Phenotypic and molecular characterization of arbuscular mycorrhizal fungal spores from cultures maintained in germplasm collection

The objective of this work was to characterize phenotypically and genotypically isolates of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) maintained in pure culture and to evaluate the applicability of PCR-DGGE analysis, developed for Gigaspora, for molecular identification of AMF species belonging to other genres. The species phenotypic characterization was done according to morphological criteria, as described by taxonomy, and according to original descriptions of species published in the specialized literature. The genotypic analysis was made through specific discrimination of the V9 region in the 18S rDNA, which allowed the distinction of species and showed no difference among geographical isolates of Glomus clarum, and among those of Glomus etunicatum. This indicates the applicability of this technique for assessment of genetic purity and discrimination of AMF species.O objetivo deste trabalho foi caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados de espécies de fungos micorrízicos arbusculares (FMA) mantidos em cultura pura e avaliar a aplicabilidade da técnica PCR-DGGE desenvolvida para Gigaspora, na identificação molecular de espécies de FMA pertencentes a outros gêneros. A caracterização fenotípica das espécies foi realizada de acordo com critérios morfológicos, descritos pela taxonomia, e com uso de descrições originais das espécies presentes na literatura especializada. A análise genotípica foi feita com base na discriminação específica da região V9 do 18S rDNA, que permitiu a diferenciação das espécies e não revelou qualquer diferença entre os isolados geográficos de Glomus clarum, e entre os de Glomus etunicatum. Isto indica a aplicabilidade da técnica para a avaliação da pureza genética e discriminação de espécies de FMA

Uma capitania dos novos tempos: economia, sociedade e política na São Paulo restaurada (1765-1822)

O artigo reflete sobre a trajetória da Capitania de São Paulo, a partir de 1750, apontando sua transformação, de fronteira e "boca do sertão", para território estratégico da conquista e defesa das partes meridionais e área economicamente integrada aos circuitos mercantis atlânticos.In this article, we reflect upon the history of the Captaincy of São Paulo as from 1750, drawing attention to its transformation from frontier land and "door to the backcountry" into a territory of strategic value for the purposes of conquest and defense of the southern regions, and economically integrated into the Atlantic trade routes

Artificial intelligence within the interplay between natural and artificial computation:Advances in data science, trends and applications

Artificial intelligence and all its supporting tools, e.g. machine and deep learning in computational intelligence-based systems, are rebuilding our society (economy, education, life-style, etc.) and promising a new era for the social welfare state. In this paper we summarize recent advances in data science and artificial intelligence within the interplay between natural and artificial computation. A review of recent works published in the latter field and the state the art are summarized in a comprehensive and self-contained way to provide a baseline framework for the international community in artificial intelligence. Moreover, this paper aims to provide a complete analysis and some relevant discussions of the current trends and insights within several theoretical and application fields covered in the essay, from theoretical models in artificial intelligence and machine learning to the most prospective applications in robotics, neuroscience, brain computer interfaces, medicine and society, in general.BMS - Pfizer(U01 AG024904). Spanish Ministry of Science, projects: TIN2017-85827-P, RTI2018-098913-B-I00, PSI2015-65848-R, PGC2018-098813-B-C31, PGC2018-098813-B-C32, RTI2018-101114-B-I, TIN2017-90135-R, RTI2018-098743-B-I00 and RTI2018-094645-B-I00; the FPU program (FPU15/06512, FPU17/04154) and Juan de la Cierva (FJCI-2017–33022). Autonomous Government of Andalusia (Spain) projects: UMA18-FEDERJA-084. Consellería de Cultura, Educación e Ordenación Universitaria of Galicia: ED431C2017/12, accreditation 2016–2019, ED431G/08, ED431C2018/29, Comunidad de Madrid, Y2018/EMT-5062 and grant ED431F2018/02. PPMI – a public – private partnership – is funded by The Michael J. Fox Foundation for Parkinson’s Research and funding partners, including Abbott, Biogen Idec, F. Hoffman-La Roche Ltd., GE Healthcare, Genentech and Pfizer Inc

Multi-omics data integration for the study of production, carcass and meat quality traits in Nellore cattle

Características complexas, como a qualidade da carne, são reguladas por diversas moléculas, tornando difícil sua compreensão. A integração de dados ômicos vêm sendo utilizada para entender essas características. Porém, ao usar uma abordagem de análise hierárquica, baseada no dogma central, ou concatenar apenas o enriquecimento de vias comuns perde-se informação por não considerar relações não convencionais que existem entre os dados ômicos e fenótipos. Nesse trabalho, fenótipos de produção, qualidade de carcaça e carne, dados transcriptômicos, de miRNA e proteômicos de 102 animais Nelore foram utilizados em abordagem utilizando análise de fatores e redes bayesianas, integrando diferentes dados ômicos e características complexas de relevância econômica. Um total de 14 variáveis latentes foram identificadas: 5 para dados de fenótipo, 3 para miRNA, 4 para proteína e 2 para dados de genes. Uma rede com 14 variáveis latentes e 17 conexões direcionadas entre elas foi gerada. As relações têm direção: das variáveis latentes de Carcass, Meat Quality, prot2 e prot4 para REA (força 100%, 100%, 99,8% e 86,10%, respectivamente); das variáveis latentes de Meat Quality, REA, mirna2 e blue para Fat Content (força 99,8%, 89,3%, 89% e 86,4%, respectivamente); de prot1 e mirna2 para prot5 (força 100% e 91,9%, respectivamente); de prot5 e Carcass para prot2 (força 99,2% e 93,1%, respectivamente). As variáveis latentes de proteínas sugerem novas hipóteses do impacto dessas na área de olho de lombo e musculosidade. A rede demonstra uma relação entre miRNAs e isoformas da proteína nebulina que não seriam encontrados em estudos utilizando um dado ômico único ou estratégias multi-níveis. A área de olho de lombo aparece como um nó central na rede, sendo influenciado pela Carcass, prot2, prot4 e Meat Quality, sugerindo essa como uma característica a ser utilizada como parâmetro de mesuração para qualidade da carne em frigoríficos, devido sua facilidade de mensuração. Assim, a análise de fatores aplicada foi capaz de identificar variáveis latentes, diminuindo a dimensionalidade e a complexidade dos dados. A rede bayesiana gerou relações entre variáveis latentes de diferentes tipos de dados, permitindo integrar dados ômicos e fenótipos complexos, idenficar a independência condicional e determinar como esses fatores se relacionam, o que permitiria seu uso para gerar novas hipóteses em estudos moleculares na área da qualidade de carne. Utilizando o uso conjunto da abordagem EFA, BCFA e BN com diferentes tipos de dados, foi possível integrar e fornecer novas hipóteses para estudos de características complexas permitindo explorar relações não convencionais.Complex traits are regulated by different molecular levels, that dificults its comprehension. Multi-omics data integration has been applied to understand these traits. Therefore, omics data integration using a hierarchical analysis approach, based on central dogma, or considering just the common pathways enrichment may not recognize non-obvious relationships that exist among omics data. Here we applied an approach using Factor Analysis and Bayesian Network to integrate different omics data and complex traits (production phenotypes and meat quality parametres). A total of 14 latent variables were identified: 5 for phenotype data, 3 for miRNA, 4 for protein, and 2 for gene data. A network conteining 14 latent variables and 17 directed connexion was generated. The children nodes with more parents had direction: from Carcass, meat Quality, prot2 and prot4 latent variables to REA (strength 100%,100%, 99,8% and 86.10%, respectively); from Meat Quality, REA, mirna2 and blue latent variables to Fat Content (strength 99.8%, 89.3%, 89% and 86,4%, respectively); from prot1 and mirna2 to prot5 (strength 100% and 91.9%, respectively); from prot5 and Carcass to prot2 (strength 99.2% and 93.1%, respectively). Here, protein latent variables suggest hypotheses for the impact of these proteins on ribeye area. The network also shows a relationship among miRNAs and nebulin protein isoforms. Moreover, the ribeye area seems to be a contral node on network, with influences of Carcass, prot2, prot4 e Meat Quality, suggesting this trait as a feasible phenotype for meat quality, due the facility to measure it. The factor analysis identified latent variables, decreasing the dimensionality and complexity of data. The Bayesian network was capable to generate a net of relationships among latent variables from different types of data, allowing to integrate omics data and complex traits, identifying the conditional independences and how these factors relate. The approach EFA, BCFA and BN could be used to generate new hypotheses on molecular research in the meat quality area, by integration from different types of data, exploring non-conventional relations

Serum metabolite characterization and their potential association with feed efficiency in Nellore cattle

A seleção de animais para consumo alimentar residual (RFI) está intrinsecamente associada com a diminuição do consumo matéria seca e é independente do ganho de peso corporal, selecionando animais de eficiência produtiva e econômica, além também de diminuir a emissão de gases de efeito estufa provinda do gado. Neste estudo, amostras de soro de 16 animais selecionados divergentemente para eficiência de alimentação foram coletadas antes do confinamento (dia -21) e avaliadas em uma abordagem metabolômica global, com o objetivo de usar análise diferencial, análise de co-expressão e enriquecimento funcional, identificando marcadores para eficiência de alimentação antes do confinamento. Um analito foi diferencialmente presente entre os animais de baixo e alto RFI. A análise WGCNA identificou 22 e 25 módulos no modo positivo e negativo, respectivamente e, 1 módulo de cada modo foi fortemente associado a RFI (r = 0,53, p-valor <0,05 e r = 0,52, p-valor <0,1 nos modos negativo e positivo, respectivamente). A análise de enriquecimento funcional predize 13 processos biológicos associados à eficiência alimentar, incluindo alterações no metabolismo de vitaminas lipossolúveis, inflamação, estresse oxidativo, metabolismo de aminoácidos e metabolismo de ácidos graxos. Esse trabalho evidencia a possibilidade de se identificar um biomarcador para eficiência alimentar e também sugerem que as diferenças nas respostas ao estresse oxidativo e nos processos inflamatórios já influenciam na variação da eficiência alimentar previamente ao confinamento.Animal selection for residual feed intake (RFI) is intrinsically associated with decreased consumption of dry matter independent of body weight gain, selecting yielding increased production and economic efficiency but also decreasing the greenhouse gas emission of livestock. In this study, serum samples of 16 animals selected for divergent feed efficiency were collected prior to feedlot (day -21) and evaluated in an untargeted metabolomics approach, with the goal of using differential analysis, co-expression analysis and functional enrichment to identifier markers for feed efficiency prior to the feedlot. One feature was differentially accumulated between low and high RFI. WGCNA analysis identified 22 and 25 modules in positive and negative mode, respectively, of 1 module of each mode was strongly associated with RFI (r= 0.53, p-value <0.05 and r=0.52, p-value < 0.1 to negative and positive mode, respectively). Pathway enrichment analysis yielded 13 biological processes associated with feed efficiency including alterations in vitamins liposoluble metabolism, inflammation, oxidative stress, amino acid metabolism and fatty acid metabolism. Our findings suggest the possibility to identify a biomarker for feed efficiency and also discuss that differences in oxidative stress responses and inflammatory processes could explain the feed efficiency variation prior to feedlot

Espécies de Anastrepha (Diptera: Tephritidae) em pomares de goiaba: diversidade, flutuação populacional e fenologia do hospedeiro

RESUMO:Os estudos foram conduzidos em pomares de goiaba, em dois municípios do estado de Sáo Paulo. Em Monte Alegre do Sul, o levantamento foi realizado em uma estação experimental da Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios, na qual foram cole tadas 13 espécies de Anastrepha, desde janeiro de 2002 a dezembro de 2003. Em Monte Alto, em pomar comercial, foram coletadas oito espécies, desde janeiro a dezembro de 2004. Anastrepha fraterculus foi a espécie mais frequente nos dois municípios. Os parâmetros cli máticos exerceram baixa influência sobre a flutuação populacional das espécies de Anastrepha, nos dois pomares. Os picos populacio nais das espécies de Anastrepha mais abundantes variaram entre os pomares. A disponibilidade de frutos no pomar e nos entornos é o fator que determina o tamanho das populações de moscas-das-frutas