The κB transcriptional enhancer motif and signal sequences of V(D)J recombination are targets for the zinc finger protein HIVEP3/KRC: a site selection amplification binding study

BACKGROUND: The ZAS family is composed of proteins that regulate transcription via specific gene regulatory elements. The amino-DNA binding domain (ZAS-N) and the carboxyl-DNA binding domain (ZAS-C) of a representative family member, named κB DNA binding and recognition component (KRC), were expressed as fusion proteins and their target DNA sequences were elucidated by site selection amplification binding assays, followed by cloning and DNA sequencing. The fusion proteins-selected DNA sequences were analyzed by the MEME and MAST computer programs to obtain consensus motifs and DNA elements bound by the ZAS domains. RESULTS: Both fusion proteins selected sequences that were similar to the κB motif or the canonical elements of the V(D)J recombination signal sequences (RSS) from a pool of degenerate oligonucleotides. Specifically, the ZAS-N domain selected sequences similar to the canonical RSS nonamer, while ZAS-C domain selected sequences similar to the canonical RSS heptamer. In addition, both KRC fusion proteins selected oligonucleoties with sequences identical to heptamer and nonamer sequences within endogenous RSS. CONCLUSIONS: The RSS are cis-acting DNA motifs which are essential for V(D)J recombination of antigen receptor genes. Due to its specific binding affinity for RSS and κB-like transcription enhancer motifs, we hypothesize that KRC may be involved in the regulation of V(D)J recombination

D-Penicillamine Metabolism in an In-Vivo Model of Inflamed Synovium

Oxidation to disulphides is the chief metabolic transformation of D-penicillamine (D-pen) in patients with rheumatoid arthritis. Oxidation also occurs in many biological fluids in-vitro. Reduction of oxygen species may accompany the oxidation of D-pen under appropriate conditions and may mediate the anti-rheumatic action of D-pen. The transformation of D-pen therefore was examined in an in-vivo model of inflamed synovium. Subcutaneous air-pouches of groups of rats were treated with saline, 10% serum or 10% zymosan activated serum (ZAS). The transformation of D-pen to low molecular weight (LMW) metabolites and protein conjugates within the pouch was then assessed. The concentrations of total protein were significantly higher in the serum and ZAS-treated groups than in the saline-treated group and the inflammatory cell counts were significantly higher in the ZAS-treated group than in either of the other groups, as expected. D-pen oxidised rapidly to LMW metabolites and smaller amounts of D-pen-protein conjugate (D-pen-protein) in the air pouches of all animals. The rates of oxidation to LMW metabolites were greater in the ZAS-treated animals than the saline-treated group (p less than 0.005). The concentrations of D-pen-protein conjugate were also greater for the serum-treated and ZAS-treated animals than for the saline controls (p less than 0.005 in each case) at all times. Oxidation of D-pen therefore occurs at this site of inflammation and is influenced by local conditions. This may be important to understanding the forms in which D-pen exists in inflamed synovial joints and the way it may exert its antirheumatic activity

Sublinear-Time Cellular Automata and Connections to Complexity Theory

Im Gebiet des verteilten Rechnens werden Modelle untersucht, in denen sich mehrere Berechnungseinheiten koordinieren, um zusammen ein gemeinsames Ziel zu erreichen, wobei sie aber nur über begrenzte Ressourcen verfügen — sei diese Zeit-, Platz- oder Kommunikationskapazitäten. Das Hauptuntersuchungsobjekt dieser Dissertation ist das wohl einfachste solche Modell überhaupt: (eindimensionale) Zellularautomaten. Unser Ziel ist es, einen besseren Überblick über die Fähigkeiten und Einschränkungen des Modells und ihrer Varianten zu erlangen in dem Fall, dass die gesamte Bearbeitungszeit deutlich kleiner als die Größe der Eingabe ist (d. h. Sublinear-Zeit). Wir führen unsere Analyse von dem Standpunkt der Komplexitätstheorie und stellen dabei auch Bezüge zwischen Zellularautomaten und anderen Gebieten wie verteiltes Rechnen und Streaming-Algorithmen her. Sublinear-Zeit Zellularautomaten. Ein Zellularautomat (ZA) besteht aus identischen Zellen, die entlang einer Linie aneinandergereiht sind. Jede Zelle ist im Wesentlichen eine sehr primitive Berechnungseinheit (nämlich ein deterministischer endlicher Automat), die mit deren beiden Nachbarn interagieren kann. Die Berechnung entsteht durch die Aktualisierung der Zustände der Zellen gemäß derselben Zustandsüberführungsfunktion, die gleichzeitig überall im Automaten angewendet wird. Die von uns betrachteten Varianten sind unter anderem schrumpfende ZAs, die (gewissermaßen) dynamisch rekonfigurierbar sind, sowie eine probabilistische Variante, in der jede Zelle mit Zugriff auf eine faire Münze ausgestattet ist. Trotz überragendem Interesse an Linear- und Real-Zeit-ZAs scheint der Fall von Sublinear-Zeit im Großen und Ganzen von der wissenschaftlichen Gemeinschaft vernachlässigt worden zu sein. Wir arbeiten die überschaubare Anzahl an Vorarbeiten zu dem Thema auf, die vorhanden ist, und entwickeln die daraus stammenden Techniken weiter, sodass deren Spektrum an Anwendungsmöglichkeiten wesentlich breiter wird. Durch diese Bemühungen entsteht unter anderem ein Zeithierarchiesatz für das deterministische Modell. Außerdem übertragen wir Techniken zum Beweis unterer Schranken aus der Komplexitätstheorie auf das Modell der schrumpfenden ZAs und entwickeln neue Techniken, die auf probabilistische Sublinear-Zeit-ZAs zugeschnitten sind. Ein Bezug zu Härte-Magnifizierung. Ein Bezug zu Komplexitätstheorie, die wir im Laufe unserer Untersuchungen herstellen, ist ein Satz über Härte-Magnifizierung (engl. hardness magnification) für schrumpfende ZAs. Hier bezieht sich Härte-Magnifizierung auf eine Reihe neuerer Arbeiten, die bezeugen, dass selbst geringfügig nicht-triviale untere Schranken sehr beeindruckende Konsequenzen in der Komplexitätstheorie haben können. Unser Satz ist eine Abwandlung eines neuen Ergebnisses von McKay, Murray und Williams (STOC, 2019) für Streaming-Algorithmen. Wie wir zeigen kann die Aussage dabei genauso in Bezug auf schrumpfende ZAs formuliert werden, was sie auch beweisbar verstärkt. Eine Verbindung zu Sliding-Window Algorithmen. Wir verknüpfen das verteilte Zellularautomatenmodell mit dem sequenziellen Streaming-Algorithmen-Modell. Wie wir zeigen, können (gewisse Varianten von) ZAs von Streaming-Algorithmen simuliert werden, die bestimmten Lokalitätseinschränkungen unterliegen. Konkret ist der aktuelle Zustand des Algorithmus vollkommen bestimmt durch den Inhalt eines Fensters fester Größe, das wenige letzte Symbole enthält, die vom Algorithmus verarbeitet worden sind. Dementsprechend nennen wir diese eingeschränkte Form eines Streaming-Algorithmus einen Sliding-Window-Algorithmus. Wir zeigen, dass Sliding-Window-Algorithmen ZAs sehr effizient simulieren können und insbesondere in einer solchen Art und Weise, dass deren Platzkomplexität eng mit der Zeitkomplexität des simulierten ZA verbunden ist. Derandomisierungsergebnisse. Wir zeigen Derandomisierungsergebnisse für das Modell von Sliding-Window-Algorithmen, die Zufall aus einer binären Zufallsquelle beziehen. Dazu stützen wir uns auf die robuste Maschinerie von Branching-Programmen, die den gängigen Ansatz zur Derandomisierung von Platz-beschränkten Maschinen in der Komplexitätstheorie darstellen. Als eine Anwendung stellen sich Derandomisierungsergebnisse für probabilistische Sublinear-Zeit-ZAs heraus, die durch die oben genannten Verknüpfung erlangt werden. Vorhersageproblem für Pilz-Sandhaufen. Ein letztes Problem, das wir behandeln und das auch einen Bezug zu Sublinear-Zeitkomplexität im Rahmen von Zellularautomaten hat (obwohl nicht zu Sublinear-Zeit-Zellularautomaten selber), ist das Vorhersageproblem für Sandhaufen-Zellularautomaten. Diese Automaten sind basierend auf zweidimensionalen ZAs definiert und modellieren einen deterministischen Prozess, in dem sich Partikel (in der Regel denkt man an Sandkörnern) durch den Raum verbreiten. Das Vorhersageproblem fragt ob, gegeben eine Zellennummer $y$ und eine initiale Konfiguration für den Sandhaufen, die Zelle mit Nummer $y$ irgendwann vor einer gewissen Zeitschranke einen von Null verschiedenen Zustand erreichen wird. Die Komplexität dieses mindestens zwei Jahrzehnte alten Vorhersageproblems ist für zweidimensionelle Sandhaufen bemerkenswerterweise nach wie vor offen. Wir lösen diese Frage im Wesentlichen für eine neue Variante von Sandhaufen namens Pilz-Sandhaufen, die von Goles u. a. (Phys. Lett. A, 2020) vorgeschlagen worden ist. Unser Ergebnis ist besonders relevant, weil es innovative Erkenntnisse und neue Techniken liefert, die für die Lösung des offenen Problems im allgemeinen Fall von hoher Relevanz sein könnten

Description of Treponema azotonutricium sp. nov. and Treponema primitia sp. nov., the First Spirochetes Isolated from Termite Guts

Long after their original discovery, termite gut spirochetes were recently isolated in pure culture for the first time. They revealed metabolic capabilities hitherto unknown in the Spirochaetes division of the Bacteria, i.e., H2 plus CO2 acetogenesis (J. R. Leadbetter, T. M. Schmidt, J. R. Graber, and J. A. Breznak, Science 283:686-689, 1999) and dinitrogen fixation (T. G. Lilburn, K. S. Kim, N. E. Ostrom, K. R. Byzek, J. R. Leadbetter, and J. A. Breznak, Science 292:2495-2498, 2001). However, application of specific epithets to the strains isolated (Treponema strains ZAS-1, ZAS-2, and ZAS-9) was postponed pending a more complete characterization of their phenotypic properties. Here we describe the major properties of strain ZAS-9, which is readily distinguished from strains ZAS-1 and ZAS-2 by its shorter mean cell wavelength or body pitch (1.1 versus 2.3 µm), by its nonhomoacetogenic fermentation of carbohydrates to acetate, ethanol, H2, and CO2, and by 7 to 8% dissimilarity between its 16S rRNA sequence and those of ZAS-1 and ZAS-2. Strain ZAS-9 is proposed as the type strain of the new species, Treponema azotonutricium. Strains ZAS-1 and ZAS-2, which are H2-consuming, CO2-reducing homoacetogens, are proposed here to be two strains of the new species Treponema primitia. Apart from the salient differences mentioned above, the genomes of all three strains were similar in size (3,461 to 3,901 kb), in G+C content (50.0 to 51.0 mol%), and in possession of 2 copies of the gene encoding 16S rRNA (rrs). For comparison, the genome of the free-living spirochete Spirochaeta aurantia strain J1 was analyzed by the same methods and found to have a size of 3,719 kb, to contain 65.6 mol% G+C, and also to possess 2 copies of the rrs gene

Kato square root problem with unbounded leading coefficients

We prove the Kato conjecture for elliptic operators, $L=-\nabla\cdot\left((\mathbf A+\mathbf D)\nabla\ \right)$, with $\mathbf A$ a complex measurable bounded coercive matrix and $\mathbf D$ a measurable real-valued skew-symmetric matrix in $\mathbb{R}^n$ with entries in $BMO(\mathbb{R}^n)$;\, i.e., the domain of $\sqrt{L}\,$ is the Sobolev space $\dot H^1(\mathbb{R}^n)$ in any dimension, with the estimate $\|\sqrt{L}\, f\|_2\lesssim \| \nabla f\|_2$

Zero area singularities in general relativity and inverse mean curvature flow

First we restate the definition of a Zero Area Singularity, recently introduced by H. Bray. We then consider several definitions of mass for these singularities. We use the Inverse Mean Curvature Flow to prove some new results about the mass of a singularity, the ADM mass of the manifold, and the capacity of the singularity.Comment: 13 page