The growth of leguminous plants during primary succession in post-mining sites

Výsypky po těžbě uhlí se vyznačují nepříznivými podmínkami omezující rychlý rozvoj přirozené vegetace, kterým je zejména velmi nízké množství dusíku v půdě. Rostliny se schopností symbiotické fixace dusíku se mohou uplatnit při obnově těchto degradovaných území, protože zvýší obsah dusíku v půdě a urychlí primární sukcesi na výsypce. Cílem této práce bylo vyhodnotit růst tří druhů rostlin z čeledi Fabaceae, a to jetele lučního (Trifolium pratense), štírovníku růžkatého (Lotus corniculatus) a vikve ptačí (Vicia cracca), v různě starých půdách z výsypek, které byly rekultivovány, a porovnat je s růstem v půdách z ploch, které se vyvíjely spontánní sukcesí. Dále porovnat změny v růstu těchto druhů rostlin v situaci, kdy v půdě rostly samostatně oproti růstu v konkurenci s travou lipnicí smáčknutou (Poa compressa). Dalším cílem bylo na základě měření různých parametrů v půdě vyhodnotit vliv růstu těchto rostlin na půdní vlastnosti v průběhu primární sukcese. Do prosátých půd odebraných na Velké podkrušnohorské výsypce po těžbě hnědého uhlí u Sokolova byly nasety zmíněné druhy rostlin. Růst probíhal ve skleníku po dobu 5 měsíců. Následně byla stanovena nadzemní a podzemní biomasa rostlin, vlhkost půdy, respirace půdy, pH půdy, dostupný fosfor a železo, celkový uhlík, celkový dusík a C:N poměr v půdě....Post-mining sites are characterized by unfavorable conditions limiting the rapid development of natural vegetation, which is particularly low nitrogen in the soil. Plants with symbiotic nitrogen fixation can be used for reclamation these degraded areas because they increase the nitrogen content in soil and accelerate the primary succession on the dump. The aim of this study was to evaluate the growth of three species of plants of the family Fabaceae, namely red clover (Trifolium pratense), bird's foot trefoil (Lotus corniculatus) and bird wetch (Vicia cracca), in differently old soils from dumps that were reclaimed and compare them to the growth in soils from areas that developed by spontaneous succession. Furthermore, to compare the changes in the growth of these species of plants in a situation where they grew separately in the soil compared to the growth in competition with grass (Poa compressa). Another aim was to evaluate the influence of the growth of these plants on soil properties during primary succession on the basis of measurement of various parameters in soil. The mentioned species of plants were sown into the sifted soils taken from the Velká podkrušnohorská výsypka after brown coal mining near Sokolov. The growth took place in a greenhouse for 5 months. Subsequently, above-ground and...Ústav pro životní prostředíInstitute for Environmental StudiesFaculty of SciencePřírodovědecká fakult

Identification of new potential biomarkers of preterm birth in amniotic fluid

Předčasný porod, tedy porod před ukončeným 37. týdnem těhotenství představuje celosvětový problém (10 % dětí se ročně narodí předčasně). Je hlavním důvodem novorozenecké úmrtnosti a nemocnosti. V současné době nejsou dostupné vhodné predikční markery pro včasné odhalení rizika předčasného porodu. Cílem této práce je uvést základní přehled problematiky předčasného porodu, analyzovat vzorky plodových vod pomocí exploratorních proteomických metod a poskytnout možný panel dysregulovaných proteinů vhodných pro další studium. Tato studie porovnávající vzorky plodových vod od žen, které porodily předčasně s termínovými porody, odhalila 18 signifikantně dysregulovaných proteinů.Preterm birth is the birth of a baby less than 37 weeks of gestational age. It accounts for the main reason for perinatal mortality and long-term morbidity. The preterm birth rate (around 10 %) is a worldwide complication. A reliable screening tool that could reduce the incidence by early diagnosis has not been found. The aim of this project is to summarize current knowledge about the preterm birth problematic, analyze samples of amniotic fluid using the proteomic shotgun accesses and show the list of potential predictive markers suitable for further investigation. The results of this case-cohort study of amniotic fluid samples showed 18 significantly dysregulated proteins.Fakulta chemicko-technologickáDokončená práce s úspěšnou obhajobo

Komplexní proteomické vyšetření infekčních a zánětlivých změn v pozdním předčasném prasknutí membrány před porodem

Preterm prelabour rupture of membranes beyond the 34th week of gestation (late PPROM) is frequently associated with the risk of the microbial invasion of the amniotic fluid (MIAC) and histological chorioamnionitis (HCA). Hence, we employed a Tandem Mass Tag-based approach to uncover amniotic fluid proteome response to the presence of MIAC and HCA in late PPROM. Protein dysregulation was associated with only five cases in the group of 15 women with confirmed MIAC and HCA. Altogether, 138 amniotic fluid proteins were changed in these five cases exclusively. These proteins were particularly associated with excessive neutrophil responses to infection, such as neutrophil degranulation and extracellular trap formation. We believe that the quantification of these proteins in amniotic fluid may assist in revealing women with the highest risk of excessive inflammatory response in late PPROM.Předčasná ruptura prebuněčných membrán po 34. týdnu těhotenství (pozdní PPROM) je často spojena s rizikem mikrobiální invaze plodové vody (MIAC) a histologické chorioamnionitidy (HCA). Proto jsme použili přístup založený na tandemové hmotnostní spektrometrii k odhalení reakce proteomu plodové vody na přítomnost MIAC a HCA v pozdní PPROM. Proteinová dysregulace byla spojena pouze s pěti případy ve skupině 15 žen s potvrzeným MIAC a HCA. Celkově bylo v těchto pěti případech změněno 138 proteinů plodové vody. Tyto proteiny byly zvláště spojeny s nadměrnými reakcemi neutrofilů na infekci, jako je degranulace neutrofilů a tvorba extracelulární pasti. Věříme, že kvantifikace těchto proteinů v plodové vodě může pomoci odhalit ženy s nejvyšším rizikem nadměrné zánětlivé odpovědi v pozdním PPROM

Spojení proteomu amniotické tekutiny v polovině trimestru se spontánním předčasným porodem a délkou těhotenství

Background Amniotic fluid is clinically accessible via amniocentesis and its protein composition may correspond to birth timing. Early changes in the amniotic fluid proteome could therefore be associated with the subsequent development of spontaneous preterm delivery. Objective The main objective of this study was to perform unbiased proteomics analysis of the association between mid-trimester amniotic fluid proteome and spontaneous preterm delivery and gestational duration, respectively. A secondary objective was to validate and replicate the findings by enzyme-linked immunosorbent assay using a second independent cohort. Methods Women undergoing a mid-trimester genetic amniocentesis at Sahlgrenska University Hospital/Ostra between September 2008 and September 2011 were enrolled in this study, designed in three analytical stages; 1) an unbiased proteomic discovery phase using LC-MS analysis of 22 women with subsequent spontaneous preterm delivery (cases) and 37 women who delivered at term (controls), 2) a validation phase of proteins of interest identified in stage 1, and 3) a replication phase of the proteins that passed validation using a second independent cohort consisting of 20 cases and 40 matched controls. Results Nine proteins were nominally significantly associated with both spontaneous preterm delivery and gestational duration, after adjustment for gestational age at sampling, but none of the proteins were significant after correction for multiple testing. Several of these proteins have previously been described as being associated with spontaneous PTD etiology and six of them were thus validated using enzyme linked immunosorbent assay. Two of the proteins passed validation; Neutrophil gelatinase-associated lipocalin and plasminogen activator inhibitor 1, but the results could not be replicated in a second cohort. Conclusions Neutrophil gelatinase-associated lipocalin and Plasminogen activator inhibitor 1 are potential biomarkers of spontaneous preterm delivery and gestational duration but the findings could not be replicated. The negative findings are supported by the fact that none of the nine proteins from the exploratory phase were significant after correction for multiple testing.Dosavadní výzkum Plodová voda je klinicky přístupná prostřednictvím amniocentézy a její proteinové složení může odpovídat načasování porodu. Časné změny v proteomu plodové vody by proto mohly být spojeny s následným vývojem spontánního předčasného porodu. Cíl Hlavním cílem této studie bylo provést objektivní proteomickou analýzu asociace mezi proteomem plodové vody ve středním trimestru a spontánním předčasným porodem, respektive gestační dobou. Sekundárním cílem bylo ověřit a replikovat nálezy pomocí enzymového imunosorbentního testu s použitím druhé nezávislé kohorty. Metody Do této studie, která byla koncipována ve třech analytických fázích, byly zařazeny ženy podstupující genetickou amniocentézu v polovině trimestru ve Fakultní nemocnici Sahlgrenska / Ostra v období od září 2008 do září 2011; 1) nezaujatá fáze proteomického objevu pomocí LC-MS analýzy 22 žen s následným spontánním předčasným porodem (případy) a 37 žen, které porodily v termínu (kontroly), 2) ověřovací fáze sledovaných proteinů identifikovaných ve stadiu 1 a 3 ) replikační fáze proteinů, která prošla validací pomocí druhé nezávislé kohorty skládající se z 20 případů a 40 shodných kontrol. Výsledky Devět proteinů bylo nominálně významně spojeno jak se spontánním předčasným porodem, tak s gestačním trváním po úpravě na gestační věk při odběru vzorků, ale žádný z proteinů nebyl významný po korekci na vícenásobné testování. Některé z těchto proteinů byly dříve popsány jako asociované se spontánní etiologií PTD a šest z nich bylo tedy validováno pomocí enzymového imunosorbentního testu. Dva z proteinů prošly validací; Lipokalin spojený s neutrofilní gelatinázou a inhibitor aktivátoru plazminogenu 1, ale výsledky nemohly být replikovány ve druhé kohortě. Závěry Lipokalin spojený s neutrofilní gelatinázou a inhibitor aktivátoru plazminogenu 1 jsou potenciálními biomarkery spontánního předčasného porodu a gestačního trvání, ale nálezy nelze replikovat. Negativní zjištění podporuje skutečnost, že žádný z devíti proteinů z průzkumné fáze nebyl významný po korekci na vícenásobné testování