Evaluation des performances agronomiques des variétés de riz aromatiques au Burkina Faso

Au Burkina Faso, la production du riz ne couvre que la moitié des besoins de consommation, liée en partie à la faible productivité des variétés homologuées. Cette étude visait à évaluer les performances agronomiques des variétés aromatiques de riz, afin de contribuer aux besoins de consommation locale. Pour ce faire, un dispositif expérimental du type alpha lattice avec quatre répétitions a été mis en place sur le site irrigué de Karfiguela pour évaluer les paramètres agro-morpholpogiques et de rendements de 31 variétés de riz. En outre, elles ont été criblées en conditions semi contrôlées, pour évaluer leur phénotype vis-à-vis des bactérioses dues à Xanthomonas oryzae. Les résultats ont montré qu’un groupe composé de 12 variétés ont été très performantes avec des rendements de 5469 kg/ha. Le second groupe renfermait 16 variétés avec des rendements de 4552,92 kg/ha, et le troisième groupe composé de trois variétés, avait de faible rendement de 3333,33 kg/ha. Malgré leurs bonnes performances, les 28 variétés aromatiques ont été sensibles à la bactériose vasculaire et la bactériose à stries foliaires translucides, causées respectivement par X. oryzae pv. oryzae et X. oryzae pv. oryzicola. Par conséquent, leur utilisation sur un site avec une forte pression de ces deux pathogènes, impactera fortement leur potentiel de production. Il s’avère donc nécessaire d’améliorer leur résistance contre les deux maladies pour garantir une production durable

Effets des Amendements Organiques sur la Gale Bactérienne et la Pourriture Apicale de la Tomate à Bobo-Dioulasso au Burkina Faso

L’étude a porté sur les effets des amendements organiques sur la gale bactérienne et la pourriture apicale de la tomate en milieu réel à l’Ouest du Burkina Faso. Un essai a été mis en place dans un dispositif en bloc de Fisher complètement randomisé. Il a comporté huit (08) traitements constitués des fertilisants organiques et minéraux tous répétés quatre (04) fois. L’incidence de la maladie et sa sévérité ont été évaluées ainsi que l’effet des traitements sur la qualité des fruits. La progression est relativement faible avec les déchets ménagers compostés associés aux engrais minéraux. La maladie est plus sévère avec les différents fertilisants pris individuellement. Dans l’ensemble, la maladie est évolutive avec tous les traitements.   The study focused on the effects of organic amendments on bacterial scab and apical rot of tomato in a real environment in western Burkina Faso. Indeed, a trial was set up in a completely randomized Fisher block design. It included eight (08) treatments consisting of organic and mineral fertilizers all repeated four (04) times. The incidence of the disease and its severity were evaluated as well as the effect of the treatments on the quality of the fruits. The disease is progressive with all treatments. However, the progression is relatively low with composted household waste associated with mineral fertilizers. The disease is more severe with the different fertilizers taken individually

In vitro efficacy of some plant aqueous extracts against two species of Lasiodiplodia associated to mango decline in Burkina Faso

Mango decline is a serious disease in production areas in Burkina Faso. The aim of this study was to contribute to the management of the disease through the use of plant aqueous extracts. Antifungal activities of Azadirachta indica, Calotropis procera, Gmelina arborea, Jatropha curcas, Eucalyptus camaldulensis and the synthetic fungicide (Mancozeb) were tested against Lasiodiplodia theobromae and Lasiodiplodia pseudotheobromae associated to mango decline in Burkina Faso. Three different concentrations of leaf extracts which 25%, 50%, 75% and 500 ppm of Mancozeb were tested for their antifungal activity in vitro. The results showed that leaf extracts have an inhibitor effect on the growth of the two Lasiodiplodia species. The aqueous extract of G. arborea was the most effective with average inhibition rates of L. theobromae of 42.62%, 73.84% and 74.23% respectively with the concentrations of 25 g/l, 50 g/l and 75 g/l. The aqueous extract of A. indica against L. pseudotheobromae showed maximum percentage inhibition with 50 g/l of 63.10% and with 75 g/l of 72.02%. Mancozeb completely inhibits the mycelial growth of both species of fungi. Ours findings showed that aqueous extracts from plants could be tried for the eco-friendly management of mango decline pathogens.Keywords: Antifungal, plants extract, Lasiodiplodia spp., mango decline, Burkina Faso

Evaluation of the 19 varieties and accessions of tomato against bacterial wilt in Bobo-Dioulasso, Burkina Faso

Bacterial wilt caused by Ralstonia solanacearum E. F. Smith is one of the most harmful phytobacteriosis in the world. The search for varieties resistant or tolerant to this disease is the main method of control. However, there is very little information on tomato accessions and varieties deemed resistant or tolerant to the disease in Burkina Faso, hence the resistance assessment of 19 tomato varieties and accessions in the field in order to improve the productivity of tomatoes in Burkina Faso. With respect to varietal screening, a completely randomized Fisher block was used and agromorphological parameters were evaluated. The evaluation has shown that CRA 66, F1 Platinum, NC72TR4-4, Hawaii 7996, BF-Okitsu and FBT4 are more resistant with respective incidences of 1.25%; 1.25; 1.47%; 2.50%; 2.95% and 4.37%; while L390 was the most sensitive (38.80%). In terms of production, F1 Platinum, F1 Mongal, FBT3 and FBT4 gave the best net yields of 25.85; 25.47; 20.6 and 20.34 tonnes.ha-1. On the other hand, some accessions (CRA66 and BF-Okitsu), which are less sensitive to the pathogen, gave derisory yields. In view of the results obtained, market gardeners in the city of Bobo-Dioulasso can be advised of INERA varieties FBT3 and FBT4 and the F1 Platinum and F1 Mongal hybrids for their good behavior in terms of resistance to the disease and/or of correct yield in infected soils.Keywords: Burkina Faso, R. solanacearum, tomato, varietal resistanc

Promising High-Yielding Tetraploid Plantain-Bred Hybrids in West Africa

The devastating threat of black leaf streak disease caused by Pseudocercospora fijiensis on plantain production in West Africa spurred the development of resistant hybrids. The goal of this research and development (R&D) undertaken was assessing the development and dissemination of two plantain hybrids PITA 3 and FHIA 21 bred in the 1980s by the International Institute of Tropical Agriculture (IITA, Nigeria) and the Fundaci ́on Hondureña de Investigacion Agŕıcola (FHIA, Honduras), respectively. In Cote d’Ivoire, plantain growers selected PITA 3 and FHIA 21 based on their improved agronomic characteristics and, between 2012 and 2016, they were massively propagated and distributed to farmers in Benin, Burkina Faso, Cote d’Ivoire, and Togo under the West Africa Agricultural Productivity Program (WAAAP) coordinated by the West and Central Africa Council for Agricultural Research and Development (CORAF). In 2016, the Centre National de Recherche Agronomique in Cote d’Ivoire included the hybrids in the improved cultivar directory. This R&D activity illustrates how three decades of crossbreeding, selection, and distribution led to local acceptance. It also highlights how a CORAF-led partnership harnessed CGIAR research for development. The dissemination and acceptance of these plantain hybrids will enhance the sustainable intensification in plantain-based farming systems across the humid lowlands of West and Central Africa

Rice bacterial diseases due to Xanthomonas oryzae in Burkina Faso : diversity and identification of locally-adapted resistance sources

La bactériose vasculaire du riz (BLB) et à stries foliaires (BLS) causées respectivement par Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) et X. oryzae pv. oryzicola (Xoc) sont deux maladies émergentes en Afrique de l'Ouest, suite à l'expansion de la culture du riz et à l'introduction de variétés à haut rendement au cours de ces dernières décennies. Trois nouvelles races de Xoo ont été caractérisées en Afrique dont on a montré, sur la base d'une analyse génétique, leur spécificité africaine. En revanche, une étude réalisée sur une dizaine de souches de Xoc isolées au Mali en 2003, démontre qu'elles sont apparentées à des souches de Xoc asiatiques. En Asie, plusieurs gènes de résistance à Xoo ont été identifiés et déployés dans les programmes de lutte contre BLB. Cependant aucun gène de résistance à Xoc n'a été encore identifié chez le riz. Les objectifs de notre étude étaient (i): d'implémenter les collections de souches de Xoo et Xoc Africaines disponibles mais incomplètes, à l'aide de nouvelles campagnes d'échantillonage réalisées de 2009 à 2012 dans différentes zones agroécologiques du Burkina Faso et du Mali, (ii) de déterminer la diversité génétique de ces souches, (iii) d'identifier et caractériser de nouvelles sources de résistance contre BLB et BLS au sein d'accessions de riz cultivées au Burkina Faso. Nos résultats ont montré que les souches africaines de Xoc sont hautement variables tant d'un point de vue génétique que du pouvoir pathogène. L'analyse par PCR de deux effecteurs de types III conservés (xopAJ et xopW) permet de différencier les souches de Xoc en deux groupes, xopAJ étant absent dans la majorité des souches et une insertion de 1050 bp étant détectée dans la séquence codante de xopW de certaines souches. Néanmoins, il apparait que la forte diversité génétique des Xoc n'est pas corrélée à leur origine géographique, ni à la période de collecte, ou à la nature de l'hôte. Les souches de Xoo caractérisées appartiennent toutes à la race A1 qui n'avait pas encore été signalée au Mali. Au regard de la diversité des souches et de leur évolution, il est important d'envisager un plan de surveillance épidémiologique à plus large échelle des populations de Xo dans les régions concernées en Afrique de l'Ouest. Enfin, nous avons montré que certaines variétés de riz cultivées au Burkina Faso présentent un phénotype de résistance spécifique des souches africaines de Xoo et ce, à tous les stades de développement de la plante. Ces données originales contrastent par rapport au phénotype des lignées de riz résistantes de référence (Xa4, xa5 et Xa7 efficaces uniquement au stade de tallage maximum). Eu égard à l'absence de gènes de résistance dans le riz efficaces contre Xoc, ces variétés qui constituent également une source de résistance efficaces contre la diversité des souches de Xoc africaines, offrent potentiellement un nouveau moyen pour assurer le contrôle du BLS au Burkina Faso et éventuellement dans d'autres pays Africains.Bacterial Leaf Blight (BLB) and Bacterial Leaf Streak (BLS) diseases respectively caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and X. oryzae. pv oryzicola (Xoc) are two emerging diseases of rice in West Africa, due to the recent expansion of rice cultivation and introduction of improved rice varieties over the last decade. Three news Xoo races were characterized based on genetic analysis, demonstrating their african specificity. In contrast, a study achevied on about ten Xoc strains isolated in Mali in 2003, show that they are related to asian Xoc strains. In Asia, several R genes against Xoo have been identified and deployed in breeding program to control BLB. In contrast, no R gene against Xoc has been identified in rice. The objectives of this PhD thesis are to (i) complete the Xo collections of African isolates upon annual sampling operated from 2009 to 2012 in various agroecological areas of Burkina Faso and Mali, (ii) determine the genetic diversity of these strains , (iii) identify and characterize news sources of resistance genes to BLB and BLS within rice accessions cultivated in Burkina Faso.Our results showed that african Xoc are highly diverse genetically and phenotypically. PCR-based analyse of two conserved type III effector gene (xopAJ and xopW) differentiated two groups of Xoc strains, with xopAJ not detected in a majority of African Xoc strains and 1050 bp insertion detected in xopW gene for few strains. However, the high genetic diversity observed among the Xoc strains is not correlated to geographical origin, sampling data or host plant species. Xoo strains characterized belong all to race A1 previously reported by Gonzalez et al. (2007) in Burkina Faso. Given the diversity of X. oryzae strains and their evolution, it is essential to establish a large scale epidemiological monitoring of Xo populations in concerned regions in west Africa.At last, some accessions cultivated in Burkina Faso showed specific resistance to african Xoo strains at all plant development stages. These original data contrast with rice lines carring Xa4, xa5 and Xa7 resistance genes against BLB, which are only effective at maximun tillering stage.Given no sources of effective resistance genes against BLS is available in rice, these accessions which were also efficient against a set of Xoc strains representative of the diversity in Africa, represent a huge potential source for the control of BLS in Burkina Faso, and eventually in others african countries

Inventory and characterization of fungi associated with citrus decline in Burkina Faso

Au Burkina Faso, le dessèchement est l’une des contraintes de production des citrus. Cette étude fait le diagnostic de la maladie dans les grandes zones de production. Ainsi, l’incidence et la sévérité ont été évaluées dans le Kénédougou et la Comoé. Un inventaire des espèces fongiques a été réalisé à partir des organes malades. Une caractérisation morphologique et pathogénique a été réalisée à partir de dix isolats de l’espèce majoritaire. L’incidence moyenne de la maladie varie entre 85,0 et 94,7 % dans les deux provinces. Le plus fort indice de sévérité a été enregistré à Toumousseni (92,8 %) et la plus faible à Kartasso (33,6 %). Six (06) espèces fongiques (Colletotrichum sp, Lasiodiplodia sp, Fusarium sp, Pestalotiopsis sp, Aspergillus sp et Botrytis sp) ont été inventoriées. Dix souches de Colletotrichum sp ont présenté des caractéristiques morphologiques quasi similaire à l’espèce Colletotrichum gloeosporioides. Ensuite, les inoculations in vitro sur les feuilles et in vivo sur des plants ont révélé une variabilité de la pathogénicité. Ainsi, KciCo9, CciCo4, KciCo15 ont été les plus agressives in vivo. Les lésions induites étaient significativement différentes entre les souches. Au regard de l’importance de la maladie, une caractérisation moléculaire des espèces est nécessaire. Mots clés: Dessèchement, Citrus, Champignons, Colletotrichum, Burkina FasoIn Burkina Faso, decline is one of the production constraints of citrus. This study makes the diagnosis of the disease in the major production areas. Thus, the incidence and severity were assessed in Kénédougou and Comoé. An inventory of fungal species was made from diseased organs. A morphological and pathogenic characterization was carried out from ten (10) isolates of the dominant species. The average incidence of the disease varies between 85.0 and 94.7% in the two provinces. The highest severity index was recorded in the Toumousseni site (92.8%) and the lowest in the Kartasso site (33.6%). Six (06) fungal species (Colletotrichum sp, Lasiodiplodia sp, Fusarium sp, Pestalotiopsis sp, Aspergillus sp and Botrytis sp) were inventoried. Ten strains of Colletotrichum sp presented morphological characteristics almost similar to the species Colletotrichum gloeosporioides. Then, in vitro inoculations on leaves and in vivo on plants revealed variability in pathogenicity. Thus, KciCo9, CciCo4, KciCo15 were the most aggressive in vivo. The lesions induced were significantly different between the strains. In view of the importance of the disease, a molecular characterization of the species is necessary. Keywords: Decline, Citrus, Fungi, Colletotrichum, Burkina Fas

Quantification of diversity sampling bias resulting from rice root bacterial isolation on popular and nitrogen-free culture media using 16S amplicon barcoding

Culturing bacteria from plant material is well known to be conducive to strong bias compared to the actual diversity in the original samples. This bias is related to the bacterial cultivability, chemical composition of the media and culture conditions. Recovery bias is often observed but has never been quantified on different media using an amplicon barcoding approach whereby plant microbiota DNA extractions are compared to DNA extracted from serial dilutions of the same plant tissues grown on bacterial culture media. In this study, we: i) quantified the bacterial culturing diversity bias using 16S amplicon barcode sequencing by comparing a culture-dependent approach (CDA) focused on rice roots on four commonly used bacterial media (10% and 50% TSA, plant-based medium with rice flour, nitrogen free medium NGN and NFb) versus a culture-independent approach (CIA) assessed with DNA extracted directly from root and rhizosphere samples; ii) assessed enriched and missing taxa detected on the different media; iii) used biostatistics functional predictions to highlight metabolic profiles that could potentially be enriched in the CDA and CIA. A comparative analysis of the two approaches revealed that among the 22 phyla present in microbiota of the studied rice root samples, only five were present in the CDA (Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Verrucomicrobia). The Proteobacteria phylum was the most abundant in all CDA samples, showing high gamma-Proteobacteria enrichment. The diversity of the combined culture media represented about a third of the total microbiota diversity, and its genus diversity and frequency was documented. The functional prediction tool (PICRUSt2) detected nitrogenase enzyme enrichment in bacterial taxa sampled from nitrogen-free media, thus validating its predictive capacity. Further functional predictions also showed that the CDA mostly missed anaerobic, methylotrophic, methanotrophic and photosynthetic bacteria compared to the CIA, thereby generating valuable insight that could enable the design of ad-hoc culture media and conditions to increase the rice-associated microbiota cultivability