Deteksi dan Kuantifikasi Cemaran Babi pada Sampel Olahan Daging Menggunakan Real-time PCR

 AbstrakMetode pengujian cemaran babi menjadi faktor penting dalam sertifikasi produk halal. Metode yang cepat dan robust diperlukan untuk deteksi dan kuantifikasi cemaran babi. Metode Real-time PCR atau dikenal dengan istilah quantitative PCR (qPCR) merupakan metode alternatif untuk deteksi dan kuantifikasi cemaran babi berdasarkan residu keberadaan DNAnya pada sampel olahan pangan. Metode ekstraksi DNA dan kit amplifikasi yang tahan terhadap inhibitor menjadi kunci keberhasilan penggunaan qPCR untuk pendeteksian dan kuantifikasi cemaran babi. Pendeteksian cemaran DNA dengan probe qPCR digunakan karena mempunyai kelebihan tahan terhadap inhibitor, cepat, spesifik, dan multipel target. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan menguantifikasi cemaran DNA babi menggunakan metode ekstraksi DNA secara cepat dan qPCR. Tahapan penelitian ini adalah ekstraksi DNA, amplifikasi, deteksi, dan kuantifikasi DNA babi. Sampel berasal dari produk olahan pangan, seperti bakso, sosis, daging burger, siomay, kuah daging, dan daging isi roti. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat cemaran babi pada sampel bakso, daging burger, dan kuah bakso. Hasil yang didapatkan menunjukkan bakso memiliki persentase kontaminasi sejumlah 25%, sedangkan kuah daging sejumlah 12,5%. Hasil penelitian ini dapat direkomendasikan untuk laboratorium penguji makanan sebagai metode deteksi cemaran babi dalam produk pangan secara cepat dan akurat.AbstractPork contamination testing method is an important factor in halal product certification. A fast and robust method is needed for the detection and quantification of pig contamination. Real-time PCR method or commonly known as quantitative PCR (qPCR) is an alternative method for the detection and quantification of pork contamination based on the pig’s DNA residual presence in processed food samples. DNA extraction method and inhibitor-resistant amplification kit are the keys of successful qPCR implementation for the detection and quantification of pig contamination. Detection of DNA contamination with qPCR probe is used because it has some advantages, such as resistant to inhibitors, fast, specific, and multiple targets. This research aimed to detect and quantify pig’s DNA contamination using rapid DNA extraction method and qPCR. The stages of this research were pig’s DNA extraction, amplification, detection, and quantification. The samples taken from processed food products, such as meatballs, sausage, burgers’ meat, dumplings, meat broth, and meat filled in the bread. The results showed that there was pork contamination in the samples of meatballs, burgers’ meat, and meat broth. The results showed that the meatballs had a contamination percentage of 25%, while the meat broth had a contamination percentage of 12.5%. The results of this study can be a recommendation for food testing laboratories as a method of detecting the pork contamination in food products quickly and accurately

In Silico Analysis of Actin Gene as a Candidate for DNA Non-Halal Detection Base on Real-Time PCR

Actin genes are genes that are common in organisms, and their expression is constitutive. These genes are used for gene normalization and internal control of DNA extraction, but the actin gene is not widely used for halal certification tests. Bioinformatic studies help to analyze the experiment through in silico more deeply before the experiment is carried out in laboratory, making it more efficient and time effective. uMelt is an analysis to predict the melting curve of target amplification in real-time PCR. Real-time PCR has been widely used for screening and detection of pork content in a product. This research aimed to explore actin gene as a candidate for testing pork using qPCR. The study was carried out in two main stages, namely alignment of the DNA sequence and analysis of the melting curve using the uMelt approach. The results showed a set of actin genes containing conserved regions that can be used as degenerate primers with different family-type coverages. Melting curve prediction with uMelt shows differences in tm peaks so as the types of samples can be easily identified. The use of bioinformatic applications such as uMelt helps in the simulation of predicting the melting curve to increase the precision of the analysis

Strain Improvement Flocculant Saccharomyces cerevisiae (NCYC-1195) untuk Produksi Bioetanol.

Menurut Badan Pusat Statistik (BPS), sejak tahun 1996 hingga 2012 produksi minyak mentah Indonesia mengalami penurunan sebesar 57,5%. Dilain sisi, Badan Pusat Statistik (BPS) mencatat adanya pertumbuhan penduduk hingga 122% dari tahun 1995 hingga 2010. Pertumbuhan penduduk ini menyebabkan kebutuhan energi menjadi lebih besar. Impor bahan bakar minyak (BBM) dilakukan untuk memenuhi kebutuhan energi yang terus meningkat. Penelitian dan pengembangan bioetanol sebagai sumber energi terbarukan terus dilakukan. Umumnya bioetanol dihasilkan melalui fermentasi bahan nabati oleh yeast. Flocculant Saccharomyces cerevisiae merupakan strain unggul dalam fermentasi etanol karena memiliki kemampuan membentuk flok yang akan memudahkan proses separasi sel dengan medium diakhir proses fermentasi. Namun produktivitas flocculant S. cerevisiae relatif lebih rendah dibandingkan dengan yeast non flocculant. Cara yang dapat ditempuh untuk meningkatkan produktivitasnya adalah melalui strain improvement. Mutagenesis dan adaptasi yeast terhadap etanol dapat digunakan untuk melakukan strain improvement. Penelitian mutagenesis oleh Mehdikhani, et al. (2011) menunjukkan bahwa radiasi gamma 60Co dapat meningkatkan ketahanan yeast terhadap konsentrasi etanol yang tinggi sehingga yeast tersebut mampu menghadapi tekanan selama proses fermentasi berlangsung dan mampu memproduksi lebih banyak bioetanol. Disamping itu, penelitian adaptasi yeast terhadap etanol yang dilakukan oleh Jimenez dan Benitez (1987) menunjukkan bahwa yeast yang diadaptasikan pada lingkungan yang mengandung etanol memiliki produktivitas yang lebih tinggi dari pada wild type. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh radiasi gamma 60Co pada flocculant S. cerevisiae NCYC 1195, mengetahui pengaruh adaptasi terhadap etanol pada flocculant S. cerevisiae NCYC 1195, dan mengetahui produktivitas flocculant S. cerevisiae NCYC 1195 setelah dilakukan usaha strain improvement. Penelitian ini disusun dengan menggunakan metode deskriptif, dengan 2 perlakuan, yaitu mutagenesis dengan iradiasi gamma dan adaptasi terhadap etanol. Isolat yang didapat akan diuji kemampuan fermentasinya. Pada hasil fermentasi akan dilakukan analisa optical density, total gula reduksi, pH, dan etanol. Hasil Penelitian menunjukan flocculant S. cerevisiae NCYC 1195 mampu tumbuh hingga dosis radiasi sebesar 0,8 KGy. Sebanyak 26 isolat didapatkan dari dosis 0,6 KGy dan 2 isolat dari dosis 0,8 KGy. Kemudian didapatkan 8 isolat yang mampu tumbuh pada konsentrasi etanol hingga 2,5% dan 2 isolat yang mampu tumbuh pada konsentrasi etanol hingga 5%. Flocculant S. cerevisiae NCYC 1195 yang diberi perlakuan iradiasi mengalami peningkatan produksi etanol hingga 1,5 kali lebih banyak dan flocculant S. cerevisiae NCYC 1195 yang diberi perlakuan adaptasi pada etanol mengalami peningkatan produksi etanol hingga 1,58 kali lebih banyak. Sedangkan flocculant S. cerevisiae NCYC 1195 yang diberi perlakuan iradiasi dan adaptasi pada etanol hanya mampu memproduksi sebanyak 0,2 kali dari pada wild type

Alternativas de producción agroecológica urbana periurbana y su contribución en la seguridad alimentaria de Colombia

Urban and peri-urban agriculture has proven to have positive results in alleviating food insecurity in urban spaces, improving sustainability and resilience, and increasing nutritious and safe food access. It reinforces the local identity system and creates new jobs and income opportunities both for the producers and for those involved in the supply chain. It is a process that requires economic and technical support aiming to optimize results. Currently, in Colombia, there are no government policies to support these processes. Therefore, in this paper we provide a contextualization of the most relevant experiences and most useful technical tools to implement urban and peri-urban agroecological orchards. They have an approach to agriculture more related to the environment and socially sensitive, focused not only on production but also on the ecological sustainability of the system. All of this is to transfer this knowledge on crops to various communities of the urban and peri-urban sectors, thus contributing to strengthening their food security from vegetable production. In one of the chapters, they present us the results of the studies developed with communities that have played a fundamental role in the process of recognizing, rescuing, and deploying knowledge based on science and practical exercise. In Colombia, agricultural research is still emerging, therefore, it must be a daily exercise that benefits directly and permanently our communities, small and medium-scale farmers, and their productivity. As a result, we must create more research applied within the framework for technological development.         La agricultura urbana y periurbana ha mostrado resultados positivos en la mitigación de la inseguridad alimentaria en los espacios urbanos, no obstante, es un proceso que requiere apoyo económico y técnico con la finalidad de optimizar resultados, y que los mismos sean apropiados por la población. En Colombia actualmente no existen políticas gubernamentales para apoyar estos procesos, sin embargo, algunas iniciativas territoriales y particulares evidencian una gran oportunidad de fortalecimiento nutricional. Desde la perspectiva técnica, el presente libro brinda al lector una contextualización de experiencias relevantes y herramientas técnicas útiles para la implementación de huertas agroecológicas urbanas y periurbanas.A agricultura urbana e periurbana tem demonstrado resultados positivos na mitigação da insegurança alimentar nos espaços urbanos, permite melhorar a sustentabilidade e a resiliência, bem como aumentar o acesso a alimentos nutritivos e seguros, reforçando o sistema de identidade local; gerando empregos e oportunidades de rendimento não só a quem produz, mas a todos os que participam da cadeia de abastecimento, é um processo que requer apoio económico e técnico com a finalidade de otimizar resultados. Na Colômbia não existem atualmente políticas governamentais de apoio a estes processos. É por isso que no presente texto fornecemos uma contextualização de experiências relevantes e ferramentas técnicas úteis para a implementação de hortas agroecológicas urbanas e periurbanas que têm um enfoque da agricultura mais ligado ao meio ambiente e  mais sensível socialmente centrada não só na produção,  mas também na sustentabilidade ecológica do sistema, tudo isto com o fim de apropriar estes conhecimentos em culturas a diversas comunidades do sector urbano e periurbano, e, deste modo, contribuir principalmente para o reforço da sua segurança alimentar a partir da produção de vegetais. Em um dos capítulos nos compartilham os resultados de trabalhos desenvolvidos com comunidades que têm feito parte essencial no processo de reconhecimento, resgate e implementação do conhecimento baseado na ciência e no exercício prático. A investigação agrícola na Colômbia é ainda muito incipiente e esta deve ser, portanto, um exercício cotidiano que beneficie direta e permanentemente as nossas comunidades, pequenos e médios agricultores, bem como a sua produtividade, É por isso que devemos gerar mais pesquisa aplicada no âmbito do desenvolvimento tecnológico