De novo transcriptome sequencing in Bixa orellana to identify genes involved in methylerythritol phosphate, carotenoid and bixin biosynthesis.

BackgroundBixin or annatto is a commercially important natural orange-red pigment derived from lycopene that is produced and stored in seeds of Bixa orellana L. An enzymatic pathway for bixin biosynthesis was inferred from homology of putative proteins encoded by differentially expressed seed cDNAs. Some activities were later validated in a heterologous system. Nevertheless, much of the pathway remains to be clarified. For example, it is essential to identify the methylerythritol phosphate (MEP) and carotenoid pathways genes.ResultsIn order to investigate the MEP, carotenoid, and bixin pathways genes, total RNA from young leaves and two different developmental stages of seeds from B. orellana were used for the construction of indexed mRNA libraries, sequenced on the Illumina HiSeq 2500 platform and assembled de novo using Velvet, CLC Genomics Workbench and CAP3 software. A total of 52,549 contigs were obtained with average length of 1,924 bp. Two phylogenetic analyses of inferred proteins, in one case encoded by thirteen general, single-copy cDNAs, in the other from carotenoid and MEP cDNAs, indicated that B. orellana is closely related to sister Malvales species cacao and cotton. Using homology, we identified 7 and 14 core gene products from the MEP and carotenoid pathways, respectively. Surprisingly, previously defined bixin pathway cDNAs were not present in our transcriptome. Here we propose a new set of gene products involved in bixin pathway.ConclusionThe identification and qRT-PCR quantification of cDNAs involved in annatto production suggest a hypothetical model for bixin biosynthesis that involve coordinated activation of some MEP, carotenoid and bixin pathway genes. These findings provide a better understanding of the mechanisms regulating these pathways and will facilitate the genetic improvement of B. orellana

Comportamiento agronómico del plátano (Musa paradisiaca L.) cv. CEMSA ¾ mediante la selección de cormos en base a productividad en Potosí, Rivas 2015

A field experiment was carried out at San Antonio Farm located in Potosí, Rivas from October 2014 to December 2015. Two experimental plots were established with 250 plants each. The variety of banana plantain (Musa paradisiaca L.) cv. CEMSA ¾ was used. The experiment was established on October 23th, 2014. Suckers from plants with bunch with 40 or more fingers was selected to establish the superior plot (Treatment 1). In the test plot the suckers was selected by the farmer (Treatment 2). Rows with 25 plants at 2.4 m between rows and 1.3 m among plants for a density of 3200 plants per hectare. T-test per independent plots and multiple correlation were used to analyze the data. The bunch weigh was 20.44 kg for test plot and 20.31 kg for superior plot (P= 0.714). The number of hand per bunch were 10.06 per test plot and 10.39 for the superior (P=0.002). The number of fingers per bunch was 51.51 per test plot and 52.95 for the superior (P=0.019). The fi nger length was 32.45 cm for the test plot and 31.74 cm for the superior plot (P=0.016). The diameter of fi nger was15.67 cm for test plot and 15.35 cm for the superior plot (P=0.006). The mean weigh of fi nger was 367.0 g test plot and 344.9 g for superior plot. The total yield was 58.86 t ha-1 in the test plot and 58.49 t ha-1 in the superior plot. The field experiment will continue with the harvest 2016 and 2017.Se evaluó el comportamiento agronómico del plátano (Musa paradisiaca L.) cv. CEMSA ¾ en plantas con cormos seleccionados de plantas con racimos igual o mayor a 40 dedos (Superior o tratamiento 1) y plantas seleccionadas al azar por el productor (Testigo o tratamiento 2). El estudio se realizó en la finca “San Antonio” Potosí, Rivas. Cada tratamiento consistió de 10 surcos con 25 plantas a una distancia de 2.4 m entre surcos y 1.3 m entre plantas para una densidad poblacional de 3200 plantas por hectárea. Las parcelas fueron establecidas el 23 de octubre del 2014 y la cosecha se terminó en diciembre 2015. Se realizó la prueba de T student para dos poblaciones independientes con 5% de margen de error y correlación múltiple. El programa utilizado fue MINITAB 17. El peso de racimo fue igual (P= 0.714) para ambas parcelas con 20.44 kg para la parcela testigo y 20.31 kg para la parcela superior. El número de manos fue de 10.06 para la parcela testigo y 10.39 para la superior (P=0.002). El número de dedos fue de 51.51 para la testigo y 52.95 para la superior (P=0.019) superando en un dedo por racimo la parcela superior. La longitud del dedo central de la segunda mano fue 32.45 cm para la testigo y para la superior de 31.74 cm (P=0.016). El grosor del dedo (P=0.006) fue de 15.67 cm para la testigo y 15.35 cm para la superior. El peso promedio de cada dedo fue para la parcela testigo de 367.0 g y para la parcela superior de 344.9 g. Se obtuvieron rendimientos de 58.86 t ha-1 en la parcela testigo y 58.49 t ha-1 en la parcela superior. El ensayo continuará con la cosecha de 2016 y 2017.&nbsp

Cefazolina y su uso como profilactico en cirugia

N/AN/

Crisis sísmica de Calacoa (Moquegua) octubre, 2005: informe técnico multi-institucional

El 1 de octubre de 2005, ocurrió un sismo de magnitud moderada (5.4 ML) en la región Sur de Perú afectando a un área que involucra diversas localidades situadas alrededor del volcán Ticsani. El epicentro del sismo fue ubicado a 8 km al Este de la localidad de Calacoa y 62 km al NE de la ciudad de Moquegua. El sismo produjo daños en la mayoría de viviendas de adobe de las localidades de Calacoa, San Cristóbal, Cuchumbaya, Solajo, Carumas, Soquesane y otros. Los daños ocasionados son principalmente agrietamientos de las paredes y caídas de sus fachadas. Muchos de los agrietamientos se produjeron durante los sismos de mayo de 1999, y junio del 2001, y se han reactivado a raíz de los movimientos sísmicos de octubre último. Después de ocurrido el sismo y durante un periodo aproximado de 30 días, se ha producido un gran número de replicas (sismos menores asociados) que causaron pánico y alarma en los pobladores de las localidades antes indicadas. Inicialmente, la alarma se incrementó en razón que los pobladores asociaban la ocurrencia de los sismos con una posible reactivación del volcán Ticsani, hecho que no ocurrió así y por el contrario con el pasar de los días, la sismicidad ceso completamente. A raíz de la ocurrencia de los movimientos sísmicos instituciones como el Instituto Geofísico del Perú (IGP), Instituto Geofísico de la Universidad Nacional de San Agustín (IG-UNSA), Instituto Geológico Minero y Metalúrgico (INGEMMET), Centro de Investigación Sísmica y Mitigación de Desastres (CISMID), y Centro de Estudios y Prevención de desastres (PREDES), se han hecho presente en la zona de mayor desastre (Distrito de San Cristóbal) para efectuar estudios geológicos, sísmicos, y orientar las labores de evaluación de los daños y determinar las necesidades de las poblaciones afectadas por los sismos. Los resultados preliminares indican que el sismo principal y su serie de replicas, tendrían un origen tectónico en razón que los registros muestran claramente los tiempos de llegada de las ondas P y S; sin embargo, es posible que la deformación tectónica haya sido causada por la presión que ejercía el magma en su movimiento en el interior del volcán, lo cual explicaría la distribución de las réplicas sobre el volcán Ticsani. Si se considera dicha hipótesis, la cámara magmática podría estar por debajo de los 4 km de profundidad. La importante deformación producida no ha sido suficiente para que el volcán Ticsani pueda pasar a una etapa de erupción. En cuanto a la vigilancia geoquímica, las mediciones de temperatura en las fuentes termales muestran un ligero incremento respecto a las obtenidas el año 1999. Este ligero incremento puede deberse a un menor ingreso de aguas frescas a través de las fracturas por donde circulan las aguas termales. Probablemente los movimientos sísmicos han producido derrumbes internos que cerraron fracturas o puede deberse a la ausencia de lluvias en esta estación del año, no existiendo dilución en las fuentes termales. El parámetro de pH de las fuentes termales muestra una ligera variación que sumado a la relativa estabilidad de la temperatura indica que el sistema hidrotermal del volcán Ticsani aparentemente en la actualidad no presenta ninguna anomalía. La evaluación del estado de las viviendas muestra que los agrietamientos obedecen a tres factores: primero, debido a que los muros han sido construidos a base de unidades de adobe unidos con mortero de barro sin ningún tipo de elemento estructural (columna o viga collar) que les proporcione un adecuado confinamiento y rigidez, y sobre cimientos de piedra y barro; segundo, los pueblos en mención se hallan asentados sobre un suelo de limo, arena y grava poco competente (depósitos de avalanchas de escombros), y tercero las viviendas están construidas sobre pendientes moderadas del terreno obligando a que los muros no tengan una altura uniforme variando en su rigidez. El análisis de los acelerogramas obtenidos por la estación temporal acelerográfica instalada en Calacoa indica que la respuesta del terreno tiene una tendencia a presentar las mayores aceleraciones espectrales alrededor de un periodo de 0.1 segundo, valor que corresponde en forma aproximada a las viviendas de adobe. Esto es producto de las condiciones locales de sitio. Lo cual permite afirmar que ante los sismos de mayor magnitud que han ocurrido en esta zona y próximos que sucedan, las viviendas de adobe han sufrido y sufrirán directamente los efectos de estos movimientos. En general, los estudios muestran que Calacoa y sus alrededores están propensos a los efectos sísmicos asociados y a la ocurrencia de determinados peligros geológicos de movimientos en masa, principalmente derrumbes. En efecto, los movimientos en masa generados a raíz del sismo del 1 de octubre consistieron principalmente en caídas de roca, derrumbes, ligera reactivación de deslizamientos, y agrietamientos de terreno. Estos fenómenos han tenido lugar en zonas de mediana a fuerte pendiente (40° a 85°), cuyo macizo rocoso está constituido principalmente por depósitos de avalanchas de escombros poco cohesivos, cubiertos por depósitos coluviales. La gran mayoría de caídas de roca, derrumbes, agrietamientos y deslizamientos, se localizan en áreas donde las laderas fueron cortadas para la construcción de la carretera afirmada Calacoa-San Cristóbal, y para la construcción de canales de agua que abastecen a los pueblos de Calacoa, Bellavista y San Cristóbal. Importantes canales de agua de consumo humano y regadío de los poblados de Calacoa, Bellavista y San Cristóbal fueron afectados por derrumbes y desprendimientos de rocas ocurridos durante los movimientos sísmicos de octubre. A raíz de los movimientos sísmicos la pared Noreste del reservorio de agua de Vichupampa fue dañado por grietas que miden entre 1-4 cm de ancho y de 1.5 - 2.5 m de longitud

Management of the volcanic crisis during the most recent Ubinas eruptive activity

The most recent explosive activity of Ubinas volcano started on 27 March 2006. In response to the volcanic crisis, members of three national Institutions (INGEMMET, IGP, UNSA) as well as the regional Civil Defense offices in Moquegua (RCCDM) and Arequipa formed a joint scientific committee. With foreign help, a preliminary hazard-zone map and a contingency map were produced in early April 2006. The hazard-zone map is based on two eruption scenarios: 1) a small eruption similar to the 1990-1998 vulcanian episode of Sabancaya, and 2) a moderate event such as the AD 1677 scoria-and-ash fall and flow-producing eruption at Ubinas. Monitoring, consisting of a network of seismometers, EDM, and geochemical survey of thermal springs, has been undertaken by a pool of Institutions on a temporary basis until May 2006 and on a permanent basis ever since. The scientific committee successfully offered a threestepped response to the increase in eruptive activity: (1) The appearance of an incandescent lava plug in the vent on 20 April prompted the scientific committee to ask RCCDM to evacuate 150 people from the nearest hamlet of Querapi, situated at the foot of the unstable south flank, towards the first shelter (village of Anascapa) 8 km away. (2) Due to a substantial increase in eruptive activity between 27 April and 2 June, the scientific committee increased the level of alert from yellow to orange and implemented the evacuation plan based on the contingency map. RCCDM further issued the order to evacuate five villages within 12 km of Ubinas and, between 9-11 June 2007, 1000 people were relocated to the second shelter (Chacchagen) 20 km away from the volcano. (3) After ~9 months in Chacchagen, the refugees returned to their villages in March 2007, as the population could not cope with less economic resources and a tense situation. In addition, the planned relocation on the remote coast near Moquegua has not been implemented in 2007. Despite economic and social drawbacks, the challenging crisis of the most active volcano in Peru was the first opportunity for Peruvian institutions to successfully cooperate in, and gain lessons for, managing volcanic crises

Managing of the 2006 present-day volcanic crisis at Ubinas

[ESP] Desde agosto de 2005, el volcán Ubinas (16º 22 'S, 70º 54' O; 5672 m snm) presentó un ligero aumento en su actividad fumarólica. En marzo de 2006, Ubinas comenzó a emitir esporádicamente cenizas finas y bloques balísticos de roca hidrotermal alterada. Los eventos están asociados con la actividad de tipo freático. Entre el 14 y el 20 de abril, el volcán Ubinas produjo continuamente cenizas en las ciudades de Querapi y Ubinas ubicadas a 4 y 6 km, respectivamente, al SE del volcán. Durante abril, la actividad de Ubinas fue variable, distinguida por las intensas emisiones de gases y la caída esporádica de cenizas. Debido a la ocurrencia de emisiones de cenizas registradas desde el 14 de abril, que causaron daños a las personas, el ganado y las tierras cultivadas, se formó el grupo de ciencia y tecnología de SIREDECI (Sistema Regional de Defensa Civil - Moquegua), integrado por instituciones geocientíficas que participan en la prevención y mitigación de desastres como: INGEMMET, IG-UNSA, IGP, IRD para realizar la evaluación de daños y la actividad sísmica del volcán, el monitoreo de deformaciones, el monitoreo geoquímico de aguas termales y la evaluación del peligro volcánico para prevenir y mitigar el efecto de un eventual volcán erupción que afecta a más de 5000 habitantes que viven en el valle de Ubinas. Este grupo evaluará los resultados obtenidos en el monitoreo volcánico para presentar una declaración oficial y una recomendación a SIREDECI y a las autoridades regionales y locales para efectuar trabajos de prevención y atenciones que dañen a las personas. El grupo geocientífico dará recomendaciones a SIDERECI como: evacuar a 40 familias de la ciudad de Querapi a la ciudad de Anascapa, ubicada a 8 km al sur de Ubinas. Durante los últimos fines de semana de abril, mucha gente de Ubinas y otras aldeas del valle se asustaron por la actividad volcánica y abandonaron sus viviendas. La mayoría de ellos se refugió en la ciudad de Arequipa, a 60 km del volcán. Además, SIREDECI durante la crisis atendió a la población dañada y actualmente viene trabajando con las instituciones geocientíficas en temas de evacuación y reubicación de las ciudades ubicadas en áreas de alto riesgo

Noncontact Optical Fiber Sensor for Measuring the Refractive Index of Liquids

A noncontact optical fiber sensor for measuring the refractive index of transparent liquids is proposed. It operates by calculating the path of a focused laser beam at 635 nm that travels across the boundaries of a liquid sample. The optical power Fresnel reflections are detected and, subsequently, the refractive index is determined as the ratio between the traveled beam paths when the liquid is deposited versus a reference without the liquid sample. Additionally, a mathematical analysis of the geometrical case is included. The theoretical data from our sensor are in good agreement with the experimental results. The resolution achieved by the sensor is better than 10−3 RIU

Diversity of HLA Class I and Class II blocks and conserved extended haplotypes in Lacandon Mayans.

Here we studied HLA blocks and haplotypes in a group of 218 Lacandon Maya Native American using a high-resolution next generation sequencing (NGS) method. We assessed the genetic diversity of HLA class I and class II in this population, and determined the most probable ancestry of Lacandon Maya HLA class I and class II haplotypes. Importantly, this Native American group showed a high degree of both HLA homozygosity and linkage disequilibrium across the HLA region and also lower class II HLA allelic diversity than most previously reported populations (including other Native American groups). Distinctive alleles present in the Lacandon population include HLA-A*24:14 and HLA-B*40:08. Furthermore, in Lacandons we observed a high frequency of haplotypes containing the allele HLA-DRB1*04:11, a relatively frequent allele in comparison with other neighboring indigenous groups. The specific demographic history of the Lacandon population including inbreeding, as well as pathogen selection, may have elevated the frequencies of a small number of HLA class II alleles and DNA blocks. To assess the possible role of different selective pressures in determining Native American HLA diversity, we evaluated the relationship between genetic diversity at HLA-A, HLA-B and HLA-DRB1 and pathogen richness for a global dataset and for Native American populations alone. In keeping with previous studies of such relationships we included distance from Africa as a covariate. After correction for multiple comparisons we did not find any significant relationship between pathogen diversity and HLA genetic diversity (as measured by polymorphism information content) in either our global dataset or the Native American subset of the dataset. We found the expected negative relationship between genetic diversity and distance from Africa in the global dataset, but no relationship between HLA genetic diversity and distance from Africa when Native American populations were considered alone

Immunomodulatory effects of testosterone and letrozole during Plasmodium berghei ANKA infection

IntroductionMalaria is one of the leading health problems globally. Plasmodium infection causes pronounced sexual dimorphism, and the lethality and severity are more remarkable in males than in females. To study the role of testosterone in the susceptibility and mortality of males in malaria, it is common to increase its concentration. However, this strategy does not consider the enzyme CYP19A1 aromatase, which can transform it into oestrogens.MethodsTo avoid the interference of oestrogens, we inhibited in vivo CYP19A1 aromatase with letrozole and increased the testosterone level by exogen administration before infection with Plasmodium berghei ANKA. We measured the impact on free testosterone, 17β-oestradiol and dehydroepiandrosterone levels in plasma; additionally, we evaluated parasitaemia, body temperature, body mass, glucose levels and haemoglobin concentration. Furthermore, we evaluated the effects of testosterone on the immune response; we quantified the CD3+/CD4+, CD3+/CD8+, CD19+, Mac-3+ and NK cells in the spleen and the plasma concentrations of the cytokines IL-2, IL-4, IL-6, IFN-, IL-10, TNF-α and IL-17A. Finally, we quantified the levels of antibodies.ResultsWe found that mice treated with the combination of letrozole and testosterone and infected with Plasmodium berghei ANKA had increased concentrations of free testosterone and DHEA but decreased levels of 17β-oestradiol. As a result, parasitaemia increased, leading to severe anaemia. Interestingly, testosterone increased temperature and decreased glucose concentration as a possible testosterone-mediated regulatory mechanism. The severity of symptomatology was related to critical immunomodulatory effects generated by free testosterone; it selectively increased CD3+CD8+ T and CD19+ cells but decreased Mac-3+. Remarkably, it reduced IL-17A concentration and increased IL-4 and TNF-α. Finally, it increased IgG1 levels and the IgG1/IgG2a ratio. In conclusion, free testosterone plays an essential role in pathogenesis in male mice by increasing CD8+ and decreasing Mac3+ cells and mainly reducing IL-17A levels, which is critical in the development of anaemia. Our results are important for understanding the mechanisms that regulate the exacerbated inflammatory response in infectious diseases and would be useful for the future development of alternative therapies to reduce the mortality generated by inflammatory processes

Conversion of lignocellulose biomass to bioenergy through nanobiotechnology

The growing global demand for energy, particularly petroleum-based fuels, has stimulated a long-term quest for an optimal source of sustainable energy. This barrier is removed by lignocellulosic biomass, which is an economical, easily accessible, and renewable fuel source that fits sustainability standards. However, large-scale use of most of the techniques results in significant handling costs and decontamination of the inhibitors released. Taken together, these limits increase the efficacy of present solutions and create a need for the development of a novel, environmentally sustainable, productive, and cost-effective technology for lignocellulose biomass conversion. In this context, the use of nanotechnology in the treatment of lignocellulose biomass to bioenergy exchange has gained significant attention and has been extensively researched in recent years. This review discussed how nanotechnology can be used to turn biomass into energy. It gives new ideas and tools for developing new industries, which will help the economy, grow in the long run. This careful examination will also shed light on some of the minor details surrounding the different ways of biomass conversion previously explored by other experts