Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) mutation analysis, gene expression profiling and EGFR protein expression in primary prostate cancer

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Activating mutations of the epidermal growth factor receptor (<it>EGFR</it>) confer sensitivity to the tyrosine kinase inhibitors (TKi), gefitinib and erlotinib. We analysed EGFR expression, EGFR mutation status and gene expression profiles of prostate cancer (PC) to supply a rationale for EGFR targeted therapies in this disease.</p> <p>Methods</p> <p>Mutational analysis of EGFR TK domain (exons from 18 to 21) and immunohistochemistry for EGFR were performed on tumour tissues derived from radical prostatectomy from 100 PC patients. Gene expression profiling using oligo-microarrays was also carried out in 51 of the PC samples.</p> <p>Results</p> <p>EGFR protein overexpression (EGFR_high) was found in 36% of the tumour samples, and mutations were found in 13% of samples. Patients with EGFR_hightumours experienced a significantly increased risk of biochemical relapse (hazard ratio-HR 2.52, p=0.02) compared with patients with tumours expressing low levels of EGFR (EGFR_low). Microarray analysis did not reveal any differences in gene expression between EGFR_highand EGFR_lowtumours. Conversely, in EGFR_hightumours, we were able to identify a 79 gene signature distinguishing mutated from non-mutated tumours. Additionally, 29 genes were found to be differentially expressed between mutated/EGFR_high(n=3) and mutated/EGFR_lowtumours (n=5). Four of the down-regulated genes, U19/EAF2, ABCC4, KLK3 and ANXA3 and one of the up-regulated genes, FOXC1, are involved in PC progression.</p> <p>Conclusions</p> <p>Based on our findings, we hypothesize that accurate definition of the EGFR status could improve prognostic stratification and we suggest a possible role for EGFR-directed therapies in PC patients. Having been generated in a relatively small sample of patients, our results warrant confirmation in larger series.</p

Bypass Mechanisms of the Androgen Receptor Pathway in Therapy-Resistant Prostate Cancer Cell Models

Background: Prostate cancer is initially dependent on androgens for survival and growth, making hormonal therapy the cornerstone treatment for late-stage tumors. However, despite initial remission, the cancer will inevitably recur. The present study was designed to investigate how androgen-dependent prostate cancer cells eventually survive and resume growth under androgen-deprived and antiandrogen supplemented conditions. As model system, we used the androgen-responsive PC346C cell line and its therapy-resistant sublines: PC346DCC, PC346Flu1 and PC346Flu2. Methodology/Principal Findings: Microarray technology was used to analyze differences in gene expression between the androgen-responsive and therapy-resistant PC346 cell lines. Microarray analysis revealed 487 transcripts differentiallyexpressed between the androgen-responsive and the therapy-resistant cell lines. Most of these genes were common to all three therapy-resistant sublines and only a minority (,5%) was androgen-regulated. Pathway analysis revealed enrichment in functions involving cellular movement, cell growth and cell death, as well as association with cancer and reproductive system disease. PC346DCC expressed residual levels of androgen receptor (AR) and showed significant down-regulation of androgen-regulated genes (p-value = 10 27). Up-regulation of VAV3 and TWIST1 oncogenes and repression of the DKK3 tumor-suppressor was observed in PC346DCC, suggesting a potential AR bypass mechanism. Subsequent validation of these three genes in patient samples confirmed that expression was deregulated during prostate cancer progression

Kornhorn, De Wit's Reed 1 (Gemeente Westerkwartier, Gr.) Een Archeologisch Bureau- en Inventariserend veldonderzoek (IVO-O)

Het plangebied ligt op de flank van een uitloper van een zand/keileemrug, waarvan de hoogte in zuidelijke richting toeneemt. In het zuidelijk deel van het plangebied is de kans op intacte archeologische resten zeer laag. In dit deel zijn geen resten meer aanwezig van bodemvorming en zijn er aanwijzingen dat de bodem is geëgaliseerd of afgegraven. In het noordelijk deel van het plangebied is de bodem nog matig bewaard gebleven. Bij boringen 1 en 3 werden nog resten van bodemvorming aangetroffen die erop duiden dat het oorspronkelijke dekzandniveau nog deels bewaard is gebleven. In het dekzand werden echter geen archeologische indicatoren aangetroffen

Winsum, Onderdendamsterweg 34 (Gemeente Het Hogeland, Gr.) Een Archeologisch Bureau- en Inventariserend veldonderzoek (IVO-O)

Hoewel de bodem in het plangebied redelijk gaaf is en er baksteenspikkels zijn waargenomen, zijn er geen duidelijk aanwijzingen, zoals aardewerk, bot en wierde/cultuurlagen, voor archeologische bewoning in het plangebied. Aan de westkant van het plangebied is mogelijk nog wel een restant aanwezig van de oude Onderdendamsterweg. Deze weg heeft een hoge archeologische waarde omdat deze een middeleeuwse oorsprong kan hebben. Geadviseerd wordt om de oude weg te ontzien door in strook van 10 meter breed aan de westelijke zijde van het plangebied geen bodemingrepen uit te voeren dieper dan 50 centimeter onder het maaiveld. Volgens de huidige plannen (zie Appendix IV) zal er in deze zone alleen een voetpad worden aangelegd, waardoor de mogelijke resten van de weg niet worden bedreigd. Voor de rest van het plangebied, waar de nieuwbouw komt te staan, wordt gezien de afwezigheid van vondsten en wierde/cultuurlagen de kans op archeologische waarden als laag beschouwd. Verder archeologisch onderzoek is daarom niet zinvol. Geadviseerd wordt om het terrein vrij te geven voor de verdere ontwikkeling

Hemelum, Buorren (Gemeente Súdwest-Fryslân, Fr.) Een Archeologisch Bureau- en Karterend veldonderzoek

In opdracht van Zeilschool de Morra heeft De Steekproef een karterend archeologisch onderzoek uitgevoerd aan de Buorren te Hemelum. Aanleiding voor het onderzoek is het voornemen om de huidige bedrijfsloods te slopen en er zes recreatiewoningen te bouwen. Op de FAMKE (Friese Archeologische Monumentenkaart Extra) ligt het plangebied in een zone Karterend onderzoek 1 (steentijd) en Karterend onderzoek 3 (middeleeuwen). Het archeologisch onderzoek bestaat uit een bureauonderzoek en een karterend booronderzoek van twaalf boringen. Het plangebied ligt aan de westzijde van Hemelum op de flank van een keileemrug. Tijdens de steentijd was deze keileemrug een geschikte vestigingslocatie voor de mens. Resten hiervan kunnen in het dekzand worden aangetroffen. Op basis van historische bronnen is bekend dat het plangebied deel uit heeft gemaakt van een terrein waar een state (stins/landhuis) heeft gestaan: de Hoppers state. Reeds voor de 19e eeuw is deze state echter al gesloopt. De exacte locatie van het gebouw (en of deze in het plangebied heeft gestaan) is niet bekend. Op de kadastrale kaart uit de 19e eeuw is het plangebied namelijk in gebruik als tuin. Uit het veldonderzoek is gebleken dat de vaart in het noordoostelijk deel van het plangebied nog verder heeft doorgelopen tot boring 1 en 2. Dit deel van de vaart zal in de perioden tussen 1941 en 1956 zijn gedempt. Bij boring 4 werd de perceelssloot uit de 19e eeuw aangeboord. In het zuidwestelijk deel van het plangebied werd bij de meeste boringen een tuinlaag aangetroffen op een diepte tussen de 35 en 65 centimeter onder het maaiveld. Deze laag komt overeen met het gebruik van het plangebied als tuin en boomgaard vanaf de 19e eeuw. Dit wordt versterkt door een aardewerkvondst daterend uit de 18e/19e eeuw in de vergraven keileemlaag onder deze tuinlaag. De aanwezigheid van vergraven lagen onder de tuinlaag kunnen ontstaan zijn door het aanleggen van de tuingronden. Deze kunnen echter ook ontstaan zijn door de mogelijke bouw (en sloop) van de oudere Hoppers state. Daarom kunnen er mogelijk nog resten van de state aanwezig zijn onder de tuinlaag. Deze resten worden verwacht vanaf circa 65 centimeter onder het maaiveld. Het dekzandniveau is vrijwel geheel vergraven. Alleen bij boring 11, aan de zuidwestzijde van het plangebied, werd nog een restant van een podzol aangetroffen onder de tuinlaag (diepte 85 centimeter onder maaiveld). Mogelijk was het plangebied in de steentijd wel geschikt voor menselijke bewoning. Dit potentiële steentijdniveau lijkt echter grotendeels te zijn aangetast door de later activiteiten. Met uitzondering van boring 9 en 11 was de bodem tot in de top van het keileem vergraven

Monocyte gene-expression profiles associated with childhood-onset type 1 diabetes and disease risk: a study of identical twins.

OBJECTIVE: Monocytes in childhood-onset type 1 diabetes show distinct gene expression. We hypothesize that monocyte activation in monozygotic (MZ) twin pairs discordant for childhood-onset type 1 diabetes could reflect distinct stages of the disease process including diabetes susceptibility (differences between twins, both diabetic and nondiabetic, and control subjects) and/or disease progression (differences between diabetic and nondiabetic twins). RESEARCH DESIGN AND METHODS: We studied patterns of inflammatory gene expression in peripheral blood monocytes of MZ twin pairs (n = 10 pairs) discordant for childhood-onset type 1 diabetes, normal control twin pairs (n = 10 pairs), and healthy control subjects (n = 51) using quantitative-PCR (Q-PCR). We tested the 24 genes previously observed by whole genome analyses and verified by Q-PCR in autoimmune diabetes and performed a hierarchical cluster analysis. RESULTS: Of 24 genes abnormally expressed in childhood-onset type 1 diabetes, we revalidated abnormal expression in 16 of them in diabetic twins including distinct sets of downregulated (P < 0.03) and upregulated (P < 0.02) genes. Of these 16 genes, 13 were abnormally expressed in nondiabetic twins, implicating these genes in diabetes susceptibility (P < 0.044 for all). Cluster analysis of monocyte gene-expression in nondiabetic twins identified two distinct, mutually exclusive clusters, while diabetic twins had a network of positively correlated genes. CONCLUSIONS: Patients with childhood-onset type 1 diabetes show abnormal monocyte gene-expression levels with an altered gene-expression network due to gene-environment interaction. Importantly, perturbed gene-expression clusters were also detected in nondiabetic twins, implicating monocyte abnormalities in susceptibility to diabetes.The authors thank the British Diabetic Twin Trust (H.B. and R.D.L.) and the Juvenile Diabetes Research Foundation International (JDRFI) (R.D.L.). The studies were also supported by the European Union (MONODIAB, contract no. QLRT-1999-00276), JDRFI, aand the Dutch Diabetic Foundation (contract no. 96.606)

An inflammatory gene-expression fingerprint in monocytes of autoimmune thyroid disease patients

Context: In monocytes of patients with autoimmune diabetes, we recently identified a gene expression fingerprint of two partly overlapping gene clusters, a PDE4B-associated cluster (consisting of 12 core proinflammatory cytokine/compound genes), a FABP5-associated cluster (three core genes), and a set of nine overlapping chemotaxis, adhesion, and cell assembly genes correlating to both PDE4B and FABP5. Objective: Our objective was to study whether a similar monocyte inflammatory fingerprint as found in autoimmune diabetes is present in autoimmune thyroid disease (AITD). Design and Patients: Quantitative PCR was used for analysis of 28 genes in monocytes of 67 AITD patients and 70 healthy controls. The tested 28 genes were the 24 genes previously found abnormally expressed in monocytes of autoimmune diabetes patients plus four extra genes found in whole-genome analysis of monocytes of AITD patients reported here. Results: Monocytes of 24% of AITD and 50% of latent autoimmune diabetes of adults (LADA) patients shared an inflammatory fingerprint consisting of the set of 24 genes of the PDE4B, FABP5, and overlapping gene sets. This study in addition revealed that FCAR, the gene for the Fcα receptor I, and PPBP, the gene for CXCL7, were part of this proinflammatory monocyte fingerprint. Conclusions:Ourstudy providesanimportant tool to determine a shared, specific proinflammatory state of monocytes in AITD and LADA patients, enabling further research into the role of such proinflammatory cells in the failure to preserve tolerance in these conditions and of key fingerprint genes involved. Copyrigh