Framework for Automated Partitioning of Scientific Workflows on the Cloud

Teaduslikud töövood on saanud populaarseks standardiks, et lihtsal viisil esitada ning lahendada erinevaid teaduslikke ülesandeid. Üldiselt koosnevad need töövood suurtest hulkadest ülesannetest, mis nõuavad tihti palju erinevaid arvuti ressursse, mistõttu jooksutatakse neid kas pilvearvutust, hajustöötlust või superarvuteid kasutades. Varem on tõestatud, et kui rakendada pilves töövoo erinevate osade jagamiseks k-way partitsioneerimis algoritmi, siis üleüldine kommunikatsioon pilves väheneb. Antud magistritöös programmeriti raamistik, et seda protsessi automatiseerida. Loodud raamistik võimaldab automaatselt partitsioneerida igasugusegi töövoo, mis on mõeldud Pegasuse programmiga jooksutamiseks. Raamistik, kasutades CloudML'i, seab automaatselt pilves üles klastri masinaid, konfigureerib ning sätestab kõik vajaliku tarkvara ning jooksutab ja partitsioneerib etteantud töövoo. Lisaks, kuvatakse pärast töövoo lõpetamist ka ajalise kalkulatsiooni visualisatsioon. Seda kasutades saab lõppkasutaja aimu, mitu tuuma peaks töövoo jooksutamiseks kasutama, et lõpetada eksperiment mingis kindlas ajavahemikus.Scientific workflows have become a standardized way for scientists to represent a set of tasks to overcome or solve a certain problem. Usually these workflows consist of numerous amount of jobs that are both CPU heavy and I/O intensive that are executed using some kind of workflow management system either on clouds, grids, supercomputers, etc. Previously, it has been shown that using k-way partitioning algorithm to distribute a workflow's tasks between multiple machines in the cloud reduces the overall data communication and therefore lowers the cost of the bandwidth usage. In this thesis, a framework was built in order to automate this process - partition any workflow submitted by a scientist that is meant to be run on Pegasus workflow management system in the cloud with ease. The framework provisions the instances in the cloud using CloudML, configures and installs all the software needed for the execution, runs and partitions the scientific workflow and finally shows the time estimation of the workflow, so that the user would have an approximate guidelines on, how many resources one should provision in order to finish an experiment under a certain time-frame

Remodelling Scientific Workflows for Cloud

Viimastel aastatel on hakanud teaduslikes kogukondades huvi pilvearvutuse vastu kasvama. Teaduskatsete läbiviimisel pilves on mitmeid eeliseid nagu elastsus, paindlikkus ja hooldatavus, kuid varasemad uuringud näitavad, et üks suurimaid probleeme teadusprogrammide jooksutamisel pilves on omavaheliste masinate andmevahetuse suurus. Üks lahendus sellele probleemile oleks tuvastada komponendid, mis omavahel palju suhtlevad ning panna nad pilves ühte kohta jooksma, et vähendada omavahelist andmevahetust. Antud bakalaureuse töös jagati (partitsioneeriti) Montage töövoo osad pilves asuvate virtuaalmasinate vahel ning rakendati valmis kirjutatud P2P süsteemi, et vähendada pilves olevat suhtlust. Tänu P2P süsteemile ja teadusprogrammi partitsioneerimisele vähendati kogu suhtlust pilves kuni 80%.In recent years, cloud computing has raised significant interest in the scientific community. Running scientific experiments in the cloud has its advantages like elasticity, scalability and software maintenance. However, the communication latencies are observed to be the major hindrance for migrating scientific computing applications to the cloud. The problem escalates further when we consider scientific workflows, where significant data is exchanged across different tasks. One way to overcome this problem is to reduce the data communication by partitioning and scheduling the workflow and adapting a peer-to-peer file sharing among the nodes. Different size Montage workflows were considered for the analysis of this problem. From the study it was observed that the partitioning along with the peer-to-peer file sharing reduced the data communication in the cloud up to 80

Terve ja kahjustatud maksa regeneratsioonis ning Dupuytrenʼi kontraktuuri progressioonis osalevate rakuliste ja molekulaarsete mehhanismide uurimine

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone.Maks on imetaja suurim siseorgan, mis omab unikaalset taastumisvõimet, kuid pidev krooniline maksakahjustus põhjustab tema regeneratsioonivõime vähenemist, fibroosse armkoe tekkimist ja maksa funktsioonide kadumist. Sageli on lõppstaadiumis oleva kroonilise maksahaiguse ainsaks ravivõimaluseks maksasiirdamine. Leidmaks maksasiirdamisele alternatiivseid ravimeetodeid, on oluline uurida maksa regeneratsiooni ja haiguslike protsessidega seotud molekulaarseid ja rakulisi mehhanisme. Käesolevas töös uurisime, kuidas maksa aeglaselt jagunevad rakud panustavad koe taastamisse, millised rakuvälise maatriksi muudatused leiavad aset vastusena maksakahjustusele ja kuidas need võiksid mõjutada rakkude käitumist. Samuti uurisime, kas signaalirajad, mis on olulised maksafibroosis, omavad rolli ka teist tüüpi fibrootilises haiguses ja lõpuks viisime läbi suuremahulise kemikaalide skriinimise, leidmaks AKT1-PDPK1 interaktsiooni inhibiitorit, mis vähendaks kasvajate-ja fibroosiseoselise AKT1 aktivatsiooni. Töö tulemusena leidsime, et maksa aeglaselt jagunevad rakud on unipotentsed sapijuharakud, mis aktiveeruvad ainult kroonilise kahjustuse korral. Samuti selgus, et maksa rakuvälise maatriksi muutused sõltuvad kahjustuse tüübist ning erinevad maatriksi komponendid omavad hepatotsüütide ja sapijuharakkude proliferatsioonile erinevat mõju. Uurides fibrootilisi protsesse Dupuytren´i kontraktuuri koes, avastasime, et haige koe erinevad komponendid sünteesivad erinevaid fibroosi ja proliferatsiooni soodustavaid molekule, moodustades haiguse arenguks sobiliku keskonna. Töö viimases osas kirjeldasime AKT1-PDPK1 interaktsiooni inhibiitori, väikesemolekulaarse ühendi NSC156529, identifitseerimise protsessi. NSC156529 vähendas AKT valgu ja tema sihtmärkvalkude aktiivsust ning pidurdas rakkude kasvu in vitro ja tuumori kasvu in vivo. Seega on NSC156529 sobiv alusmolekul uudsete ravimite väljatöötamiseks selliste haiguste nagu kasvajad ning fibroos vastu, mille puhul AKT signaaliraja aktiivsus on kõrgenenud.The liver is the largest mammalian visceral organ with a remarkable regenerative capacity. However, in case of persistent chronic liver injury, this regenerative potential declines, the parenchyma becomes fibrotic, and finally, the liver is not able to exert its biological functions anymore. Since liver transplantation is often the only treatment option for end-stage chronic liver diseases, development of alternative therapies has become increasingly important. In order to generate new treatments, it is necessary to understand the cellular and molecular mechanisms that control liver regeneration and disease progression. The first objective of this thesis was to determine the role of slowly-cycling liver cells in liver regeneration. Secondly, we studied the changes in extracellular matrix (ECM) that occur in response to different liver injuries, and the effect of these alterations on the regenerative properties of liver cells. We also studied, how the signaling pathways that are associated with liver fibrosis, are involved in another type of fibrotic disease–Dupuytren’s contracture (DC). And finally we conducted a large-scale chemical screening to find inhibitors for AKT1-PDPK1interaction that would suppress AKT pathway, which is aberrantly activated in many cancers and fibrotic diseases. We discovered that slowly-cycling liver cells are unipotent biliary cells which are activated and take part in liver regeneration only in response to chronic liver injury. The changes in ECM appear to be dependent on the type of injury, and the hepatocytes and cholangiocytes have different proliferative activity on different matrix components. When studying fibrotic processes in DC we found that different compartments in DC tissue synthesize distinct fibrosis-and proliferation-inducing molecules, which synergize in forming a supportive microinvironment for disease progression. In the last part of this work we described the identification process of NSC156529–the novel inhibitor of AKT1-PDPK1 interaction. NSC156529 is a small molecule compound that inhibited AKT pathway and restricted cell growth in vitro and tumor growth in vivo. We proposed that NSC156529 is a new strong candidate for the development of novel anti-tumor therapeutics

Muutused Saaremaa huvijuhtide töökorralduses ja -ülesannetes : lõputöö

http://tartu.ester.ee/record=b2692887~S1*es

Normi säilitavate jätkude ühesus

Magistritöös tõestatakse omnibuss-teoreem, mis annab uusi samaväärseid tingimusi Banachi ruumi kinnise alamruumi totaalseks sileduseks. Samuti vaadeldakse normeeritud ruumide ranget kumerust ja siledust ning esitatakse detailsed tõestused Taylor–Fogueli teoreemile ja hästituntud teoreemile, mis kirjeldab normeeritud ruumi siledust kerajadade omaduste terminites

Strictly convex renormings and the diameter 2 property

A Banach space (or its norm) is said to have the diameter $2$ property (D$2$P in short) if every nonempty relatively weakly open subset of its closed unit ball has diameter $2$. We construct an equivalent norm on $L_1[0,1]$ which is weakly midpoint locally uniformly rotund and has the D$2$P. We also prove that for Banach spaces admitting a norm-one finite-co-dimensional projection it is impossible to be uniformly rotund in every direction and at the same time have the D$2$P.Comment: 12 page

Klientide reisi ostuotsuseid mõjutavad tegurid ja nende roll reisiettevõtte valikul

http://www.ester.ee/record=b4512365*es

"Å komme i mål - en lederutfordring?" : en sammenlignende kvantitativ undersøkelse av eleverfaringer med klasseledelse ved to utdanningsprogram ved tre videregående skoler

Problemstilling og begrunnelse I oppgaven har vi valgt å undersøke hvordan elevene oppfatter det vi har definert som klasseledelse, og hva elevene fremhever som viktig for at de har valgt å fullføre skoleåret. Vi har hatt følgende problemstillinger som utgangspunkt i oppgaven: Hvilke oppfatninger har elever av klasseledelse i videregående skole og hva oppgir elevene som viktig for at de har fullført Vg1? Hva kjennetegner likheter og forskjeller mellom utdanningsprogram og mellom skoler med hensyn til elevenes oppfatninger av klasseledelse? Det er både interessant og nødvendig å se på læringsmiljø og klasseledelse som en av faktorene med mulig innvirkning, positiv eller negativ, på elevers gjennomføring av videregående opplæring. Selv om vi ikke kan forklare denne sammenhengen entydig, vil oppgaven bringe fram kunnskap om hva elevene oppfatter som et godt og støttende læringsmiljø. Teori Vi har tatt utgangspunkt i litteratur og forskning som omhandler skoleledelse, klasseromsinteraksjon og frafall/gjennomstrømming. Som analyseramme har vi valgt en modell utarbeidet av Per-Erik Ellström som tar utgangspunkt i tre nivåer for læring: reproduktiv, produktiv og kreativ læring. Vi har tatt utgangspunkt i et relasjonelt perspektiv på ledelse. Hva som er rammene for hvordan lærere samhandler med elevene, og elevene seg i mellom, er sentralt for oss. Metode Undersøkelsen er gjennomført som en kvantitativ og komparativ studie ved to utdanningsprogram ved tre videregående skoler. Vi har spurt Vg1-elever ved studiespesialisering og restaurant- og matfag om forhold knyttet til ledelse av læringsarbeidet og hva som har vært viktig for at de har fullført Vg1. Hovedfunn Elevsvarene viser at klasseledelse har betydning for hvordan elevene oppfatter læringsarbeidet, og det har betydning for at de har fullført skoleåret. Nedenfor presenteres hovedfunnene: Elevene kjenner i liten grad målene og er i liten grad delaktige i å bestemme målene for opplæringen Elever som har fått være med å bestemme innhold, arbeidsformer og vurdering sier at dette er viktig for at de har fullført Den viktigste fullføringsfaktoren knyttet til skole mener elevene er at lærerne stiller krav til dem og gir dem faglige utfordringer. Venner og inntak på ønsket utdanningsprogram og skole er likevel viktigst. Elevene ved restaurant- og matfag mener bruk av praktiske arbeidsformer har vært viktig for at de har fullført Elever ved studiespesialisering ønsker mer varierte arbeidsformer Restaurant- og matfag er mer variert med hensyn til bruk av arbeidsformer og bruk av vurderingsformer Elevene ved restaurant- og matfag får i betydelig større grad enn elevene ved studiespesialisering en vurdering som passer dem. Det er signifikante forskjeller mellom utdanningsprogrammene på innhold og vurdering, hvor restaurant- og matfag er mer åpen enn studiespesialisering Ved to av skolene får begge programmene samme profil i Ellströms modell, den ene skolen problemstyrt, den andre skolen reproduktiv