Molecular dynamics studies of the norovirus-host cell interaction mediated by h-type 1 antigen

Noroviruses are the main cause for acute gastroenteritis disease. They infect the host cell via interaction with HGBA receptors on the cell surface. Virus makes complex with cell surface receptors through its capsid protein VP1 to enter the cell. Although the protein has been successfully crystallized in the presence of some common glycans, the dynamic change in the protein structure when interacting with sugar moieties has yet to be fully elucidated. This is critically important since it leads to understanding the protein’s recognition mechanism of HBGAs and develop therapeutic strategies against the gastroenteritis disease. Here, we computationally assessed the dynamic features of wild type VP1 envelope protein to get insights into the interactions that can be important for virus infectivity. We have found that the binding of sugar moiety does not cause noticeable dynamic changes in the binding region. However, interestingly, a drastic change occurs in a distant loop lying at the residue numbers of 395-400, which might be indication of an allosteric effect.Akut gastroenterit hastalığının önemli nedenlerinden biri norovirüslerdir. Konakçı hücreye, hücre yüzeyindeki çoklu şeker halkalarından oluşan HGBA reseptörleri ile etkileşerek enfekte olurlar. Hücreye girmek için virüse ait kapsid proteini hücre yüzeyi reseptörleri ile kompleksleşir. Her ne kadar protein bazı ortak glikanların varlığında kompleks olarak başarılı bir şekilde kristalize edilmiş olsa da, şeker kısımlarının bağlanmasından kaynaklanan protein yapısındaki dinamik değişim henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. Virüs proteinin HBGA'lara bağlanma mekanizmasını anlama ve gastroenterit hastalığına karşı tedavi stratejileri geliştirmesine yardımcı olması nedeniyle bu dinamik değişimi anlamak kritik derecede öneme sahiptir. Bu çalışmada, virüs enfeksiyonu için önemli olabilecek etkileşimler hakkında bilgi edinmek için yabanıl VP1 kapsit proteininin dinamik özelliklerini moleküler dinamik metotlarla hesapladık. Şeker kısmının bağlanmasının, bağlanma bölgesinde gözle görülür dinamik değişikliklere neden olmadığını tespit ettik. Bununla birlikte, ilginç bir şekilde, allosterik bir etkinin göstergesi olabilecek 395-400 numaralı sekansa ait amino asitlerinde ihmal edilemeyecek bir hareketlilik meydana geldiğini gözlemledik

Optimization of cnc operating parameters to minimize surface roughness of Pinus sylvestris using integrated artificial neural network and genetic algorithm

The surface roughness of wood is affected by the processing conditions and the material structure. So, optimization of operation parameters is very crucial to have minimum surface roughness. In this study, modeling and optimization of surface roughness (Ra) of Scotch pine (Pinus sylvestris) was investigated. Firstly, the samples were cut under different conditions 8 mm, 9 mm and 11mm depth of cut and 12 mm, 14 mm and 16 mm axial depth of cut) in computer numerical control (CNC) machine, and then surface roughness (Ra) values of samples were calculated. Then a prediction model of surface roughness was developed using artificial neural networks (ANN). Optimization process was carried out to reach minimum surface roughness of wood samples by the genetic algorithm (GA) method. MAPE value of the ANN model was found lower than 4,0 %. The optimum CNC operation parameters were 1874,5 rad/s, 3,0 m/min feed rate, 9,7 mm depth of cut and 12 mm for axial depth of cut for minimum surface roughness. As a result of study, surface roughness of Scotch pine wood can be modeled and optimized using integrated ANN and GA methods by saving time and cost

Bir Hemodiyaliz Hastasında Üç Kapak Tutulumu Olan Endokardit Vakası

A 22 year-old male patient referred to cardiology clinic with complaints of fever, chills and malaise. He had been on haemodialysis for 12 months due to immunoglobulin A nephropathy. On admission his body temperature, pulse rate and blood pressure was 38.6°C, 115 beats/min and 110/70 mmHg, respectively. In the laboratory examination there were leukocyte, C-reactive protein and erythrocyte sedimentation rate elevation. There were vegetations on the mitral, aortic and tricuspid valves. Blood cultures were positive for Enterococcus faecalis which was susceptible to vancomycin. Since the patient did not accept the surgical operation, he died because of multi-organ dysfunction.On iki aydır immünglobulin A nefropatisi tanısıyla hemodiyaliz yapılan yirmi iki yaşında erkek hasta ateş, terleme ve halsizlik şikayeti ile kardiyoloji kliniğimize yönlendirildi. Hastanın başvurusunda vucut sıcaklığı 38,6°C, kalp hızı 115 atım/dk ve tansiyon arteriel 110/70 mmHg idi. Labaratuvar tetkiklerinde lökosit, eritrosit sedimantasyon hızı ve C-reaktif protein değerleri yüksekti. Mitral, aort ve triküspit kapakta vejetasyon vardı. Kan kültüründe vankomisine duyarlı Enterococus faecalis üredi. Cerrahi operasyonu kabul etmeyen hasta multiorgan disfonksiyonu nedeniyle kaybedildi

A case of colistin-induced fixed drug eruption

Several medicines, especially antimicrobials, play a rolein the etiology of fixed drug eruption (FDE). The clinicalmanifestation is quite typical for a drug-induced reaction.FDE which developed in an 83-year-old male patientwho has been administered colistin due to Acinetobacterpneumonia is presented here since it is very rarely seen.Therefore colistin should also be considered in the differentialdiagnosis of FDE. J Clin Exp Invest 2013; 4 (3):374-376Key words: Fixed drug eruption, etiology, colisti

Comparison of right ventricular functions according to infarct localization using advanced echocardiographic methods in myocardial infarction with ST elevation

Objectives: In this study, we aimed to compare the effectsof infarct localization in patients with ST ElevatedMyocardial Infarction (STEMI) on the right ventricular(RV) functions by using advanced echocardiographicmethods.Materials and methods: A total of 89 patients withSTEMI were included into the study and patients weredivided to three groups as anterior, isolated-inferior andinferior+RV MI groups. In addition to standard echocardiographicmesurements, RV tissue doppler, RV EjectionFraction (RVEF), Myocardial performance index (MPI)and TAPSE measurements of all patients were performedbetween 24-72 hours after the event.Results: Compared to groups, RV functions in inferior MIwith RV involvement group were deteriorated. Tricuspidannular plane systolic excursion (TAPSE) value for theinferior MI with RV involvement (19±1mm) group werelower than those for Inferior MI group without RV involvement(23±1mm) and anterior MI (23±1mm) (p<0.05). TheRV MPI value for inferior MI group with RV involvement(0.76±0.14) were found to be higher than those for anterior(0.64±0.1) and inferior MI (0.56±0.1) group withoutRV involvement (p<0.05). Peak Sm (r = -0.35, p =0.01), TAPSE (r = -0.47, p<0.001) and RV EF (r = -0.46,p<0.001) showed a negative correlation with RV MPI value.Furthermore, RV tricuspid E/A rate (r = -0.19, p = 0.7)and RV free wall tissue doppler Em/Am rate (r = -0.26, p =0.01) displayed a negative correlation with RV MPI value.Conclusions: Use of advanced methods addition to theconventional echocardiographic methods in STEMI patients,could produce more valuable information to evaluateRV functions and provide a positive impact on treatmentstrategies.Key words: Acute myocardial infarction, right ventricle,echocardiography, TAPSE, MP

Epidemiology, anticoagulant treatment and risk of thromboembolism in patients with valvular atrial fibrillation: Results from Atrial Fibrillation in Turkey: Epidemiologic Registry (AFTER)

Background: The aim of this study was to perform a multicenter, prospective investigation regarding the epidemiology, the current effectiveness of therapeutic anticoagulation, and the risk of thromboembolism in patients with valvular atrial fibrillation (AF) based on the records of the Atrial Fibrillation in Turkey: Epidemiologic Registry (AFTER) study. Methods: Patients were selected from a total of 2,242 consecutive admissions that presented with AF diagnosed via electrocardiogram. Those diagnosed with non-valvular AF were excluded from the AFTER study population, which left 497 patients with valvular AF for analysis. Results: The etiology of valvular AF in patients was either attributed to rheumatic mitral valve stenosis (n = 217) or possessing a prosthetic heart valve (n = 280). Out of all the patients with valvular AF, 83.1% were taking warfarin for anticoagulation. Only 36.1% demonstrated a therapeutic international normalized ratio (INR), and among those patients it was found that 19.1% exhibited a labile INR. Multivariate analysis revealed that age was the only independent predictor of thromboembolic events in patients with valvular AF. Conclusions: Many valvular AF patients are not maintained at therapeutic INR levels, which poses a threat to patient health as they age and are at greater risk for thromboembolism

The Democratic Legitimacy Of Turkish Supreme Board Of Judges And Prosecutors

Hâkimler ve Savcılar Yüksek Kurulu’nun yapısı yargı bağımsızlığı ve yargının tarafsızlığı konularıyla birlikte sürekli tartışılmaktadır. Buna göre Meclis’in üye seçimine katıldığı bir Hâkimler ve Savcılar Kurulu’nun de- mokratik meşruluğuna karşı, yargının bağımsızlığı ve kuvvetler ayrılığı ilke- leri yarışmaktadır. 1961 Anayasası’ndaki ilk düzenleme Venedik Komisyo- nu kriterleri benzerinde demokratik meşruiyete yönelmişken 1971 değişik- likleri ve 1982 Anayasası değişiklikleri sonrasındaki Kurul, bu özelliklerden yoksun olacaktır.Structure of the Supreme Board of Judges and Prosecutors is really cont- roversial issue with independence and neutrality of judiciary. Parliament‘s participation to choose members makes the Board more legitimate although independence of judiciary and separation of powers are two main arguments on this issue. On the historical background 1961 Constitution‘s Board struc- ture was more legitimate than 1971‘s and 1982‘s structure that Parliament has no authority to choose members anymore

Çocuk ve Ergenlerde Nöroanatomik Gelişimin Çocuk Ceza Sorumluluğuna Etkisi

Son yıllardaki teknolojik ve kavramsal gelişmeler, ergen beyninin yapısal ve fonksiyonel olgunlaşması ile ergen davranışı arasındaki ilişkinin kurulabilmesini sağlamıştır. Difüzyon tensör görüntüleme (DTI) çalışmaları frontal bölgedeki beyaz cevherin ve myelinizasyonun, çocuklarda erişkinlere göre anlamlı derecede düşük olduğunu göstermiştir. Gri ve beyaz cevher yapılanması ergenlik dönemini içine alarak erken erişkinlik yıllarına kadar devam etmektedir. Beyaz cevherdeki artış, yaşa bağlı gelişen bilişsel süreçler ile ilişkili myelinizasyon artışını yansıtmaktadır. Dürtü kontrolü, yargılama ve karar verme işlevlerini yürüten dorsolateral prefrontal korteks, erişkin düzeyindeki kalınlığa ve olgunlaşmaya en geç ulaşan bölgedir. Ergenlikte, duyguların, ödül ve ceza deneyimlerinin işlendiği limbik sistem ile beynin yürütücü işlevlerinin şefi olan prefrontal korteks arasındaki yolaklarda dopamin reseptör yoğunluğunda ve dağılımında önemli değişiklikler ortaya çıkar. Duygudurum, uyku, anksiyete, dürtüsellik gibi birçok davranış açısından önemli etkilere sahip olan serotonerjik sistem ile ilgili olarak yapılan çalışmalar serotonerjik nörotransmisyonun yeniden yapılanmasının çocukluk ve ergenlik boyunca devam ettiğini göstermiştir. Bu bulgular, birçok kompleks bilişsel süreçlerin erken erişkinlik yaşlarına kadar gelişimini tamamlamadığını göstermektedir. Literatür; nöroanatomik ve nörokimyasal değişimlere bağlı olarak ergenlik döneminde ceza sorumluluğu değerlendirmesinde önemli yeri olan ahlaki, sosyal, hukuki muhakeme, yargılama, karar verme, dürtü kontrolü gibi yeteneklerde ergenlerin yetersizlik gösterdiğini ortaya koymaktadır. Türkiye’de hekimlerce yapılan çocuk ceza sorumluluğu değerlendirmeleri ile ilgili çalışmalar incelendiğinde, verilen raporların çok yüksek oranlarda ceza sorumluluklarının bulunduğu yönünde olduğu görülmektedir. Bu yazıda çocuk ve ergenlerin nöroanatomik gelişim ve nörokimyasal değişimlerinin ceza sorumluluğuna etkisi, literatür eşliğinde ortaya konularak ceza sorumluluğu başlangıç yaşı ile 12 - 14 yaş grubu çocukların hekimlerce yapılan ceza sorumluluğu değerlendirmelerinin tartışmaya açılması amaçlanmıştır

The judicial review of The Grand National Assembly's decisions by The Constitutional Court

Türkiye Büyük Millet Meclisi kararları, kural olarak, herhangi bir yargısal denetime tabi değildir. Bunun sebebi, Türkiye Büyük Millet Meclisi kararlarının birey hak ve özgürlüklerine ilişkin olmaması ve yasama organı ile yürütme ve yargı organları arasındaki ilişkiyi düzenlemesidir. Doğal olarak, bu durum hukuk devleti ilkesini ihlal etmez. Bununla birlikte, Türkiye Büyük Millet Meclisi'nin karar olan işlemlerinden kendi içtüzüğü, milletvekilliğinin düşmesi kararı vermesi durumunda bu karar ve yasama dokunulmazlığının kaldırılması kararı Anayasa Mahkemesi'nin denetimine tabidir. Görüleceği üzere, TBMM içtüzüğü, milletvekilliğinin düşmesi ve yasama dokunulmazlığının kaldırılması kararları Türkiye Büyük Millet Meclisi'nin kendi iç işleyişine ve çalışma düzenine ilişkin olmasına rağmen, önemine binaen bu kararların denetimi mümkün kılınmıştır. Bu kararlar, Meclis çoğunluğunu elinde bulunduran siyasi parti veya partilerin, bu avantajı kullanarak muhalefeti ortadan kaldırma ihtimali vermesi sebebiyle önemlidir. Dolayısıyla Anayasa Mahkemesi, bu üç tür kararı denetlemektedir. Bununla birlikte, Anayasa Mahkemesi'nin işlemin nitelemesiyle bağlı olmadığı yönünde eylemli içtüzük değişikliği içtihadı bulunmaktadır. Bu içtihat, Anayasa Mahkemesi'nin denetim yetkisini Anayasa'da öngörülenden daha geniş yorumlaması olarak belirtilebilir.Turkish Grand National Assembly's decisions are not subject to the judicial review. This is because; Turkish Grand National Assembly decisions are not related to individual rights and freedoms and these decisions organizes the relationship between legislative body with the executive and judicial body. Naturally, this does not violate the principle of the rule of law. However, three type of Turkish Grand National Assembly decision; the Rules of Procedure of the Turkish Grand National Assembly, the decision of disqualification of the Parliament membership and the decision of annulment of the parliamentary immunity are subject to the Constitutional Court's review. Although the decisions of the Rules of Procedure of the Turkish Grand National Assembly, disqualification of membership and annulment of parliament immunity are about the parliaments functioning and order; these decisions are still subject to the judicial review because of their importance. The importance of these decisions to prevent the major political party or parties to get advantage for eliminates the opposition in the Parliament. So the Constitutional Court reviews these three types of decision. However, the Constitutional Court has jurisprudence on not to bound for naming of the transaction. This jurisprudence is to make its authority extensive than constitutional limit