Molecular Phylogenetic Position of Bacillus sp Bacteria Isolated from Rotifer Culture Medium Based on Fisheries Waste Diet

This study aims to identify and determine the phylogenetic position of two bacterial isolates (F0031 and F0033), isolated from culture media of Rotifer Brachionus plicatilis sp. complex. Genomic DNA of the bacteria was extracted using Qiaprep Miniprep Kit and the 16S rRNA gene was amplified using primer pairs 8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') and 1492R (5'-ACCTTGTTACGACTT-3'). The sequences were analyzed using Geneious Prime ver. 2020 and bacterial identification was performed using the Basic Local Alignment Tool (BLAST) method.  Phylogenetic analysis was conducted using MEGA X, where the phylogenetic tree was constructed using the Maximum Likelihood method, and evaluated using the Bootstrap method.  Results of this study showed that both bacterial isolates (F0031 and F0033) belong to different genera, namely Bacillus (F0031) and Mesobacillus (F0033). Bacterial isolate F0031 had the closest similarity and was located at the same phylogenetic branch as B. cereus, while isolate F0033 was with M. jeotgali. Keywords: phylogeny, molecular, bacteria, bacillus, mesobaccilus, rotifera, diet. Abstrak Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menentukan posisi filogeni dua isolat bakteri (F0031 dan F0033) yang diisolasi dari media kultur rotifer Brachionus plicatili sp. complex.  DNA genom dari isolat bakteri diekstrak menggunakan Kit Qiaprep Miniprep dan gen 16S rRNA diamplifikasi menggunakan pasangan primer 8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') dan 1492R (5'-ACCTTGTTACGACTT-3').  Hasil sekuens dianalisis menggunakan Sequence scanner ver. 2.0 dan analisis sekuens dilakukan menggunakan Geneious Prime ver. 2020.  Identifikasi isolat bakteri dilakukan dengan metode BLAST (Basic Local Alignment Tools) dan analisis filogenetik dilakukan dengan menggunakan MEGA X, dimana konstruksi filogeni menggunakan metode Maximum Likelihood yang dievaluasi dengan metode Bootstrap. Hasil penelitian menunjukan bahwa kedua isolat bakteri (F0031 dan F0033) merupakan isolat bakteri yang berasal dari genus berbeda, yaitu genus Bacillus (F0031) dan genus Mesobacillus (F0033).  Isolat bakteri F0031 memiliki kesamaan terdekat dan berada pada posisi percabagan filogenetik yang sama dengan B. cereus sedangkan Isolat F0033 dengan M. jeotgali Kata kunci: Filogeni, molekuler, bakteri, bacillus, mesobaccilus, rotifer, paka

Uji Aktifitas Renang Sebagai Indikator Kebugaran Rotifer

Pemeliharaan masal rotifer terkadang mengalami crash yang menyebabkan turunnya populasi rotifer secara drastis hingga terjadi collaps, yang berdampak pada gagalnya pemeliharaan larva akibat tidak adanya pakan rotifer. Untuk itu, penting adanya penanda status kebugaran rotifer sebagai indikator acuan peringatan dini status pemeliharaan masal rotifer. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengukur dan membandingkan aktifitas renang rotifer pada beberapa tingkatan salinitas untuk dijadikan sebagai acuan kondisi kebugaran rotifer. Rotifer Brachionus rotundiformis strain Poigar, sebagai hewan uji dikultur pada salinitas <5, 15, 25, dan 35 ppt dengan pakan microalga Nannochloropsis oculata. Penelitian diawali dengan memindahkan rotifer yang dipelihara pada setiap salinitas ke salinitas perlakuan (<5, 15, 25, dan 35 ppt). Pengamatan aktifitas renang rotifer dilakukan dengan menghitung banyaknya unit yang dilalui individu rotifer pada selang waktu pengamatan dalam 3 kali pengulangan. Pengamatan dilakukan di bawah mikroskop dengan bantuan milimeter unit yang telah diletakkan antara objek pengamatan (rotifer) dengan sumber cahaya mikroskop. Milimeter unit yang digunakan, terbuat dari plastik (transparan) sehingga tidak menghalangi sumber cahaya yang berasal dari bagian bawah mikroskop. Aktifitas renang (nilai tengah ± standar deviasi / SD) rotifer yang dipelihara pada salinitas <5 dan 35 ppt berkisar antara 0.22±0.03 sampai 0.32±0.03 unit/detik, sedangkan pada salinitas 15 dan 25 ppt berkisar antara 0.62±0.03 sampai 0.92±0.3 unit/detik. Perpindahan rotifer dari salinitas <5 dan 35 ppt ke salinitas 15 dan 35 ppt berpengaruh pada peningkatan aktifitas renang rotifer sedangkan perpindahan dari salinitas 15 dan 25 ppt ke <5 dan 35 ppt berakibat sebaliknya. Aktifitas renang yang teramati dalam penelitian ini dapat menjadi indikator kebugaran rotifer, yang mana aktifitas renang pada kisaran 0.22±0.03 sampai 0.32±0.03 unit/detik menjadi indikator kekurang kebugaran rotifer sedangkan aktifitas renang antara 0.62±0.03 sampai 0.92±0.3 unit/detik merupakan indikator kebugaran rotifer B. rotundiformis strain Poigar

Analysis Of Particle Content In Kappaphyccus alvarezii Seaweed In The Waters Of Arakan Village Using Scan Electron Microscopy–Energy Dispersive X-ray Spectroscopy (SEM-EDX)

Kappaphycus alvarezii seaweed is widely cultivated in Indonesia and has important economic value. Nevertheless, this seaweed is easily attacked by diseases. This study was to determine the ice-ice triggers in seaweed farming locations. This research study was conducted at Arakan Village, South Minahasa, North Sulawesi. We performed the bacteria isolation on the infected thallus of Kappaphycus alvarezii and found Staphylococcus arlettae caused the infection. Staphylococcus aureus used to be found on the skin and mucous membranes of healthy humans, while  Staphylococcus epidermis inhabits only the skin of healthy humans. Approximately 30% of the normal healthy population was affected by Staphylococcus aureus as it asymptomatically colonizes human hosts. How this Staphylococcus arlettae (mainly found in pork farms) infected Kappaphycus alvarezii which is in a high salinity environment requires an in-depth study. We completed the experiment by using Scan Electron Microscopy–Energy Dispersive X-ray Spectroscopy (SEM-EDX), analysis on infected thallus Kappaphycus alvarezii, and a series of bacteria isolation to observe the morphology and the element contents of Staphylococcus arlettae bacteria has successfully attached to the surface of Kappaphycus alvarezii and caused an infection.  This proves that environmental changes have stimulated pathogenic bacteria Staphylococcus arlettae in the area where Kappaphycus alvarezii is cultivated. The mechanism of biosorption by microbes that can live in environments that are contaminated with Pb metal is active uptake. This mechanism occurs simultaneously in line with the consumption of metal ions for the growth of microorganisms. Staphylococcus arlettae are resistant to heavy metals due to the ability to detoxify the influence of heavy metals in the presence of protein or granular material. From the results of the study using SEM-EDX of algae and bacteria Staphylococcus arlettae, it can be concluded that the content of the particle of metal in thallus triggers bacteria to live on the seaweed as an energy source. Keywords: Bacteria, disease, infection, Kappaphycus alvarezii, seaweed, Staphylococcus arletta

MEDIAN LETHAL CONCENTRATION (LC-50) INSEKTISIDA DIKLOROMETAN PADA NENER BANDENG (Chanos-chanos Forks)

The result showed that the median of the lethal concentration (LC-50) of dichloromethane insecticides on nener milkfish (Chanos chanos Forsk) for 12 hours and 24 hours are 0.786 ppm, and 0.287 ppm, respectively. The increasing tendency of the time there is less lethalconcentration values, whereas the higher concentration, then the sooner the death of test organisms

ISOLASI BAKTERI SIMBION DENGAN SPONS DARI PERAIRAN TONGKEINA, SULAWESI UTARA

Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengisolasi bakteri yang bersimbiosis denganspons dan menentukan karakteristik morfologi serta sifat Gram dari isolat bakteri tersebut. Sampel spons diambil dari perairan Tongkeina, Sulawesi Utara. Spons digerus dan dilarutkan dalam air laut steril dan dilakukan pengenceran. Bakteri simbions spons dalam setiap pengenceran ditumbuhkan pada media Nutrient Broth. Bakteri yang tumbuh ditumbuhkan kembali pada media Nutrient Agar dengan metode cawan gores. Isolat bakteri yang tumbuh kemudian diuji sifat Gramnya. Penelitian ini memperoleh sepuluh isolat bakteri yang bersimbiosis dengan dua jenis spons dengan karaktersitik morfologi yang bervariasi. Dua dari kesepuluh isolat bakteri tergolong dalam Gram positif dengan bentuk coccus dan delapan tergolong dalam Gram negatif dengan bentuk basil (batang pendek)

Identifikasi Molekuler Rotifer Brachionus SP. Asal Perairan Tumpaan, Minahasa Selatan

Rotifer yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari Tumpaan, Minahasa Selatan dan telah dikultur massal selama beberapa generasi. DNA genom rotifer diekstraksi mengikuti prosedur qiagen DNeasy Blood & Tissue kit; amplifikasi gen COI (Cytochrome oxidase sub unit 1) dilakukan dengan bantuan mesin PCR (Polymerase chain reaction) menggunakan primer universal (LCO1490 (forward) dan HCO2198 (reverse));dan dilanjutkan dengan pengurutan nukleotida produk PCR. Pengolahan data hasil sekuens dilakukan dengan menggunakan program ABsequens dan MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) Identifikasi spesies dilakukan dengan menggunakan teknik BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) di situs Genbank. Hasil amplifikasi gen COI menggunakan DNA template ekstrak DNA genom rotifer terobservasi adanya pita DNA pada posisi sekitar 700 bp.Kualitas hasil pengurutan nukeotida menggunakan produk PCR menunjukan nilai CRL (contignous read length) dan QV20+(quality value lebih besar dari 20) yang tinggi (>600 nukleotida).Hasil BLAST menunjukkan bahwa rotifer dalam penelitian ini merujuk pada rotifer Brachionus plicatilis complex spesies.Maximum dan total score, prosentase query cover dan prosentase identity masing-masing pada nilai1003-1116, 87-96% dan 96-97%

Identifikasi Sirip Ikan Hiu Yang Didapat Dari Pengumpul Di Minahasa Tenggara Menggunakan DNA Barcode

Populasi ikan hiu global menunjukkan penurunan yang signifikan karena; penangkapan yang masif dan tak terkontrol, karakter biologi reproduksi yang lambat serta fekunditas yang rendah. Indonesia merupakan salah satu negara kontributor terbesar dalam perdagangan sirip ikan hiu dunia. Tingginya aktifitas perdagangan sirip tersebut berpengaruh terhadap populasi ikan hiu dan berdampak pada turunnya kualitas keseimbangan ekosistem laut. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi ikan hiu dari potongan sirip yang didapat dari pengumpul di Tumbak, Minahasa Tenggara menggunakan DNA barcode. Ekstraksi DNA genom sirip hiu kering dilakukan dengan menggunakan prosedur DNeasy Blood & Tissue kit, amplifikasi gen Cytochrome Oxidase Subunit 1 (COI) dilakukan dengan menggunakan primer Fish BCL5 (TCAACYAATCAYAAAGATATYGGCAC) dan HCO2198 (TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAA TCA). Pengolahan data sekuens dilakukan dengan menggunakan program ABsequence3 dan MEGA ver 6. Pencocokan karakter nukleotida gen COI dilakukan dengan menggunakan program nBLAST yang terintegrasi pada laman GenBank. Sampel sirip yang berhasil dikoleksi berasal dari 4 individu yang berbeda. Hasil nBLAST menunjukkan bahwa keempat sampel sirip hiu tersebut teridentifikasi sebagai spesies Triaenodon obesus. Nilai keakuratan pensejajaran sekuens, nilai dugaan, prosentase panjang nukleotida yang selaras, dan prosentase tingkat kemiripan, masing-masing pada nilai antara 604-1245, 0.0, 70-99% dan 92-99%

DNA Barcode Dan Analisis Filogenetik Molekuler Beberapa Jenis Bivalvia Asal Perairan Sulawesi Utara Berdasarkan Gen COI

Identifikasi Bivalvia hanya berdasarkan karakter morfologi sangat rentan terhadap kesalahan identifikasi karena adanya persamaan bentuk dan warna. Studi ini menggunakan DNA barcode sebagai alat untuk identifikasi molekuler spesies. Meskipun kepulauan Indo-Malay merupakan diversitas terbesar dari spesies laut, studi mengenai struktur genetik dan filogenetik dari organisme laut dalam daerah ini masih jarang terutama di Sulawesi Utara. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mendapatkan komposisi DNA dari gen COI dan juga untuk mengeksplore kemungkinan dari penggunaan penanda molekuler untuk analisis filogenetik dan identifikasi spesies kerang mutiara. Sekuens COI bivalvia diamplifkasi menggunakan PCR dan untuk analisis filogenetik molekuler menggunakan metode Neighbor joining. Hasil menunjukkan bahwa specimen KM 10 yang dikoleksi dari pantai Arakan merupakan spesies Atrina vexillum karena memiliki tingkat kemiripan dari Bank gen NCBI sebesar 99%. Terdapat 63 situs mutasi yang terdiri dari 26 situs insersi, 36 situs delesi dan 1 situs transversi. Fragment hasil amplifikasi sebesar 681bp, perputaran antara setengah sekuens dari primer COI yaitu LCO1490 dan HCO2198. Atrina vexillum yang berasal dari Sulawesi Utara merupakan polifiletik dengan spesies Atrina vexillum dari China dan Jepang. Sebagai tambahan, penelitian ini juga menyediakan informasi berharga mengenai studi biologi molekuler yang digunakan sebagai informasi dalam industry budidaya dari kerang mutiara

Isolation of Symbiotic Bacteria with Red Algae from Tongkaina Waters, North Sulawesi

This study aims to isolate symbiotic bacteria with red algae from the waters of Tongkaina, North Sulawesi. The red algae taken were red algae that are similar to the genus Portieria and Gracilaria. Bacteria were cultured and isolated using Nutrient Agar (NA) + sea water. Before bacteria from red algae samples were cultured, each sample of red algae was crushed, homogenized and diluted. The results of this study, 5 bacterial isolates were successfully isolated from red algae similar to Portieria sp. and 5 bacterial isolates from red algae similar to Gracilaria sp. Each bacterial isolate has different morphological characteristics such as shape, colour, elevation, and edges. Of the 10 bacterial isolates, 3 bacterial cells are gram-positive cocci (round), and 7 of them are gram-negative bacilli (rod).Keywords: Red algae, bacteria, isolation, symbionts ABSTRAKTujuan dari penelitian ini adalah untuk mengisolasi bakteri simbion dengan alga merah dari perairan Tongkaina, Sulawesi Utara. Alga merah yang diambil adalah alga merah yang mirip dengan genus Portieria dan Gracilaria. Bakteri ditumbuhkan dan diisolasi menggunakan media Nutrien Agar (NA) + air laut.  Sebelum bakteri dari sampel alga merah ditumbuhkan, masing-masing sampel alga merah digerus, dihomogeniasi dan diencerkan.  Hasil penelitian ini, 5 isolat bakteri berhasil diisolasi dari alga merah mirip Portieria sp. dan 5 isolat bakteri dari alga merah mirip Gracilaria sp. Masing-masing isolat bakteri memiliki karakteristik morfologi yang berbeda seperti bentuk, warna, elevasi, dan tepian. Dari 10 isolat  bakteri  tersebut, 3 sel bakteri bersifat gram positif dengan bentuk bulat, dan 7 diantaranya bersifat gram negatif dengan bentuk batang.Kata kunci:  Alga merah, bakteri, isolasi, simbio