Two opposing gene expression patterns within ATRX aberrant neuroblastoma

Neuroblastoma is the most common extracranial solid tumor in children. A subgroup of highrisk patients is characterized by aberrations in the chromatin remodeller ATRX that is encoded by 35 exons. In contrast to other pediatric cancer where ATRX point mutations are most frequent, multi-exon deletions (MEDs) are the most frequent type of ATRX aberrations in neuroblastoma. 75% of these MEDs are predicted to produce in-frame fusion proteins, suggesting a potential gain-of-function effect compared to nonsense mutations. For neuroblastoma there are only a few patient-derived ATRX aberrant models. Therefore, we created isogenic ATRX aberrant models using CRISPR-Cas9 in several neuroblastoma cell lines and one tumoroid and performed total RNA-sequencing on these and the patient-derived models. Gene set enrichment analysis (GSEA) showed decreased expression of genes related to both ribosome biogenesis and several metabolic processes in our isogenic ATRX exon 2-10 MED model systems, the patient-derived MED models and in tumor data containing two patients with an ATRX exon 2-10 MED. In sharp contrast, these same processes showed an increased expression in our isogenic ATRX knock-out and exon 2-13 MED models. Our validations confirmed a role of ATRX in the regulation of ribosome homeostasis. The two distinct molecular expression patterns within ATRX aberrant neuroblastomas that we identified imply that there might be a need for distinct treatment regimens

Two opposing gene expression patterns within ATRX aberrant neuroblastoma

Neuroblastoma is the most common extracranial solid tumor in children. A subgroup of high-risk patients is characterized by aberrations in the chromatin remodeller ATRX that is encoded by 35 exons. In contrast to other pediatric cancer where ATRX point mutations are most frequent, multi-exon deletions (MEDs) are the most frequent type of ATRX aberrations in neuroblastoma. 75% of these MEDs are predicted to produce in-frame fusion proteins, suggesting a potential gain-of-function effect compared to nonsense mutations. For neuroblastoma there are only a few patient-derived ATRX aberrant models. Therefore, we created isogenic ATRX aberrant models using CRISPR-Cas9 in several neuroblastoma cell lines and one tumoroid and performed total RNA-sequencing on these and the patient-derived models. Gene set enrichment analysis (GSEA) showed decreased expression of genes related to both ribosome biogenesis and several metabolic processes in our isogenic ATRX exon 2-10 MED model systems, the patient-derived MED models and in tumor data containing two patients with an ATRX exon 2-10 MED. In sharp contrast, these same processes showed an increased expression in our isogenic ATRX knock-out and exon 2-13 MED models. Our validations confirmed a role of ATRX in the regulation of ribosome homeostasis. The two distinct molecular expression patterns within ATRX aberrant neuroblastomas that we identified imply that there might be a need for distinct treatment regimens

Exploring, exploiting and evolving diversity of aquatic ecosystem models: A community perspective

Here, we present a community perspective on how to explore, exploit and evolve the diversity in aquatic ecosystem models. These models play an important role in understanding the functioning of aquatic ecosystems, filling in observation gaps and developing effective strategies for water quality management. In this spirit, numerous models have been developed since the 1970s. We set off to explore model diversity by making an inventory among 42 aquatic ecosystem modellers, by categorizing the resulting set of models and by analysing them for diversity. We then focus on how to exploit model diversity by comparing and combining different aspects of existing models. Finally, we discuss how model diversity came about in the past and could evolve in the future. Throughout our study, we use analogies from biodiversity research to analyse and interpret model diversity. We recommend to make models publicly available through open-source policies, to standardize documentation and technical implementation of models, and to compare models through ensemble modelling and interdisciplinary approaches. We end with our perspective on how the field of aquatic ecosystem modelling might develop in the next 5–10 years. To strive for clarity and to improve readability for non-modellers, we include a glossary

EUFOREA Rhinology Research Forum 2016: report of the brainstorming sessions on needs and priorities in rhinitis and rhinosinusitis

The first European Rhinology Research Forum organized by the European Forum for Research and Education in Allergy and Airway Diseases (EUFOREA) was held in the Royal Academy of Medicine in Brussels on 17th and 18th November 2016, in collaboration with the European Rhinologic Society (ERS) and the Global Allergy and Asthma European Network (GA2LEN). One hundred and thirty participants (medical doctors from different specialties, researchers, as well as patients and industry representatives) from 27 countries took part in the multiple perspective discussions including brainstorming sessions on care pathways and research needs in rhinitis and rhinosinusitis. The debates started with an overview of the current state of the art, including weaknesses and strengths of the current practices, followed by the identification of essential research needs, thoroughly integrated in the context of Precision Medicine (PM), with personalized care, prediction of success of treatment, participation of the patient and prevention of disease as key principles for improving current clinical practices. This report provides a concise summary of the outcomes of the brainstorming sessions of the European Rhinology Research Forum 2016

Herkomst van beekslib in vier stroomgebieden : Een verkennende systeemanalyse als onderdeel van het Kennisimpuls-project Grip op slib

De kwaliteit van de waterbodem is van invloed op de ecologische kwaliteit van beken. Als beekslib een goede ecologische kwaliteit in de weg staat, dan is het belangrijk om te weten hoe het slib zich vormt en waar het vandaan komt. Dit biedt namelijk handvaten voor het tegengaan van overmatige slibaanwas en het zo ecologisch gezonder maken van beeksystemen. In dit rapport wordt de herkomst van slib geanalyseerd in vier beeksystemen: het Gasterensche Diep, de Eefse Beek, de Tongelreep en de Lage Raam. Op basis van gebiedskenmerken is bepaald welke bronnen waar en wanneer een bijdrage leveren aan het beekslib. Gekeken is naar bronnen vanuit het omringende land zoals bodemerosie door water en/of wind, naar externe slibbronnen zoals inlaatwater en riooloverstorten, maar ook naar lokale bronnen in de beek zelf zoals detritus, ijzerrijke kwel en oeverafkalvin

Geophysical evidence for chemical variations in the Australian Continental Mantle

The relative density-to-shear velocity scaling (ζ) provides a diagnostic for the presence of compositional variations in the mantle. We invert shear-wave velocity from a recent 3-D model and gravity anomalies for radial profiles of ζ of the uppermost mantle beneath Australia. We performed calculations for the three major tectonic provinces that constitute the continent, and found significant differences between them. The ζ profile for the Phanerozoic region can be explained by thermal variations alone. In contrast, negative values of ζ suggest that variations in composition are important between ∼75 and ∼150 km depth in the Proterozoic continental lithosphere (central Australia). It is likely that chemical variations are also required to explain the inferences for the Archean craton (west Australia), but poor tomographic resolution precludes a definitive conclusion. The scaling factors found are consistent with chemical depletion of deep Precambrian lithosphere, which supports a tectosphere model for the Australian continental roots

Maatregelen op en rond landbouwpercelen ter vermindering van de nutriëntenbelasting van water : Achtergrondinformatie effectiviteit landbouwmaatregelen ten behoeve van de Nationale Analyse Waterkwaliteit

Dit rapport geeft op basis van een review van nationale en internationale studies een actueel overzicht van de kennis over de effectiviteit van uiteenlopende maatregelen op en rond landbouwpercelen om de emissies van stikstof en fosfor naar het oppervlaktewater en de nitraatuitspoeling naar het grondwater te verminderen. Iedere maatregel wordt behandeld in een handzaam factsheet. Het rapport is opgesteld door het project Nutriënten van de Kennisimpuls Waterkwaliteit

Herkomst Nutriënten in het landelijk gebied van Schieland

De Europese Kaderrichtlijn Water (KRW) schrijft voor dat het oppervlaktewater in 2027 voldoende schoon en ecologisch gezond is. In veel Nederlandse wateren is de nutriëntenbelasting (nog) te hoog om de doelen voor de KRW te halen. Het Hoogheemraadschap van Schieland en de Krimpenerwaard (HHSK) wil ter voorbereiding van besluiten over verbetering van de waterkwaliteit beter inzicht krijgen in de herkomst van de nutriënten in hun wateren. In dit onderzoek is de nutriëntenbelasting van de oppervlaktewateren (en herkomst daarvan) gekwantificeerd voor de periode 2000-2013 voor negen polders in het landelijke gebied van Schieland. Ook zijn effecten van autonoom mestbeleid en enkele landbouwmaatregelen indicatief berekend en zijn de fosfaat- en stikstoftoestand van de toplaag van de landbouwgronden ruimtelijk in kaart gebracht.De nutriëntenbelasting (en herkomst daarvan) in de beschouwde polders verschilt sterk door de grote verschillen in landgebruik, bodemtype en hydrologie. De totale nutriëntenbelasting per hectare is het grootst in polders met veel glastuinbouw, gevolgd door polders met veel akkerbouw. Af- en uitspoeling vanuit landbouwgronden leveren de grootste bijdrage aan de stikstofbelasting (gemiddeld 44%). Dit komt vooral door actuele mestgiften. De rest van de stikstofbelasting komt vooral door diffuse lozingen vanuit glastuinbouw en diffuse bronnen in stedelijk gebied. Af- en uitspoeling leveren ook voor fosfor de grootste bijdrage (gemiddeld 52%). Deze af- en uitspoeling worden niet zozeer door actuele mestgiften bepaald, maar meer door nalevering, historische mestgiften en kwel. De rest van de fosforbelasting komt – net als stikstof – vooral door glastuinbouw en diffuse bronnen in stedelijk gebied. De berekeningen geven aan dat met autonoom mestbeleid en de beschouwde additionele landbouwmaatregelen de nutriëntenbelasting weinig zal afnemen. Wel levert volledige aansluiting van de glastuinbouw een aanzienlijke verlaging van de belasting in de polders met veel glastuinbouw. Dit is al enkele jaren in gang gezet. Vooral in Bleiswijk zal de belasting hierdoor naar verwachting verder afnemen. Trefwoorden: Kaderrichtlijn Water, oppervlaktewater kwaliteit, nutriënten belasting, stikstof, fosfor, herkomst, uitspoeling, afspoeling, bemesting, glastuinbouw, bodemverbetering, kringloopwijzer, fosfaattoestand, stikstof leverend vermogen