Genomic selection for boar taint compounds and carcass traits in a commercial pig population

AbstractThis study aimed to compare two different Genome-Wide Selection (GWS) methods (Ridge Regression BLUP − RR-BLUP and Bayesian LASSO − BL) to predict the genomic estimated breeding values (GEBV) of four phenotypes, including two boar taint compounds, i.e., the concentrations of androstenone (andro) and skatole (ska), and two carcass traits, i.e., backfat thickness (fat) and loin depth (loin), which were measured in a commercial male pig line. Six hundred twenty-two boars were genotyped for 2,500 previously selected single nucleotide polymorphisms (SNPs). The accuracies of the GEBV using both methods were estimated based on Jack-knife cross-validation. The BL showed the best performance for the andro, ska and loin traits, which had accuracy values of 0.65, 0.58 and 0.33, respectively; for the fat trait, the RR-BLUP accuracy of 0.61 outperformed the BL accuracy of 0.56. Considering that BL was more accurate for the majority of the traits, this method is the most favoured for GWS under the conditions of this study. The most relevant SNPs for each trait were located in the chromosome regions that were previously indicated as QTL regions in other studies, i.e., SSC6 for andro and ska, SSC2 for fat, and SSC11, SSC15 and SSC17 for loin

Correlação de Spearman aplicada ao estudo de adaptabilidade e estabilidade em genótipos de alfafa

Este trabalho teve por objetivo propor uma nova metodologia, baseada no coeficiente de correlação de Spearman para o estudo da adaptabilidade e estabilidade fenotípica de genótipos de alfafa. Além disso, os resultados foram comparados com os obtidos pela metodologia baseada no teste dos sinais. Para tanto, foram utilizados dados provenientes de um experimento em blocos casualizados com 2 repetições, que constituiu-se da avaliação da produção de matéria seca de 92 cultivares de alfafa em 20 cortes, realizados no período de novembro de 2004 a junho de 2006 no Campo Experimental da Embrapa Pecuária Sudeste - São Carlos/SP. Os resultados encontrados mostram que o coeficiente de correlação de Spearman é eficiente para o estudo de adaptabilidade e estabilidade fenotípica, sendo possível classificar os cultivares conforme o interesse do estudo. Ademais, quando comparado com a metodologia baseado no teste dos sinais, o mesmo se mostra mais eficiente na discriminação de genótipos

Vägledningens nödvändigheter : En undersökning om studie- och yrkesvägledares kunskaper i vägledning.

Abstract Background This study investigated if the allele effect of a given single nucleotide polymorphism (SNP) for crossbred performance in pigs estimated in a genomic prediction model differs depending on its breed-of-origin, and how these are related to estimated effects for purebred performance. Results SNP-allele substitution effects were estimated for a commonly used SNP panel using a genomic best linear unbiased prediction model with breed-specific partial relationship matrices. Estimated breeding values for purebred and crossbred performance were converted to SNP-allele effects by breed-of-origin. Differences between purebred and crossbred, and between breeds-of-origin were evaluated by comparing percentage of variance explained by genomic regions for back fat thickness (BF), average daily gain (ADG), and residual feed intake (RFI). From ten regions explaining most additive genetic variance for crossbred performance, 1 to 5 regions also appeared in the top ten for purebred performance. The proportion of genetic variance explained by a genomic region and the estimated effect of a haplotype in such a region were different depending upon the breed-of-origin. To illustrate underlying mechanisms, we evaluated the estimated effects across breeds-of-origin for haplotypes associated to the melanocortin 4 receptor (MC4R) gene, and for the MC4Rsnp itself which is a missense mutation with a known effect on BF and ADG. Although estimated allele substitution effects of the MC4Rsnp mutation were very similar across breeds, explained genetic variance of haplotypes associated to the MC4R gene using a SNP panel that does not include the mutation, was considerably lower in one of the breeds where the allele frequency of the mutation was the lowest. Conclusions Similar regions explaining similar additive genetic variance were observed across purebred and crossbred performance. Moreover, there was some overlap across breeds-of-origin between regions that explained relatively large proportions of genetic variance for crossbred performance; albeit that the actual proportion of variance deviated across breeds-of-origin. Results based on a missense mutation in MC4R confirmed that even if a causal locus has similar effects across breeds-of-origin, estimated effects and explained variance in its region using a commonly used SNP panel can strongly depend on the allele frequency of the underlying causal mutation

Divergência genética entre genótipos de pimenta com base em caracteres morfo-agrônomicos

O gênero Capsicum compreende um grupo altamente diversificado de pimentas e pimentões constituído por grande número de espécies. A caracterização dos materiais existentes quanto à divergência genética torna-se de importância fundamental visando trabalhos de melhoramento. Técnicas multivariadas foram utilizadas para avaliar a divergência genética entre 34 subamostras da coleção de germoplasma de Capsicum baccatum da Universidade Federal de Viçosa. Foram utilizados cinco descritores quantitativos propostos pelo International Plant Genetic Resources Institute, em um experimento conduzido em condições de campo, em Viçosa-MG, no delineamento de blocos ao acaso. A divergência genética entre os tratamentos foi determinada pelas técnicas multivariadas, baseadas na análise de agrupamento e de variáveis canônicas. As variáveis analisadas foram matéria fresca do fruto, comprimento do fruto, espessura do pericarpo, número de sementes por frutos e teor de sólidos solúveis. Houve diferença significativa entre as subamostras para todos os descritores avaliados. Observou-se concordância entre as técnicas multivariadas utilizadas e foi possível separar as subamostras em cinco grupos distintos. As subamostras BGH 1739 e BGH 1646 se destacaram apresentando bom potencial para uso em programas de melhoramento, visando à obtenção de bons materiais para consumo in natura ou para industrialização.The genus Capsicum comprises a varied group of hot and sweet peppers with a large number of species. The characterization of materials for genetic divergence becomes of paramount importance for breeding programs. Multivariate techniques were used to evaluated the genetic divergence among 34 sub-samples of Capsicum baccatum peppers from the Horticultural Germplasm Bank from the Federal University of Viçosa. Five quantitative descriptors proposed by International Plant Genetic Resources Institute were utilized in a field experiment carried out in Viçosa, Minas Gerais State, Brazil, in a randomized block design. The genetic divergence among the sub-samples was determined by cluster analysis and canonical variables. The variables fruit average weight, fruit length, fruit diameter, number of seeds per fruit and content of soluble solids were evaluated. There was significant difference among sub-samples for all descriptors evaluated. General agreement among all multivariate techniques used in the work was observed and it was possible to separate the sub-samples in five distinct groups. The sub-samples BGH 1739 and BGH 1646 stood out showing good potential for use in breeding programs aiming to produce good materials for fresh consumption or processing purposes

Clustering methods in a study of genetic diversity of peppers

O objetivo deste trabalho foi comparar três métodos para determinação do número de grupos em estudos com aplicação de métodos hierárquicos de agrupamentos, baseando-se em dados obtidos a partir da caracterização de acessos de Capsicum, de modo a identificar aquele com maior poder de discriminação. Os métodos de Mojena, de Tocher e o método RMSSTD foram aplicados com a finalidade de determinar o número ideal de grupos formados na fase final do procedimento de agrupamento com o método UPGMA. Foram analisados 49 acessos da espécie Capsicum chinense do Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade Federal de Viçosa, em relação a dez características morfológicas com o intuito de identificar e agrupar os acessos mais similares, tornando possível a seleção de genótipos superiores, ou seja, com as características comerciais de interesse. Os resultados mostraram que o método RMSSTD permitiu concluir sobre a existência de sete grupos, evidenciando um maior poder de discriminação para este método, em relação ao método de otimização de Tocher e ao método de Mojena, que formaram respectivamente, quatro e três grupos