Identification of chromosomal alpha-proteobacterial small RNAs by comparative genome analysis and detection in Sinorhizobium meliloti strain 1021

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Small untranslated RNAs (sRNAs) seem to be far more abundant than previously believed. The number of sRNAs confirmed in <it>E. coli </it>through various approaches is above 70, with several hundred more sRNA candidate genes under biological validation. Although the total number of sRNAs in any one species is still unclear, their importance in cellular processes has been established. However, unlike protein genes, no simple feature enables the prediction of the location of the corresponding sequences in genomes. Several approaches, of variable usefulness, to identify genomic sequences encoding sRNA have been described in recent years.</p> <p>Results</p> <p>We used a combination of <it>in silico </it>comparative genomics and microarray-based transcriptional profiling. This approach to screening identified ~60 intergenic regions conserved between <it>Sinorhizobium meliloti </it>and related members of the alpha-proteobacteria sub-group 2. Of these, 14 appear to correspond to novel non-coding sRNAs and three are putative peptide-coding or 5' UTR RNAs (ORF smaller than 100 aa). The expression of each of these new small RNA genes was confirmed by Northern blot hybridization.</p> <p>Conclusion</p> <p>Small non coding RNA (<it>sra</it>) genes can be found in the intergenic regions of alpha-proteobacteria genomes. Some of these <it>sra </it>genes are only present in <it>S. meliloti</it>, sometimes in genomic islands; homologues of others are present in related genomes including those of the pathogens <it>Brucella </it>and <it>Agrobacterium</it>.</p

Measurements of the loxodromic antenna parameters

Ovaj rad se bavi loksodromskom antenom odnosno njezinim glavnim parametrima. Loksodromska antena predstavlja varijaciju helikoidne antene sa promjenjivim radijusom podloge. Napravljena su dva modela loksodromske antene u dvije varijante (antena je pričvršćena za reflektirajuću površinu i antena nije pričvršćena za reflektirajuću površinu). Ti se modeli razlikuju po broju namota te kutu nagiba dok je radijus sfere jednak za oba dva modela. Na svakom modelu antena izvršeno je po jedno mjerenje u horizontalnoj ravnini te po dva mjerenja u vertikalnoj ravnini 49 ovisno o položaju antene. Mjerenjima odnosa stojnih valova VSWR, koeficijenta refleksije S11, jakosti električnog polja i impedancije antene, utvrđeno je da bolje karakteristike pokazuje model sa manjim brojem namota pa tako taj model ima veću ukupnu širinu opsega i prilagođenje impedancije. Veću usmjerenost imaju antene koje su izvedene sa reflektirajućom površinom.This paper deals with loxodromic antenna or its main parameters. Loxodromic antenna is a variation of helix antenna with a variable radius of substrate. Two models of loxodromic antenna have been made in two variants (the antenna is attached to a reflecting surface and the antenna is not attached to a reflecting surface). These models are different by the number of windings and the angle of inclination while the radius of sphere is the same for both models. The measurements of VSWR, S11 reflection coefficient, electric field strength and the input impedance of antenna show that the model with a smaller number of windings has the highest broadband and best impedance matching. Antennae attached to reflecting surface have better directivity. On each antenna model, one measurement was made in a horizontal position and two measurements were made in a vertical position depending on the positon of the antenna

An evaluation of productive and environmental performance of pig farming systems in France

Le travail utilise la fonction distance directionnelle définie par Chung et al. (1997) pour évaluer la performance productive et environnementale des exploitations porcines françaises. Le cadre d'analyse introduit la pollution azotée comme un bien co-produit faiblement éliminable car soumis à une réglementation environnementale et mesure la performance des exploitations dans une direction qui permet une augmentation de la production uniquement lorsque la pollution peut être réduite dans la même proportion. Les sources de cette performance sont ensuite déclinées en efficacité technique, efficacité d'échelle et efficacité environnementale

Water induced surface reconstruction of modified PVC films

International audienc

La production porcine en France : entre gains de productivité et réduction des rejets polluants

L'article développe une mesure d'efficacité permettant d'évaluer les potentialités d'augmentation de la production des exploitations porcines françaises conjointement à une réduction de leur impact négatif sur l'environnement. Les résultats mettent en évidence une réduction des gains de productivité au cours de la période d'étude ; ceux-ci provenant principalement d'améliorations dans les performances techniques des exploitations. De plus, ils font ressortir le poids de plus en plus important des exploitations combinant plusieurs activités et ayant un lien à la terre important dans le secteur porcin

The French pig production structure : between competitiveness and manure management

La contribution fournit une évaluation du degré d'efficacité des différents systèmes de production du porc en France. Deux mesures sont fournies. La première appelée efficacité intra-système capture les gains pouvant être mobilisés à l'intérieur de chaque système dans une optique d'augmentation de la production conjointement à une réduction des rejets polluants vers l'environnement. La seconde dite efficacité structurelle caractérise les gains résultant d'une modification de la structure de production du secteur porcin c'est-à-dire d'une évolution des systèmes existants

An evaluation of productive and environmental performance of pig farming systems in France

Contrat ; A01998 ; Porcherie verteLe travail utilise la fonction distance directionnelle définie par Chung et al. (1997) pour évaluer la performance productive et environnementale des exploitations porcines françaises. Le cadre d'analyse introduit la pollution azotée comme un bien co-produit faiblement éliminable car soumis à une réglementation environnementale et mesure la performance des exploitations dans une direction qui permet une augmentation de la production uniquement lorsque la pollution peut être réduite dans la même proportion. Les sources de cette performance sont ensuite déclinées en efficacité technique, efficacité d'échelle et efficacité environnementale

An evaluation of productive and environmental performance of pig farming systems in France

Contrat ; A01998 ; Porcherie verteLe travail utilise la fonction distance directionnelle définie par Chung et al. (1997) pour évaluer la performance productive et environnementale des exploitations porcines françaises. Le cadre d'analyse introduit la pollution azotée comme un bien co-produit faiblement éliminable car soumis à une réglementation environnementale et mesure la performance des exploitations dans une direction qui permet une augmentation de la production uniquement lorsque la pollution peut être réduite dans la même proportion. Les sources de cette performance sont ensuite déclinées en efficacité technique, efficacité d'échelle et efficacité environnementale

Identification of chromosomal alpha-proteobacterial small RNAs by comparative genome analysis and detection in strain 1021-0

<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Identification of chromosomal alpha-proteobacterial small RNAs by comparative genome analysis and detection in strain 1021"</p><p>http://www.biomedcentral.com/1471-2164/8/467</p><p>BMC Genomics 2007;8():467-467.</p><p>Published online 19 Dec 2007</p><p>PMCID:PMC2245857.</p><p></p>f total RNA from strain 1021 was analyzed by Northern blotting hybridization with specific oligonucleotides [see Additional file ]; the molecular sizes were calculated in nucleotides (nt): > rnpB (372 nt), > tmRNA 3' end (204 nt), > 5S (120 nt), > 4.5S (95 nt), and > tmRNA 5' end (82 nt) [39]. Band > was not hybridized but its size is consistent with it being a tRNA. Exposure times were optimized for each panel and signal intensity does not indicate relative abundance of ncRNAs