Projeções ortogonais sobre conjuntos convexos para recuperação de imagens comprimidas pelo JPEG

Orientador: Alvaro Rodolfo De PierroDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Isntituto de Matematica, Estatistica e Computação CientificaResumo: Não informado.Abstract: Not informed.MestradoMestre em Matemática Aplicad

Chargaff's "Grammar of Biology": New Fractal-like Rules

Chargaff once said that "I saw before me in dark contours the beginning of a grammar of Biology". In linguistics, "grammar" is the set of natural language rules, but we do not know for sure what Chargaff meant by "grammar" of Biology. Nevertheless, assuming the metaphor, Chargaff himself started a "grammar of Biology" discovering the so called Chargaff's rules. In this work, we further develop his grammar. Using new concepts, we were able to discovery new genomic rules that seem to be invariant across a large set of organisms, and show a fractal-like property, since no matter the scale, the same pattern is observed (self-similarity). We hope that these new invariant genomic rules may be used in different contexts since short read data bias detection to genome assembly quality assessment.Comment: 17 page

Validação de um subconjunto de SNPs específicos para certificação racial de ovinos no Brasil

O objetivo deste trabalho foi avaliar a utilidade de um subconjunto de 18 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) para a certificação das raças de ovinos Crioula Brasileira, Morada Nova (MN) e Santa Inês (SI). Dados de 588 animais foram analisados com o programa Structure. Em 82% dos casos, observou-se designação racial correta com confiança acima de 90%. A maioria dos casos de designação incorreta de raça foi observada em MN e SI. Portanto, apesar de o subconjunto de 18 SNPs ter confiabilidade elevada, ele não é suficiente para a inequívoca certificação das raças estudadas, principalmente das deslanadas. É necessário o desenvolvimento de um painel mais preciso para uso amplo em certificação racial.The objective of this work was to evaluate the usefulness of a subset of 18 single nucleotide polymorphisms (SNPs) for breed identification of Brazilian Crioula, Morada Nova (MN), and Santa Inês (SI) sheep. Data of 588 animals were analyzed with the Structure software. Assignments higher than 90% confidence were observed in 82% of the studied samples. Most of the low-value assignments were observed in MN and SI breeds. Therefore, although there is a high reliability in this subset of 18 SNPs, it is not enough for an unequivocal assignment of the studied breeds, mainly of hair breeds. A more precise panel still needs to be developed for the widespread use in breed assignment

Metodos interativos de decomposição sequencial com mudança de escala em tomografia

Orientador: Alvaro Rodolfo De PierroTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação CientificaResumo: Apresentamos uma extensão do RAMLA para o problema de Máxima Verossimilhança Regularizado em Tomografia por Emissão. Provamos que, se a seqüência gerada por este método converge, então deve convergir para a solução. Propomos também novos métodos iterativos de reconstrução para os problemas de Máxima Verossimilhança e Máxima Verossimilhança Regularizado em Tomografia por Transmissão. Estes algoritmos são extensões em CT do RAMLA. Mostramos que os novos algoritmos produzem soluções similares ou melhores que o EM para CT e outros métodos de subconjuntos ordenados com a vantagem de serem mais rápidos e terem boas propriedades de convergênciaAbstract: We present an extension of RAMLA for Regularized Maximum Likelihood (MAP) in Emission Tomography (ECT) reconstruction. We show that, ifthe sequence generated by this method converges, then it must converge to the true MAP solution. New iterative algorithms are presented for Maximum Likelihood (ML) and MAP reconstruction in Transmission Tomography (CT). The algorithms are natural extensions to CT of RAMLA. We show that the new algorithms for ML and MAP solutions produce similar, or even better results than the EM algorithm and other ordered subsets methods, but in much fewer iterations, and their convergence properties are better than other algorithmsDoutoradoDoutor em Matemática Aplicad

Method And Use For Verification Of Mounting Errors In Genomes

Resumo não disponível.BR102012031096 (A2)G06F19/10BR20121031096G06F19/1

Functional characterization of 3,183 SNP markers derived from the Illumina Bovine HD panel that consistently generated missing genotypes in the Nelore breed (SFNBs).

<p>Functional characterization of 3,183 SNP markers derived from the Illumina Bovine HD panel that consistently generated missing genotypes in the Nelore breed (SFNBs).</p

IGV screenshot image.

<p>The double vertical lines indicate the BovineHD0500032585 SNP position. Colored positions indicate flanking SNPs. There are 6 non-synonymous SNPs and 1 synonymous SNP (4^th column from left).</p