Adaptations of Alteromonas sp. 76-1 to Polysaccharide Degradation: A CAZyme Plasmid for Ulvan Degradation and Two Alginolytic Systems

Studying the physiology and genomics of cultured hydrolytic bacteria is a valuable approach to decipher the biogeochemical cycling of marine polysaccharides, major nutrients derived from phytoplankton and macroalgae. We herein describe the profound potential of Alteromonas sp. 76-1, isolated from alginate-enriched seawater at the Patagonian continental shelf, to degrade the algal polysaccharides alginate and ulvan. Phylogenetic analyses indicated that strain 76-1 might represent a novel species, distinguished from its closest relative (Alteromonas naphthalenivorans) by adaptations to their contrasting habitats (productive open ocean vs. coastal sediments). Ecological distinction of 76-1 was particularly manifested in the abundance of carbohydrate-active enzymes (CAZymes), consistent with its isolation from alginate-enriched seawater and elevated abundance of a related OTU in the original microcosm. Strain 76-1 encodes multiple alginate lyases from families PL6, PL7, PL17, and PL18 largely contained in two polysaccharide utilization loci (PUL), which may facilitate the utilization of different alginate structures in nature. Notably, ulvan degradation relates to a 126 Kb plasmid dedicated to polysaccharide utilization, encoding several PL24 and PL25 ulvan lyases and monomer-processing genes. This extensive and versatile CAZyme repertoire allowed substantial growth on polysaccharides, showing comparable doubling times with alginate (2 h) and ulvan (3 h) in relation to glucose (3 h). The finding of homologous ulvanolytic systems in distantly related Alteromonas spp. suggests CAZyme plasmids as effective vehicles for PUL transfer that mediate niche gain. Overall, the demonstrated CAZyme repertoire substantiates the role of Alteromonas in marine polysaccharide degradation and how PUL exchange influences the ecophysiology of this ubiquitous marine taxon

Tritonibacter horizontis gen. nov., sp. nov., a member of the rhodobacteraceae, isolated from the Deepwater Horizon oil spill

A heterotrophic, Gram-stain-negative, aerobic, sodium-requiring and motile bacterium was isolated from oil-contaminated surface water of the Gulf of Mexico during the Deepwater Horizon oil spill. Strain O3.65T showed highest 16S rRNA gene sequence similarity to Phaeobacter gallaeciensis BS107T and Phaeobacter inhibens T5T, both with 98.3%, respectively. Based on complete genome analysis, highest similarity was observed to species of the genus Ruegeria. Strain O3.65T exhibited a broad salinity, temperature and pH range of 0.5-10% NaCl, 4-45 °C and 5.5-9.0, respectively. The DNA G+C content of strain O3.65T was 61.5 mol%. The major respiratory lipoquinone was ubiquinone-10 (Q-10), the most dominant fatty acids (>1%) comprised 18: 1ω7c and 18: 1ω7c 11-methyl, 10: 0 3OH, 12: 1 3OH, 14: 1 3OH/3-oxo-14: 0, 16: 0, 16: 0 2OH, 18: 1 2OH and 12: 1. The polar lipid pattern indicated presence of phosphatidylcholine, phosphatidylglycerol, an unidentified aminolipid, two unidentified phospholipids and seven unidentified lipids. On Difco marine broth agar, strain O3.65T formed smooth, shiny white to beige and convex colonies with regular edges. Phylogenetic, phylogenomic and phenotypic differences revealed that strain O3.65T represents a new species of a novel genus within the family Rhodobacteraceae, for which we propose the name Tritonibacter horizontis gen. nov., sp. nov. The type strain of the type species is O3.65T (=DSM 101689T=LMG 29740T)

Variations of microbial communities and substrate regimes in the eastern Fram Strait between summer and fall

Seasonal variations in day length and temperature, in combination with dynamic factors such as advection from the North Atlantic, influence primary production and the microbial loop in the Fram Strait. Here, we investigated the seasonal variability of biopolymers, microbial abundance and microbial composition within the upper 100 m during summer and fall. Flow cytometry revealed a shift in the autotrophic community from picoeukaryotes dominating in summer to a 34-fold increase of Synechococcus by fall. Furthermore, a significant decline in biopolymers concentrations covaried with increasing microbial diversity based on 16S rRNA gene sequencing along with a community shift towards fewer polymer-degrading genera in fall. The seasonal succession in the biopolymer pool and microbes indicates distinct metabolic regimes, with a higher relative abundance of polysaccharide-degrading genera in summer and a higher relative abundance of common taxa in fall. The parallel analysis of DOM and microbial diversity provides an important baseline for microbe–substrate relationships over the seasonal cycle in the Arctic Ocean

Magnetotransport Properties of Quasi-Free Standing Epitaxial Graphene Bilayer on SiC: Evidence for Bernal Stacking

We investigate the magnetotransport properties of quasi-free standing epitaxial graphene bilayer on SiC, grown by atmospheric pressure graphitization in Ar, followed by H$_2$ intercalation. At the charge neutrality point the longitudinal resistance shows an insulating behavior, which follows a temperature dependence consistent with variable range hopping transport in a gapped state. In a perpendicular magnetic field, we observe quantum Hall states (QHSs) both at filling factors ($\nu$) multiple of four ($\nu=4, 8, 12$), as well as broken valley symmetry QHSs at $\nu=0$ and $\nu=6$. These results unambiguously show that the quasi-free standing graphene bilayer grown on the Si-face of SiC exhibits Bernal stacking.Comment: 12 pages, 5 figure

Building capacities for ’omics’ observations in the ocean at high spatiotemporal resolution

Analyzing the distributions and activities of marine organisms with metagenomic, metatranscriptomic, and other ‘omic’ techniques holds great potential in the observation of marine biodiversity and functions. When applied to microbial communities, such approaches are able to capture the multi-faceted responses of marine microbes to natural and anthropogenic pressures and the connected impacts on element cycling including fixation of inorganic carbon and dinitrogen. Ocean time-series and regular transects have delivered a strong foundation of knowledge of marine biogeochemistry. However, the imperative of characterizing the organisms that underly elemental cycles in times of rapid global change is hindered by the low resolution of human- and ship-based observation programs. The benefit of introducing omics-based investigations into ocean observation efforts has been recognized by several institutions and projects running observing programs (e.g., PAP, HAUSGARTEN, CPR, Tara Oceans) and by international initiatives and networks in the field (e.g., GOOS, MBON, LTER, NEON, GLOMICON). In order to establish omics observations as a component of routine observation of the open ocean there is a strong need for technologies that allow for unattended sampling with autonomous platforms as well as for automated shipbased sampling that may be carried out with research vessels and ships of opportunity. Activities to build capacities for omics-based observations were carried out in the framework of the EU FP7 projects AtlantOS and EnviGuard, with a focus on unicellular planktonic organisms that are poorly – or not at all – identified by morphology-based taxonomic techniques,. These efforts focused on the development and validation of new sampling technologies, on the investigation of the performance of different preservatives available to store samples, in situ, for the period of sampler deployments, and on the application of omics methods to samples collected with off-the shelf sampling equipment. In this context, this presentation introduces the new ‘AUTOmated FIltration system for marine Microbes’ / AUTOFIM and ‘Marine Autonomous Plankton Sampler’ / MAPS samplers, informs about the approach and first outcomes of a comparison of both standard preservatives and specific agents for molecular studies, and shows some examples of omics observations carried out in Fram Strait by means of particle traps and moored water samplers as part of the FRAM observatory infrastructure in the HAUSGARTEN area

Modificaciones de algunos componentes de saliva en pacientes sometidos a trasplante de médula ósea

Introducción: Los pacientes sometidos a altas dosis de quimioterapia por trasplante de médula ósea (TMO) experimentan severos cambios principlamente en sistemas orgánicos con alta tasa de mitosis y actividad funcional como el sistema estomatognático- El objetivo del presente trabajo consistió en analizar posibles marcadores de la actividad funcional de la glándula, en un grupo de pacientes sometidos a TMO.Métodos: Se efectuó un estudio observacional-longitudinal en pacientes que ingresaron al aislamiento de la unidad de trasplante de médula ósea, del servicio de oncohematología del Sanatorio Allende, durante el primer semestre de 2014. Se efectuó recolección de saliva basal en etapa inicial (I) previa al aislamiento y etapa media (M) catorce días posteriores a la terapia de acondicionamiento. Se analizaron los siguientes componentes. flujo basal , pH, ionograma,ácido úrico,urea,proteínas totales, amilasa,Ig,As y Beta2, microglobulina.Resultados: Sodio,cloro y urea en (M) fueron significativamente mayores que en (I) p menor 0.1, p menor 0.01 y p menor 0.001 en tanto pH, IgAs y B2 microglobulina en (M) fueron significativamente menores en (I)  p menor 0.02, p menor 0.05 y p menor 0.01 respectivamente. Flujo basal, potasio,ácido úrico, proteínas totales y amilasa no mostraron alteraciones significativas durante el tratamiento.Conclusiones Alta dósis de quimioterapia alteraron los mecanismos de excreción y reabsorción salival de Na+ y Cl-. El aumento de urea podría correlacionarse con un incremento del catabolismo proteico en la etapa media del tratamiento. La disminución de IgAs en (M) reduciría la capacidad defensiva de la saliva.http://www.saio.org.ar/XLVII_REUNION_ANUAL.pdfFil: Bachmeier, Evelin. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Estomatología A; Argentina.Fil: Mazzeo, Marcelo Adrían. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Mazzeo, Marcelo Adrían. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Linares, Jorge Alberto. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Wietz, Fernando M. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Jarchum, Gustavo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología; Argentina.Fil: Finkelberg, Ana Beatriz. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Otras Ciencias de la Salu

Actividad funcional y antioxidante de glándula submandibular (GSM) de ratas tratadas con ciclofosfamida (CF)

Ciclofosfamida es un citostático alquilante, utilizado junto a otros fármacos oncológicos en el tratamiento de tumores sólidos o esquemas de acondicionamiento para trasplante de médula ósea. Numerosos autores informaron complicaciones en cavidad bucal por efecto de esta droga. El objetivo del presente fue evaluar el efecto de Cf sobre la actividad funcional y la capacidad defensiva de la GSM de ratas Wistar.http://www.saio.org.ar/XLVII_REUNION_ANUAL.pdfFil: Mazzeo, Marcelo Adrían. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Lopéz, María Marcela. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Bachmeier, Evelin. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Linares, Jorge Alberto. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Samar, María Elena. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Histología y Embriología A; Argentina.Fil: Wietz, Fernando M. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Dubersarsky, Claudio Gastón. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina.Fil: Finkelberg, Ana Beatríz. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Otras Ciencias de la Salu

Resignificando nuestra vinculación con pacientes oncohematológicos

Resignificando nuestra vinculación con pacientes oncohematológicos. ResumenIntroducción: La Cátedra de Fisiología de la FO UNC desarrolla desde 2006 actividades de articulación en investigación clínica y de extensión en pacientes con diagnóstico de trasplante de médula ósea que concurren al Servicio de Oncohematología del Sanatorio Allende. Las complicaciones bucales por altas dosis de quimioterapia observadas, nos motivó a ofrecer consultas gratuitas de diagnóstico preventivo y orientación con el propósito de minimizar estos efectos secundarios. Al mismo tiempo dimos soporte profesional a personal sanitario sobre cuidados bucales en estos pacientes, mediante ateneos, visitas de sala, interconsultas, promoviendo la inclusión de odontólogos en el equipo interdisciplinario. En 2013 se firmó un convenio de cooperación mixto (Investigación / Extensión) entre la FO U.N.C. y el Sanatorio Allende de la Ciudad de Córdoba. En 2014 se creó un servicio de asistencia gratuito orientado al diagnóstico y derivación de patologías bucales de pacientes sometidos a TMO (Res.416/14). Objetivos: Continuar con la actividad del Servicio gratuito de atención odontológica previo al TMO. Promover la participación de todos los integrantes del equipo para educar sobre cuidados bucales previo al tratamiento oncológico. Capacitar a los profesionales del Servicio, optimizando el intercambio de experiencias. Gestionar ante el HCD el reconocimiento del Primer Centro Extensionista de Orientación y vinculación de pacientes con diagnóstico de TMO (CEOVI TMO). Generar estrategias educativas para la formación de profesionales de la salud en el diagnóstico de patologías bucales asociadas a quimioterapia. Metodología: realización de consultas diagnósticas y gratuitas de con fines de orientación de pacientes que serán sometidos a TMO y vinculación con sus respectivos odontólogos y /o los servicios profesionales que dependen del área asistencial de la FO. UNC. Resultados: Integración de odontólogos en el equipo interdisciplinario oncológico, capacitación del personal sanitario sobre las complicaciones bucales secundarias a la quimioterapia, aportes a la comunidad científica mediante publicaciones y presentaciones en congresos, concientización en pacientes sobre cuidados bucales preventivos y paliativos. Conclusiones: la creación del primer centro extensionista (CEOVI TMO) de la FO permitirá ampliar nuestra acción profesional en beneficio de los pacientes que adolecen esta enfermedad.https://www.odo.unc.edu.ar/vinculacion/extension/libro-de-resumenes-i-jornadas-nacionales-de-extension-en-odontologiaFil: Bachmeier, Evelin. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Estomatología A; Argentina.Fil: Lopéz, María Marcela. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Wietz, Fernando M. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Soria, Roger Ariel. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Ferreyra Mariani, Emma Gloria. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Dubersarsky, Claudio Gastón. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina.Fil: Finkelberg, Ana Beatríz. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Mazzeo, Marcelo Adrían. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Otras Ciencias de la Salu

Determinación de malondialdehido en glándula submandibular de ratas tratadas con ciclofosfamida y vitaminas antioxidantes

Fil: Mazzeo, Marcelo Adrián. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Lopéz, María Marcela. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Bachmeier, Evelin. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Estomatología A; Argentina.Fil: Linares, Jorge Alberto. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Wietz, Fernando M. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Soria, Roger Ariel. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Ferreyra Mariani, Emma Gloria. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Dubersarsky, Claudio Gastón. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina.Fil: Finkelberg, Ana Beatriz. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Trabajos previos de nuestro laboratorio mostraron un incremento de la concentración de SOD y ácido úrico en glándula submandibular de ratas tratadas con ciclofosfamida (Cf). A su vez demostramos que la administración de las vitaminas C y E promovería un incremento no significativo de SOD y ácido úrico en animales tratados con esta droga. En el presente analizamos la concentración de MAD en glándula submandibular de ratas tratadas con Cf y vitaminas antioxidantes.Fil: Mazzeo, Marcelo Adrián. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Lopéz, María Marcela. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Bachmeier, Evelin. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Estomatología A; Argentina.Fil: Linares, Jorge Alberto. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Wietz, Fernando M. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Soria, Roger Ariel. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Ferreyra Mariani, Emma Gloria. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Fil: Dubersarsky, Claudio Gastón. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina.Fil: Finkelberg, Ana Beatriz. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Odontología. Cátedra de Fisiología; Argentina.Otras Ciencias de la Salu

Microbial Growth and Organic Matter Cycling in the Pacific Ocean Along a Latitudinal Transect Between Subarctic and Subantarctic Waters

The Pacific Ocean constitutes about half of the global oceans and thus microbial processes in this ocean have a large impact on global elemental cycles. Despite several intensely studied regions large areas are still greatly understudied regarding microbial activities, organic matter cycling and biogeography. Refined information about these features is most important to better understand the significance of this ocean for global biogeochemical and elemental cycles. Therefore we investigated a suite of microbial and geochemical variables along a transect from the subantarctic to the subarctic Pacific in the upper 200 m of the water column. The aim was to quantify rates of organic matter processing, identify potential controlling factors and prokaryotic key players. The assessed variables included abundance of heterotrophic prokaryotes and cyanobacteria, heterotrophic prokaryotic production (HPP), turnover rate constants of amino acids, glucose, and acetate, leucine aminopeptidase and β-glucosidase activities, and the composition of the bacterial community by fluorescence in situ hybridization (FISH). The additional quantification of nitrate, dissolved amino acids and carbohydrates, chlorophyll a, particulate organic carbon and nitrogen (POC, PON) provided a rich environmental context. The oligotrophic gyres exhibited the lowest prokaryotic abundances, rates of HPP and substrate turnover. Low nucleic acid prokaryotes dominated in these gyres, whereas in temperate and subpolar regions further north and south, high nucleic acid prokaryotes dominated. Turnover rate constants of glucose and acetate, as well as leucine aminopeptidase activity, increased from (sub)tropical toward the subpolar regions. In contrast, HPP and bulk growth rates were highest near the equatorial upwelling and lowest in the central gyres and subpolar regions. The SAR11 clade, the Roseobacter group and Flavobacteria constituted the majority of the prokaryotic communities. Vertical profiles of the biogeochemical and microbial variables markedly differed among the different regions and showed close covariations of the microbial variables and chlorophyll a, POC and PON. The results show that hydrographic, microbial, and biogeochemical properties exhibited distinct patterns reflecting the biogeographic provinces along the transect. The microbial variables assessed contribute to a better and refined understanding of the scales of microbial organic matter processing in large areas of the epipelagic Pacific beyond its well-studied regions