Cold Tumors: A Therapeutic Challenge for Immunotherapy

Therapeutic monoclonal antibodies targeting immune checkpoints (ICPs) have changed the treatment landscape of many tumors. However, response rate remains relatively low in most cases. A major factor involved in initial resistance to ICP inhibitors is the lack or paucity of tumor T cell infiltration, characterizing the so-called “cold tumors.” In this review, we describe the main mechanisms involved in the absence of T cell infiltration, including lack of tumor antigens, defect in antigen presentation, absence of T cell activation and deficit of homing into the tumor bed. We discuss then the different therapeutic approaches that could turn cold into hot tumors. In this way, specific therapies are proposed according to their mechanism of action. In addition, ‘‘supra-physiological’’ therapies, such as T cell recruiting bispecific antibodies and Chimeric Antigen Receptor (CAR) T cells, may be active regardless of the mechanism involved, especially in MHC class I negative tumors. The determination of the main factors implicated in the lack of preexisting tumor T cell infiltration is crucial for the development of adapted algorithms of treatments for cold tumors

A Simple-to-Perform ifn-γ mRNA Gene Expression Assay on Whole Blood Accurately Appraises Varicella Zoster Virus-Specific Cell-Mediated Immunity After Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation

Herpes zoster, which is due to the reactivation of Varicella zoster virus (VZV), is a leading cause of morbidity after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT). While cell-mediated immunity (CMI) is critical to inhibiting VZV reactivation, CMI is not routinely assessed due to a lack of reliable tests. In this study, we aimed to evaluate VZV-specific CMI among allo-HSCT recipients (n = 60) and healthy individuals (HI, n = 17) through a panel of three immune functional assays after ex vivo stimulation by VZV antigen: quantification of (i) IFN-γ release in the supernatants, (ii) T-cell proliferation after a 7-day stimulation of peripheral blood mononuclear cells (PBMC), and (iii) measurement of the ifn-γ mRNA gene expression level after 24 h of stimulation of a whole-blood sample. VZV responsiveness was defined according to IFN-γ release from VZV-stimulated PBMC. Upon VZV stimulation, we found that allo-HSCT recipients at a median time of 6 [5-8] months post-transplant had lower IFN-γ release (median [IQR], 0.34 [0.12–8.56] vs. 409.5 [143.9–910.2] pg/ml, P <.0001) and fewer proliferating T cells (0.05 [0.01–0.57] % vs. 8.74 [3.12–15.05] %, P <.0001) than HI. A subset of allo-HSCT recipients (VZV-responders, n = 15/57, 26%) distinguished themselves from VZV-non-responders (n = 42/57, 74%; missing data, n = 3) by higher IFN-γ release (80.45 [54.3–312.8] vs. 0.22 [0.12–0.42] pg/ml, P <.0001) and T-cell proliferation (2.22 [1.18–7.56] % vs. 0.002 [0.001–0.11] %, P <.0001), suggesting recovery of VZV-specific CMI. Interestingly, VZV responders had a significant fold increase in ifn-γ gene expression, whereas ifn-γ mRNA was not detected in whole blood of VZV-non-responders (P <.0001). This study is the first to suggest that measurement of ifn-γ gene expression in 24-h-stimulated whole blood could be an accurate test of VZV-specific CMI. The routine use of this immune functional assay to guide antiviral prophylaxis at an individual level remains to be evaluated

Characterisation of normal and tumour cell populations and definition of shared epitopes from Human Endogenous Retroviruses (HERVs)

Les rétrovirus endogènes humains (HERVs) représentent 8% de notre génome. Réprimés par des mécanismes épigénétiques dans les cellules normales, différentes situations peuvent mener à leur dérépression comme dans les maladies auto-immunes ou le cancer. Les HERVs sont impliqués dans de nombreuses fonctions physiologiques ou pathologiques via leur activité de régulation génique, l’exaptation de fonctions virales ou encore la modulation immunitaire induite par leurs intermédiaires nucléotidiques ou protéiques. Du fait de ce profil d’expression particulier et de leur origine virale, les protéines dérivées des HERVs pourraient fournir de très bonnes cibles immunothérapeutiques en oncologie. Il n’existe cependant à ce jour pas de méthode pour identifier les cibles les plus pertinentes dans un cancer donné. Par ailleurs, le profil d’expression des HERVs et leur impact immunitaire n’a à ce jour jamais été étudié de façon exhaustive dans certaines pathologies comme la leucémie aiguë myéloïde (LAM). Cette thèse fait le point sur les techniques d’identification d’épitopes lymphocytaires T CD8+ dérivés de HERVs, ainsi que sur l’utilisation du rétrotranscriptome HERVs via une quantification bioinformatique sensible pour caractériser des populations cellulaires. Après plusieurs revues sur les approches immunothérapeutiques actuelles basées sur les lymphocytes T en oncologie, nous situons les épitopes dérivés des HERVs comme alternative prometteuse aux néoépitopes classiques issus de mutations géniques. Dans le premier article, nous proposons une méthode permettant de définir les meilleurs épitopes T CD8+ à partir de la base pancancer du TCGA. Basée sur une approche d’apprentissage automatique permettant de détecter les HERVs associés à une réponse cytotoxique au sein des HERVs surexprimés par un cancer donné et non exprimés par le tissu sain, notre méthode permet de réduire d’environ 90% le nombre d’épitopes candidats à tester. Nous montrons ensuite dans un second temps qu’une sélection d’épitopes partagés sélectionnés via cette méthode peut induire une réponse lymphocytaire T CD8+ spécifique et fonctionnelle chez les donneurs sains, avec une activité cytotoxique contre des lignées cellulaires de cancer du sein triple-négatif in vitro. Dans le second article, nous utilisons une méthode récente de quantification sensible de l’ensemble des séquences HERVs du génome humain pour montrer que le rétrotranscriptome HERV permet de caractériser des populations cellulaires normales et leucémiques. Nous montrons qu’une telle approche peut être utilisée pour établir une signature de cellules souches leucémiques basée sur l’expression de 25-HERVs. Nous utilisons ensuite cette quantification au sein de 4 cohortes indépendantes de patients présentant une LAM au diagnostic pour définir de nouveaux sous-types de LAM via une approche de classification non-supervisée. Enfin, nous montrons que des épitopes T CD8+ peuvent être définis parmi des HERVs exprimés de façon spécifique dans la LAM, et que des réponses T CD8+ spécifiques de ces épitopes peuvent être identifiées parmi les lymphocytes infiltrant la moelle osseuse de patients au diagnostic. Dans l’ensemble, ces résultats fournissent le rationnel et la méthodologie pour l’utilisation d’épitopes dérivés de HERVs comme cibles immunothérapeutiques ainsi que du rétrotranscriptome HERV pour la caractérisation de populations cellulaires et la mise au point de signatures transcriptomiques.Abstract not provided by the author

Caractérisation des populations cellulaires normales et tumorales et définition d’épitopes partagés à partir des Rétrovirus Endogènes Humains (HERVs)

Abstract not provided by the author.Les rétrovirus endogènes humains (HERVs) représentent 8% de notre génome. Réprimés par des mécanismes épigénétiques dans les cellules normales, différentes situations peuvent mener à leur dérépression comme dans les maladies auto-immunes ou le cancer. Les HERVs sont impliqués dans de nombreuses fonctions physiologiques ou pathologiques via leur activité de régulation génique, l’exaptation de fonctions virales ou encore la modulation immunitaire induite par leurs intermédiaires nucléotidiques ou protéiques. Du fait de ce profil d’expression particulier et de leur origine virale, les protéines dérivées des HERVs pourraient fournir de très bonnes cibles immunothérapeutiques en oncologie. Il n’existe cependant à ce jour pas de méthode pour identifier les cibles les plus pertinentes dans un cancer donné. Par ailleurs, le profil d’expression des HERVs et leur impact immunitaire n’a à ce jour jamais été étudié de façon exhaustive dans certaines pathologies comme la leucémie aiguë myéloïde (LAM). Cette thèse fait le point sur les techniques d’identification d’épitopes lymphocytaires T CD8+ dérivés de HERVs, ainsi que sur l’utilisation du rétrotranscriptome HERVs via une quantification bioinformatique sensible pour caractériser des populations cellulaires. Après plusieurs revues sur les approches immunothérapeutiques actuelles basées sur les lymphocytes T en oncologie, nous situons les épitopes dérivés des HERVs comme alternative prometteuse aux néoépitopes classiques issus de mutations géniques. Dans le premier article, nous proposons une méthode permettant de définir les meilleurs épitopes T CD8+ à partir de la base pancancer du TCGA. Basée sur une approche d’apprentissage automatique permettant de détecter les HERVs associés à une réponse cytotoxique au sein des HERVs surexprimés par un cancer donné et non exprimés par le tissu sain, notre méthode permet de réduire d’environ 90% le nombre d’épitopes candidats à tester. Nous montrons ensuite dans un second temps qu’une sélection d’épitopes partagés sélectionnés via cette méthode peut induire une réponse lymphocytaire T CD8+ spécifique et fonctionnelle chez les donneurs sains, avec une activité cytotoxique contre des lignées cellulaires de cancer du sein triple-négatif in vitro. Dans le second article, nous utilisons une méthode récente de quantification sensible de l’ensemble des séquences HERVs du génome humain pour montrer que le rétrotranscriptome HERV permet de caractériser des populations cellulaires normales et leucémiques. Nous montrons qu’une telle approche peut être utilisée pour établir une signature de cellules souches leucémiques basée sur l’expression de 25-HERVs. Nous utilisons ensuite cette quantification au sein de 4 cohortes indépendantes de patients présentant une LAM au diagnostic pour définir de nouveaux sous-types de LAM via une approche de classification non-supervisée. Enfin, nous montrons que des épitopes T CD8+ peuvent être définis parmi des HERVs exprimés de façon spécifique dans la LAM, et que des réponses T CD8+ spécifiques de ces épitopes peuvent être identifiées parmi les lymphocytes infiltrant la moelle osseuse de patients au diagnostic. Dans l’ensemble, ces résultats fournissent le rationnel et la méthodologie pour l’utilisation d’épitopes dérivés de HERVs comme cibles immunothérapeutiques ainsi que du rétrotranscriptome HERV pour la caractérisation de populations cellulaires et la mise au point de signatures transcriptomiques

Développement des CAR-T allogéniques

International audienc

Cancer vaccines: what’s next?

International audienc

Développement des CAR-T dans les tumeurs solides

International audienceLes lymphocytes T à récepteur antigénique chimérique (CAR-T) ont démontré une efficacité remarquable dans certaines hémopathies malignes, notamment la leucémie aiguë lymphoblastique B et les lymphomes B pour les CAR anti-CD19. Les données dans les tumeurs solides restent quant à elles plutôt décevantes avec tout au plus quelques stabilisations et de rares réponses objectives observées. Ce manque d’efficacité peut être expliqué par différents facteurs : absence de cible spécifique (et donc risque accru de toxicité) et hétérogénéité d’expression, microenvironnement immunosuppresseur, homing insuffisant et faible pénétration intra-tumorale, défaut de persistance des CAR-T. De nombreuses approches sont actuellement envisagées pour contrecarrer ces différents mécanismes de résistance : construction de CAR bispécifiques ou utilisation de gates logiques, combinaison avec des inhibiteurs d’immune checkpoint ou CAR-T rendus insensibles aux molécules immunosuppressives, ajout de récepteurs de chémokines ou d’enzyme, combinaison avec un virus oncolytique, administration intra-tumorale, sélection de sous-populations mémoires et développement de CAR-T « armés » sécrétant des cytokines type IL-12, -15 ou -18. L’élaboration de CAR-T de dernière génération optimisés devrait à terme permettre de répondre à un besoin thérapeutique majeur notamment dans les tumeurs immunologiquement froides et/ou n’exprimant pas les molécules de CMH de classe I

How to Obtain a High Quality ctDNA in Lymphoma Patients: Preanalytical Tips and Tricks

The analysis of circulating tumor DNA (ctDNA) released by tumor cells holds great promise for patients with lymphoma, to refine the diagnostic procedure, clarify the prognosis, monitor the response to treatment, and detect relapses earlier. One of the main challenges of the coming years is to adapt techniques from highly specialized translational teams to routine laboratories as this requires a careful technical and clinical validation, and we have to achieve this as fast as possible to transform a promising biomarker into a routine analysis to have a direct consequence on patient care. Whatever the analytical technology used, the prerequisite is to obtain high yields of ctDNA of optimal quality. In this review, we propose a step-by-step description of the preanalytical process to obtain high-quality ctDNA, emphasizing the technical choices that need to be made and the experimental data that can support these choices

Early sofosbuvir-ledipasvir treatment for acute HCV infection induced severe immune thrombocytopenia – a case report

Abstract Background Hepatitis C virus (HCV) infection is a recognised cause of secondary immune thrombocytopenia (ITP). While its incidence has been largely described during chronic HCV infection, only one case of ITP secondary to acute HCV infection has been reported at this time. Case presentation We report herein the case of severe ITP secondary to an acute HCV genotype 1a reinfection in a human immunodeficiency virus (HIV)-negative man having sex with men who had been cured several years before of a previous acute genotype 4d HCV infection. After an unsuccessful standard therapy with two courses of intravenous immunoglobulin (at 1 g/kg daily for 2 days) associated with methylprednisolone 1 mg/kg daily, antiviral treatment with sofosbuvir-ledipasvir rapidly achieved virological response and normalised the platelet count. Conclusions As a direct effect of HCV on megakaryocytes could be the predominant cause of ITP during acute infection, early antiviral treatment may be beneficial in this case