg3 (5'-CAGATCCTTTGCCACACTGA-3') and Udtg4 (5'- CGTACCTGCCAA CATA ACAG - 3') were successfully designed and could be applied as a diagnostic marker in detection of catechin content production of gambier plant.Keywords: Gambier, RAPD, specific primers, MAS, catechinAfrican Journal of Biotechnology Vol. 12(15), pp. 1736-174

DESAIN KOMBINASI PRIMER SPESIFIK DAN UJI VALIDITAS SISTEM PENANDA MOLEKULER STS DAN CAPS TERKAIT POTENSI GENETIK KADAR KATEKIN PADA TANAMAN GAMBIR( Uncaria gambir Roxb)

40 hal,; 30 c

STUDI HUBUNGAN KARAKTER MORFOLOGI, ANATOMI, DAN MOLEKULER TERKAIT POTENSI KADAR KATEKIN PADA TANAMAN GAMBIR ( Uncaria gambir (Hunter) Roxb)

Pada identifikasi secara molekuler, prasyarat yang harus tersedia yaitu adanya primer spesifik yang digunakan sebagai titik start dalam mengamplifikasi fragmen target yang berasal dari komponen genetik (DNA) terkait kadar katekin secara akurat. Primer tersebut dapat dikembangkan dari fragmen spesifik yang merupakan penciri khusus kadar katekin tinggi. Untuk keperluan itu beberapa fragmen spesifik yang diperoleh dari fingerprinting berbasis RAPD sebagai penciri katekin tinggi perlu dianalisis lebih lanjut, yakni untuk mengetahui urutan sekuens basa nitrogennya. Sebagai suatu teknologi diagnosis maka ketersediaan kombinasi primer spesifik mutlak harus ada. Keberhasilan suatu metode identifikasi dini dalam mendeteksi potensi genetik kadar katekin akan meningkatkan nilai tambah tanaman gambir yang akan memberikan dampak positif baik bagi petani gambir maupun bagi negara secara nasional. Arah penelitian selanjutnya dapat difokuskan pada perakitan kultivar unggul baru yang terkait dengan potensi genetik kadar katekin tinggi, dalam upaya pengembangan program pemuliaan tanaman gambir ke depan. Berdasarkan hal yang telah dikemukakan di atas, telah dilakukan penelitian yang berjudul, “ Studi Hubungan Karakter Morfologi, Anatomi, dan Molekuler Terkait Potensi Kadar Katekin pada Tanaman Gambir (Uncaria gambir (Hunter) Roxb) “