Analysis of Oct4-dependent transcriptional networks regulating self-renewal and pluripotency in human embryonic stem cells

The POU domain transcription factor OCT4 is a key regulator of pluripotency in the early mammalian embryo and is highly expressed in the inner cell mass of the blastocyst. Consistent with its essential role in maintaining pluripotency, Oct4 expression is rapidly downregulated during formation of the trophoblast lineage. To enhance our understanding of the molecular basis of this differentiation event in humans, we used a functional genomics approach involving RNA interference-mediated suppression of OCT4 function in a human ESC line and analysis of the resulting transcriptional profiles to identify OCT4-dependent genes in human cells. We detected altered expression of >1,000 genes, including targets regulated directly by OCT4 either positively (NANOG, SOX2, REX1, LEFTB, LEFTA/EBAF DPPA4, THY1, and TDGF1) or negatively (CDX2, EOMES, BMP4, TBX18, Brachyury [T], DKK1, HLX1, GATA6, ID2, and DLX5), as well as targets for the OCT4-associated stem cell regulators SOX2 and NANOG. Our data set includes regulators of ACTIVIN, BMP, fibroblast growth factor, and WNT signaling. These pathways are implicated in regulating human ESC differentiation and therefore further validate the results of our analysis. In addition, we identified a number of differentially expressed genes that are involved in epigenetics, chromatin remodeling, apoptosis, and metabolism that may point to underlying molecular mechanisms that regulate pluripotency and trophoblast differentiation in humans. Significant concordance between this data set and previous comparisons between inner cell mass and trophectoderm in human embryos indicates that the study of human ESC differentiation in vitro represents a useful model of early embryonic differentiation in humans

Seleção de linhagens de soja quanto a resistência de Corynespora cassiicola safra 2009/2010.

Avaliou-se 28 genótipos de soja convencional e soja RR, quanto a reação de Corynespora cassiicola, nos municípios de São Gabriel do Oeste (MS), Chapadão do Sul (MS) e Sorriso (MT), na safra 2009/2010

Manejo da adubação potássica na incidência da antracnose na cultura da soja, safra 2012/2013.

A antracnose, causada por Colletotrichum truncatum, é uma das principais doenças da soja. O objetivo desse trabalho foi avaliar diferentes doses de adubação potássica sobre a incidência da doença, em Sorriso/MT. O delineamento experimental foi blocos ao acaso com 6 tratamentos: 1- Adubação fixa no sulco de semeadura 350 kg/ha NPK; 2- Adubação fixa no sulco de plantio + pulverização com fungicida em V9/R1 e R.4/R5.1; 3- Adubação fixa no sulco de semeadura + 1 adubação de cobertura em V2 com 150 Kg/ha de KCl; 4- Adubação fixa no sulco de semeadura + 2 adubações de cobertura com 75 Kg/ha KCl em V2 e em V9; 5- Adubação fixa no sulco de semeadura + 3 adubações foliares com 50 Kg/ha KCl em V2, V9 e em R1; e 6 - Testemunha -lavoura comercial, e 4 repetições. Cada parcela foi constituída por 8 linhas de plantio, medindo 10 m espaçadas de 0,5 m. Foram avaliados a incidência da doença nas vagens; análise de sanidade dos grãos e produtividade. Foi utilizado o teste de Tukey a 5% de significância. Na avaliação de percentagem de antracnose nas vagens, o tratamento 1 apresentou maior percentagem da doença em relação ao tratamento 6 e este não diferiu dos demais tratamentos. Na análise de sanidade de grãos, na avaliação de Colletotrichum sp, verificou-se que o tratamento 1 apresentou percentual maior do patógeno em relação aos tratamentos 2, 3, 4 e 5 e não diferiu do tratamento 6. Não houve diferença significativa em produtividade entre os tratamentos

Microbial biomass carbon dynamics in soil under crop-livestock-forest in northern of Mato Grosso, Brazil.

The objective was to evaluate the microbial biomass carbon (MBC) dynamics in different managements: Crop-Livestock-Forest integration systems, soybean/pasture rotation and native forest, in Brazilian Cerrado

Fundamental studies of matrix-assisted laser desorption/ionization, using time-of-flight mass spectrometry to identify biological molecules

MALDI MS was developed as a way of getting molecular weight information on small quantities (picomole to femtomole levels) of high-mass, thermally labile macromolecules. While most other analytical MS ionization techniques cause fragmentation, decomposition, or multiple charging, MALDI efficiently places intact macromolecules into the gas phase with little fragmentation or rearrangement. This project had 3 objectives: establish the MALDI capability at LLNL, perform fundamental studies of analyte-matrix interactions, and apply the technique for biochemical research. A retired time-of-flight instrument was adapted for MALDI analyses, relevant parameters influencing the MALDI process were identified for further study (matrix molar absorptivity, sample crystal preparation), and collaborations were established with research groups in the Biology and Biotechnology Research Program at LLNL. In MALDI, the macromolecule of interest is mixed with a high-molar excess (1:100 to 1:10,000) of an organic matrix which readily absorbs energy at the wavelength corresponding to a UV laser. Upon laser irradiation, the matrix absorbs the majority of the energy, causing it to desorb from the surface and gently release the macromolecule into the gas phase with little or no fragmentation. Once in the gas phase, ion-molecule reactions between excited matrix and neutral macromolecules generated ionized analyte species which then can be focused into a MS for detection

Monitoramento e quantificação de nematóides em solo sob integração lavoura pecuária floresta.

O objetivo deste trabalho foi monitorar e quantificar os nematóides totais no solo sob o sistema de integração Lavoura Pecuária Floresta (iLPF), no município de Nova Canaã do Norte, MT, em duas profundidades 0-5 e 5-20 cm, com 9 tratamentos, sendo estes compostos por linhas simples, duplas e triplas de eucalipto, teca e pinho cuibano, e nas entrelinhas presença de soja na safra, milho na safrinha e Brachiaria ruziziensis na entresafra, durante três coletas, outubro/ 2009, março e outubro/ 2010

Principais doenças da cultura do milho.

Nos últimos anos, tem-se presenciado o aumento da incidência de doenças na cultura do milho, que resulta em quedas na produtividade e na qualidade dos grãos. As causas do aumento da incidência dessas doenças são a monocultura do milho, as alterações climáticas e o manejo cultural adotado, fazendo com que os patógenos (fungos, bactérias, nematóides, vírus, molicuttes) permaneçam por mais tempo na área de cultivo. O manejo de doenças do milho exige o empenho do produtor, que resultará numa maior ou menor eficiência do controle. Estão disponíveis no mercado, híbridos que apresentam diferentes graus de resistência para diferentes doenças, mas não para todas. Para algumas doenças foliares, causadas por fungos, há trabalhos comprovando a viabilidade e a eficiência do controle químico, podendo assim fazer parte do sistema de manejo da cultura

Características físicas e químicas de frutos de maracujazeiros provenientes de diferentes porta-enxertos

O Brasil é o maior produtor mundial de maracujá amarelo com produção, em 2012, de 776.097 toneladas e área de, aproximadamente, 58 mil hectares (IBGE, 2012). Apesar do Brasil possuir condições para o plantio em quase todo o seu território, os produtores tem-se deparado com alguns fatores limitantes que tem comprometido significativamente a produtividade desse cultivo. Um destes fatores é a fusariose do maracujazeiro, doença do sistema radicular causada por fungos do gênero Fusarium. A enxertia é uma das principais técnicas descritas na literatura (CHAVES et al., 2004; SILVA et al., 2005; CAVICHIOLI et al., 2009) para controlar algumas doenças no maracujazeiro, entre elas a fusariose. A partir do uso dos porta-enxertos, necessita-se considerar o desenvolvimento e a qualidade dos frutos de forma a continuar atendendo o mercado consumidor, uma vez que as carcaterísticas externas do fruto são os parâmetros primordiais avaliados na comercialização e devem atender a certos padrões para que atinjam a qualidade desejada (NASCIMENTO et al., 1999). Apesar de Nogueira Filho et al. (2010) não terem observado diferenças entre as massas médias de frutos obtidos de plantas de maracujazeiro enxertadas com aquelas produzidas em plantas pé-franco, Junqueira et al. (2006) verificaram frutos com maior massa em plantas enxertadas. Desta forma, objetivou-se avaliar a influência de porta-enxertos de maracujazeiros nas características físicas e químicas de frutos produzidos na região norte de Mato Grosso

The third year of an integrated crop-livestock-forest system at the AmazonBiome: soybean

The soybean has been widely used within integrated systems, especially in the first stages of development of forestry species when competition for resources such as light, water and nutrients are lesser. Being able to timely cultivate legumes within an integrated system is of ultimate importance since soil characteristics, both physical and chemical, are concurrently improved with income generation

Human Amniocytes Are Receptive to Chemically Induced Reprogramming to Pluripotency

Restoring pluripotency using chemical compounds alone would be a major step forward in developing clinical-grade pluripotent stem cells, but this has not yet been reported in human cells. We previously demonstrated that VPA_ AFS cells, human amniocytes cultivated with valproic acid (VPA) acquired functional pluripotency while remaining distinct from human embryonic stem cells (hESCs), questioning the relationship between the modulation of cell fate and molecular regulation of the pluripotency network. Here, we used single-cell analysis and functional assays to reveal that VPA treatment resulted in a homogeneous population of self-renewing non-transformed cells that fulfill the hallmarks of pluripotency, i.e., a short G1 phase, a dependence on glycolytic metabolism, expression of epigenetic modifications on histones 3 and 4, and reactivation of endogenous OCT4 and downstream targets at a lower level than that observed in hESCs. Mechanistic insights into the process of VPA-induced reprogramming revealed that it was dependent on OCT4 promoter activation, which was achieved independently of the PI3K (phosphatidylinositol 3-kinase)/ AKT/ mTOR (mammalian target of rapamycin) pathway or GSK3 beta inhibition but was concomitant with the presence of acetylated histones H3K9 and H3K56, which promote pluripotency. Our data identify, for the first time, the pluripotent transcriptional and molecular signature and metabolic status of human chemically induced pluripotent stem cells