Entwicklung eines Evaluations-Frameworks für instanzbasierte Ontologie-Matching-Verfahren

Ontologien sind ein weit verbreitetes Modell zur Repräsentation von Wissen, und werden u.a. im Semantic Web eingesetzt. In vielen verschiedenen Anwendungsgebieten wie z.B. der Informationsintegration, ist ein Matching der Ontologien notwendig. Es existieren schon einige Matchingsysteme, deren Qualität durch die Einführung von und die Teilnahme an Evaluations-Initiativen wie der OAEI, gut miteinander verglichen werden kann. Für instanzbasierte Matcher bzw. für Systeme, die hauptsächlich Instanzinformationen zum matchen nutzen, gibt es aber kaum geeignete Test-Ontologien oder -Szenarien. Dieser Beitrag soll die Anforderungen an ein solches Evaluations-Framework spezifizieren und erste Ideen zur Umsetzung eines solchen aufzeigen

New Concepts for Quality Assurance of Lightweight Material

Lightweight material became more and more important during the last years. To ensure a defect-free production, effective measurement solutions for quality assurance are necessary. The Laser stripe sensors enable the evaluation of form deviations. For the detection of internal defects thermography provides a suitable solution. On this account the combination of these two non-destructive testing principles gives an opportunity to detect different kinds of defects regarding the outer geometry and the material within the parts. This paper deals with varied concepts to combine laser stripe sensor system and thermography and shows the potential of these methods

Molecular epidemiology and population biology of Clostridium difficile

Clostridium difficile ist der häufigste Erreger postantibiotischer Diarrhöen. Um die Verbreitung epidemischer Erregervarianten erfassen zu können, ist eine molekulare Typisierung erforderlich. Über die DNA-Sequenzanalyse repetitiver Regionen wurde ein neues Typisierverfahren (Tandem-Repeat-Sequenz-Typisierung) für C. difficile entwickelt. Die TRST verfügt über eine hohe Konkordanz zu etablierten Verfahren und kann die klonale Populationsstruktur und Phylogenie von C. difficile korrekt abbilden. Durch die Sequenzanalyse werden dabei reproduzierbar eindeutige Typen festgelegt und die Nachteile subjektiv auszuwertender Typisierverfahren überwunden, wodurch die Vergleichbarkeit internationaler Studien gewährleistet wird. In den letzten Jahren ist die Inzidenz von C. difficile Infektionen weltweit gestiegen, zum Teil assoziiert mit der Ausbreitung des Epidemiestammes Ribotyp 027. Da keine deutschlandweiten Daten über die Ribotypverteilung und deren Antibiotikaresistenz existierten, wurden von Januar bis Dezember 2008 670 Isolate aus 84 Krankenhäusern molekular typisiert. Ribotyp 001 war der prävalenteste Ribotyp, gefolgt von Isolaten des Ribotyps 078 und 027. Resistenzen gegenüber den Therapieantibiotika Metronidazol und Vancomycin waren nicht nachweisbar, wohingegen eine weit verbreitete Fluorchinolonresistenz und konvergent entwickelte Gyrasemutationen für ein hohes Infektionsrisiko nach Fluorchinolon-Therapie sprechen. Um die Hintergründe der weltweiten Ausbreitung des Ribotyps 027 verstehen zu können, sind fundierte Kenntnisse der genetischen Populationsstruktur erforderlich. Über die Typisierung von 60 internationalen Isolaten mit Hilfe von Mirkosatelliten (MLVA) konnte die globale Ausbreitung einer neuen Erregervariante gezeigt werden. Die Genomsequenzierung eines Isolats aus Deutschland und anschließende Genomvergleiche bestätigten die Evolution neuer Linien, wodurch zur Aufklärung der Entwicklungsgeschichte des Ribotyps beigetragen werden konnte.Clostridium difficile is the most frequent cause of postantibiotic diarrhea. Genotyping is necessary to track the emergence and spread of epidemic strains. By analysing repetitive DNA in the genome of C. difficile, we established a new sequence-based typing method designated tandem repeat sequence typing (TRST). TRST demonstrated excellent concordance with widely used PCR ribotyping and equal discriminatory power. Moreover, sequence clades corresponded to phylogenetically coherent groupings. In future the inherent portability of sequence data will enable decentralized genotyping efforts, which may boost large scale investigations on the molecular diversity of C. difficile. During the past decade, incidence rates of C. difficile infections have increased worldwide, partly due to the emergence of more virulent ribotype 027 strains. As no nationwide surveillance data on C. difficile genotype prevalence and associated antibiotic susceptibility existed, we characterized 670 isolates collected from patients in 84 hospitals in Germany during 2008. PCR ribotyping showed high prevalence of ribotype 001 and restricted dissemination of ribotype 027 strains. No resistance to metronidazole or vancomycin was noted; however frequent fluoroquinolone resistance and associated gyrase mutations suggested a high infection risk after fluoroquinolone prescription. Resolving the evolutionary history of global ribotype 027 spread requires detailed knowledge of the genetic population structure of C. difficile. Multilocus variable-number tandem-repeat analysis (MLVA) of 60 international ribotype 027 strains revealed the dissemination of a new variant 027 strain. Genome sequencing of an isolate from Germany and subsequent comparative genomics confirmed the evolution of new 027 lineages, which contributes to the understanding of the evolutionary history of international ribotype 027 emergence

Typing Clostridium difficile strains based on tandem repeat sequences

Background: Genotyping of epidemic Clostridium difficile strains is necessary to track their emergence and spread. Portability of genotyping data is desirable to facilitate inter-laboratory comparisons and epidemiological studies. Results: This report presents results from a systematic screen for variation in repetitive DNA in the genome of C. difficile. We describe two tandem repeat loci, designated \u27TR6\u27 and \u27TR10\u27, which display extensive sequence variation that may be useful for sequence-based strain typing. Based on an investigation of 154 C. difficile isolates comprising 75 ribotypes, tandem repeat sequencing demonstrated excellent concordance with widely used PCR ribotyping and equal discriminatory power. Moreover, tandem repeat sequences enabled the reconstruction of the isolates\u27 largely clonal population structure and evolutionary history. Conclusion: We conclude that sequence analysis of the two repetitive loci introduced here may be highly useful for routine typing of C. difficile. Tandem repeat sequence typing resolves phylogenetic diversity to a level equivalent to PCR ribotypes. DNA sequences may be stored in databases accessible over the internet, obviating the need for the exchange of reference strains

Why honey is effective as a medicine. 1. Its use in modern medicine

Honey has been used as a medicine for thousands of years and its curative properties are well documented. However, modern medicine turned its back on honey and it is only now, with the advent of multi-resistant bacteria, that the antibiotic properties of honey are being rediscovered