Norovirus Outbreaks from Drinking Water

Norovirus contamination calls for viral monitoring of drinking water

Puhdistamolietteen ja lietevalmisteiden käyttö maataloudessa. Hygienia ja riskitutkimus (pilottihanke LIVAKE-2000)

Raportoitavan pilottihankkeen tavoitteena oli kartoittaa, eläinten ja ihmisen sekä kasvien taudinaiheuttajien esiintymistä maatalous- ja viherrakentamiskäyttöön menevässä puhdistamolietteessä, stabiloidussa lietteessä, lietevalmisteissa. Tavoitteena oli myös kehittää laadunvalvontaan tarvittavia analyysimenetelmiä ja saada taustatietoa mahdollisille hallinnollisille päätöksille ja säädösten muutostyöhön. Giardia- ja Cryptosporidium-alkueläinten, kalikivirusten, enterokokkien, salmonellojen, Listeria monocytogenes- ja Escherichia coli O157:H7-bakteerien sekä mykobakteerien esiintymistä kartoitettiin 12 puhdistamon lietteissä ja niistä tehdyissä erilaisissa ja eri-ikäisissä lietevalmisteissa. Lisäksi kartoitettiin peruna-ankeroisen esiintymistä perunateollisuuden lietteissä ja lietekomposteissa. Alkueläinten kestomuotojen analysointiin puhdistamolietteistä kehitettiin projektin yhteydessä IMS-PCR-pohjainen menetelmä. Myös kalikivirusten ja mykobakteerien määritysmenetelmiä kehitettiin hankkeen yhteydessä. Tutkituissa lietteissä esiintyi puhdistamotyypistä riippumatta yleisesti tutkittuja taudinaiheuttajia, lukuun ottamatta E.coli O157:H7-bakteeria, jota ei lietteistä eikä lietevalmisteista tavattu. Lietteen stabilointi joko kalkkikäsittelyllä tai mädättämällä ei riittänyt tutkituilla puhdistamoilla tuhoamaan kartoitettuja taudinaiheuttajia lietteestä. Tutkimuksessa oli mukana kolme mädätystä käyttävää puhdistamoa, niistä kahdesta ei salmonellaa eikä enterokokkeja tavattu, mutta alkueläinten kestomuotoja sekä kalikivirusta löytyi edelleen. Tutkimuksessa mukana ollut kalkkistabilointilaitos osoittautui huonosti toimivaksi, taudinaiheuttajien määrä ei käsittelyssä vähentynyt, päinvastoin. Kompostointi mädätyksen jälkeisenä toimenpiteenä näytti riittävän kuudessa kuukaudessa tuhoamaan salmonellat, enterokokit ja listeriat. Samaan tulokseen päästiin tulosten mukaan joillakin puhdistamoilla pelkästään kompostoimalla, mutta joissakin tapauksissa listeriaa ja yhdessä tapauksessa myös kalikivirusta löytyi vielä kuudenkin kuukauden kompostoinnin jälkeen, vaikkei muita taudinaiheuttajia enää todettu. Komposteista ja lieteseoksista ei ollut mahdollista tutkia alkueläinten esiintymistä. Perunateollisuuden jätevesilietteistä ja lietekomposteista ei löytynyt peruna-ankeroisten kystia, mutta yhden tutkitun teollisuuslaitoksen lietenäytteistä (3 positiivista näytettä) löytyi Heterodera-suvun ankeroisten kystia. Tähän sukuun kuuluu mm. merkittävä sokerijuurikkaan tuholainen, juurikasankeroinen (H. schachtii). Kartoituksen tulokset osoittavat lietteiden ja lietevalmisteiden käyttöön maanviljelyssä sisältyvän riskin - sekä zoonoottisten taudinaiheuttajien osalta että kasvitautien osalta. Tässä hankkeessa toteutetussa laajuudessa ei aiemmin ole kartoitettu taudinaiheuttajia puhdistamolietteistä eikä niistä valmistetuista lietevalmisteista

Frequent Reassortments May Explain the Genetic Heterogeneity of Rotaviruses: Analysis of Finnish Rotavirus Strains

The predominant rotavirus electropherotypes (e-types) during 17 epidemic seasons (1980 through 1997) in Finland were established, and representative virus isolates were studied by nucleotide sequencing and phylogenetic analysis. The virus isolates were either P[8]G1 or P[8]G4 types. The G1 and G4 strains formed one G1 lineage (VP7-G1-1) and one G4 lineage, respectively. Otherwise, they belonged to two P[8] lineages (VP4-P[8]-1 and -2) unrelated to their G types. Phylogenetic analysis of partial sequences of all 11 RNA segments obtained from the strains also revealed genetic diversity among gene segments other than those defining P and G types. With the exception of segments 1, 3, and 10, the sequences of the other segments could be assigned to 2 to 4 different genetic clusters. The results of this study suggest that, in addition to the RNA segments encoding VP4 and VP7, the other RNA segments may segregate independently as well. In total, the 9 predominant e-types represented 7 different RNA segment combinations when the phylogenetic clusters of their 11 genes were determined. The extensive genetic diversity and number of e-types among rotaviruses are best explained by frequent genetic reassortment