It is characterized a sample of 10 Iberian Pigs strains and one of Duroc with a panel of 25 microsatellites. It was detected a number of alleles between 4 and 20. The values of Heterocigosity by locus ranged between 0.03 for S0355 and 0.73 for S0068. The mean of q as genetic diversity measure was 0.12. After UPGMA tree representation from standard genetic distances, the strains Lampiño, Torbiscal were very well defined but Retinto Extremeño, Entrepelado and Silvela were not.Se caracteriza una muestra de 10 variedades de Cerdo Ibérico y una de Duroc con un panel de 25 microsatélites. Se detectó un número de alelos entre 4 y 20. Los valores de heterocigosidad por locus fluctuaron entre 0,03 para S0355 y 0,73 para S0068. La media del valor de q como medida de la diversidad genética fue de 0,12. Después de la representación de la distancia genética estándar usando el UPGMA algoritmo, las variedades Lampiño y Torbiscal se encontraron muy bien definidas, pero en el caso de las variedades Retinto extremeño, Entrepelado y Silvela no fue así

Martínez Martínez, Amparo

Rodero Franganillo, Antonio

Vega-Pla, J.L.

Archivos de Zootecnia

Repositorio Institucional de la Universidad de Córdoba

Arch. Zootec. 49: 45-52. 2000.ESTUDIO CON MICROSATÉLITES DE LAS PRINCIPALESVARIEDADES DE GANADO PORCINO DEL TRONCO IBÉRICOSTUDY USING MICROSATELLITES OF MAIN VARIETIES OF IBERIAN PIGMartínez, A.M.1, A. Rodero1 y J.L. Vega-Pla21Departamento de Genética. Facultad de Veterinaria. Avenida de Medina Azahara s/n. 14005 Córdoba.España.2Laboratorio de Grupos Sanguíneos. Servicio de Cría Caballar. Apartado Oficial Sucursal 2. 14071Córdoba. España.PALABRAS CLAVE ADICIONALESRecursos genéticos. DNA. PCR. Heterocigosidad.Distancia genética.ADDITIONAL KEYWORDSGenetic resources. DNA. PCR. Heterocigosity.Genetic distance.RESUMENSe caracteriza una muestra de 10 varieda-des de Cerdo Ibérico y una de Duroc con un panelde 25 microsatélites. Se detectó un número dealelos entre 4 y 20. Los valores de heterocigosidadpor locus fluctuaron entre 0,03 para S0355 y0,73 para S0068. La media del valor de q  comomedida de la diversidad genética fue de 0,12.Después de la representación de la distanciagenética estándar usando el UPGMA algoritmo,las variedades Lampiño y Torbiscal se encontra-ron muy bien definidas, pero en el caso de lasvariedades Retinto extremeño, Entrepelado ySilvela no fue así.SUMARYIt is characterized a sample of 10 Iberian Pigsstrains and one of Duroc with a panel of 25microsatellites. It was detected a number ofalleles between 4 and 20. The values ofHeterocigosity by locus ranged between 0.03for S0355 and 0.73 for S0068. The mean of q asgenetic diversity measure was 0.12. After UPGMAtree representation from standard geneticdistances, the strains Lampiño, Torbiscal werevery well defined but Retinto Extremeño,Entrepelado and Silvela were not.INTRODUCCIÓNEl Cerdo Ibérico es el representan-te porcino más emblemático que existeen España y ha sido criado durantesiglos mediante métodos tradicionalesen régimen extensivo. En este momen-to algunas variedades podrían estarpróximas a la extinción, de ahí la im-portancia del conocimiento de la es-tructura genética de este Tronco Ibé-rico con el fin de determinar si existe ono una división en subpoblaciones des-de el punto de vista genético para, en elfuturo, diseñar planes de conservacióny recuperación de dichas variedades.La tecnología de la reacción enArchivos de zootecnia vol. 49, núm. 185-186, p. 46.MARTÍNEZ, RODERO Y VEGA-PLAcadena de la polimerasa (PCR) permi-te la caracterización de un tipo desecuencias muy polimórficas denomi-nadas microsatélites. Son muy frecuen-tes en el genoma, generalmente tienenalelos codominantes, su tipificación essencilla y su caracterización permiteestablecer comparaciones genéticasentre alelos, genes, individuos y pobla-ciones.En este trabajo se exponen los re-sultados obtenidos en la tipificación de25 microsatélites, escogidos dentro delos 27 recomendados por el grupo deexpertos de la ISAG/FAO para losestudios de biodiversidad porcina, so-bre una muestra de 217 animales com-puesta por individuos pertenecientes alas variedades: Retinto Extremeño,Retinto Portugués, Entrepelado,Mamellado, Torbiscal, Silvela, Lampi-ño y Dorado Gaditano. Además setipifican algunos ejemplares de Man-chado de Jabugo y Duroc.A partir de la caracterización de lasdiferentes variantes alélicas se calcu-lan parámetros estadísticos como prue-bas de equilibrio, diversidad y distanciagenética con la finalidad de estudiar laestructura genética de esta población,confirmar la entidad de algunas de lasdiferentes variedades y establecer unárbol filogenético que incluya tambiénel cerdo Manchado de Jabugo y elDuroc.MATERIAL Y MÉTODOSSe realiza un muestreo al azar den-tro de cada una de las subpoblacionestomando muestras de varias ganade-rías cuando es posible. Se extrae elADN de una muestra de sangre me-diante lavados sucesivos en TE (TrisHCl 10 mM, pH 7,5; EDTA 1 mM, pH8), o pelo y digestión con Proteinasa K.La amplificación con PCR se realizaempleando cebadores marcados confluorocromos y la caracterizaciónalélica con un secuenciador automáti-co ABI 373 Stretch. Se calculan laheterocigosidad mediante recuento di-recto, los estadísticos-F (Weir yCockerham, 1984) y se realiza un aná-lisis UPGMA (Sneath y Sokal, 1973)basado en la distancia genética están-dar de Nei (1972) que se interpretagráficamente mediante el programaTFPGAâ  (Miller, 1997).Tabla I. Número de ejemplares estudiados por subpoblaciones (N) y heterocigosidad media(Hm). (Number of animal studied by subpopulations (N) and  mean of heterocygosity (Hm)).Variedad o raza N Hm Variedad o raza N HmRetinto Portugués (RETP) 14 0,5738 Silvela (SILV) 14 0,5298Mamellado (MAME) 9 0,5728 Manchado de Jabugo (MANJ) 5 0,2940Entrepelado (ENTR) 41 0,5409 Mamellado por Silvela (MXSI) 21 0,5392Retinto Extremeño (RETE) 30 0,5028 Dorado Gaditano (DOGA) 7 0,5074Lampiño (LAMP) 30 0,5605 Duroc (DURO) 17 0,5394Torbiscal (TORB) 29 0,4840 Total 217 0,5275Archivos de zootecnia vol. 49, núm. 185-186, p. 47.TIPIFICACIÓN DE MICROSATÉLITES EN GANADO PORCINO IBÉRICORESULTADOS Y DISCUSIÓNEn la tabla I se refleja el número demuestras analizados en cada subpobla-ción. De las variedades de Mamellado,Manchado de Jabugo y DoradoGaditano se dispone de muy pocasmuestras, pero el número de marcado-res empleado permite darle a los resul-tados un cierto margen de confianza,por lo que se incluyen en el estudio. Setipifican también 17 muestras de cer-dos de raza Duroc por ser ésta muyempleada en la realización de cruza-mientos industriales siendo interesantecomprobar el grado de distanciamientogenético entre esta raza y las otrasvariedades de cerdo Ibérico.La heterocigosidad detectada coneste panel de microsatélites ronda elvalor de 0,5 excepto en el caso delManchado de Jabugo que es muy infe-rior, probablemente por la deficienciade la muestra aunque en caso delTabla II. Número de alelos, heterocigosidad por locus (H), valor de c2, grados de libertad(g.l.), probabilidad de equilibrio (p). (Number of alleles, heterocygosity by locus (H), c2 values,fredom degrees (g.l.), equilibrium probanbilility (p)).Locus Alelos H c2 g.l. p ReferenciaCGA 19 0,7152 615,4116 171 0,0000 Ellegren et al.,1994S0101 10 0,5202 232,7194 45 0,0000 Ellegren et al.,1994S0215 3 0,1657 6,8948 3 0,0753 Robic et al.,1995S0355 4 0,0345 131,7392 6 0,0000 Millan et al.,1996SW911 7 0,6441 111,4593 21 0,0000 Roher et al.,1994SW936 9 0,7068 50,6725 36 0,0532 Roher et al.,1994S0068 12 0,7360 283,1696 66 0,0000 Fredholm et al.,1993SW632 10 0,6524 84,4311 45 0,0003 Roher et al.,1994SW24 8 0,5355 185,6016 28 0,0000 Roher et al.,1994S0225 8 0,6256 75,1925 28 0,0000 Archival et al.,1995SW122 7 0,5000 147,3714 21 0,0000 Roher et al.,1994S0090 5 0,5577 28,7851 10 0,0013 Ellegren et al.,1993S0226 7 0,5381 78,3810 21 0,0000 Robic et al.,1995SW951 5 0,1944 13,2494 10 0,2101 Roher et al.,1994S0228 6 0,1014 0,5910 15 1,0000 Robic et al.,1995S0178 10 0,6667 125,8032 45 0,0000 Ellegren et al.,1994S0005 17 0,6421 270,8109 136 0,0000 Fredholm et al.,1993S0386 8 0,6537 68,7098 28 0,0000 Riquet et al.,1995SW72 5 0,6244 52,8717 15 0,0000 Roher et al.,1994S0002 9 0,6488 69,3498 36 0,0007 Fredholm et al.,1993SW857 7 0,6777 32,1457 21 0,0566 Roher et al.,1994S0026 6 0,2383 89,7192 15 0,0000 Coppieters et al.,1993IGF1 6 0,6520 21,0049 15 0,1367 Wintero et al.,1994S0155 5 0,5023 66,6465 10 0,0000 Ellegren et al.,1994SW240 7 0,6528 49,3404 21 0,0005 Roher et al.,1994Archivos de zootecnia vol. 49, núm. 185-186, p. 48.MARTÍNEZ, RODERO Y VEGA-PLAMamellado y dorado Gaditano no seaprecia este defecto. Se han encontra-do algunos microsatélites muy polimór-ficos como CGA, S0068 y S0005 conmás de 10 alelos (tabla II) pero ennigún caso se alcanza una heterocigosi-dad de 0,8 por que cada subpoblaciónexhibe varios de los alelos pero notodos.Los valores que adquiere la pruebade c2 son elevados en la mayoría de loscasos con una probabilidad de equili-brio  próxima a cero, excepto para elmarcador S0228. El equilibrio de lamuestra tomada como un conjunto noexiste, pero si se observa la tabla IIIeste valor de probabilidad de equilibriopara cada una de las subpoblacionesaumenta. Estos resultados parecen in-dicar que la muestra está comparti-mentada.Se calculan los estadísticos-F paracomprobar la posible correlación entrelos alelos presentes y la existencia deTabla III. Probabilidad de equilibrio (p) de c2 para cada una de las subpoblaciones.(Equlibrium probability (p) for each subpopulation).Locus RETP MAME ENTR RETE LAMP TORB SILV MANJ MXSI DOGA DUROCGA 0,7127 0,7164 0,7790 0,0056 0,1825 0,0047 0,3531 1 alelo 0,0001 0,1516 0,3487S0101 0,5439 0,8428 0,0010 0,7063 0,0842 0,8395 0,2266 0,7290 0,6655 0,8387 0,9923S0215 0,8898 1 alelo 0,7911 0,9131 1 alelo 0,5752 0,5050 1 alelo 0,9110 1 alelo 0,0619S0355 1 alelo 0,8504 0,9273 0,0020 1 alelo 1 alelo 1 alelo 1 alelo 1 alelo 0,0082 0,9741SW911 0,9799 0,7212 0,0275 0,7991 0,7445 0,2486 0,1794 0,8210 0,0855 0,7262 0,0000SW936 0,1004 0,9487 0,5169 0,0010 0,6885 0,1356 0,4308 0,7660 0,7811 0,7722 0,0333S0068 0,7563 0,1557 0,0000 0,0057 0,0007 0,0385 0,2851 0,6962 0,5951 0,2971 0,0125SW632 0,9425 0,1316 0,9811 0,3456 0,0267 0,9206 0,5062 0,8038 0,9403 0,0804 0,8270SW24 0,9847 0,2783 0,6684 0,4137 0,4692 0,8554 0,5050 1 alelo 0,0090 0,9425 0,2492S0225 0,0301 0,7907 0,0534 0,2588 0,5200 0,5208 0,1221 1 alelo 0,5779 0,9044 0,0033SW122 0,3759 0,6767 0,1225 0,3370 0,9680 0,0611 0,8065 0,0833 0,0094 0,2115 0,1156S0090 0,4816 0,1404 0,0828 0,1798 0,3680 0,3303 0,7945 0,5276 0,7787 0,4830 0,8650S0226 0,0001 0,2703 0,6857 0,1107 0,7402 0,8835 0,8973 0,7751 0,0241 0,6592 0,8885SW951 0,5329 1 alelo 0,9818 0,0001 0,1298 0,5254 0,9937 1 alelo 0,9110 1 alelo 0,8791S0228 0,9953 1 alelo 0,9959 0,8475 0,5428 1 alelo 0,8853 0,7751 0,8188 0,8387 1 aleloS0178 0,5936 0,5216 0,5694 0,0059 0,6841 0,3374 0,8297 0,4844 0,0003 0,0018 0,0879S0005 0,2799 0,2223 0,0224 0,2729 0,1341 0,7743 0,0078 1 alelo 0,0567 0,7582 0,8611S0386 0,9045 0,2859 0,0010 0,9316 0,0811 0,1674 0,9221 0,3958 0,9412 0,6408 0,0151SW72 0,2617 0,1516 0,2186 0,4222 0,1686 0,3258 0,3683 0,5403 0,0759 0,2237 0,8076S0002 0,1201 0,8956 0,0000 0,7001 0,1072 0,8088 0,2374 0,7751 0,7761 0,4864 0,9855SW857 0,8155 0,7291 0,0908 0,5017 0,4350 0,2575 0,6202 0,9577 0,3036 0,7791 0,8580S0026 0,1802 0,9348 0,1931 0,1046 0,0260 0,4497 0,0067 1 alelo 0,0002 0,8387 No testIGF1 0,6306 0,3458 0,5417 0,6556 0,4201 0,1744 0,8997 0,7751 0,6278 0,6851 0,3530S0155 0,3704 0,0897 0,2837 0,7518 0,4906 0,0008 0,0997 0,1360 0,3351 0,7722 0,7474SW240 0,8626 0,0394 0,1841 0,0004 0,1258 0,0000 0,9760 0,2401 0,3861 0,2945 0,9482Promedio0,5560 0,4881 0,3888 0,3709 0,3538 0,4015 0,5191 0,6048 0,4421 0,5389 0,5180Archivos de zootecnia vol. 49, núm. 185-186, p. 49.TIPIFICACIÓN DE MICROSATÉLITES EN GANADO PORCINO IBÉRICOsubpoblaciones (tabla IV). Hay quedestacar los valores tan altos que ad-quieren los estadísticos citados en elcaso del marcador S0355 pero hay queseñalar que éste se presenta de formacasi monomórfica en las diferentessubpoblaciones. El caso contrario ocu-rre con S0228 donde los valores de losTabla IV. Estadísticos-F por locus. (F-statistics by locus).Locus F q f Locus F q fCGA 0,2242 0,1276 0,1108 SW951 0,0171 0,0475 -0,0320S0101 0,1586 0,1455 0,0153 S0228 -0,0304 0,0304 -0,0627S0215 0,1263 0,2623 -0,1843 S0178 0,1526 0,0904 0,0684S0355 0,4947 0,0899 0,4448 S0005 0,2086 0,1409 0,0788SW911 0,1943 0,1442 0,0585 S0386 0,1355 0,0959 0,0438SW936 0,1145 0,1024 0,0135 SW72 0,1025 0,0717 0,0333S0068 0,1458 0,1211 0,0281 S0002 0,1150 0,1095 0,0061SW632 0,1659 0,1419 0,0279 SW857 0,0507 0,0783 -0,0299SW24 0,2783 0,2178 0,0774 S0026 0,3665 0,1096 0,2885S0225 0,0753 0,1062 -0,0346 IGF1 0,1123 0,0926 0,0216SW122 0,2668 0,1226 0,1643 S0155 0,1790 0,1727 0,0076S0090 0,1992 0,1431 0,0654 SW240 0,1670 0,1156 0,0580S0226 0,1958 0,1231 0,0830 Media 0,1657 0,1225 0,0491estadísticos son muy bajos, esto sepuede interpretar junto con el equili-brio que manifiesta la muestra consi-derada en su totalidad, como que estemarcador no se ve afectado por elhecho de que un individuo pertenezcaa una subpoblación o a otra, aunqueeste marcador también se comporta deTabla V. Distancia genética de Nei de 1972. (Nei´s genetic distance).Variedad RETP MAME ENTR RETE LAMP TORB SILV MANJ MXSI DOGA DURORETP *****MAME 0,3364 *****ENTR 0,1721 0,1654 *****RETE 0,1893 0,1761 0,0543 *****LAMP 0,2689 0,2935 0,1765 0,1605 *****TORB 0,3016 0,2817 0,2364 0,2624 0,2301 *****SILV 0,2243 0,2214 0,0901 0,0893 0,1797 0,1838 *****MANJ 0,4095 0,3876 0,2894 0,2849 0,3972 0,4544 0,3446 *****MXSI 0,2343 0,1057 0,0890 0,0903 0,2074 0,2456 0,1567 0,3626 *****DOGA 0,3195 0,3023 0,1502 0,1785 0,2155 0,3373 0,2008 0,5093 0,2054 *****DURO 0,4296 0,5269 0,3425 0,3850 0,3688 0,5661 0,3921 0,5000 0,4501 0,3361 *****Archivos de zootecnia vol. 49, núm. 185-186, p. 50.MARTÍNEZ, RODERO Y VEGA-PLAforma prácticamente monomórfica entodas las subpoblaciones, presentandoesporádicamente algunos alelos dife-rentes. El valor de F para el conjuntode la muestra es elevado lo que indicaun desequilibrio de las frecuenciasgenotípicas del total de la poblacióncon respecto a las frecuencias alélicasobtenidas. La razón puede estar enque el muestreo no sea el adecuado oa que la población esté subdivida ensubpoblaciones. El valor de f, sin em-bargo, es relativamente pequeño, loque indica que hay un grado bajo dedesequilibrio de las frecuenciasgenotípicas con respecto a las alélicasdentro de las subpoblaciones, por loque el valor alto de F se debería alefecto de compartimentación de lapoblación, hecho que se ve reafirmadopor el estadístico q que expresa elgrado de diferenciación de las posiblessubpoblaciones y que adquiere un va-lor significativo. Mediante las pruebasjacknife y bootstrap se determinan ladesviación estándar (0,0072) y el inter-Figura 1. Representación gráfica después del análisis UPGMA basado en la distancia de Neide 1972.0.1MamexSilvMamelladoEntrepelaSilvela--RetExtremDoradoGadLampiño--RetPortugTorbiscalManchado-Duroc----Archivos de zootecnia vol. 49, núm. 185-186, p. 51.TIPIFICACIÓN DE MICROSATÉLITES EN GANADO PORCINO IBÉRICOvalo de confianza al 95 p.100 del valorobtenido para q (0,14-0,11).El resultado es que a pesar de queen algunas variedades las muestrasson escasas y de que no se han tipifi-cado las muestras de Duroc con elmicrosatélite S0026, la hipótesis deque hay subpoblaciones muy bien defi-nidas dentro del Tronco Ibérico puedeser cierta. Con el fin de determinar ladistancia genética que separa a cadauna de las variedades tipificadas y  laraza Duroc se calcula la misma utili-zando el método propuesto por Nei en1972 (tabla V). El Duroc presentavalores elevados de distancia con res-pecto al resto de las variedades, por loque se puede afirmar que ésta raza y elCerdo Ibérico están claramente dife-renciados desde el punto de vista gené-tico. A la vista de la representacióngráfica de los resultados del análisisUPGMA (figura 1) de las distanciasgenéticas obtenidas, se pueden apre-ciar variedades muy definidas comoTorbiscal, Retinto Portugués y Lampi-ño. Las variedades Retinto Extreme-ño, Entrepelado y Silvela están próxi-mas desde el punto de vista genético yson diferentes de las restantes. Lassubpoblaciones de Manchado deJabugo, Mamellado y Dorado Gaditanoparecen tener también una entidad pro-pia pero debido a la deficiencia en elnúmero de muestras se requiere pru-dencia antes de emitir un juicio al res-pecto, aunque a favor del mismo estáel resultado de tipificar muestras delcruce de Mamellado con Silvela que sesitúa entre las dos variedades.BIBLIOGRAFÍAArchibald, A., J. Brown, S. Couperwhite, H.M.Quee, D. 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Study using microsatellites of main varieties of iberian pig

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