FcMgv1, FcStuA AND FcVeA based genetic characterization in fusarium culmorum (W.G. Smith)

Fusarium culmorum (W.G. Smith) leads to economic losses in wheat and barley fields in Turkey as well as in many countries worldwide as a result of head blight and crown rot diseases. In this study, in vitro growth capacity of 33 F. culmorum isolates originating from Turkey and the relationship between phenotypic and genetic characteristics obtained based on similarities of FcMgv1, FcStuA and FcVeA genes were investigated. Linear growth rate values were recorded at 4th and 7th days of incubation. The mean linear growth rate values ranged from 7.58±1.06 to 14.7±1.26mm/day. The isolates F2 and 18F with relatively high linear growth values and the isolates 12F and F19 with relatively low linear growth values, were selected to be used in multiloci based genotyping analysis. FcMgv1, FcStuA and FcVeA genes were amplified in lengths of 1733, 2001 and 1898bp, respectively. The genes were sequenced, aligned and then subjected to BLASTn and to maximum likelihood topology analysis. Nucleotide sequence of each gene showed maximum hit with associated genes deposited in NCBI with 0.0-0.0 Evalues and 1188 to 3256 bit scores. Alignment analysis resulted in at least 89% bootstrap support. Moreover, isolates with similar linear growth rates were co-clustered in phylogenetic analysis. The findings obtained in this study showed that the three genes which are essential for fungal survival could be used in genetic characterization analysis and in revealing the associations between their genetic and phenotypic characteristics.Dünya çapında pek çok ülkede olduğu gibi Türkiye’de de Fusarium culmorum (W.G. Smith) başak yanıklığı ve kök çürüklüğü hastalıkları ile arpa ve buğday tarım alanlarında ekonomik kayıplara yol açar. Bu çalışmada, Türkiye’den köken alan 33 F. culmorum izolatının in vitro büyüme kapasitesi ile FcMgv1, FcStuA ve FcVeA genetik benzerliği aracılığı ile elde edilen fenotipik ve genetik karakterlerin ilişkisi incelenmiştir. Doğrusal büyüme oranı değerleri inkübasyonun 4. ve 7. günlerinde kaydedilmiştir. Ortalama doğrusal büyüme oranlarının 7,58±1.06 ve 14,7±1.26mm/gün arasında olduğu görülmüştür. Göreceli olarak yüksek LGR değerlerine sahip olduğu belirlenen F2 ile 18F izolatları ile göreceli olarak düşük LGR değerlerine sahip olduğu belirlenen 12F ve F19 izolatları multilokus temelli genotiplendirme analizlerinde kullanılmak üzere seçilmiştir. FcMgv1, FcStuA ve FcVeA genlerine ait sırasıyla 1733, 2001 ve 1898bç ürünler elde edilmiştir. Genler dizilenmiş, bir araya getirilmiş ve BLASTn ile maksimum olasılık topoloji analizi yapılmıştır. Her bir genin nükleotid dizisi NCBI'da 0,0-0,0 Edeğeri ve 1188-3256 arası bit skoru vermiştir. Hizalama analizi en az %89 ön yükleme değeri ile sonuçlanmıştır. Ayrıca, benzer büyüme oranına sahip izolatlar filogenetik analizlerde aynı alt kümede yer almıştır. Bu çalışmada elde edilen bulgular, fungal yaşam için gerekli olan bu üç genin, genetik karakterizasyonda ve fenotipik ve genotipik özellikleri arasında ilişki kurulmasında kullanılabileceğini ortaya konmuştur

Biochemiczne markery pierwszego trymestru w ciąży bliźniaczej

Objective: Our aim was to investigate the first trimester serum markers and nuchal translucency (NT) measurements in twin pregnancies in our population. Materials and methods: We reviewed the results of all double tests that were performed in our hospital over a three-year period. Out of them, we selected all twins and compared them with a group of three times as many singleton controls. NT measurements and the first trimester serum markers from 49 twin pregnancies were compared to those of 147 pregnant women with normal singleton pregnancy. Results: There were no statistically significant differences in age, gestational age and maternal weight between the two groups (p>0.05). We found similar NT measurements in the two groups. The median MoM of Pregnancy- Associated Plasma Protein A (PAPP-A) and fβ-hCG levels in twins were statistically significantly higher than those in singleton pregnancies. Twelve percent of the twins (12.2 %) were the result of assisted reproduction technologies. IVF versus naturally conceived pregnancies showed similar MoM of PAPP-A (2.2 vs. 1.2, respectively) and fβ-hCG (Mann-Whitney U; p = 0.195 and p = 0.958). Conclusions: Our study revealed that median PAPP-A and fβ-hCG levels for twins were less than twice those of singleton values.Cel pracy: Celem naszego badania było zbadanie surowiczych markerów pierwszego trymestru oraz przezierności karkowej (NT) w ciążach bliźniaczych w naszej populacji. Metoda: Przeanalizowano wyniki wszystkich testów podwójnych wykonanych w naszym szpitalu w ciągu trzech lat. Wyodrębniono grupę ciąż bliźniaczych (n=49) i porównano ją z trzy razy większą grupą kontrolną prawidłowych ciąż pojedynczych (n=147). Wyniki: Nie znaleziono istotnych statystycznie różnic w wieku, wieku ciążowym i masie ciała ciężarnych pomiędzy grupami (p>0,05). Stwierdzono podobne wyniki pomiaru NT w obu badanych grupach. Mediana MoM białka PAPP-A i poziom fβ-hCGw ciążach bliźniaczych był istotnie wyższy niż w ciążach pojedynczych. Dwanaście procent ciąż bliźniaczych było efektem technik wspomaganego rozrodu. Ciąże w wyniku IVF oraz ciąże spontaniczne wykazywały się podobnych wynikiem MoM białka PAPP-A (2,2 vs. 1,2 odpowiednio) i fβ-hCG (Mann-Whitney U; p=0,195 i p=0,958). Wnioski: Średni poziom białka PAPP-A i fβ-hCG dla ciąż bliźniaczych był mniej niż dwa razy większy niż dla pojedynczych ciąż

The Effect Of Cements With Pozzolan And Without Pozzolan To The Durability Of Concrete

Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2001Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2001Bu çalışmada, uçucu külün betonun durabilitesine etkisi incelenmiştir. Bunun için 12 tip beton üretilmiştir. Üretilen 12 tip betonun 4 tanesi sadece Portland çimentosu ile, 6 tanesi Portland çimentosuna uçucu kül ilavesi ile (kullanılan çimento ağırlığının %10’u ve %20’si kadar uçucu kül ilave edilerek), 2 tanesi de traslı çimento ile hazırlanmıştır. Maksimum agrega tane çapı 16 mm. seçilerek her tip betonda 7x7x7 cm. boyutlarında küp ve 7x7x28 cm. boyutlarında prizma numuneler üretilmiştir. Küp numunelerde basınç ve kılcal su emme deneyleri, prizma numunelerde ise ultrases hızı ve eğilme deneyleri yapılmıştır. Her beton tipine ait numunelerin bir kısmı ağırlıkça %10’luk sodyum sülfat çözeltisine, bir kısmı kirece doygun su içerisine, bir kısmı da ıslak bez altına konulmuştur. Sodyum sülfat çözeltisi 21 günde bir yenilenmiştir. Numuneler belirtilen ortamlarda 120 gün bekletildikten sonra bunların basınç ve eğilme mukavemetleri, ağırlıkları ve ultrases hızları ölçülmüştür. Ölçülen bu değerler, ilk baştaki değerlerle karşılaştırılmıştır. Sonuçlar incelendiğinde uçucu kül ilave edilen betonların uçucu kül içermeyen betonlara göre daha az mukavemet kaybettikleri, yüksek mukavemetli betonların zararlı ortamdan daha az etkilendikleri, su geçirimliliği yüksek olanların zararlı ortamda çok çabuk parçalanmaya başladıkları ve ağırlık kaybettikleri görülmüştür. Sonuçlar literatürdeki çalışmalarla karşılaştırıldığında, uçucu kül ilavesi yapılarak üretilen betonlarda uçucu külün betonun iç yapısındaki boşlukları doldurarak betonun su geçirimliliğini azalttığı gözlemlenmiştir.In this study, the effect of fly ash on the durability of concrete was investigated. For this study, 12 kinds of concrete were produced. 4 of them were prepared with only Portland cement, 6 of them are produced as adding fly ash in Portland cement and 2 of them were produced with a natural pozzolanic cement. Maximum diameter of agregate is chosen as 16mm. In every kind of concrete, cubic specimens with dimensions of 7x7x7 cm., and prismatic specimens with dimension of 7x7x28 cm. were prepared. On cubic specimens absorption tests under preasure and capillary, and on prismatic specimens ultrasound velocity measurement and bending experiments were carried out. Some of the specimens were put into a solution that includes %10 sodium sulphate, some of them are put into water saturated with lime, and some of them were kept under a wet burlap. Sodium sulphate solution was renewed at every 21 days. After 120 days of exposure, the compressive and flexural strengths as well as unit weight and ultrasound velocity of specimens were measured. These values were compared with those of normal cured specimens. After observing the results, it is seen that the loss of resistance in concrete which are produced by addition of fly ash is less than which are not added, the concrete which have high resistance are effected less than the others in sodium sulphate solution. And also the specimens those of concrete without fly ash have high water permeability are easily broken into pieces and lost weight in sodium sulphate solution. The comparison of the results with the examples given in the literature, showed that fly ash addition decreases the water permeability by filling the pores in the concrete.Yüksek LisansM.Sc

Investigation of antifungal activities of myrcene on Fusarium reference strains

Antifungal efects of myrcene, the plant-based naturel compound, were investigated on Fusarium graminearum PH-1 and Fusarium culmorum FcUK99 references, for the first time. Minimum inhibitory concentration (MIC) and half of MIC (MIC50) of both Fusarium strains against myrcene were found as 25µg/µl and 12.5µg/µl, respectively. MIC50 application decreased the cell viabilities in the ratios of 34.90% and 33.91% in PH-1 and FcUK99, respectively (p <0.01). The signifcantly increased catalase (CAT) activity was recorded in MIC50 treated strains (p<0.01). Apoptosis-like process and cellular oxidative stress were also monitored with acridine orange/ethidium bromide (Ao/Eb) dual staining and 2′,7′-dichlorodihydrofuorescein diacetate (DCF-DA) staining. The genomic template stability (GTS) percentages were calculated as 79% for PH-1 and 71% for FcUK99 via random amplifed polymorphic DNA (RAPD). Methylation polymorphism values were calculated as 53.8% and 50.6% in PH-1 and 40.4% and 39% in FcUK99 for HapII and MspI, respectively by coupled restriction enzyme digestion-random amplifcation (CRED-RA). Methylation-sensitive amplifed polymorphism (MSAP) revealed that myrcene caused both type I and type III epigenetic modifcations in both genomes. MIC50 dose caused up to 13.86±0.42-fold changes in the expressions of cat, mst20, and stuA, whereas downregulation in tri5 was recorded. Myrcene application did not change the retrotransposon movement in both species by the amplifying of idiomorphic retrotransposon patterns through inter-retrotransposon polymorphism-polymerase chain reaction (IRAP-PCR). This study demonstrated that myrcene is an efective compound in the management of phytopathogenic Fusarium species by causing morphological, genetic, epigenetic, and cellular alterations, and has a potential to utilize as an antifungal agent

2,4-Dimetilpirol’ün Başak Yanıklığı Hastalığı Etmeni Fusarium culmorum’un Üzerine Etkilerinin İncelenmesi

Bitki patojeni Fusarium culmorum dünyada ve ülkemizde tahıllar üzerinde kök çürüklüğü ve başak yanıklığı başta olmak üzere çeşitli hastalıklara neden olmaktadır. Bu çalışmada F. culmorum ile mücadele kullanılabilecek yeni ve potansiyel bir ajan olarak 2,4-Dimetilpirol’ün patojen üzerindeki etkileri incelenmiştir. Bu amaçla farklı konsantrasyonlarda 2,4-Dimetilpirol (0, 0.5, 1, 2 ve 4 mg mL-1) uygulanmış F. culmorum 20F izolatında artan konsantrasyonlarda doğrusal büyüme oranındaki (DBO)  değişim incelenmiş ve kontrol ve deney grupları arasında anlamlı bir düşüş olduğu görülmüştür.  Ayrıca seksüel üreme ve hücre çeperi bütünlüğünden sorumlu Mgv1 geninin anlatımı gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (k-PZR) ve ters transkripsiyon PZR (RT- PZR) ile incelenmiştir. Deney gruplarında kontrol gruplarına göre Mgv1 geni için 5.21±0.05x102 kat artma saptanmıştır. Elde edilen bulgulara göre 2,4-Dimetilpirol’ün, F. culmorum türünde potansiyel bir antifungal etkili ajan olabileceği gösterilmiştir. İleriki çalışmalarda bu ajanın tarladaki fungal biyokütlenin ve toksin üretiminin azaltılmasını sağlayarak hastalık ile mücadelede yeni bir yaklaşım olarak kullanılabileceği düşünülmektedir