Identification des facteurs de risque de la mortinatalité, de la mortalité des veaux de moins de 2 mois et de la mortalité des vaches adultes dans les élevages bovins laitiers de l'île de la Réunion

L’objectif de cette etude était d’identifier les pratiques d’élevages associées à différents taux de mortalité sur l’île de la Réunion. La mortinatalité, la mortalité des veaux de moins de 2 mois et celle des adultes ont été considérées. Une analyse des mouvements des bovins selon le principe du diagramme de Lexis a tout d’abord été menée afin de produire des indicateurs tenant compte du temps de séjour de chaque animal dans l’exploitation. Ces indicateurs ont été produits pour l’ensemble de éleveurs inscrits au contrôle laitier entre 2000 et 2010 mais aussi pour les éleveurs de notre échantillon entre 2009 et 2010. Pour les 58 éleveurs, une probabilité annuelle de 11% de mortinatalité en moyenne est observée, une probabilité bimestrielle de 10,2% de mortalité des veaux et une probabilité annuelle de 10,8% de mortalité des bovins adultes. Une enquête visant à récolter l’ensemble des pratiques d’élevages a été réalisée. La mise en relation de ces pratiques avec des indicateurs a permis d’obtenir un modèle linéaire généralisé après une étape de sélection des variables. La surveillance des vêlages et des aspects de protection sanitaire sont associés à la mortinatalité, des critères concernant les bâtiments, les pratiques d’élevage sont des facteurs de risques de mortalité des veaux. Le modèle des adultes fait ressortir la souscription d’une assurance ainsi que des paramètres d’hygiène de l’exploitation. De plus amples analyses seront réalisées en y incorporant les recommandations faites par les différents acteurs de la filière lors de la réunion de restitution

Use of pooled sample analysis to evaluate and follow-up flocks sanitary status : application to ovine paratuberculosis

La paratuberculose est une maladie enzootique contagieuse des ruminants due à Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (Map). La longue période d'incubation et les faibles performances diagnostiques des tests limitent l'efficacité des plans de maîtrise. Les grands effectifs des troupeaux ovins limitent l'approche par dépistage individuel exhaustif, et les plans de maîtrise s'orientent vers la vaccination, dont les effets n'ont pas été évalués dans les troupeaux français. Á partir d'échantillons de sérum et de fèces de près de 4000 brebis issues de 30 élevages du Lot, les performances diagnostiques de deux trousses sérologiques ELISA et d'une qPCR sur fèces ont été estimées par des modèles à classes latentes bayésiens et fréquentistes. Nos résultats confirment la faible sensibilité et le défaut de spécificité des sérologies ELISA pour la détection des ovins infectés ; la qPCR présentant de meilleures performances diagnostiques. Par ailleurs nous avons évalué les performances diagnostiques relatives des ELISA et de la qPCR appliquées à des mélanges d'échantillons. Dans les deux cas les animaux forts répondeurs étaient détectés de façon systématique, les animaux faiblement positifs étant détectés de façon moins constante. Sur la base de simulations, nous avons évalué les performances des stratégies de dépistage et de suivi basées sur les analyses de mélanges d'échantillons à l'échelle des troupeaux. Alors que la sérologie ELISA est apparue insuffisamment spécifique, l'analyse de mélange de fèces par qPCR semble être une approche prometteuse, permettant de détecter des faibles prévalences d'infection. Enfin les travaux menés dans les troupeaux vaccinés ont précisé dans quelles mesures leur situation épidémiologique pouvait être approchée par l'emploi d'analyses en mélanges.Paratuberculosis is a contagious enzootic disease in ruminants caused byMycobacteriumavium ssp. paratuberculosis (Map). The long incubation period and the low informative values of antemortem diagnostic tests limit the effectiveness of control plans. In large sheep flocks, exhaustive individual testing is unfeasible and control plansmainly focus on vaccination, the effects of which have not yet been evaluated in French flocks. Using blood and feces samples from nearly 4000 ewes in 30 sheep flocks from the French department of Lot, the diagnostic performances of two serum ELISA and one fecal qPCR kits were estimated using bayesian and frequentist latent class modeling. Our results confirm the low sensitivity and non-perfect specificity of serum ELISA for the detection of subclinically infected animals, while the diagnostic performances of fecal qPCR were better. We also evaluated the relative diagnostic performances of pooled-sample analysis for both tests. Highly qPCR/ELISA positive samples were invariously detected while low positive ones were associated with lower detection rates. The flock-level epidemiological performances of screening strategies based on pooled-sample analysis were evaluated by simulation studies. Pooled serum ELISA appeared lowly specific. Conversely, pooled fecal qPCR appeared promising, allowing the detection of low infection prevalence. Finally, the work carried out in the vaccinated flocks made it possible to better know their epidemiological status and to specify to what extent it could be approached using pooled-sample analysis

Utilisation des analyses en mélanges pour l'évaluation et le suivi du statut sanitaire des troupeaux : application à la paratuberculose des ovins

Paratuberculosis is a contagious enzootic disease in ruminants caused byMycobacteriumavium ssp. paratuberculosis (Map). The long incubation period and the low informative values of antemortem diagnostic tests limit the effectiveness of control plans. In large sheep flocks, exhaustive individual testing is unfeasible and control plansmainly focus on vaccination, the effects of which have not yet been evaluated in French flocks. Using blood and feces samples from nearly 4000 ewes in 30 sheep flocks from the French department of Lot, the diagnostic performances of two serum ELISA and one fecal qPCR kits were estimated using bayesian and frequentist latent class modeling. Our results confirm the low sensitivity and non-perfect specificity of serum ELISA for the detection of subclinically infected animals, while the diagnostic performances of fecal qPCR were better. We also evaluated the relative diagnostic performances of pooled-sample analysis for both tests. Highly qPCR/ELISA positive samples were invariously detected while low positive ones were associated with lower detection rates. The flock-level epidemiological performances of screening strategies based on pooled-sample analysis were evaluated by simulation studies. Pooled serum ELISA appeared lowly specific. Conversely, pooled fecal qPCR appeared promising, allowing the detection of low infection prevalence. Finally, the work carried out in the vaccinated flocks made it possible to better know their epidemiological status and to specify to what extent it could be approached using pooled-sample analysis.La paratuberculose est une maladie enzootique contagieuse des ruminants due à Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (Map). La longue période d'incubation et les faibles performances diagnostiques des tests limitent l'efficacité des plans de maîtrise. Les grands effectifs des troupeaux ovins limitent l'approche par dépistage individuel exhaustif, et les plans de maîtrise s'orientent vers la vaccination, dont les effets n'ont pas été évalués dans les troupeaux français. Á partir d'échantillons de sérum et de fèces de près de 4000 brebis issues de 30 élevages du Lot, les performances diagnostiques de deux trousses sérologiques ELISA et d'une qPCR sur fèces ont été estimées par des modèles à classes latentes bayésiens et fréquentistes. Nos résultats confirment la faible sensibilité et le défaut de spécificité des sérologies ELISA pour la détection des ovins infectés ; la qPCR présentant de meilleures performances diagnostiques. Par ailleurs nous avons évalué les performances diagnostiques relatives des ELISA et de la qPCR appliquées à des mélanges d'échantillons. Dans les deux cas les animaux forts répondeurs étaient détectés de façon systématique, les animaux faiblement positifs étant détectés de façon moins constante. Sur la base de simulations, nous avons évalué les performances des stratégies de dépistage et de suivi basées sur les analyses de mélanges d'échantillons à l'échelle des troupeaux. Alors que la sérologie ELISA est apparue insuffisamment spécifique, l'analyse de mélange de fèces par qPCR semble être une approche prometteuse, permettant de détecter des faibles prévalences d'infection. Enfin les travaux menés dans les troupeaux vaccinés ont précisé dans quelles mesures leur situation épidémiologique pouvait être approchée par l'emploi d'analyses en mélanges

Identification des facteurs de risque de la mortinatalité, de la mortalité des veaux de moins de 2 mois et de la mortalité des vaches adultes dans les élevages bovins laitiers de l'île de la Réunion

L objectif de cette etude était d identifier les pratiques d élevages associées à différents taux de mortalité sur l île de la Réunion. La mortinatalité, la mortalité des veaux de moins de 2 mois et celle des adultes ont été considérées. Une analyse des mouvements des bovins selon le principe du diagramme de Lexis a tout d abord été menée afin de produire des indicateurs tenant compte du temps de séjour de chaque animal dans l exploitation. Ces indicateurs ont été produits pour l ensemble de éleveurs inscrits au contrôle laitier entre 2000 et 2010 mais aussi pour les éleveurs de notre échantillon entre 2009 et 2010. Pour les 58 éleveurs, une probabilité annuelle de 11% de mortinatalité en moyenne est observée, une probabilité bimestrielle de 10,2% de mortalité des veaux et une probabilité annuelle de 10,8% de mortalité des bovins adultes. Une enquête visant à récolter l ensemble des pratiques d élevages a été réalisée. La mise en relation de ces pratiques avec des indicateurs a permis d obtenir un modèle linéaire généralisé après une étape de sélection des variables. La surveillance des vêlages et des aspects de protection sanitaire sont associés à la mortinatalité, des critères concernant les bâtiments, les pratiques d élevage sont des facteurs de risques de mortalité des veaux. Le modèle des adultes fait ressortir la souscription d une assurance ainsi que des paramètres d hygiène de l exploitation. De plus amples analyses seront réalisées en y incorporant les recommandations faites par les différents acteurs de la filière lors de la réunion de restitution.TOULOUSE-EN Vétérinaire (315552301) / SudocSudocFranceF

Flock sensitivity and specificity of pooled fecal qPCR and pooled serum ELISA for screening ovine paratuberculosis.

The aim of our study was to evaluate the flock sensitivity and specificity of fecal qPCR and serum ELISA using pooled samples for screening paratuberculosis in French sheep. Using individual feces with low or high qPCR Ct values from ewes sampled in 14 infected flocks, a total of 555 pools of size 5, 10 and 20 were created by diluting individual materials in negative feces and analysed using a commercial IS900 qPCR kit. The relative performances of pooled serum ELISA analysis were evaluated based on the analysis of 181 different pools of size 5 and 10, composed of individual serum samples of various individual S/P values. Results showed that for pools of size 5, 10 or 20, individual fecal samples with low Ct values were invariably detected. Conversely fecal samples with high Ct values were associated with a lower detection rate in both pools of size 5 (87.0% to 90.0%), 10 (63.0% to 70.7%) and 20 (46.7% to 60.0%). After lowering the decision threshold to 25% and 15% for serum pools of size 5 and 10 respectively, the pooled serum ELISA relative sensitivity ranged between 62.2% and 100.0% depending on the composition of the pools. Finally, a simulation study was carried out to evaluate the performances of 16 screening strategies at flock level, with varying pool size (5 to 20) and number (5 to 60). The use of pooled serum ELISA led to very false positive detection rate ranging between 37.6% and 91.8% in paratuberculosis free flocks and prevents its further use in that context. For infection prevalence ≤ 5%, the flock sensitivity based on pooled fecal qPCR ranged between 39.0% (5 pools of size 10) and 99.9% (300 sampled individuals, with pools of size 5,10 or20), and was always above 93% when the infection prevalence was greater or equal to 15%. We conclude that pooled-fecal qPCR but not pooled-serum ELISA could be a useful tool to detect sheep flocks infected with paratuberculosis

Study of the Material within the Run-2 ATLAS Inner Detector

The material in the ATLAS Inner Detector (ID) is studied with several methods, using a sample of \sqrt{s}=13 TeV pp collisions collected in 2015 during Run II of the LHC. The material within the innermost barrel regions of the ID is studied using reconstructed secondary vertices from hadronic interactions and photon conversions. The layout of the cables, cooling p ipes and support structures (services) associated with the Pixel detector, in the region in front of the Silicon Microstrip detector (SCT), was modified in 2014. The material in this region was studied by measuring the efficiency with which tracks reconstructed only in the Pixel detector can be matched to tracks reconstructed in the full ID (track extension efficiency). The results of these studies are presented together with a comparison to previous measurements and a description of their impact on physics analyses and Monte Carlo simulation