Efecto de la varianza genética aditiva generacional sobre las componentes de la respuesta a la selección en una población con generaciones superpuestas

p.221-230El objetivo de esta investigación fue comparar la respuesta a la selección usando el Modelo Animal-BLUP con grupos genéticos, utilizando la variancia genética aditiva de cada generación (s²A(C), con aquel que utiliza la variancia aditiva en la población base (s²a), mediante simulación estocastica de una población animal con generaciones superpuestas. A diferencia de otros estudios, el modelo de generación de datos incluyó efectos fijos como el sexo (variable clasificatoria) y la edad del animal a la medición del carácter (covariable), con el objeto de asemejarse a los modelos de evaluación en poblaciones reales. Los resultados corresponden a 20 años de selección, tomando el promedio de 100 réplicas. La h² original en la población fue 0,4. La pérdida de información consistió en omitir al azar relaciones de parentesco, afín de incorporar los grupos al modelo de evaluación animal. El 25 por ciento de los animales poseían ambos padres desconocidos, 25 por ciento poseían la madre desconocida, 25 por ciento el padre y el 25 por ciento restante poseían ambos padres conocidos. En las condiciones simuladas no se observaron diferencias significativas (pmayor a 0,05), en las variables estudiadas: respuesta a la selección, variancia aditiva, exactitud, intensidad de selección, consanguinidad e intervalo generacional, para los casos de información completa e incompleta con la inclusión de grupos, según se consideró las s²a ó la s²a(g

Analyse de généalogies complexes pour l'estimation des génotypes (application à l'étude de la résistance génétique à la tremblante)

PARIS-AgroParisTech Centre Paris (751052302) / SudocSudocFranceF

Respuesta a la selección en dos etapas mediante un método de generaciones superpuestas en un núcleo caprino

p.217-225Para estudiar la respuesta a la selección por un carácter temprano, en un núcleo caprino se compararon seis políticas de selección en machos. Estas resultaron de combinar distinto número de padres por año, con la consideración o no, de una segunda etapa de selección. Para calcular las exactitudes se utilizó la teoría del índice de selección empleando el dato individual del macho con los registros de sus padres para la primera etapa de selección. A dicha información se le adicionaron los datos de las crias (test de progenie) para la selección en la segunda etapa. La respuesta fue calculada mediante métodos matriciales de generaciones superpuestas y múltiples etapas, durante 50 años de selección continua, en forma anual y acumulada. La política que tuvo mayor respuesta fue con selección en dos etapas, mayor exactitud (debido al test de progenie) e intervalo generacional intermedio. La respuesta anual fluctuó considerablemente en todas las políticas, obteniéndose valores asintóticos más rápidamente cuanto mayor fue el intervalo generacional independientemente del número de etapas de selección, siempre que estas no lo modificasen

Respuesta a la selección en dos etapas mediante un método de generaciones superpuestas en un núcleo caprino

p.217-225Para estudiar la respuesta a la selección por un carácter temprano, en un núcleo caprino se compararon seis políticas de selección en machos. Estas resultaron de combinar distinto número de padres por año, con la consideración o no, de una segunda etapa de selección. Para calcular las exactitudes se utilizó la teoría del índice de selección empleando el dato individual del macho con los registros de sus padres para la primera etapa de selección. A dicha información se le adicionaron los datos de las crias (test de progenie) para la selección en la segunda etapa. La respuesta fue calculada mediante métodos matriciales de generaciones superpuestas y múltiples etapas, durante 50 años de selección continua, en forma anual y acumulada. La política que tuvo mayor respuesta fue con selección en dos etapas, mayor exactitud (debido al test de progenie) e intervalo generacional intermedio. La respuesta anual fluctuó considerablemente en todas las políticas, obteniéndose valores asintóticos más rápidamente cuanto mayor fue el intervalo generacional independientemente del número de etapas de selección, siempre que estas no lo modificasen

Genomic evaluation by including dominance effects and inbreeding depression for purebred and crossbred performance with an application in pigs

International audienceAbstractBackgroundImproved performance of crossbred animals is partly due to heterosis. One of the major genetic bases of heterosis is dominance, but it is seldom used in pedigree-based genetic evaluation of livestock. Recently, a trivariate genomic best linear unbiased prediction (GBLUP) model including dominance was developed, which can distinguish purebreds from crossbred animals explicitly. The objectives of this study were: (1) methodological, to show that inclusion of marker-based inbreeding accounts for directional dominance and inbreeding depression in purebred and crossbred animals, to revisit variance components of additive and dominance genetic effects using this model, and to develop marker-based estimators of genetic correlations between purebred and crossbred animals and of correlations of allele substitution effects between breeds; (2) to evaluate the impact of accounting for dominance effects and inbreeding depression on predictive ability for total number of piglets born (TNB) in a pig dataset composed of two purebred populations and their crossbreds. We also developed an equivalent model that makes the estimation of variance components tractable.ResultsFor TNB in Danish Landrace and Yorkshire populations and their reciprocal crosses, the estimated proportions of dominance genetic variance to additive genetic variance ranged from 5 to 11%. Genetic correlations between breeding values for purebred and crossbred performances for TNB ranged from 0.79 to 0.95 for Landrace and from 0.43 to 0.54 for Yorkshire across models. The estimated correlation of allele substitution effects between Landrace and Yorkshire was low for purebred performances, but high for crossbred performances. Predictive ability for crossbred animals was similar with or without dominance. The inbreeding depression effect increased predictive ability and the estimated inbreeding depression parameter was more negative for Landrace than for Yorkshire animals and was in between for crossbred animals.ConclusionsMethodological developments led to closed-form estimators of inbreeding depression, variance components and correlations that can be easily interpreted in a quantitative genetics context. Our results confirm that genetic correlations of breeding values between purebred and crossbred performances within breed are positive and moderate. Inclusion of dominance in the GBLUP model does not improve predictive ability for crossbred animals, whereas inclusion of inbreeding depression does

Dominance and epistatic genetic variances for litter size in pigs using genomic models

BackgroundEpistatic genomic relationship matrices for interactions of any-order can be constructed using the Hadamard products of orthogonal additive and dominance genomic relationship matrices and standardization based on the trace of the resulting matrices. Variance components for litter size in pigs were estimated by Bayesian methods for five nested models with additive, dominance, and pairwise epistatic effects in a pig dataset, and including genomic inbreeding as a covariate.ResultsEstimates of additive and non-additive (dominance and epistatic) variance components were obtained for litter size. The variance component estimates were empirically orthogonal, i.e. they did not change when fitting increasingly complex models. Most of the genetic variance was captured by non-epistatic effects, as expected. In the full model, estimates of dominance and total epistatic variances (additive-by-additive plus additive-by-dominance plus dominance-by-dominance), expressed as a proportion of the total phenotypic variance, were equal to 0.02 and 0.04, respectively. The estimate of broad-sense heritability for litter size (0.15) was almost twice that of the narrow-sense heritability (0.09). Ignoring inbreeding depression yielded upward biased estimates of dominance variance, while estimates of epistatic variances were only slightly affected.ConclusionsEpistatic variance components can be easily computed using genomic relationship matrices. Correct orthogonal definition of the relationship matrices resulted in orthogonal partition of genetic variance into additive, dominance, and epistatic components, but obtaining accurate variance component estimates remains an issue. Genomic models that include non-additive effects must also consider inbreeding depression in order to avoid upward bias of estimates of dominance variance. Inclusion of epistasis did not improve the accuracy of prediction of breeding values

Supplemental Material for Xiang et al., 2018

<pre>The file contains estimated variance components (Table S1), Bivariate plots between additive and dominance QTL effects (Figure S1 and S2), and parameter files for generating simulated dataset (S4 and S5)</pre