Criblage virtuel sur grille de composés isolés au Vietnam

Virtual Screening (VS) is a computational technique used in the drug discovery process to select the most promising candidate drugs for in vitro testing from millions of chemical compounds. This method can offer an efficient alternative to reduce the cost of drug discovery and platform. The Natural Products Chemistry Institute of the Academy of Sciences of Vietnam (INPC) collects samples from local biodiversity and determines the 3D structure of single molecules. Their challenge is to set up a virtual screening platform on grid computing for their chemists to process their data. However, as the number of users who might have a wide range of virtual screening applications (in terms of the number of tasks and execution time) increases with limited available computing resources, it becomes crucial to devise an effective scheduling policy that can ensure a certain degree of fairness, user satisfaction and overall system throughput. In this context, the thesis focuses on an effective scheduling policy for the virtual screening workflow where multiple users with varying numbers of tasks are actively sharing a common system infrastructure. We have researched in theory and proposed some candidate policies. With the simulation results and the experimentation results in real system, we proposed the best policy for the fairness between users, which can be applied to INPC virtual screening platform.L’Institut National des Produits Chimiques de l’Académie des Sciences du Vietnam (INPC) développe depuis plusieurs années une activité autour de la recherche de nouveaux médicaments issus de la biodiversité. Le développement d’un nouveau médicament prend de l’ordre d’une dizaine d’années et passe par plusieurs phases. Dans la phase de découverte, l’activité des composés chimiques sur une cible biologique est mesurée afin de mettre en évidence une action inhibitrice. Le développement d’approches in silico pour le criblage virtuel des composés chimiques est une alternative aux approches classiques in vitro beaucoup plus coûteuses à mettre en œuvre. L’utilisation de la grille a été identifiée comme une voie économiquement prometteuse pour accompagner la recherche de nouveaux médicaments au Vietnam. En effet, le développement de nouvelles stratégies basées sur l’utilisation de plates-formes de soumission de tâches (DIRAC, HTCaaS) a permis d’améliorer considérablement le taux de succès et le confort des utilisateurs, ouvrant la voie à une démocratisation de la grille.Dans ce contexte, l’objectif poursuivi dans le cadre de cette thèse est d’étudier dans quelle mesure des plates-formes multidisciplinaires pouvaient répondre aux besoins des chimistes de l’INPC. Le travail s’est concentré sur les modalités d’un partage équitable d’une plate-forme de soumission de tâches sur la grille par une ou plusieurs communautés d’utilisateurs. L’ordonnancement des tâches sur un serveur commun doit permettre que les différents groupes aient une expérience positive et comparable. Sur les infrastructures de grille EGEE et EGI en Europe , on peut distinguer deux grandes catégories d’utilisateurs : les utilisateurs « normaux » qui vont solliciter les ressources pour des tâches requérant typiquement de quelques dizaines à quelques centaines d’heures de calcul, et les « gros » utilisateurs qui vont lancer des grandes productions nécessitant le traitement de plusieurs milliers de tâches pendant des dizaines, voire des centaines de milliers d’heures de calcul. Les stratégies d’ordonnancement déployées aujourd’hui sur les plates-formes comme DIRAC ou HTCaaS ne permettent pas de servir de façon optimale et simultanée ces deux familles d’utilisateurs.Le manuscrit présente une évaluation par simulation des performances de plusieurs stratégies d’ordonnancement des tâches d’une plate-forme soumettant des jobs pilotes. L’outil SimGrid a permis de simuler l’infrastructure de grille régionale déployée en Auvergne à partir de traces archivées de son utilisation. Après évaluation des performances de plusieurs politiques d’ordonnancement tirées de la littérature, une nouvelle politique a été proposée dans laquelle les utilisateurs normaux et les très gros utilisateurs sont gérés de façon indépendante. Grâce à cette politique, le ralentissement expérimenté par les très gros utilisateurs est réduit significativement sans pénaliser excessivement les utilisateurs normaux. L’étude a été étendue à une fédération de clouds utilisant les mêmes ressources et arrive aux mêmes conclusions. Les performances des politiques d’ordonnancement ont ensuite été évaluées sur des environnements de production, à savoir l’infrastructure de grille européenne EGI et l’infrastructure nationale de supercalculateurs de la Corée du Sud. Un serveur DIRAC a été adossé aux ressources de l’organisation virtuelle biomédicale d’EGI pour étudier les ralentissements observés par les utilisateurs de ce serveur. Pareillement, les ralentissements expérimentés par les utilisateurs de la plate-forme HTCaaS au KISTI ont été observés en excellent accord avec les résultats de simulation avec SimGrid.Ces travaux confirment la faisabilité et l’intérêt d’une plate-forme unique au Vietnam au service des communautés scientifiques consommatrices des ressources académiques de grille et de cloud, notamment pour la recherche de nouveaux médicaments

Criblage virtuel sur grille de composés isolés au Vietnam

Criblage virtuel sur grille de composés isolés au Vietna

Organizational Culture Factors Affect Employees’ Organizational Commitment: A Research in Ho Chi Minh City Logistics Enterprises, Vietnam

Research aims: The research aims to evaluate several factors of organizational culture affecting the organizational commitment of employees in logistics enterprises in Ho Chi Minh City (Vietnam).Design/Methodology/Approach: The data were collected based on a survey of respondents who were employees working at logistics enterprises in Ho Chi Minh City. The collected data, consisting of 227 survey questionnaires, were described through statistical analysis, checking Cronbach’s Alpha reliability assessment, employing Exploratory Factor Analysis (EFA), and testing the fit of the research model. Research findings: The results showcased that five components had a statistically significant impact on an employee’s organizational commitment, including (from high to low impact in order) consistency in governance policy, communication within the organization, training and development, rewards and recognition, and teamwork.Theoretical contribution/Originality: The study contributes to and supplements the array of organizational culture topics related to the commitment of employees at companies.Practitioner/Policy implication: The research contributes to the logistics companies' understanding of how to improve the organizational culture to maintain the loyalty of employees in the organization.Research limitation/Implication: The research limitation is that only Ho Chi Minh City logistics enterprises were chosen for the survey. However, there are many cities in Vietnam where logistics companies are located. Thus, the other research can be implemented in other regions in Vietnam and other countries for future studies

All-dielectric Metamaterial for Electromagnetically-induced Transparency in Optical Region

Metamaterial (MM) is emerging as a promising approach to manipulate electromagnetic waves, spanning from radio frequency to the optical region. In this paper, we employ an effect called electromagnetically-induced transparency (EIT) in all-dielectric MM structures to create a narrow transparent window in opaque broadband of the optical region (580-670 nm). Using dielectric materials instead of metals can mitigate the large non-radiative ohmic loss on the metal surface. The unit-cell of MM consists of Silicon (Si) bars on Silicon dioxide (SiO$_{2}$) substrate, in which two bars are directed horizontally and one bar is directed vertically. By changing the relative position and dimension of the Si bars, the EIT effect could be achieved. The optical properties of the proposed MM are investigated numerically using the finite difference method with commercial software Computer Simulation Technology (CST). Then, characteristic parameters of MM exhibiting EIT effect (EIT-MM), including Q-factor, group delay, are calculated to evaluate the applicability of EIT-MM to sensing and light confinement

Porandra microphylla Y. Wan (Commelinaceae): A new distributional record for Vietnam

Porandra microphylla Y. Wan, is a newly recorded species for the flora of Vietnam. This species was collected from Lai Chau and Vinh Phuc province of the country. Morphologically, P. microphylla is closely related to Porandra scandens D.Y. Hong, but differs by its smaller and abaxially glabrous leaves and oblong or subglobose anthers

Status of acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND) and other emerging diseases of penaeid shrimps in Viet Nam

Acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND), formerly called early mortality syndrome (EMS), was first reported in 2010 among penaeid shrimps cultivated in the Mekong Delta Region of Viet Nam albeit without any laboratory confirmation. The disease subsequently spread to a wide range of shrimp production areas in the same region (Soc Trang: 1,719 ha; Bac Lieu: 346 ha; and Ca Mau: 3,493 ha), so that the Government of Viet Nam requested for technical assistance from the Food and Agriculture Organization (FAO) of the United Nations in 2011. In 2012, FAO supported Viet Nam through the project TCP/VIE/3304 Emergency assistance to control the spread of an unknown disease affecting shrimps in Viet Nam, under which the Department of Animal Health of Viet Nam (DAH) collaborated with the University of Arizona and FAO experts to carry out indepth studies to identify the etiologic agent of the disease. As a result, unique isolates of Vibrio parahaemolyticus was identified as the causative agent of AHPND in 2013. Viet Nam has been vigilant and transparent with regard to aquatic animal diseases through official notifications to the World Organization for Animal Health (OIE) and the Network of Aquaculture Centres in Asia-Pacific (NACA). AHPND outbreaks have no clear temporal pattern with black tiger (Penaeus monodon) and whiteleg (P. vannamei) shrimps showing similar incidence risk. The disease occurs at any stage of shrimp cultivation, i.e. on average about 35 days after stocking. To date, unwarranted outbreaks of AHPND in major shrimp-producing provinces in Viet Nam have been apparently regulated. Aside from AHPND, white spot disease (WSD) has also been a persistent problem responsible for serious economic losses in many shrimp-producing areas in Viet Nam. To prevent and control the further spread of infectious diseases of shrimps including AHPND and WSD, multiple control measures have been implemented including guidance of farmers to improve production conditions, facilities and biosecurity application, active surveillance of shrimp production areas for early warning, screening of broodstock and postlarvae for any OIE listed diseases, regulation on movement of stocks, and collaboration with regional and international organizations in carrying out in-depth epidemiological studies that will be needed in the formulation of pragmatic and holistic disease interventions

Determination of Wavelength Shift of Fiber Bragg Grating Sensors by Tunable Single-mode Diode Laser

We propose a novel principle of determination of fiber Bragg grating (FBG) wavelength shift which is impacted by a variation of physical parameters such as temperature, pressure and/or strain. In common case the wavelength shift of FBG was monitored by wavelength measurement using a high-cost spectrometer and a broad band light source. In our proposed technique the wavelength shift of FBG can be determined by change of lasing wavelength of distributed feedback laser (DFB-laser) due to the change of laser substrate temperature. The maximal opto-electrical intensity of photodetector would be obtained when the laser wavelength and FBG reflection wavelength are coincided. The FBG sensor prototype has shown excellent response for laser temperature change in the range of $10^{\circ}C-50^{\circ}C$ with the ratio $\Delta \lambda /\Delta T$ of the DFB laser is of 77.5 pm.K$^{ - 1}$. Key features of the proposed technique are fabrication of low-cost FBG sensors for civil engineering

CSA: Thực hành nông nghiệp thông minh với khí hậu ở Việt Nam

During the last five years, Vietnam has been one of the countries most affected by climate change. Severe typhoons, flooding, cold spells, salinity intrusion, and drought have affected agriculture production across the country, from upland to lowland regions. Fortunately for Vietnam, continuous work in developing climate-smart agriculture has been occurring in research organizations and among innovative farmers and entrepreneurs. Application of various CSA practices and technologies to adapt to the impact of climate change in agriculture production have been expanding. However, there is a need to accelerate the scaling process of these practices and technologies in order to ensure growth of agriculture production and food security, increase income of farmers, make farming climate resilient, and contribute to global climate change mitigation. This book aims to provide basic information to researchers, managers, and technicians and extentionists at different levels on what CSA practices and technologies can be up scaled in different locations in Vietnam

Virtual screening of drug candidates identified in Vietnam

L’Institut National des Produits Chimiques de l’Académie des Sciences du Vietnam (INPC) développe depuis plusieurs années une activité autour de la recherche de nouveaux médicaments issus de la biodiversité. Le développement d’un nouveau médicament prend de l’ordre d’une dizaine d’années et passe par plusieurs phases. Dans la phase de découverte, l’activité des composés chimiques sur une cible biologique est mesurée afin de mettre en évidence une action inhibitrice. Le développement d’approches in silico pour le criblage virtuel des composés chimiques est une alternative aux approches classiques in vitro beaucoup plus coûteuses à mettre en œuvre. L’utilisation de la grille a été identifiée comme une voie économiquement prometteuse pour accompagner la recherche de nouveaux médicaments au Vietnam. En effet, le développement de nouvelles stratégies basées sur l’utilisation de plates-formes de soumission de tâches (DIRAC, HTCaaS) a permis d’améliorer considérablement le taux de succès et le confort des utilisateurs, ouvrant la voie à une démocratisation de la grille.Dans ce contexte, l’objectif poursuivi dans le cadre de cette thèse est d’étudier dans quelle mesure des plates-formes multidisciplinaires pouvaient répondre aux besoins des chimistes de l’INPC. Le travail s’est concentré sur les modalités d’un partage équitable d’une plate-forme de soumission de tâches sur la grille par une ou plusieurs communautés d’utilisateurs. L’ordonnancement des tâches sur un serveur commun doit permettre que les différents groupes aient une expérience positive et comparable. Sur les infrastructures de grille EGEE et EGI en Europe , on peut distinguer deux grandes catégories d’utilisateurs : les utilisateurs « normaux » qui vont solliciter les ressources pour des tâches requérant typiquement de quelques dizaines à quelques centaines d’heures de calcul, et les « gros » utilisateurs qui vont lancer des grandes productions nécessitant le traitement de plusieurs milliers de tâches pendant des dizaines, voire des centaines de milliers d’heures de calcul. Les stratégies d’ordonnancement déployées aujourd’hui sur les plates-formes comme DIRAC ou HTCaaS ne permettent pas de servir de façon optimale et simultanée ces deux familles d’utilisateurs.Le manuscrit présente une évaluation par simulation des performances de plusieurs stratégies d’ordonnancement des tâches d’une plate-forme soumettant des jobs pilotes. L’outil SimGrid a permis de simuler l’infrastructure de grille régionale déployée en Auvergne à partir de traces archivées de son utilisation. Après évaluation des performances de plusieurs politiques d’ordonnancement tirées de la littérature, une nouvelle politique a été proposée dans laquelle les utilisateurs normaux et les très gros utilisateurs sont gérés de façon indépendante. Grâce à cette politique, le ralentissement expérimenté par les très gros utilisateurs est réduit significativement sans pénaliser excessivement les utilisateurs normaux. L’étude a été étendue à une fédération de clouds utilisant les mêmes ressources et arrive aux mêmes conclusions. Les performances des politiques d’ordonnancement ont ensuite été évaluées sur des environnements de production, à savoir l’infrastructure de grille européenne EGI et l’infrastructure nationale de supercalculateurs de la Corée du Sud. Un serveur DIRAC a été adossé aux ressources de l’organisation virtuelle biomédicale d’EGI pour étudier les ralentissements observés par les utilisateurs de ce serveur. Pareillement, les ralentissements expérimentés par les utilisateurs de la plate-forme HTCaaS au KISTI ont été observés en excellent accord avec les résultats de simulation avec SimGrid.Ces travaux confirment la faisabilité et l’intérêt d’une plate-forme unique au Vietnam au service des communautés scientifiques consommatrices des ressources académiques de grille et de cloud, notamment pour la recherche de nouveaux médicaments.Virtual Screening (VS) is a computational technique used in the drug discovery process to select the most promising candidate drugs for in vitro testing from millions of chemical compounds. This method can offer an efficient alternative to reduce the cost of drug discovery and platform. The Natural Products Chemistry Institute of the Academy of Sciences of Vietnam (INPC) collects samples from local biodiversity and determines the 3D structure of single molecules. Their challenge is to set up a virtual screening platform on grid computing for their chemists to process their data. However, as the number of users who might have a wide range of virtual screening applications (in terms of the number of tasks and execution time) increases with limited available computing resources, it becomes crucial to devise an effective scheduling policy that can ensure a certain degree of fairness, user satisfaction and overall system throughput. In this context, the thesis focuses on an effective scheduling policy for the virtual screening workflow where multiple users with varying numbers of tasks are actively sharing a common system infrastructure. We have researched in theory and proposed some candidate policies. With the simulation results and the experimentation results in real system, we proposed the best policy for the fairness between users, which can be applied to INPC virtual screening platform