Study using microsatellites of main varieties of iberian pig

It is characterized a sample of 10 Iberian Pigs strains and one of Duroc with a panel of 25 microsatellites. It was detected a number of alleles between 4 and 20. The values of Heterocigosity by locus ranged between 0.03 for S0355 and 0.73 for S0068. The mean of q as genetic diversity measure was 0.12. After UPGMA tree representation from standard genetic distances, the strains Lampiño, Torbiscal were very well defined but Retinto Extremeño, Entrepelado and Silvela were not.Se caracteriza una muestra de 10 variedades de Cerdo Ibérico y una de Duroc con un panel de 25 microsatélites. Se detectó un número de alelos entre 4 y 20. Los valores de heterocigosidad por locus fluctuaron entre 0,03 para S0355 y 0,73 para S0068. La media del valor de q como medida de la diversidad genética fue de 0,12. Después de la representación de la distancia genética estándar usando el UPGMA algoritmo, las variedades Lampiño y Torbiscal se encontraron muy bien definidas, pero en el caso de las variedades Retinto extremeño, Entrepelado y Silvela no fue así

Genetic analysis of microsatellites markers in two populations of Berrenda en Negro bovine breed

The Berrenda en Negro cattle breed has been used classically in the management of the fight bull and currently is found next their extinction. To contribute to the genetic conservation programs of this breed, we are characterized a sample of 32 animals with a panel of 15 microsatellites and we are provided data that permit, in a future, to compare its variability with other cattle breeds.La raza Bovina Berrenda en Negro se ha utilizado clásicamente en el manejo del toro de lidia y actualmente se encuentra próxima a su extinción. Para contribuir a los planes de recuperación genética de esta raza, se caracteriza una muestra de 32 animales con un panel de 15 microsatélites y se proporcionan datos que permitan, en un futuro, comparar su variabilidad con otras razas bovinas

Genetic characterization of the canarian sheep with microsatellites

The Canarian sheep is an autochthonous breed used for milk production. In this work 28 microsatellite markers are used to characterize this population. Samples from different breeders are collected randomly and allelic frequencies, heterozygosity and Fis has been calculated. The main conclusion is that it is an ovine breed with an elevated genetic diversity and homogeneity. This study constitutes the first step for any management strategy because it permits to know the genetic situation of the breed, to design a microsatellite panel for parentage test, to establish the genetic relationships with other ovine populations, to assign individuals to populations or traceability of derived products.Se ha caracterizado genéticamente una población de oveja Canaria, raza autóctona dedicada a la producción de leche, con 28 microsatélites de ADN. Se han calculado frecuencias alélicas, heterocigosidad y Fis. Puede concluirse que se trata de una raza ovina con elevada diversidad genética y que es genéticamente homogénea. Este estudio es básico para cualquier estrategia de gestión de la raza pues se conoce su situación genética. A partir de este punto puede abordarse el control de la genealogía con marcadores moleculares pues, con los resultados obtenidos, puede diseñarse un panel de microsatélites (8-10) para control de paternidad. También se pueden estudiar sus relaciones genéticas con otras poblaciones ovinas españolas o extranjeras, o la asignación de individuos a poblaciones o trazabilidad de productos derivados de esta raza

Study of sperm parameters in the retuertas horse

Geographical concentration and scarce census of the Retuertas horse force to design a complete conservation plan. One of the used tools as a mean of ex situ conservation was the creation of a germplasm bank. Previously, a study of the se-minal quality and its aptitude for freezing was developed. Results were: volume 23,25±12,72 ml; concentration 335,83±135,60x106 spermatozoa/ml; basal motility 3,83±0,98 (1-5) and progressive motility 60,42±15,42 (0-100%); all of them shown significant differences among stallions.La concentración geográfica y el reducido censo del Caballo de las Retuertas obligaron a diseñar un Plan de Conservación integral. Una de las herramientaspara la conservación ex situ fue la creación de un banco de germoplasma. Previamente, se estudió la calidad seminal y aptitud para congelación. Los resultados obtenidos fueron: volumen 23,25±12,72 ml, concentración 335,83±135,60x106 espermatozoides/ml; motilidad masal 3,83±0,98 (1-5) y motilidad progresiva 60,42±15,42 (0-100%), mostrando todas diferencias significativas en relación al semental

Methodology proposal for the location of microsatellites in the equine genome

We present a relatively simple methodology for the detection of microsatellite sequences in partial genetic libraries in plasmids, consisting mainly in a new DNA extraction protocol and the use of a probe (TG)7T to locate different types of microsatellites.Se presenta una metodología relativamente sencilla para la detección de secuencias microsatélites a partir de genotecas parciales en plásmidos, que consiste fundamentalmente en un nuevo protocolo de extracción de DNA y el empleo de una sonda (TG)7T para localizar diferentes tipos de microsatélites

Caracterización genética de la población bovina guabalá mediante microsatélites

In the present work, a Guabala Creole cattle was characterized by a twenty-seven microsatellite panel, selected from a recommendation of FAO/ISAG. Samples of DNA were obtained from the Guabala Creole cattle population in the occidental region of the Republic of Panama and the Anton Valley, places where we found pure animals of this population. From each microsatellite, the polymorphic information content (PIC), mean number of alleles (Na), observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He), Fis statistic and the exact test for Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were calculated. The results found were: PIC: 0.6044; Na: 5.63; He: 0.6458; Ho: 0.6265; Fis: 0.0504. Nine microsatellites were in disequilibria (p<0.05). The results are considered in the same range that those obtained in Spanish native populations, this result, can lead to other detailed studies of this population and the relationship with other bovine's populations.Se caracterizó la población bovina Guabalá con un panel de 27 microsatélites seleccionados a partir de las recomendaciones de la FAO/ISAG (Food and Agriculture Organization/International Society of Animal Genetics) para estudios de biodiversidad genética bovina (FAO, 2004). Se analizaron muestras de ADN obtenidas de las poblaciones bovinas criollas Guabalá en la región Occidental de la República de Panamá y en la región del Valle de Antón, sitios donde se han ubicado ejemplares puros. La amplificación se realizó mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). La electroforesis se llevó a cabo mediante un secuenciador automático ABI PRISM 377 XL. La tipificación alélica se realizó con los paquetes informáticos Genescan v.3.2.3 y Genotyper v.3.7. Para cada microsatélite se calculó el contenido de información polimórfica (PIC), el número medio de alelos (Na), la heterocigosis observada (Ho), la heterocigosis esperada (He), el estadístico Fis, y equilibrio Hardy-Weinberg (HWE). Los valores obtenidos fueron: PIC: 0,6044; Na: 5,63; He: 0,6458; Ho: 0,6265; Fis: 0,0504. Se observó que 9 microsatélites estaban en desequilibrio (p<0,05). Los valores se pueden considerar similares a los encontrados en otras poblaciones bovinas autóctonas españolas y permitirán realizar estudios minuciosos y analizar las relaciones de esta población con otras poblaciones bovinas

Genetic relationship of the marismeña cow with some andalusian breeds

The Marismeña breed has a large variety of coat colors, this fact could be explained by the influence of other Andalusian breeds like Pajuna, or Berrenda. The objective of this research work was to detect the influence of some different Andalusian bovine breeds into the Marismeña bovine population from Doñana National Park. For the DNA extraction blood samples were used from the races: (n=224) Marismeña (40), Berrenda en Colorado (40), Berrenda en Negro (32) y Pajuna (40); as control groups, Palmera (43) and Nelore (29). A 27 microsatellites battery applied in the European project of bovine breeds characterization was used in this work. Most of microsatellites were Hardy-Weinberg equilibrated, except Berrenda en Negro was found 11 in disequilibrium (p<0.01). The individual assignment was performed with Bayesian (Structure) method. Bayesian clustering for multiple-locus assignment to genetic groups indicated low levels of admixture in the Marismeña breed. Thus, the Marismeña breed may not be admixture with Pajuna, Berrenda en Negro or Berrenda en Colorado.La raza Marismeña es una de las razas con el color de capa más variado, incluye desde los colores sólidos hasta los berrendos. El objetivo de este trabajo fue detectar la influencia de algunas razas andaluzas en la población bovina Marismeña del Parque Nacional de Doñana. Se utilizó sangre para la extracción de ADN de animales de las razas (n): Marismeña (40), Berrenda en Colorado (40), Berrenda en Negro (32) y Pajuna (40); se manejaron como poblaciones control la Palmera (43) y la Nelore (29). Se utilizó una batería de 27 microsatélites que fueron aplicados en el proyecto europeo de caracterización de razas bovinas. La mayoría de los microsatélites se encontraron en equilibrio Hardy-Weinberg excepto la Berrenda en Negro que tuvo 11 en desequilibrio (p<0,01). Se realizó un análisis de asignación de los individuos a su población con el programa Structure versión 2.1. El análisis bayesiano para asignación multilocus indicó que la raza Marismeña es la que esta genéticamente mejor definida. Se analizaron valores de k (número de poblaciones) de 2 a 6. Se concluye que la raza Marismeña no tiene influencia de Pajuna o de las Berrendas

Negro de Los Pedroches, la definición molecular de una nueva variedad de la raza porcina ibérica

Pedroches Valley is one of the most important areas of the traditional pig breeding in Andalusia (Southern Spain). The Iberian pig variety named Negro de Los Pedroches has its origins in this valley. This is an old autochthonous pig population generated after decades of breeding but now in risk of extinction. Breeders consider this Iberian pig strain as an important element of the Andalusian paddock linked to its cultural and biological patrimony. It seems to have excellent productive capabilities that justify its characterisation and conservation. Microsatellites are used to investigate the genetic relationships with other Iberian pig subpopulations, the use of an accurate panel of loci increases the chance of their definition. Genetic distances suggest that the Negro de Los Pedroches must be considered as another variety.La variedad de cerdo Ibérico llamada Negro de Los Pedroches, tiene su origen en el valle de Los Pedroches (Andalucía, sur de España). Es una antigua población autóctona generada después de décadas de cría pero que ahora está en riesgo de extinción. Los criadores consideran a esta estirpe como un elemento importante de la dehesa andaluza ligado a su patrimonio cultural y biológico. Parece tener excelentes capacidades productivas que justifican su caracterización y conservación. Los microsatélites son usados para investigar las relaciones genéticas con otras subpoblaciones del cerdo Ibérico, el uso de un panel efectivo de loci incrementa la oportunidad de su definición. Las distancias genéticas muestran como el Negro de Los Pedroches debe ser considerado como otra variedad de la raza porcina Ibérica

The Semen Microbiome and Semen Parameters in Healthy Stallions

Despite the advances in reproductive technology, there is still a considerable number of low sperm quality cases in stallions. Recent studies in humans have detected several seminal microflora–spermatozoa associations behind some idiopathic infertility cases. However, no studies are available on horses, and there is limited information on the microflora present in stallion ejaculates. Accordingly, the objective of this study was to examine associations to the presence of bacteria families with five sperm quality parameters: concentration, total number of spermatozoa, total and progressive motility, and DNA fragmentation. Samples were cryopreserved after their extraction. High-speed homogenization using grinding media was performed for cell disruption. Family identification was performed via 16S rRNA sequencing. Bacterial families were only considered if the relative abundance was higher than 1%. Only two families appeared to have a correlation with two sperm quality parameters. Peptoniphilaceae correlated positively with total sperm motility, whereas Clostridiales Incertae Sedis XI correlated negatively with progressive motility. No significant differences were found for the rest of the parameters. In conclusion, the seminal microbiome may affect spermatozoa activity. Our findings are based on statistical associations; thus, further studies are needed to understand the internal interactions between seminal flora and cells

Frecuencias génicas de grupos sanguíneos y polimorfismos proteicos en el caballo de raza andaluza: comparación con cuatro razas de caballo americanas

Gene frecuencies at seventeen blood group and protein polymorphism loci for the andalusian horse breed are given. Standard methods of starch and polyacrylamide gel electrophoresis were used to identify inherited variants at the following enzyme and other protein loci: albumin (Al), transferrin (Tf), carboxylesterase (Es), A1B glycoprotein (Xk), vitamin D binding protein (Gc), protease inhibitor (Pi), 6-phosphogluconate dehydrogenase (PGD), phosphoglucomutase (PGM) and glucosephosphate isomerase (GPI). Polyacrylamide gel isoelectric focusing was used for haemoglobin (Hb). Standard hemaglutination and complement mediated hemolysis were used to detect red cell alloantigens at the following loci: A, C, D, K, P, Q and U. These data are used to calculate the effectiveness of the battery of tests for recognizing incorrect paternity (Pex) in this breed and to calculate Nei’s measures of normalized genetic identity (I) and standard genetic distance (D) between two populations (Nei, 1972), applied to studies of breed relationships between Andalusian and Paso Fino, Paso Peruano, Quarter and Morgan horses (Blood group and protein polymorphism gene frequencies for Paso Fino, Paso Peruano, Morgan and Quarter horses are from Trommershausen-Bowling & Clark, 1985).Se presentan las frecuencias génicas de diecisiete loci de grupos sanguíneos y polimorfismos bioquímicos en el caballo Andaluz. Se emplearon métodos estándar de electroforesis en geles de almidón y poliacrilamida para identificar las variantes hereditarias de los siguientes loci proteicos: albúmina (Al), transferrina (Tf), carboxilesterasa (Es), A1B glucoproteína (Xk), proteína de unión a la vitamina D (Gc), inhibidor de proteasas (Pi), 6- fosfogluconato deshidrogenasa (PGD), fosfoglucomutasa (PGM), glucosa-fosfato isomerasa (GPI). Para la hemoglobina (Hb) se utilizó isoelectroenfoque en gel de poliacrilamida. Se emplearon hemólisis mediada por el complemento y hemaglutinación estándar para detectar aloantígenos de grupos sanguíneos de los siguientes loci: A, C, D, K, P, Q y U. Estos datos se utilizan para calcular la eficacia de la batería de tests para reconocer paternidades incorrectas (Pex) en esta raza y para calcular la medidas de identidad genética normalizada (I) y distancia genética estándar de Nei entre dos poblaciones (Nei, 1972), aplicadas a estudios de parentesco entre las razas de caballo Andaluz y Paso Fino, Paso Peruano, Morgan y Cuarto de milla (los valores de frecuencias génicas de grupos sanguíneos y polimorfismos bioquímicos de las razas Paso Fino, Paso Peruano, Morgan y Cuarto de milla proceden de Trommershausen- Bowling y Clark, 1985)