AID/APOBEC-network reconstruction identifies pathways associated with survival in ovarian cancer

Background Building up of pathway-/disease-relevant signatures provides a persuasive tool for understanding the functional relevance of gene alterations and gene network associations in multifactorial human diseases. Ovarian cancer is a highly complex heterogeneous malignancy in respect of tumor anatomy, tumor microenvironment including pro-/antitumor immunity and inflammation; still, it is generally treated as single disease. Thus, further approaches to investigate novel aspects of ovarian cancer pathogenesis aiming to provide a personalized strategy to clinical decision making are of high priority. Herein we assessed the contribution of the AID/APOBEC family and their associated genes given the remarkable ability of AID and APOBECs to edit DNA/RNA, and as such, providing tools for genetic and epigenetic alterations potentially leading to reprogramming of tumor cells, stroma and immune cells. Results We structured the study by three consecutive analytical modules, which include the multigene-based expression profiling in a cohort of patients with primary serous ovarian cancer using a self-created AID/APOBEC-associated gene signature, building up of multivariable survival models with high predictive accuracy and nomination of top-ranked candidate/target genes according to their prognostic impact, and systems biology-based reconstruction of the AID /APOBEC-driven disease-relevant mechanisms using transcriptomics data from ovarian cancer samples. We demonstrated that inclusion of the AID/APOBEC signature-based variables significantly improves the clinicopathological variables-based survival prognostication allowing significant patient stratification. Furthermore, several of the profiling-derived variables such as ID3, PTPRC/CD45, AID, APOBEC3G, and ID2 exceed the prognostic impact of some clinicopathological variables. We next extended the signature-/modeling- based knowledge by extracting top genes co-regulated with target molecules in ovarian cancer tissues and dissected potential networks/pathways/regulators contributing to pathomechanisms. We thereby revealed that the AID/APOBEC- related network in ovarian cancer is particularly associated with remodeling/fibrotic pathways, altered immune response, and autoimmune disorders with inflammatory background. Conclusions The herein study is, to our knowledge, the first one linking expression of entire AID/APOBECs and interacting genes with clinical outcome with respect to survival of cancer patients. Overall, data propose a novel AID/APOBEC-derived survival model for patient risk assessment and reconstitute mapping to molecular pathways. The established study algorithm can be applied further for any biologically relevant signature and any type of diseased tissue

Religion als das Andere der Gewalt. Zur not-wendigen Rekonstruktion einer politischen Bestimmung

Vorbemerkung Der Ausgangspunkt der folgenden Überlegungen ist ein begrifflicher – oder besser: die Schwierigkeit, Begriffe wie „Politische Philosophie”, „Politische Theologie” oder „Politische Religion” ohne jede weitere Differenzierung aufzugreifen. Da ich mich selbst als Politischer Theologe im Sinne von Johann Baptist Metz verstehe und darin zugleich die Nähe zu einer bestimmten jüngeren Politischen Philosophie aus dem französischen und italienischen Sprachraum erkenne, stellt sich das Pro..

Religion als das Andere der Gewalt. Zur not-wendigen Rekonstruktion einer politischen Bestimmung

Vorbemerkung Der Ausgangspunkt der folgenden Überlegungen ist ein begrifflicher – oder besser: die Schwierigkeit, Begriffe wie „Politische Philosophie”, „Politische Theologie” oder „Politische Religion” ohne jede weitere Differenzierung aufzugreifen. Da ich mich selbst als Politischer Theologe im Sinne von Johann Baptist Metz verstehe und darin zugleich die Nähe zu einer bestimmten jüngeren Politischen Philosophie aus dem französischen und italienischen Sprachraum erkenne, stellt sich das Pro..

Der „Ort“ des Bildes. „Spurhafte“ Referentialität (nicht nur) in der Photographie

Das Projekt der Referentialität verweist auf ein komplexes temporales Verhältnis, in welchem es den Spannungsbogen zwischen Es, Da und So zu bedenken gilt. Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft erweisen sich als Grundpfeiler des Bildgeschehens, indem sie kein statisches Verhältnis markieren, sondern in ein Spiel dynamischer Formation entlassen sind. Das betrachtende Subjekt ist in einer irreduziblen Weise in dieses Spiel involviert, insofern es sich dazu genötigt sieht, die Offenheit der referentiellen Beziehung im photographischen Bild zu bündeln und hierin jeweils eine bestimmte Bezugnahme zu bezeugen

Das Bild als Referenz - Fragen zu einem Verhältnis

Welche Art von Beziehung zeichnet den Bildcharakter des Bildes aus? Welche Beziehungshaftigkeit zwischen Bild und Bild-Außerhalb manifestiert sich im Bild-Gegenstand? In welcher Form ließe sich überhaupt über „Bildlichkeit“ sprechen, wenn wir zunächst diese Beziehungshaftigkeit in den Blick nehmen wollen? Kurz: Was und Wo ist das Bild? In der vorliegenden Ausgabe der Sektion „Bild Wissen Technik“ soll ausgehend von dieser Fragestellung vor allem jene Art der Beziehungshaftigkeit auf ihre Spezifität hin geprüft werden, die im Feld der Photographie ein gängiges Thema der Auseinandersetzung ist: die Referenz oder der Index

Analysis of luminescence spectra of leucite (KAlSiO4)

We are grateful to Professor P. D. Townsend for the guidelines for the experiments and Dr. M. L. Clarke for recording the RL measurements using the high-sensitivity TL spectrometer at the University of Sussex. Thanks are due to Eladio Vila for the high-temperature X-ray measurements and Paul Giblin for a critical review of the manuscript.High-sensitivity radioluminescence (RL) and thermoluminescence (TL) measurements were carried out on samples of natural leucite (with 2.95% of Na2O) from Campania Vessa (Italy). Samples were annealed to modify the charge compensation through alkali metal self-diffusion and to produce luminescence centres. High-temperature powder diffraction, scanning electron microscopy and chemical analyses were performed to monitor the tetragonal–cubic phase transitions and the thermal drainage of alkali metal ions from the aluminosilicate lattice. The emission spectral bands of leucite (300, 380, 430, 480, 560 and 680 nm) match those of other Na/K-aluminosilicates (alkali metal feldspars) and could be attributed to similar defects. TL glow curves of increasingly pre-irradiated natural leucite (range 0–20 Gy) showed no changes above 300 °C, whereas some changes were observed with annealed samples (1000 °C for 12 h). This temperature is the starting point of Na self-diffusion within the aluminosilicate lattices. The areas of the TL glow curves of both natural and annealed ß-irradiated leucites can be fitted with a linear function with high correlation. These results are in agreement with high alkali metal loss (K2O 12% and Na2O 18%) during thermal pre-treatment, high cell volume expansion (from 2350 to 2500 Å) and the cubic Ia3d↔tetragonal I41/a phase transition. This promotes the egress of alkali metal ions and the production of [AlO4/M+]°, [AlO4/H+]° and [AlO4]° luminescence centres.The work was supported by the DGICYT, project PB 98-0501.Peer reviewe