Stochastic Development Regression on Non-Linear Manifolds

We introduce a regression model for data on non-linear manifolds. The model describes the relation between a set of manifold valued observations, such as shapes of anatomical objects, and Euclidean explanatory variables. The approach is based on stochastic development of Euclidean diffusion processes to the manifold. Defining the data distribution as the transition distribution of the mapped stochastic process, parameters of the model, the non-linear analogue of design matrix and intercept, are found via maximum likelihood. The model is intrinsically related to the geometry encoded in the connection of the manifold. We propose an estimation procedure which applies the Laplace approximation of the likelihood function. A simulation study of the performance of the model is performed and the model is applied to a real dataset of Corpus Callosum shapes

Étude de l'impact des activités touristiques sur la qualité de l'eau et l'organisation des peuplements macrobenthiques au sein des cours d'eau de la Principauté d'Andorre

Le développement considérable de l'activité touristique hivernale et estivale entraîne des perturbations au niveau des principaux cours d'eau andorrans. Il est intéressant d'étudier l'impact de ces perturbations sur des réseaux hydrographiques de haute altitude caractérisés par des conditions du milieu particulières (basse température-forte pente). Les données disponibles concernant la physicochimie et la faune des eaux andorranes sont réduites (PUIG, 1979 ; PEÑA, 1983).Treize stations ont été étudiées dans le cadre de ces travaux.Au cours d'un cycle annuel (automne 1998 à automne 1999), huit prélèvements d'invertébrés benthiques ont été réalisés à chaque station à l'aide d'un filet Surber (vide de maille : 200 µm-surface échantillonnée : 1/ 20e m2).Neuf paramètres physicochimiques (température, pH, conductivité, DCO, DBO5, nitrates, nitrites, ammoniaque, phosphates) ont été mesurés de façon hebdomadaire à chaque station.Le traitement des données physicochimiques par analyses discriminantes révèle l'existence d'un gradient amont-aval de dégradation de la qualité de l'eau. Parallèlement, la qualité de l'eau suit un cycle saisonnier mis en évidence par l'opposition entre campagnes d'été et d'hiver-printemps 1999, d'une part, et campagnes d'automne 1998-1999, d'autre part.L'analyse de la répartition spatiotemporelle de la faune benthique, basée également sur des analyses discriminantes, met en évidence la disparition des taxons polluosensibles dans les stations intermédiaires et aval comme les filtreurs (Simuliidae), les prédateurs (Perlodae, Perlididae, Rhyacophilidae) et les fragmenteurs (Nemouridae, Leuctridae) et l'apparition de nouveaux taxons polluotolérants en aval (Chironomidae, Oligochètes). Ce genre de phénomène a déjà été observé dans d'autres cours d'eau de montagne soumis à des perturbations entraînant l'augmentation de la charge organique (DECAMPS et PUJOL, 1977).Ces taxons polluotolérants comme par exemple, les Oligochètes qui prolifèrent dans la zone aval du cours d'eau principal (Gran Valira) et en aval de l'unique station d'épuration située sur l'Ariège remplacent dans la structure trophique d'autres taxons polluosensibles. Ce phénomène s'observe également au sein d'un même groupe trophique, c'est le cas des prédateurs composés des Perlidae, des Perlodidae et des Rhyacophilidae présents dans les stations de haute altitude et qui disparaissent en aval où ils sont remplacés par les Achètes (Glossiphoniidae).Le calcul de plusieurs indices biologiques d'évaluation de la qualité des eaux (IBGN - BMWP), de richesse et de diversité spécifiques (indices de Shannon et de Margalef), de structure des peuplements (CUMMINS, 1979, 1985) met en évidence la diminution de la richesse et de la diversité spécifiques des stations amont vers les stations aval.L'impact du développement touristique se manifeste à partir des stations de moyenne altitude. Dans ces stations, la pollution est partiellement évacuée, chaque automne, par l'eau de bonne qualité en provenance des zones amont des cours d'eau. Ce phénomène se traduit par une grande variabilité des conditions physicochimiques et de la composition des communautés benthiques. Dans les stations aval, la pollution prend plutôt un caractère chronique suite à la concentration des pollutions en provenance des différentes zones perturbées. La variabilité des conditions du milieu et des assemblages faunistiques est donc moindre.Les résultats obtenus à partir du traitement des données physicochimiques et faunistiques mettent en évidence une dégradation de l'intégrité écologique des cours d'eau (modifications physicochimiques, modifications du peuplement, diminution de la diversité). L'impact des perturbations d'origine anthropique suit un cycle dépendant de la fréquentation touristique. Au cours de ce cycle, alternent deux périodes " critiques " caractérisées par des perturbations hivernales (ski) et estivales (tourisme, randonnées) et une période de " récupération " durant l'automne.Ces travaux ont permis de tester l'hypothèse des perturbations intermédiaires du milieu (CONNELL, 1978 ; RESH, 1988 ; TOWNSEND et al., 1997) et de rechercher les seuils d'intensité des perturbations et/ou l'amplitude de ces perturbations ainsi que leur impact négatif sur la composition faunistique (EDWARD et RYKIEL, 1985 ; PICKETT et al., 1989 ; REICE et al., 1990).The important development of tourism during winter and summer disturb the main Andorran streams. The impact of these disturbances were studied in high altitude streams characterised by particular environmental conditions (e.g. low temperature - steep slope) as little is known about water quality and associated benthic fauna in Andorran streams (PUIG, 1979; PEÑA, 1983).Thirteen sites were seasonally studied during one year, from autumn 1998 to autumn 1999, in each site, eight macroinverbrates samples were coffected using a Surber sampling net (mesh size 200 µm - sampling area : 1/20e m2). In addition, nine physicochemical parameters (temperature - pH - conductivity - DCO - DBO5 - nitrate- nitrite - ammonia - phosphate) were weekly measured in each site during the entire sampfing period.A discriminant analysis performed on the physicochemical data reaveled and upstreamdownstream gradient of the water quality, with highest disturbance in the downstream sites. From a temporal point of view, the water quality follows a seasonal cycle highlighted by the opposition between on the one hand winter-spring and summer 1999, and on the other hand autumn 1998-1999.The spatio-temporal distribution of the benthic fauna, based on the discriminant analysis, highlighted the disappearance of polluo-sensitive taxa in intermediate and downstream sites such as filtering collectors (Simuliidae), predators (Perfidae - Perlodidae - Rhyacophilidae) and shredders (Nemouridae - Leuctridae). In these areas, sensitive taxa were replaced by polluo-tolerant ones such as Chironomidae and Oligocheta. These patterns were already observed in other mountain streams subjected to high organic disturbances (DECANTS et PUJOL, 1977).As a consequence, polluo-tolerant taxa replace polluo-sensitives taxa with similar functionnal status. For example Oligocheta, proliferate in the downstream (Gran Valira), whereas upstream, they were only abundant on a point source pollution site located on the Ariege river. The same phenomenon was also observed for predators: high unpolluted altitude sites were characterised by stoneflies and caddisflies (Perlidae, Perlodidae, Rhyacophilidae) which were replaced downstream by leeches (Glossiphoniidae). As a consequence, the calculation of the several biological indices of water quality (I.B.G.N - B.M.W.Y'), and diversity descriptors (taxa richness - Shannon index - Margalef index), indicate a drastic reduction of the taxa diversity, evenness and water quality from. upstream to downstrearn sites.Disturbances associated with tourism developinent appeared in the medium altitude sites. In these sites, the water quality benefits from the good water quality from the upstream sites during high discharge periods (i.e. in autumn). This phenomena explained the observed temporal variabihty of both physicochemical conditions and benthic fauna structure. In the down-stream sites, the pollution can be considered as chronic and hence, low envirorimental variability was observed. These results show that Andorran stream ecological integrity is low fonn both physicochemical diversity and population assemblages point of views. Moreover, the impact of anthropic disturbances followed an annual cycle according to tourisin. activities with pollution peaks in winter and suminer corresponding respectively to ski resort and hiking tourisin. The only partial recovery period is represented by the autumn high drainage period.From a theoretical point of view, these results allowed to test the intermediate disturbance hypothesis (CONNELL, 1978; RESH, 1988; TOWNSFND et al., 1997) and to search the threshold of resistence/resilience characteristics of a stream ecosystern considering stream. benthic assemblages (EDWARD et RYKIEL, 1985; REICE et al., 1990; PICKETT et al., 1989)

Les récepteurs 5-HT4b adoptent différentes conformations ligand-spécifique ayant des propriétés de signalisation et de régulation distinctes

Les antidépresseurs actuels sont très similaires au niveau de leur mécanisme d’action et sont plus ou moins efficaces. Un des problèmes majeurs est leur long temps de latence à fournir une action thérapeutique dû aux adaptations des sites pré et post synaptiques. Dans un modèle animal, nous avons récemment découvert que l’agoniste RS67333 des récepteurs 5-HT4 était en mesure de produire en trois jours les mêmes effets antidépresseurs qui normalement prennent de deux à trois semaines à apparaître avec les antidépresseurs actuellement disponibles. De plus, nous avons constaté que les effets antidépresseurs de cet agoniste possédaient une résistance à la tolérance. Il y a d’autres agonistes du même récepteur, tel que le prucalopride qui ne produit pas d’effets antidépresseurs comme RS67333. Étant donné que l’efficacité du Prucalopride à stimuler les 5-HT4Rs est similaire sinon plus grande que celle de RS67333, nous avons énoncé l’hypothèse que le récepteur 5-HT4 pourrait adopter différentes conformations actives suite à son activation par différents agonistes. Nous avons ainsi décidé d’explorer les principales réponses fonctionnelles des récepteurs 5-HT4B en observant leurs propriétés de régulation et de signalisation. Nous avons montré que l’isoforme B du récepteur 5-HT4, étant hautement exprimé dans le système limbique, détient une signalisation et une régulation différentes dépendant du ligand activateur. Nos résultats indiquent que chacun des agonistes testés (5-HT, RS67333, ML10302, Zacopride, Prucalopride) modulent distinctivement la production d’AMPc et l’internalisation du récepteur. Les résultats nous ont clairement permis de déterminer que les agonistes possèdent une efficacité et ou puissance différentes les uns par rapport aux autres. De plus, l’ordre d’efficacité des agonistes à moduler la voie de l’AMPc était (Prucalopride > Zacopride = ML10302 = 5-HT > RS67333) et est différente de leur ordre d’efficacité à induire la régulation du récepteur par internalisation (5-HT > Zacopride > Prucalopride > ML10302 = RS67333). Ainsi, nous avons montré que les 5-HT4Rs adoptent des conformations qui sont ligand-spécifiques. Cela implique que la sélectivité fonctionnelle serait un facteur important à considérer dans les mécanismes d’action antidépresseur des agonistes de ce récepteur.Antidepressants currently available are very similar toward their mechanism of action and are more or less effective. One major problem is their long latency to provide a therapeutic effect due to adaptations of pre and post synaptic locations. In an animal model, we recently discovered that the agonist RS67333 of the 5-HT4 receptors was able to produce in three days the same antidepressant effects that normally take two to three weeks to appear with the currently available antidepressants. In addition, we found that the antidepressant effects of this agonist had a resistance to tolerance. There are others agonists of the same receptor such as prucalopride, which does not produce antidepressant effects as RS67333. Since the effectiveness of prucalopride to stimulate 5-HT4Rs is similar if not greater than RS67333, we stated the hypothesis that the 5-HT4 receptor could adopt different active conformations following its activation by various agonists. We decided to explore the major functional responses of 5-HT4B by observing their regulatory and signaling properties. We showed that the B isoform of the 5-HT4, being highly expressed in the limbic system, has a different signaling and regulation depending on the ligand. Our results indicate that each of the agonists tested (5-HT, RS67333, ML10302, Zacopride, Prucalopride) distinctively modulate cAMP production and receptor internalization. The results have clearly identified that agonists differed in potency and efficacy. Moreover, the order of effectiveness of agonists to modulate the cAMP pathway was (prucalopride> zacopride = 5-HT = ML10302> RS67333) different from their order of effectiveness in inducing receptor regulation by internalization (5-HT> Zacopride> Prucalopride> RS67333 = ML10302). Thus, we have shown that 5-HT4Rs adopt conformations that are ligand-specific. This implies that functional selectivity is an important factor in the mechanisms of antidepressant action of this receptor agonists

The Candida albicans Dse1 Protein Is Essential and Plays a Role in Cell Wall Rigidity, Biofilm Formation, and Virulence

The fungal pathogen Candida albicans is one of the leading causative agents of death in immunocompromised individuals. It harbors an arsenal of cell wall anchored factors that are implicated in virulence such as filamentation inducing factors, adhesins, lipases, proteases, and superoxide dismutases. Dse1 is a cell wall protein involved in cell wall metabolism. The purpose of this study is to characterize the role Dse1 plays in virulence. Dse1 appears to be an essential gene as no homozygous null mutant was possible. The heterozygote mutant exhibited increased susceptibility to calcofluor white, a cell wall disrupting agent, with a subsequent reduction in cell wall chitin content, decreased oxidative stress tolerance, a 30% reduction in biofilm formation, and a delay in adhesion that was mirrored by a reduction in virulence in a mouse model of infection. Dse1 thus appears to be an important protein involved in cell wall integrity and rigidity

Should We Learn Probabilistic Models for Model Checking? A New Approach and An Empirical Study

Many automated system analysis techniques (e.g., model checking, model-based testing) rely on first obtaining a model of the system under analysis. System modeling is often done manually, which is often considered as a hindrance to adopt model-based system analysis and development techniques. To overcome this problem, researchers have proposed to automatically "learn" models based on sample system executions and shown that the learned models can be useful sometimes. There are however many questions to be answered. For instance, how much shall we generalize from the observed samples and how fast would learning converge? Or, would the analysis result based on the learned model be more accurate than the estimation we could have obtained by sampling many system executions within the same amount of time? In this work, we investigate existing algorithms for learning probabilistic models for model checking, propose an evolution-based approach for better controlling the degree of generalization and conduct an empirical study in order to answer the questions. One of our findings is that the effectiveness of learning may sometimes be limited.Comment: 15 pages, plus 2 reference pages, accepted by FASE 2017 in ETAP

1,3-Diallyl-5-chloro-1H-benzimidazol-2(3H)-one

The benzimidazolone part of the title mol­ecule, C13H13ClN2O, is almost planar (r.m.s. deviation = 0.006 Å) and its mean plane is aligned at dihedral angles of 62.5 (1) and 78.0 (1)° with respect to the mean planes of the allyl substituents

Anatomie du nerf laryngé externe et ses applications chirurgicales

Objectif : La lésion de la branche externe du nerf laryngé supérieur (BeNLS) , non rare lors de la chirurgie thyroïdienne, est responsable de modifications de la voix et de troubles de la déglutition. Mais ses différentes variantes anatomiques ainsi que les faibles taux de son identification ont découragé les chirurgiens de son repérage systématique.Le but de notre travail est de faire une description anatomique des variantes de la BeNLS , d’estimer la fréquence des nerfs à risque et de décrire les techniques chirurgicales de son identification pour proposer une approche systématique de sa préservation.Matériel et méthodes: Il s’agit d’une étude prospective portant sur 10 patients ayant eu une chirurgie thyroïdienne et chez qui on a procédé à un repérage systématique de la BeNLS dans l’espace avasculaire de Reeve. On a utilisé la classification de Cernea pour regrouper les variations anatomiques rencontrées.Résultats : On a procédé à la dissection de 13 nerfs. Le taux  d’identification de la BeNLS était de 84% , 38% sont de Type 2a , 46% sont de Type 2b. Des complications ont été notées chez 3 patients dont 2 qui présentent une BeNLS de Type Ni.Conclusion : On pense que la variante anatomique de la BeNLS de type 2 présente un risque de blessure car le chirurgien manipule le pédicule supérieur au niveau du centimètre critique situé au-dessus du pôle supérieur de la thyroïde. Le sous-type 2b , le plus fréquent dans notre série , est une variante à haut risque. L’identification du nerf lors de la chirurgie thyroïdienne est la solution de choix.Mots-clés : Branche externe du nerf laryngé supérieur, anatomie, muscle crico-thyroïdien, chirurgie thyroïdienne, voix

Hernie obturatrice étranglée: à propos de deux cas

La hernie obturatrice (HO) est rare. Elle est à l'origine de 0,2 à 1,6% des occlusions mécaniques de l'intestin grêle avec un taux de mortalité etmorbidité après chirurgie est respectivement de 35 et 18%. Nous rapportons le cas de deux patientes chez qui le diagnostic de HO étranglée est établie dans le cadre du bilan d'une occlusion. La HO est une entité dont le diagnostic préopératoire est difficile en raison de la faible spécificité clinique. L'examen tomodensitométrique semble être une aide majeure au diagnostic  étiologique. Mais une fois le diagnostic d'occlusion posé, une intervention en urgence permettra d'en préciser l'étiologie et d'en réaliser le traitement. Tout retard thérapeutique majore la mortalité et la morbidité

COVID-19 Detection on Chest x-ray Images by Combining Histogram-oriented Gradient and Convolutional Neural Network Features

The COVID-19 coronavirus epidemic has spread rapidly worldwide after a person became infected with a severe health problem. The World Health Organization has declared the coronavirus a global threat (WHO). Early detection of COVID 19, particularly in cases with no apparent symptoms, may reduce the patients mortality rate. COVID 19 detection using machine learning techniques will aid healthcare systems around the world in recovering patients more rapidly. This disease is diagnosed using x-ray images of the chest; therefore, this study proposed a machine vision method for detecting COVID-19 in x-ray images of the chest. The histogram-oriented gradient (HOG) and convolutional neural network (CNN) features extracted from x-ray images were fused and classified using support vector machine (SVM) and softmax. The proposed feature fusion technique (99.36 percent) outperformed individual feature extraction methods such as HOG (87.34 percent) and CNN (93.64 percent)

Assessing the consequences of gestational diabetes mellitus on offspring's cardiovascular health: MySweetHeart Cohort study protocol, Switzerland.

Gestational diabetes mellitus (GDM) is a state of glucose intolerance with onset during pregnancy. GDM carries prenatal and perinatal risks as well as long-term risks for the mother and her child. GDM may be involved in the foetal programming of long-term cardiovascular health. However, evidence is sparse and the effect of GDM on cardiovascular health is unknown. To address these issues, we will conduct MySweetHeart Cohort study. The objectives are to assess the effect of GDM on offspring's cardiovascular health early in life by using surrogate markers of cardiovascular disease and atherosclerosis. This is a cohort study of 100 offspring of women with GDM and 100 offspring of women without GDM. At inclusion, a baseline assessment of the mothers will be conducted through means of self-report questionnaires, a researcher-administrated interview, blood pressure and anthropometric measurements, and a maternal blood sampling. Between the 30th and 34th weeks of gestation, a foetal echography will be performed to assess the foetal cardiac structure and function, the fetomaternal circulation and the hepatic volume. At birth, maternal and neonatal characteristics will be assessed. An echocardiography will be performed to assess cardiac structure and function 2-7 days after birth; carotid intima-media thickness will be also measured to assess vascular structure. MySweetHeart Cohort is linked to MySweetHeart Trial (clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02890693), a randomised controlled trial assessing the effect of a multidimensional interdisciplinary lifestyle and psychosocial intervention to improve the cardiometabolic and mental health of women with GDM and their offspring. A long-term follow-up of children is planned. Ethical approval has been obtained through the state Human Research Ethics Committee of the Canton de Vaud (study number 2016-00745). We aim to disseminate the findings through regional, national and international conferences and through peer-reviewed journals. ClinicalTrials.gov (clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02872974)