Un Sistema de Recuperación de Información Biomédica en Dispositivos Móviles basado en Agrupamiento

La sobrecarga de información producida por la creciente disponibilidad en internet de textos y publicaciones de interés es un problema que se acrecienta cuando esa información es necesaria para la toma de decisiones, como ocurre en el ámbito biomédico. Es en este dominio donde se ubica este sistema de recuperación de información dirigido a dispositivos de consulta móviles, que a los tradicionales procesos de indexado y búsqueda, añade la característica de la devolución de los resultados de manera agrupada en función de su contenido.Information overload caused by the increasing availability of online texts and publications of interest is a problem that increases when such information is necessary for decision making, as in the biomedical field. It is in this domain where we present an information retrieval system for mobile devices. Traditional indexing and search processes are enriched with the feature of returning the results in clusters according to their content.This work has been partially funded by the Spanish Ministry of Science and Innovation and the European Union from the ERDF (TIN2009-14057-C03-03

Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2

The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality

Colombian consensus recommendations for diagnosis, management and treatment of the infection by SARS-COV-2/ COVID-19 in health care facilities - Recommendations from expert´s group based and informed on evidence

La Asociación Colombiana de Infectología (ACIN) y el Instituto de Evaluación de Nuevas Tecnologías de la Salud (IETS) conformó un grupo de trabajo para desarrollar recomendaciones informadas y basadas en evidencia, por consenso de expertos para la atención, diagnóstico y manejo de casos de Covid 19. Estas guías son dirigidas al personal de salud y buscar dar recomendaciones en los ámbitos de la atención en salud de los casos de Covid-19, en el contexto nacional de Colombia

Setting a baseline for an automatic extractive concepts-based summarization on the biomedical domain

Los métodos de generación de resúmenes basados en técnicas extractivas han demostrado ser muy útiles por su adaptabilidad y eficiencia en tiempo de respuesta en cualquier tipo de dominios. En el ámbito biomédico son numerosos los estudios que hablan de la sobrecarga de información y recogen la necesidad de aplicación de técnicas eficientes de recuperación y generación de resúmenes para una correcta aplicación de la medicina basada en la evidencia. En este contexto vamos a presentar una propuesta de metodología de generación automática de resúmenes basada en conocimiento estructurado y grafos. A partir de una representación del documento original en un grafo, aplicando técnicas de similitud entre frases y sus conceptos biomédicos, se obtienen las frases más relevantes para formar el resumen final.The methods for automatic summarization generation based in extractive techniques have widely shown its utility for his adaptability and efficiency in the manner of response time at any kind of application domain. In Biomedical domain are numerous the research results about the overload information and the need of application of efficient recovery and summarization methods for the proper use of evidence based medicine. In this context we are going to present a proposal of methodology for automatic summarization based on structured knowledge and graph's use. From a representation of the source document in form of a graph, applying similarity methods between phrases and their containing biomedical concepts, we obtain the most salient phrases to fill in the final summary.Este trabajo ha sido financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación a través de los proyectos CICYT TIN2007-67843-C06-03 y TIN2005-08998-C02-02

A proposal and evaluation of an extractive method for summarization in the biomedical domain based on concepts

Los métodos de generación de resúmenes basados en técnicas extractivas han demostrado ser muy útiles por su adaptabilidad y eficiencia en tiempo de respuesta en cualquier tipo de dominios. En el ámbito biomédico son numerosos los estudios que hablan de la sobrecarga de información y recogen la necesidad de aplicación de técnicas eficientes de recuperación y generación de resúmenes para una correcta aplicación de la medicina basada en la evidencia. En este contexto vamos a presentar una propuesta metodológica de generación automática de resúmenes basada en ontologías y grafos, aplicando técnicas de similitud y la frecuencia de aparición de los conceptos para obtener las frases más relevantes. Se realiza una evaluación de la propuesta frente a otras metodologías con la herramienta ROUGE y se analizan los resultados. Aunque la extensión del conjunto de evaluación no permite extraer conclusiones significativas, los resultados son suficientemente prometedores como para confiar en la efectividad de la propuesta presentada.The methods for automatic summarization generation based in extractive techniques have widely shown its utility for his adaptability and efficiency in the manner of response time at any kind of application domain. In Biomedical field are numerous the research results about the overload information and the need of application of efficient recovery and summarization methods for the proper use of evidence based medicine. In this context we are going to present a proposal of methodology for automatic summarization based on structured knowledge and graph's use, applying similarity methods between phrases and considering concepts appearance frequency. Finally, a methodology’s evaluation is made to compare with other methods using the ROUGE tool and analyzing their results. Although the size of the evaluation set doesn’t allow extracting noteworthy conclusions, the results collected are enough promising to trust in the effectiveness of the proposal handed in

Do you really know what do you want to search? Visually guided expansion of search string using ontologies and concepts graphs

Múltiples trabajos hablan de la escasez de términos usados en las cadenas de búsqueda, lo que dificulta que se discriminen eficientemente los documentos de interés del usuario. Los buscadores devuelven miles de documentos recuperados, produciéndose resultados inadecuados, sin una conexión semántica con la consulta y escasamente relacionados con las necesidades del usuario. Este hecho se agrava en un ámbito biomédico donde el paciente no suele dominar el vocabulario especializado necesario para la precisa definición de sus necesidades de información. Presentamos un método de expansión y enriquecimiento de la cadena de búsqueda mediante la creación de un modelo visual esquemático, un grafo de conceptos relacionados semánticamente con la ayuda de ontologías como UMLS y Freebase.Many reports talk about the shortage of terms commonly used in the search strings, making it difficult to effectively discriminate relevant documents from the user. Search engines return thousands of documents recovered, leading to inadequate results, with no semantic connection with the consultation and little to do with the user's needs. This is heightened in a biomedical field where the patients does not usually dominate the specialized vocabulary needed for the precise definition of their information needs. We present a method of expansion and enrichment of the search string by creating a visual model diagram, a graph of semantically related concepts with the help of ontologies as UMLS and Freebase.Este trabajo ha sido parcialmente financiado por ERDF (TIN2009-14057-C03-03)

BioViewMed, a visual tool to support expansion of search string using semantic knowledge

Presentamos una herramienta que ofrece una ayuda visual a la adición de términos en la cadena de búsqueda, en pre-recuperación, controlada por el usuario y guiada por la información contenida en ontologías.We present a tool that offers a visual aid to the addition of terms in the search string in pre-recovery, user-controlled and guided by the information contained in ontologies.Este trabajo ha sido parcialmente financiado por ERDF (TIN2009-14057-C03-03)

Modelos de evaluación y mejora de procesos : análisis comparativo

Desde los albores de la disciplina de la ingeniería del software, queda patente la dificultad para que los artefactos generados alcancen un nivel de calidad óptimo dentro de unos límites de tiempo y coste. Dada la naturaleza lógica del producto, se asume que la calidad de un sistema software depende sobremanera de la calidad del proceso usado para desarrollarlo. Los modelos de evaluación y mejora de procesos y su estandarización, han tomado un papel determinante en la identificación, integración, medición y optimización de las buenas prácticas existentes en la organización y desarrollo software. El presente trabajo pretende repasar aquellos modelos de mayor difusión (ISO 9001, CMMI y SPICE), centrándose en su evolución y estructura, aspectos clave, aplicando comparativas y comentando el estado actual de cada estándar. Por último intentaremos destacar las aportaciones del modelado y simulación del proceso software con sistemas dinámicos como herramienta de mejora de los procesos de una organización dentro de los anteriores estándares

A biomedical information retrieval system based on clustering for mobile devices

Information overload caused by the increasing availability of online texts and publications of interest is a problem that increases when such information is necessary for decision making, as in the biomedical field. It is in this domain where we present an information retrieval system for mobile devices. Traditional indexing and search processes are enriched with the feature of returning the results in clusters according to their content.La sobrecarga de información producida por la creciente disponibilidad en internet de textos y publicaciones de interés es un problema que se acrecienta cuando esa información es necesaria para la toma de decisiones, como ocurre en el ámbito biomédico. Es en este dominio donde se ubica este sistema de recuperación de información dirigido a dispositivos de consulta móviles, que a los tradicionales procesos de indexado y búsqueda, añade la característica de la devolución de los resultados de manera agrupada en función de su contenido

Un Sistema de Recuperación de Información Biomédica en Dispositivos Móviles basado en Agrupamiento

La sobrecarga de información producida por la creciente disponibilidad en internet de textos y publicaciones de interés es un problema que se acrecienta cuando esa información es necesaria para la toma de decisiones, como ocurre en el ámbito biomédico. Es en este dominio donde se ubica este sistema de recuperación de información dirigido a dispositivos de consulta móviles, que a los tradicionales procesos de indexado y búsqueda, añade la característica de la devolución de los resultados de manera agrupada en función de su contenido.Information overload caused by the increasing availability of online texts and publications of interest is a problem that increases when such information is necessary for decision making, as in the biomedical field. It is in this domain where we present an information retrieval system for mobile devices. Traditional indexing and search processes are enriched with the feature of returning the results in clusters according to their content.This work has been partially funded by the Spanish Ministry of Science and Innovation and the European Union from the ERDF (TIN2009-14057-C03-03