JCO Clin Cancer Inform

PURPOSE: Many institutions throughout the world have launched precision medicine initiatives in oncology, and a large amount of clinical and genomic data is being produced. Although there have been attempts at data sharing with the community, initiatives are still limited. In this context, a French task force composed of Integrated Cancer Research Sites (SIRICs), comprehensive cancer centers from the Unicancer network (one of Europe's largest cancer research organization), and university hospitals launched an initiative to improve and accelerate retrospective and prospective clinical and genomic data sharing in oncology. MATERIALS AND METHODS: For 5 years, the OSIRIS group has worked on structuring data and identifying technical solutions for collecting and sharing them. The group used a multidisciplinary approach that included weekly scientific and technical meetings over several months to foster a national consensus on a minimal data set. RESULTS: The resulting OSIRIS set and event-based data model, which is able to capture the disease course, was built with 67 clinical and 65 omics items. The group made it compatible with the HL7 Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR) format to maximize interoperability. The OSIRIS set was reviewed, approved by a National Plan Strategic Committee, and freely released to the community. A proof-of-concept study was carried out to put the OSIRIS set and Common Data Model into practice using a cohort of 300 patients. CONCLUSION: Using a national and bottom-up approach, the OSIRIS group has defined a model including a minimal set of clinical and genomic data that can be used to accelerate data sharing produced in oncology. The model relies on clear and formally defined terminologies and, as such, may also benefit the larger international community

LES GÈNES DE TYPE FIBRILLINE D'ARABIDOPSIS THALIANA, FONCTION ET RÉGULATION

Michel Herzog, Professeur, Université Joseph Fourrier, Président du jury Pierre Carol, Professeur, Université Pierre et Marie Curie Rapporteur Pascal Rey, Ingénieur CEA, Cadarache RapporteurFibrillin is one of the major proteins in fibrillar carotenoid storage structures of bell pepper chromoplasts. In order to understand better the function of this protein, we studied the fibrillin homologues in the Arabidopsis thaliana plant model. We have identified 13 genes encoding members of this family in Arabidopsis thaliana which form 10 groups. As proteins of the fibrillin type are also present in other plants and in cyanobacteria, we propose that during evolution, plants multiplied their fibrillin genes from an ancestral gene that still has a relative in some cyanobacteria. In Arabidopsis thaliana, the 13 FIB genes show differential expression when stress- or organ-related expression is examined. We focused on the FIB1-2 subfamily which is the closest to the bell pepper fibrillin that was first characterised. FIB1-2 subfamily genes show a developmental regulation with a good induction in leaves and in flowers. The FIB1b protein accumulates in these organs, suggesting a transcriptional regulation. FIB1a and FIB1b are also induced under stress conditions like the bell pepper FIB gene, whereas FIB2 is more constitutively expressed. The involvement of the fibrillin gene in stress response has been studied in fibrillin RNAi plants which repress several members of this gene family. These plants showed a growth delay, but no drastic modification in response to stress conditions. Finally, we have developed a mutagenesis approach in order to dissect the regulation pathway leading to the bell pepper FIB gene expression. We have produced and screened an EMS mutagenised Arabidopsis thaliana population carrying a double reporter gene construct (LUC, GUS) driven by the bell pepper fibrillin promoter. We isolated mutants altered in the regulation of the fibrillin promoter in flowers.La fibrilline est une protéine majeure des structures fibrillaires de stockage des caroténoïdes dans les chromoplastes de poivron et elle semble être impliquée lors de réponses de la plante à des stress environnementaux. Afin de mieux comprendre la fonction de cette protéine, nous avons étudié ses homologues chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Nous avons identifié 13 gènes codant des membres de cette famille de protéines et nous les avons classés en 10 sous-familles. Sachant que des protéines de type fibrilline sont également présentes chez d'autres plantes et chez des cyanobactéries, nous proposons un schéma de l'évolution de cette famille de gènes dont les membres présents chez les plantes seraient issus de la multiplication de gènes ancestraux qui présentent des homologues chez les cyanobactéries. L'expression des 13 gènes de type fibrilline d'Arabidopsis thaliana est régulée différemment suivant les organes ou les conditions environnementales. Nous avons concentré notre étude sur la sous-famille 1-2 qui est la plus proche de la fibrilline de poivron identifiée à l'origine. Les 3 gènes présentent une régulation développementale avec une expression conséquente dans les feuilles et les fleurs. L'accumulation de la protéine FIB1b dans ces organes suggère une régulation transcriptionnelle de FIB1b. Les gènes FIB1a et FIB1b sont également induits lors de stress environnementaux, comme l'est le gène de la fibrilline de poivron, alors que le gène FIB2 est constitutivement exprimé. L'implication des fibrillines dans la réponse au stress a été étudiée par l'analyse de plantes ARNi réprimant l'expression des gènes de la sous-famille FIB1-2. Ces plantes montrent une croissance retardée, mais peu de modifications en réponse à un stress. Afin de mieux comprendre la voie de régulation qui conduit à l'induction du promoteur du gène de la fibrilline de poivron en réponse à un stress, nous avons développé une approche de mutagenèse. Pour cela, nous avons produit et criblé une population de mutant EMS d'Arabidopsis thaliana comportant une construction dans laquelle deux gènes rapporteurs (LUC, GUS) sont sous le contrôle du promoteur de la fibrilline de poivron. Des mutants, dont l'activité des gènes rapporteurs est altérée, ont été isolés

Les gènes de type fibrilline d'arabidopsis thaliana (fonction et régulation)

La fibrilline est une protéine majeure des structures fibrillaires de stockage des caroténoïdes dans les chromoplastes de poivron et elle semble être impliquée lors de réponses de la plante à des stress environnementaux. Afin de mieux comprendre la fonction de cette protéine, nous avons étudié ses homologues chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Nous avons identifié 13 gènes codant des membres de cette famille de protéines et nous les avons classés en 10 sous-familles. Sachant que des protéines de type fibrilline sont également présentes chez d'autres plantes et chez des cyanobactéries, nous proposons un schéma de l'évolution de cette famille de gènes dont les membres présents chez les plantes seraient issus de la multiplication de gènes ancestraux qui présentent des homologues chez les cyanobactéries. L'expression des 13 gènes de type fibrilline d'Arabidopsis thaliana est régulée différemment suivant les organes ou les conditions environnementales. Nous avons concentré notre étude sur la sous-famille 1-2 qui est la plus proche de la fibrilline de poivron identifiée à l'origine. Les 3 gènes présentent une régulation développementale avec une expression conséquente dans les feuilles et les fleurs. L'accumulation de la protéine FIB1b dans ces organes suggère une régulation transcriptionnelle de FIB1b. Les gènes FIB1a et FIB1b sont également induits lors de stress environnementaux, comme l'est le gène de la fibrilline de poivron, alors que le gène FIB2 est constitutivement exprimé. L'implication des fibrillines dans la réponse au stress a été étudiée par l'analyse de plantes ARNi réprimant l'expression des gènes de la sous-famille FIB1-2. Ces plantes montrent une croissance retardée, mais peu de modifications en réponse à un stress. Afin de mieux comprendre la voie de régulation qui conduit à l'induction du promoteur du gène de la fibrilline de poivron en réponse à un stress, nous avons développé une approche de mutagenèse. Pour cela, nous avons produit et criblé une population de mutant EMS d'Arabidopsis thaliana comportant une construction dans laquelle deux gènes rapporteurs (LUC, GUS) sont sous le contrôle du promoteur de la fibrilline de poivron. Des mutants, dont l'activité des gènes rapporteurs est altérée, ont été isolés.GRENOBLE1-BU Sciences (384212103) / SudocSudocFranceF

Simulation pour la prévision du nombre de locus ciblés par les approches de Génotypage par Séquençage

Genetic determination of early male parr maturation in Atlantic salmon natural population

Genotyping By Sequencing development for Salmo salar: A simulation-based predictive approach using the R package SimRAD.

Application of Next Generation Sequencing platform (NGS) for genotyping purpose in the field of biotechnology, ecology or evolutionary biology is developing quickly. The introduction of efficient methods to reduce genome complexity allows making the most of the huge number of sequences generated by analyzing several individuals in a single run. As a result, numerous approaches for genome complexity reduction have been recently developed using different combinations of restriction enzymes, library construction protocols and fragments size selection. Therefore, the choice of which strategy to use may become cumbersome because it is difficult to anticipate the number of loci resulting from each method and no tool was available to provide guidance. To fill this methodological gap, we developed the R package SimRAD (available on the CRAN at http://cran.r-project.org/ web/packages/SimRAD) for simulation-based prediction of the number of loci expected from alternative Genotyping by Sequencing (GBS) or Restriction Associated DNA (RAD) protocols. This package can be used for non-model species for which no reference genome sequence is available, or for species with a draft or a full reference genome sequence released. We illustrated the practical use of SimRAD by comparing the number of loci expected under different GBS approaches applied in Atlantic salmon. We performed our simulations based on a randomly DNA sequence generated following CG content of 42.6% characteristics of Atlantic salmon and the draft genome sequence (AGKD00000000.1) available as yet for this species. Based on these estimations, we selected a GBS protocol that provided a good compromise between number of loci and potential for individual multiplexing in a single run. We then implemented the GBS method on three individuals using the two restriction enzymes PstI and MseI and a fragment size selection step on the Ion Torrent PGM. This preliminary run resulted in a total of 100000 loci which was within the range of the prediction performed using SimRAD (68000 using the simulated sequence and 135000 using the draft genome sequence). This GBS approach will be scaled up on the Ion Torrent Proton platform enabling analyzing up to 72 individuals per run. The imminent release of the Atlantic salmon reference genome sequence will greatly improve GBS outcome predictions allowing an easier balancing of the tradeoff between the number of loci and the number of individual needed for each GBS applicationGenetic determination of early male parr maturation in Atlantic salmon natural population

Métagénome phytoviral des Iles Kerguelen, vers un inventaire exhaustif des phytovirus dans un écosystème simplifié

National audienc

Simulation pour la prévision du nombre de locus ciblés par les approches de Génotypage par Séquençage

Genetic determination of early male parr maturation in Atlantic salmon natural population