Comparison of 1D and 3D protein alignment

U ovom radu bavimo se usporedbom strukturalnog poravnanja (3D) i poravnanja nizova (1D). Poznato je kako proteinske strukture evoluiraju mnogo sporije nego nizovi, stoga pronalazak “pravog” (strukturalnog) poravnanja iz primarne strukture postaje teže kada se bavimo udaljenim homolozima. Pokazano je kako Miyazawin algoritam1D poravnanje provodi točnije nego standardne metode poput Needleman-Wunsch, Smith-Waterman ili BLAST algoritma.This work is concerned with a comparison between structural and sequence alignment. It is well known that protein structures evolve more slowly than sequences, so detecting the “right” (i.e. structural) alignment from the sequence information only becomes increasingly difficult when dealing with distant homologues. It is shown that Miyazaw’s algorithm for sequence alignment performs this task more accurately than standard methods, such as Needleman-Wunsch, Smith-Waterman or BLAST

Pregled načina rada energetskih pilota i utjecaja na okolno tlo

Thermo-active ground structures represent low-energy and sustainable technology which is a clear priority for many countries. Heat transfer between such structures and the surrounding soil is understood to play an important role both in the overall thermal performance of buildings and in the evolution of stresses in structural elements and the surrounding soil. This paper presents an overview of recent research efforts and developments in relation to energy piles. General aspects on the performance of energy piles and their impact on the surrounding ground are presented based on previous field, laboratory and numerical investigations as well as existing case studies. Based on the current knowledge, further research opportunities are identified and highlighted.Termički aktivne podzemne konstrukcije predstavljaju nisko-energetsku i održivu tehnologiju čija je primjena prioritet za mnoge države. Izmjena topline između podzemnih konstrukcija i okolnog tla ima važnu ulogu u ukupnoj energetskoj učinkovitosti zgrada te doprinosi naprezanjima u konstruktivnim elementima i okolnom tlu. U ovom je radu prikazan pregled nedavnih terenskih, laboratorijskih i numeričkih znanstvenih istraživanja te izvedenih projekata i dobivenih saznanja na području energetskih pilota gdje su prikazani glavni aspekti energetskih pilota i utjecaji njihova rada na okolno tlo. Na temelju navedenih spoznaja, u ovom se radu navode smjernice za buduća istraživanja u ovom području

Manipulativni mehanizmi televizije u esejima Darka Kolibaša

U ovome radu razmatrani su eseji Darka Kolibaša objavljeni u razdoblju 1969. i 1971. godine u časopisima Pitanja, te jedan esej iz Slova razlike iz 1970. godine. Predmet istraživanja jest medij televizije, njegov utjecaj i mogućnost manipulacije u okviru djelovanja masovnih medija. Pritom su prethodno objašnjene literarne reference na koje se Kolibaš nadovezuje ostvarujući postupke postmodernizma sagledane razmatranjima Francoisa Lyotarda, te postupke dekonstrukcije, uključujući glavne uzore Marshalla McLuhana, Jacquesa Derridaa i Jacquesa Lacana. U oštrom stavu prema metafizici Zapada, njegove poetološke karakteristike su tekstualizam i gramatološki obrat sa subjekta na jezik, tj. jezični znak, s posebnim isticanjem njegove predmetnosti i materijalnosti. Medijem televizije Kolibaš se bavio izravno i neizravno u svojim esejima, najčešće ga nazivajući ekranom. U definiranju značenja pojma „ekran“ važno je bilo naglasiti njegovo razlikovanje od pojmova teksta i tijela, s kojima dijeli zajedničke karakteristike. Ekran kao titravi razmak nevida i privida za Kolibaša je jedan od glavnih manipulatora u svijetu masovne produkcije, pri čemu znatno veću ulogu ima poruka koju medij odašilje nego programski sadržaj koji prikazuje. Tom će tematikom, na planu slobodnog vremena, promjene kulture i shvaćanja tijela biti iskazane promjene koje se javljaju izumom televizije i koje se nastavljaju do danas posredstvom novih masovnih medija. Iako na razvoj tehnologijske budućnosti Kolibaš nije gledao u pozitivnom svjetlu, nastojao je objektivnim razgovorom iznaći rješenja u prevladavanju manipulativnih negativnosti koje se odražavaju na promjeni ljudske prirode. U ovom su radu prikazani manipulativni mehanizmi, ali i pokušaj dešifriranja zamagljenih dijelova Kolibaševih nastojanja da ipak nakon pronalaska poruke medija ukaže na važnost čitanja, pisanja i govora

Manipulativni mehanizmi televizije u esejima Darka Kolibaša

U ovome radu razmatrani su eseji Darka Kolibaša objavljeni u razdoblju 1969. i 1971. godine u časopisima Pitanja, te jedan esej iz Slova razlike iz 1970. godine. Predmet istraživanja jest medij televizije, njegov utjecaj i mogućnost manipulacije u okviru djelovanja masovnih medija. Pritom su prethodno objašnjene literarne reference na koje se Kolibaš nadovezuje ostvarujući postupke postmodernizma sagledane razmatranjima Francoisa Lyotarda, te postupke dekonstrukcije, uključujući glavne uzore Marshalla McLuhana, Jacquesa Derridaa i Jacquesa Lacana. U oštrom stavu prema metafizici Zapada, njegove poetološke karakteristike su tekstualizam i gramatološki obrat sa subjekta na jezik, tj. jezični znak, s posebnim isticanjem njegove predmetnosti i materijalnosti. Medijem televizije Kolibaš se bavio izravno i neizravno u svojim esejima, najčešće ga nazivajući ekranom. U definiranju značenja pojma „ekran“ važno je bilo naglasiti njegovo razlikovanje od pojmova teksta i tijela, s kojima dijeli zajedničke karakteristike. Ekran kao titravi razmak nevida i privida za Kolibaša je jedan od glavnih manipulatora u svijetu masovne produkcije, pri čemu znatno veću ulogu ima poruka koju medij odašilje nego programski sadržaj koji prikazuje. Tom će tematikom, na planu slobodnog vremena, promjene kulture i shvaćanja tijela biti iskazane promjene koje se javljaju izumom televizije i koje se nastavljaju do danas posredstvom novih masovnih medija. Iako na razvoj tehnologijske budućnosti Kolibaš nije gledao u pozitivnom svjetlu, nastojao je objektivnim razgovorom iznaći rješenja u prevladavanju manipulativnih negativnosti koje se odražavaju na promjeni ljudske prirode. U ovom su radu prikazani manipulativni mehanizmi, ali i pokušaj dešifriranja zamagljenih dijelova Kolibaševih nastojanja da ipak nakon pronalaska poruke medija ukaže na važnost čitanja, pisanja i govora

Manipulativni mehanizmi televizije u esejima Darka Kolibaša

U ovome radu razmatrani su eseji Darka Kolibaša objavljeni u razdoblju 1969. i 1971. godine u časopisima Pitanja, te jedan esej iz Slova razlike iz 1970. godine. Predmet istraživanja jest medij televizije, njegov utjecaj i mogućnost manipulacije u okviru djelovanja masovnih medija. Pritom su prethodno objašnjene literarne reference na koje se Kolibaš nadovezuje ostvarujući postupke postmodernizma sagledane razmatranjima Francoisa Lyotarda, te postupke dekonstrukcije, uključujući glavne uzore Marshalla McLuhana, Jacquesa Derridaa i Jacquesa Lacana. U oštrom stavu prema metafizici Zapada, njegove poetološke karakteristike su tekstualizam i gramatološki obrat sa subjekta na jezik, tj. jezični znak, s posebnim isticanjem njegove predmetnosti i materijalnosti. Medijem televizije Kolibaš se bavio izravno i neizravno u svojim esejima, najčešće ga nazivajući ekranom. U definiranju značenja pojma „ekran“ važno je bilo naglasiti njegovo razlikovanje od pojmova teksta i tijela, s kojima dijeli zajedničke karakteristike. Ekran kao titravi razmak nevida i privida za Kolibaša je jedan od glavnih manipulatora u svijetu masovne produkcije, pri čemu znatno veću ulogu ima poruka koju medij odašilje nego programski sadržaj koji prikazuje. Tom će tematikom, na planu slobodnog vremena, promjene kulture i shvaćanja tijela biti iskazane promjene koje se javljaju izumom televizije i koje se nastavljaju do danas posredstvom novih masovnih medija. Iako na razvoj tehnologijske budućnosti Kolibaš nije gledao u pozitivnom svjetlu, nastojao je objektivnim razgovorom iznaći rješenja u prevladavanju manipulativnih negativnosti koje se odražavaju na promjeni ljudske prirode. U ovom su radu prikazani manipulativni mehanizmi, ali i pokušaj dešifriranja zamagljenih dijelova Kolibaševih nastojanja da ipak nakon pronalaska poruke medija ukaže na važnost čitanja, pisanja i govora

Comparison of 1D and 3D protein alignment

U ovom radu bavimo se usporedbom strukturalnog poravnanja (3D) i poravnanja nizova (1D). Poznato je kako proteinske strukture evoluiraju mnogo sporije nego nizovi, stoga pronalazak “pravog” (strukturalnog) poravnanja iz primarne strukture postaje teže kada se bavimo udaljenim homolozima. Pokazano je kako Miyazawin algoritam1D poravnanje provodi točnije nego standardne metode poput Needleman-Wunsch, Smith-Waterman ili BLAST algoritma.This work is concerned with a comparison between structural and sequence alignment. It is well known that protein structures evolve more slowly than sequences, so detecting the “right” (i.e. structural) alignment from the sequence information only becomes increasingly difficult when dealing with distant homologues. It is shown that Miyazaw’s algorithm for sequence alignment performs this task more accurately than standard methods, such as Needleman-Wunsch, Smith-Waterman or BLAST

Comparison of 1D and 3D protein alignment

U ovom radu bavimo se usporedbom strukturalnog poravnanja (3D) i poravnanja nizova (1D). Poznato je kako proteinske strukture evoluiraju mnogo sporije nego nizovi, stoga pronalazak “pravog” (strukturalnog) poravnanja iz primarne strukture postaje teže kada se bavimo udaljenim homolozima. Pokazano je kako Miyazawin algoritam1D poravnanje provodi točnije nego standardne metode poput Needleman-Wunsch, Smith-Waterman ili BLAST algoritma.This work is concerned with a comparison between structural and sequence alignment. It is well known that protein structures evolve more slowly than sequences, so detecting the “right” (i.e. structural) alignment from the sequence information only becomes increasingly difficult when dealing with distant homologues. It is shown that Miyazaw’s algorithm for sequence alignment performs this task more accurately than standard methods, such as Needleman-Wunsch, Smith-Waterman or BLAST