Etude de la variation de quelques caractères morphologiques d\'un échantillon de Sclerocarya birrea au Burkina Faso

Le prunier d\'Afrique, Sclerocarya birrea (A. Rich.) Hochst., est une Anacardiaceae principalement des savanes sahélo-soudaniennes. La sous espèce birrea, très répandue en Afrique Occidentale demeure sous utilisée. La description morphologique de 103 pieds de S. birrea subsp birrea le long d\'un transect Nord-Sud (gradient climatique) au Burkina Faso a été faite en utilisant 15 caractères quantitatifs du fruit et du port des arbres. Cette étude a mis en évidence l\'existence d\'une variabilité et de différences très significatives au sein de cet échantillon, pour tous les caractères étudiés. De très fortes corrélations ont été trouvées entre les caractéristiques des fruits mais aussi entre celles des fruits et celles des noyaux. Les fortes et très significatives corrélations trouvées, entre le poids des fruits et le poids de la matière fraîche d\'une part et entre le poids des fruits et le poids des graines d\'autre part, montrent que la taille est un bon indicateur de production de pulpe et de graine. L\'analyse multivariée montre que la diversité morphologique est structurée avec répartition des arbres en quatre groupes distincts basés sur les caractères discriminants suivants : le diamètre du fruit (DF), le nombre de graines par noyau (NG), le poids de la graine (PG), la hauteur du fût (HF) de l\'arbre et le nombre de branches principales (NB). La grande variabilité pour tous les caractères montre qu\'il existe un potentiel pour des sélections en vue de l\'amélioration de cette espèce. Keywords: Sclerocarya birrea subsp birrea, variabilité morphologique, Burkina FasoInternational Journal of Biological and Chemical Sciences Vol. 2 (4) 2008: pp. 549-56

Préservation de la diversité génétique dans le genre Gossypium au Burkina Faso: collecte et évaluations préliminaires de cotonniers locaux

Le but de l’étude a été de réunir et d’évaluer la diversité génétique des cotonniers traditionnels afin de les valoriser et de les conserver. Dans 243 villages, 336 accessions ont été collectées. Pendant la campagne hivernale 2010-2011, une évaluation préliminaire a été faite à partir de 25 caractères qualitatifs et quantitatifs. Les résultats ont révélé la présence d’un grand nombre d’écotypes différents appartenant aux espèces diploïdes (Gossypium arboreum et G. herbaceum) et tétraploïdes (G. hirsutum et G. barbadense) de cotonniers cultivés. Au plan qualitatif, les caractères «forme des feuilles», «forme des capsules» et «couleur du duvet» ont été les plus discriminants, subdivisant les accessions en 3 groupes. Les variables quantitatives, ont montré une opposition nette entre celles liées à l’architecture et celles liées à la production. L’ACP a mis en exergue 6 groupes de diversité. Les groupes G1, G2 et G3 étaient homogènes. Les autres groupes, cosmopolites, et la forte dispersion d’accessions dans le plan confirment l’importante diversité génétique intra- et inter-écotypes. Cette richesse génétique sera conservée, surtout son évaluation approfondie est en cours. Les cotonniers locaux jadis négligés pourraient s’avérer utiles dans un contexte de changements climatiques et de rétrécissement continu de la base génétique des variétés cultivées.Mots clés : Burkina Faso, cotonniers traditionnels, Gossypium spp., prospection-collecte, diversité morphologique

Etat des lieux de la reproduction sexuée des ignames africaines Dioscorea cayenensis – Dioscorea rotundata cultivées au Bénin

Les ignames sont d’importantes plantes alimentaires à multiplication végétative dont l’amélioration et la création variétale dépendent, comme chez les végétaux, de la maîtrise de la biologie de la reproduction sexuée. L’état des lieux des cultivars florifères des ignames africaines Dioscorea cayenensis – D. rotundata a été  réalisé à Djidja et à Ouaké, deux communes productrices du Bénin par une approche participative, à travers des focus-groups, des enquêtes individuelles et des visites de champs. Ainsi, à Ouaké, vingt quatre (24) cultivars ont été recensés, dont dix-neuf (19), soit 79% florifères avec 74% de mâles, 21% de femelles et 5% sont monoïques. Le taux de fructification est d’environ 15 fruits par pied. A Djidja, vingt-six (26) cultivars sont recensés dont vingt-trois (23), soit 88% florifères avec 57% de femelle et 43% de mâle. Le taux de fructification à Djidja est élevé 102 fruits par pied en moyenne. Le taux de floraison femelle et le taux de  fructification sont beaucoup plus importants à Djidja qu’à Ouaké. Dans le but de l’amélioration et de la création variétale, le site de Djidja semble être plus propice à l’utilisation de la reproduction sexuée chez les ignames cultivées que celui de Ouaké.Mots clés : Igname, floraison, fructification, Djidja, Ouaké

Caractérisation de quelques écotypes performants de sorghos Burkinabés

Cinquante-huit (58) écotypes de sorgho ont été sélectionnés dans la collection de sorghos de l’Université de Ouagadougou et caractérisés dans le cadre de l’évaluation de leur performance. Le choix des écotypes a porté sur leur productivité et les qualités liées à leur appréciation par les paysans. La caractérisation agronomique a révélé l’existence d’une très grande variabilité autour des caractères liés à la productivité. L’analyse de la matrice de corrélation a révélé des associations positives entre les caractères de production et ceux de rusticité telle l’aptitude au tallage. La comparaison réalisée avec l’évaluation de 1991 a montré des différences dont la plus importante est celle liée au rendement potentiel. L’identification des écotypes performants et des géniteurs de caractères a permis de ressortir quelques écotypes dont les qualités liées tant à la production qu’à la rusticité sont des atouts autour de quoi, l’espoir peut être fondé dans l’accroissement des productions et l’amélioration de sorghos du Burkina Faso.Mots clés : Sorghos performants, géniteurs de caractères, variabilité, productivité

Évaluation de la diversité génétique des sorghos à grains sucrés (Sorghum bicolor (L.) Moench) du Nord du Burkina Faso

Objectif : L’étude a pour objectif de déterminer le niveau de diversité agromorphologique des sorghos à grains sucrés du Nord du Burkina et d’estimer les paramètres génétiques de la collection en vue d’identifier les meilleures stratégies d’amélioration variétale.Méthodologie et résultats : Les résultats de l’étude réalisée sur 37 accessions selon un dispositif blocs Fisher à trois répétitions révèlent une importante diversité morphologique structurée autour des caractères végétatifs et du rendement et une répartition des accessions en quatre groupes sur la base principalement de la hauteur de la plante et du rendement grains par plante. L’évaluation des paramètres génétiques a montré une faible différence entre les coefficients de variation phénotypique et génotypique et une héritabilité au sens large élevée pour tous les caractères. Les caractères liés au rendement ont exprimé une héritabilité au sens large et un gain génétique attendu élevé alors que les caractères végétatifs ont enregistré une héritabilité au sens large élevée et un faible gain génétique attendu. Le cycle a présenté une héritabilité au sens large élevé et un gain génétique attendu modéré.Conclusion et application : Les 4 groupes obtenus qui sont des entités constituées de pools de gènes différents pourraient servir de géniteurs pour la création de variétés répondant aux attentes des paysans. La diversité génétique observée au sein des sorghos à grains sucrés du Nord du Burkina pourrait être exploitée dans les programmes de sélection du sorgho. Les résultats de l’évaluation des paramètres génétiques permettent d’envisager l’amélioration des sorghos à grains sucrés par une méthode de sélection directe.Mots clés : Sorghos à grains sucrés, diversité agromorphologique, Nord du Burkina Fas

Variation de caractères agromorphologiques et du Brix d’une collection de sorghos à tige sucrée du Burkina Faso

Le sorgho à tige sucrée est de nos jours une plante d’intérêt utilisée pour la production de biocarburant. Au Burkina Faso, les ressources génétiques de ce sorgho ne sont pas connues, encore moins exploitées. Pour comprendre les relations entre la concentration en sucre des tiges et les caractères agromorphologiques de cette plante, 117 accessions ont été collectées dans quatre zones agro-climatiques du Burkina Faso. La caractérisation a été faite à partir de 15 variables quantitatives et de variables qualitatives qui discriminent pour la plupart les races de sorgho cultivé. Cette étude montre que les sorghos à tige sucrée du Burkina Fasoprésentent une diversité raciale plus importante en comparaison avec ceux d’autres pays comme le Mali et la Guinée. La majorité des accessions à nervure verte (77,21% d’entre elles) ont des tiges juteuses jusqu’à la maturité physiologique des grains. Le Brix des tiges au stade grain dur varie entre 8,88 et 21,83%. Il est négativement corrélé au rendement en grains par plante. Les accessions les plus sucrées sont celles à cycle longavec une importante biomasse. Les facteurs « zone climatique » et « race botanique» contribuent tous à expliquer la diversité observée avec  cependant un effet plus important du facteur racial.© 2013 International Formulae Group. All rights reserved.Mots clés : accession, diversité agromorphologique, zone climatique, race

Genetic diversity of Sclerocarya birrea subspecies birrea populations in Burkina Faso detected by RAPDs

Sclerocarya birrea, multipurpose plant is characteristic of the Sahel-Sudanian savanna and is widespread in West Africa. Although this species has a high socio-economic importance, its genetic organization was not well characterized in Burkina Faso. In this study, the intra and interpopulation genetic diversity of S. birrea was determined by random amplified polymorphic deoxyribonucleic acid (RAPD) markers. We found a high average of intra population genetic diversity (He = 0.20) among S. birrea populations. The species populations were also characterized by their low genetic differentiation (Gst = 0.24), indicating a significant exchange of genes flow between populations. The whole population was clustered into four groups without reference of site and climatic zone. The Mantel test suggested that genetic distances between populations were not correlated to geographic distances. Our results strongly suggest that the structure and the level of this species’ genetics diversity may be due to its mode of dissemination involving ruminants.Key words: Genetic, variation, Sclerocarya birrea subspecies birrea, populations, RAPDs markers, Burkina Faso

An Effective Method to Purify Plasmodium falciparum DNA Directly from Clinical Blood Samples for Whole Genome High-Throughput Sequencing

Highly parallel sequencing technologies permit cost-effective whole genome sequencing of hundreds of Plasmodium parasites. The ability to sequence clinical Plasmodium samples, extracted directly from patient blood without a culture step, presents a unique opportunity to sample the diversity of “natural” parasite populations in high resolution clinical and epidemiological studies. A major challenge to sequencing clinical Plasmodium samples is the abundance of human DNA, which may substantially reduce the yield of Plasmodium sequence. We tested a range of human white blood cell (WBC) depletion methods on P. falciparum-infected patient samples in search of a method displaying an optimal balance of WBC-removal efficacy, cost, simplicity, and applicability to low resource settings. In the first of a two-part study, combinations of three different WBC depletion methods were tested on 43 patient blood samples in Mali. A two-step combination of Lymphoprep plus Plasmodipur best fitted our requirements, although moderate variability was observed in human DNA quantity. This approach was further assessed in a larger sample of 76 patients from Burkina Faso. WBC-removal efficacy remained high (<30% human DNA in >70% samples) and lower variation was observed in human DNA quantities. In order to assess the Plasmodium sequence yield at different human DNA proportions, 59 samples with up to 60% human DNA contamination were sequenced on the Illumina Genome Analyzer platform. An average ∼40-fold coverage of the genome was observed per lane for samples with ≤30% human DNA. Even in low resource settings, using a simple two-step combination of Lymphoprep plus Plasmodipur, over 70% of clinical sample preparations should exhibit sufficiently low human DNA quantities to enable ∼40-fold sequence coverage of the P. falciparum genome using a single lane on the Illumina Genome Analyzer platform. This approach should greatly facilitate large-scale clinical and epidemiologic studies of P. falciparum

Impact of the addition of azithromycin to antimalarials used for seasonal malaria chemoprevention on antimicrobial resistance of Streptococcus pneumoniae.

OBJECTIVE: A trial was conducted in Burkina Faso and Mali to investigate whether addition of azithromycin to the antimalarials used for seasonal malaria chemoprevention reduces mortality and hospital admissions of children. We tested the sensitivity of nasal isolates of Streptococcus pneumoniae obtained during this trial to azithromycin and other antibiotics. METHODS: Azithromycin or placebo was administered monthly, in combination with the antimalarials used for seasonal malaria chemoprevention, for four months, over the annual malaria transmission seasons of 2014, 2015, and 2016. Nasopharyngeal swabs were collected from 2773 Burkinabe and 2709 Malian children on seven occasions: in July and December each year prior to and after drug administration, and at a final survey in early 2018. Pneumococci were isolated from nasopharyngeal swabs and tested for sensitivity to azithromycin and other antibiotics. RESULTS: A total of 5482 samples were collected. In Burkina Faso, the percentage of pneumococcal isolates resistant to azithromycin among children who had received it increased from 4.9% (95% CI: 2.4%, 9.9%) before the intervention to 25.6% (95% CI: 17.6%, 35.7%) afterward. In Mali, the increase was from 7.6% (95% CI: 3.8%, 14.4%) to 68.5% (95% CI: 55.1%, 79.4%). The percentage of resistant isolates remained elevated (17.7% (95% CI: 11.1%, 27.1%) in Burkina Faso and 19.1% (95% CI: 13.5%, 26.3%) in Mali) among children who had received azithromycin 1 year after stopping the intervention. An increase in resistance to azithromycin was also observed in children who had received a placebo but it was less marked. CONCLUSION: Addition of azithromycin to the antimalarial combination used for seasonal malaria chemoprevention was associated with an increase in resistance of pneumococci to azithromycin and erythromycin, which persisted 1 year after the last administration of azithromycin