Vitioeno, un centre de ressources numériques pour la production de données scientifiques FAIR

Résumé INRAE et l’IFV ont mis en place un centre de ressources numériques ouvertes et librement accessibles, avec l’objectif d’aider et de faciliter la structuration et la qualification des données selon les principes FAIR. Ce centre de ressource pour l’aide à la gestion des données « Vitioeno » est disponible en ligne, en français et en anglais, à l’adresse https://vitioeno.mistea.inrae.fr/resource/app/. Il recense et donne un accès ouvert à différents types de ressources numériques existantes, en particulier des référentiels (matériel végétal et variables expérimentales), des documents téléchargeables de type protocoles, et des applications ou liens utiles

IRES-based Vector Coexpressing FGF2 and Cyr61 Provides Synergistic and Safe Therapeutics of Lower Limb Ischemia

Due to the lack of an adequate conventional therapy against lower limb ischemia, gene transfer for therapeutic angiogenesis is seen as an attractive alternative. However, the possibility of side effects, due to the expression of large amounts of angiogenic factors, justifies the design of devices that express synergistic molecules in low controlled doses. We have developed an internal ribosome entry site (IRES)–based bicistronic vector expressing two angiogenic molecules, fibroblast growth factor 2 (FGF2), and Cyr61. Through electrotransfer into the ApoE−/− mice hindlimb ischemic muscle model, we show that the IRES-based vector gives more stable expression than either monocistronic plasmid. Furthermore, laser Doppler analysis, arteriography, and immunochemistry clearly show that the bicistronic vector promotes a more abundant and functional revascularization than the monocistronic vectors, despite the fact that the bicistronic system produces 5–10 times less of each angiogenic molecule. Furthermore, although the monocistronic Cyr61 vector accelerates B16 melanoma growth in mice, the bicistronic vector is devoid of such side effects. Our results show an active cooperation of FGF2 and Cyr61 in therapeutic angiogenesis of hindlimb ischemia, and validate the use of IRES-based bicistronic vectors for the coexpression of controlled low doses of therapeutic molecules, providing perspectives for a safer gene therapy of lower limb ischemia

Prevalence and factors associated with alcohol and drug-related disorders in prison: a French national study

BACKGROUND: Most studies measuring substance-use disorders in prisons focus on incoming or on remand prisoners and are generally restricted to drugs. However, there is evidence that substance use initiation or continuation occurs in prison, and that alcohol use is common. The aim of this study is 1) to assess prevalence of both drug and alcohol abuse and dependence (DAD/AAD) in a national randomised cohort of French prisoners, short or long-term sentence 2) to assess the risk factors associated with DAD/AAD in prison. a stratified random strategy was used to select 1) 23 prisons among the different types of prison 2) 998 prisoners. Diagnoses were assessed according to a standardized procedure, each prisoner being assessed by two psychiatrists, one junior, using a structured interview (MINI 5 plus), and one senior, completing the procedure with an open clinical interview. At the end of the interview the clinicians met and agreed on a list of diagnoses. Cloninger's Temperament and Character Inventory (TCI) was also used. RESULTS: More than a third of prisoners presented either AAD or DAD in the last 12 months. Cannabis was the most frequent drug and just under a fifth of prisoners had AAD. AAD and DAD were clearly different for the following: socio-demographic variables, childhood history, imprisonment characteristics, psychiatric comorbidity and Cloninger's TCI. Profiles of AAD in prison are similar to type II alcoholism. CONCLUSION: Regular screening of AAD/DAD in prison, and specific treatment programmes taking into account differences between prisoners with an AAD and prisoners with a DAD should be a public health priority in priso

CC9 Livestock-Associated Staphylococcus aureus Emerges in Bloodstream Infections in French Patients Unconnected With Animal Farming

We report 4 bloodstream infections associated with CC9 agr type II Staphylococcus aureus in individuals without animal exposure. We demonstrate, by microarray analysis, the presence of egc cluster, fnbA, cap operon, lukS, set2, set12, splE, splD, sak, epiD, and can, genomic features associated with a high virulence potential in human

Résumé

Résum

Analyse de réponses lymphocytaires T CD8+ dirigées contre le virus de l'hépatite C (corrélation avec le statut clinique)

La majorité des individus infectés par le virus de l'hépatite C (VHC) restent chroniquement infectés et sont prédisposés à une cirrhose ou à un hépatocarcinome. Pour mieux comprendre les mécanismes qui influencent la progression vers l'infection chronique, nous avons fait une analyse fonctionnelle et moléculaire de lymphocytes T (LT) VHC-spécifiques chez des individus séropositifs, ayant ou non résolu leur infection, ainsi que chez des individus séronégatifs. Nous avons isolé par tri immunomagnétique, des LT CD8+ dirigés contre trois épitopes VHC immunodominants restreints par HLA-A*0201. Des LT spécifiques de ces complexes antigéniques ont pu être isolés pour tous les individus. Les patients chroniquement infectés ont montré des réponses T VHC-spécifiques plus faibles que les patients qui avaient résolu leur infection, en termes de production d'IFN-gamma, de cytotoxicité et de tests de dégranulation. Ces différences fonctionnelles seraient liées à une moindre fréquence de LT spécifiques exprimant un TCR de forte affinité chez les patients chroniquement infectés, plutôt qu à des défauts fonctionnels intrinsèques ou à une down-modulation par des récepteurs inhibiteurs. Les individus sains ont montré majoritairement des réponses de faible avidité, analogues à celles observées chez des patients en infection chronique, bien que des populations de forte avidité aient été observées chez certains individus. Nos résultats indiquent qu'un enrichissement en LT de forte avidité est associé à une clairance virale efficace et suggèrent un lien entre la qualité du répertoire lymphocytaire T VHC-spécifique initial et la susceptibilité à l'infection chroniqueUp to 170 million people are infected by hepatitis C virus (HCV), among whom 4/5 remain chronically infected and are predisposed to cirrhosis and/or hepatocarcinoma. To better understand the mechanisms that influence progression to HCV chronic infection versus viral control, we performed an in-depth functional and molecular analysis of highly purified HCV-specific T cells in seropositive donors, having resolved their infection or not, and in HCV-seronegative healthy donors. We managed to isolate from blood samples HCV-specific CD8+ T cells directed against three immunodominant HCV epitopes restricted by HLA-A*0201, using magnetic beads coated with HLA class I/peptide complexes. T cell populations specific to those antigens were isolated from almost all donors, irrespective of their serological status. Chronically infected patients yielded weaker HCV-specific CD8+ responses than those having cleared their infection, as assessed by IFN- production, cytotoxicity and degranulation assays. These functional differences were primarily accounted for by decreased frequency of specific T cells expressing high-affinity TCR in chronically infected patients rather than by intrinsic T cell functional defects or by active downmodulation by inhibitory receptors. Healthy donors yielded mainly low avidity HCV-specific T cell responses, very similar to chronic patients, although high avidity subsets were detected in some individuals. Our results indicate that enrichment for high avidity T cells is associated with successful viral clearance and suggest a link between the quality of the initial HCV-specific T cell repertoire and susceptibility to chronic infectionNANTES-BU Sciences (441092104) / SudocSudocFranceF

Méthodes multigrilles pour le 4D-VAR

National audienceDepuis ces trente dernières années, les systèmes d'observation de la Terre et les modèles numériques se sont perfectionnés et complexifiés pour nous fournir toujours plus de données, réelles et numériques. Ces données, de nature très diverse, forment maintenant un ensemble conséquent d'informations précises mais hétérogènes sur les structures et la dynamique des fluides géophysiques. Dans les années 1980, des méthodes d'optimisation, capables de combiner les informations entre elles, ont permis d'estimer les paramètres des modèles numériques et d'obtenir une meilleure prévision des courants marins et atmosphériques. Ces méthodes puissantes, appelées assimilation variationnelle de données, peinent à tirer profit de la toujours plus grande complexité des informations de par le manque de puissance de calcul disponible. L'approche, que nous développons, s'intéresse à l'utilisation des méthodes multigrilles, jusque là réservées à la résolution de systèmes d'équations différentielle, pour résoudre l'assimilation haute résolution de données. Les méthodes multigrilles sont des méthodes de résolution itératives, améliorées par des corrections calculées sur des grilles de plus basses résolutions. Nous dérivons les algorithmes multigrilles sur un exemple d'assimilation d'une équation de Burgers, non linéaire. Nous montrons que les méthodes multigrilles convergent plus vite que les méthodes monogrilles, avec un coût moindre, et qu'elles reposent sur des bases théoriques solides, contrairement à la méthode multi-incrémentale qui ne permet pas de résoudre l'assimilation à haute résolution, mais qui est pourtant utilisée dans les centres de prévision opérationnelle

Multigrid methods and data assimilation ― Convergence study and first experiments on non-linear equations

International audienceIn order to limit the computational cost of the variational data assimilation process, we investigate the use of multigrid methods to solve the associated optimal control system. On a linear advection equation, we study the impact of the regularization term and the discretization errors on the efficiency of the coarse grid correction step introduced by the multigrid method. We show that even if for a perfect numerical model the optimal control problem leads to the solution of an elliptic system, discretization errors introduce implicit diffusion that can alter the success of the multigrid methods. Then we test the multigrids configuration and the influence of the algorithmic parameters on a non-linear Burgers equation to show that the algorithm is robust and converges much faster than the monogrid one.Afin de limiter le coût de calcul lié aux méthodes variationnelles d’assimilation de données, nous nous intéressons ici à l’utilisation de méthodes multigrilles pour la résolution de systèmes de contrôle optimal. Sur un modèle simple d’advection linéaire, nous étudions l’impact du terme de régularisation du contrôle optimal ainsi que l’impact des erreurs de discrétisation sur l’efficacité de la correction grille grossière introduite par cette méthode. En particulier, nous montrons que pour un modèle numérique parfait, le problème de contrôle optimal est elliptique mais que les erreurs de discrétisation introduisant une diffusion implicite peuvent altérer les performances de la méthode multigrille. Enfin, sur une équation de Burgers, non linéaire, nous étudions l’influence des différents paramètres inhérents aux méthodes multigrilles et montrons que ces méthodes sont robustes et convergent beaucoup plus rapidement que les méthodes monogrilles

Multigrid methods and data assimilation applied to a linear advection equation

International audienc