Apports de l'économie sociale et solidaire dans des projets à dimensions agro-environnementales : quelles constructions territoriales ?

Deux exemples choisis dans la France de l'ouest, espace marqué par l'importance et l'ancienneté des structures d'encadrement agricole en économie sociale, questionnent les conditions de construction et d'appropriation territoriale, par les structures de l'ESS, de projets agri-environnementaux innovants liés à l'autonomie agricole. Face aux intentionnalités des acteurs, la pérennité des projets et de leurs territoires est interrogée.Economie sociale et solidaire;territoire;agriculture

Diagnostic et perspectives de développement de la filière volaille biologique des Pays de la Loire

L’étude les perspectives de la filière volailles de chair biologique constitue une déclinaison d’un programme de recherche régional : ARPENT-Bio visant à comprendre les dynamiques de filières biologiques régionales et à tracer leurs perspectives de développement à moyen terme. Le secteur de la volaille de chair avait été retenu initialement pour plusieurs raisons : - Les perspectives de la filière volailles de chair conditionnent celles de la filière céréales (besoins pour l’alimentation animale). - Une offre significative, semble-t-il en développement, dans différentes formes de distribution ; - La présence en Pays de la Loire des principaux opérateurs en volailles labels, pour lesquels l’agriculture biologique constitue un segment potentiel ou effectif ; - Le changement de cahier des charges (REPAB-F) venait modifier les conditions de production. Cela était-il susceptibles de remettre en cause cette dynamique de filière ? Nous tenterons donc de caractériser les éléments de contexte déterminant l’évolution de la filière, d’identifier les acteurs et leurs logiques d’action et d’éclairer ainsi les dynamiques à l’œuvre dans la filière

Diagnostic et perspectives de développement de la filière céréales biologiques des Pays de la Loire

Plus encore qu’en conventionnel, la production de céréales est très dispersée dans le paysage agrobiologique régional. Ce sont avant tout les éleveurs bovins, nombreux en Pays de la Loire, qui produisent des céréales et oléoprotéagineux biologiques. Les exploitants spécialisés en grandes cultures ne produisent que 20% des céréales biologiques régionales (source RGA 2001). Ainsi, notre enquête auprès des producteurs de céréales biologiques concerne des agriculteurs aux parcours et aux exploitations très divers. 4 Les agriculteurs biologiques rencontrés ont des profils sociologiques et des parcours très divers. Ils ont, globalement, entre 35 et 55 ans, ils sont souvent d’origine agricole et ont un niveau de formation élevé par rapport au reste de la population agricole. Les itinéraires qui les ont menés à l’agriculture biologique sont variés. Nous en avons distingué quatre types : · Des producteurs à la conquête d’un nouveau marché : L’agriculture biologique apparaît, pour 10% des enquêtés, comme un segment de production très bien valorisé, et donc intéressant. Ces producteurs jeunes, ayant un niveau de formation élevé et souvent spécialisés en grandes cultures se sont convertis récemment (1999/2000), ils sont motivés par le fort niveau de valorisation économique et par l’intérêt technique du mode de production biologique. Cependant la conversion constitue une rupture technique important. Dans un premier temps, ces agriculteurs ont donc choisi de ne convertir qu’une partie de l’exploitation. Ils se soutiennent collectivement dans cette démarche de conversion, à travers des échanges au sein d’un groupe dynamique animé par le GAB et la coopérative. · Des producteurs extensifs : La majorité des producteurs ont converti leur exploitation dès que le marché du Bio leur a offert une bonne valorisation et que les aides ont sécurisé la conversion. Ces agriculteurs étaient dans les années 98/99 en systèmes extensifs, relativement proches du mode de production biologique. L’évolution du contexte économique et réglementaire leur a donné l’opportunité de s’engager dans la bio sans rupture technique importante et sans prendre trop de risques financiers. · Des producteurs déçus par le « productivisme » : Pour un cinquième des producteurs, la conversion a constitué une rupture technique et sociale importante. Ils se sont convertis suite à une remise en cause du système dans lequel ils étaient insérés (remise en cause des techniques mais aussi du système d’encadrement technique et économique). · Enfin, pour un dixième des producteurs, l’installation puis la conversion à l’agriculture biologique constituent une sorte de retour à la terre. Leurs motivations pour l’agriculture biologique sont éthiques. La conversion correspond à un projet de vie. Ces producteurs ont souvent un niveau de formation élevé, ils n’ont pas un ancrage social fort dans l’agriculture (souvent ils ne sont pas issus du milieu agricole et ont travaillé dans un autre secteur avant l’installation). 4 Sur le plan des structures et des systèmes d’exploitation, la population des producteurs de céréales biologiques est également très hétérogène : · Les céréaliers spécialisés représentent 7% des producteurs de céréales biologiques dans la région (RGA 2001). Nous en avons rencontré en Vendée et en Maine et Loire. Leur SAU moyenne est de 121 ha, mais plus de 50% de l’exploitation demeure en conventionnel. Les céréales représentent 61% de l’assolement et les oléoprotéagineux 28%. C’est une population convertie récemment, soucieuse de profiter d’une nouveau marché. Ces nouveaux producteurs expriment de fortes incertitudes quant au maintien de leur exploitation en agriculture biologique. Cela dépendra de la réussite technique de la conversion, des possibilités d’approvisionnement en matière organique, de l’évolution du marché et de la valorisation des céréales biologiques. · Les éleveurs bovins représentent 67% de la population de producteurs de céréales et 45% de la production de céréales biologiques en Pays de la Loire (RGA 2001). Si ce sont des producteurs importants globalement, ils ont un poids très faible dans les échanges de céréales régionaux : leur système est basé sur l’autonomie pour la production de viande ou de lait. Les céréales représentent 15% de la SAU et sont toutes autoconsommées. Il s’agit souvent de mélanges céréaliers. La marge de développement des ventes de céréales par cette population est faible : certains éleveurs envisageraient d’augmenter la production si le prix de vente des céréales biologiques augmentait. · Un quart des producteurs de céréales sont des polyculteurs éleveurs, ils produisent 35% des céréales biologiques régionales (RGA 2001). Ces producteurs se sont souvent convertis avant les autres et ont une forte motivation éthique pour l’agriculture biologique. Leurs systèmes sont équilibrés entre productions animales et productions végétales. Les céréales représentent 33% de l’assolement, une partie est destinée à l’autoconsommation par un petit atelier d’élevage, la moitié est destinée à la vente. Ces agriculteurs, qui ont développé un système qu’ils jugent équilibré, ne souhaitent pas augmenter la production de céréales de vente. 4Il existe un potentiel de développement de la production de céréales biologiques parmi les producteurs enquêtés et ce potentiel est essentiellement porté par les céréaliers spécialisés. En effet, les éleveurs ou les polyculteurs-éleveurs n’expriment aucun projet d’augmentation de leur production. Certains envisageraient éventuellement de consacrer quelques hectares à des céréales de vente si leur prix augmentait ou si des terres se libéraient. Dans l’ensemble, ces enquêtés ne sont pas prêts à remettre en cause l’équilibre de leur système pour développer les cultures de vente. En revanche, la production des céréaliers spécialisés peut fortement varier, à court terme. Dans l’hypothèse favorable où ces agriculteurs réussiraient leur conversion en résolvant leurs difficultés techniques (notamment d’approvisionnement en matière organique) et où ils convertiraient la totalité de leur exploitation en agriculture biologique, la production totale de l’échantillon augmenterait de 20% environ. En revanche, dans une hypothèse défavorable, en cas d’échec de la conversion de ces céréaliers, la production totale sur la population d’enquête pourrait diminuer de 20% environ. Quoiqu’il en soit, ce potentiel de développement de la production reste très insuffisant face au déficit en céréales et oléoprotéagineux existant en Pays de la Loire. 4Les perspectives de conversion Les conditions sociales de conversion à l’agriculture biologique se sont améliorées. Ainsi ce mode de ^production n’est plus marginal au sein de la profession agricole, les compétences techniques se développent, les aides à la conversion ont été fortement revalorisées, notamment pour les céréaliers, la notoriété des produits biologiques augmente parmi les consommateurs. Cependant, il reste des freins importants à la conversion. Citons notamment les difficultés d’engagement des producteurs face aux fréquentes évolutions du cahier des charges et à son opacité, notamment en terme d'approvisionnement en matière organique, les lacunes de l’appui technique aux producteurs, la taille des exploitations conventionnelles (notamment des exploitations en grandes cultures), souvent trop grandes pour envisager une conversion et la concurrence croissantes d’autres segments de différenciation des produits (Agriculture Raisonnée, chartes de qualité). RRR La première réponse apportée au problème de déficit en céréales et oléoproétagineux a été réglementaire. L’application du Repab-F peut avoir pour effet un rééquilibrage entre la production et la consommation de céréales. En effet, le déficit actuel en céréales et oléoprotéagineux observé en Pays de la Loire est en grande partie imputable à la forte consommation par les élevages de volailles. Suite à l’application du Repab-F, le nombre d’élevages de volailles biologiques a cessé de croître : il est donc probable que les éleveurs qui restent en agriculture biologique pourront convertir des surfaces pour la production de céréales biologiques. Quant à la production de céréales et oléoprotéagineux, les voies de développement majeures sont la réussite et la poursuite des conversions de céréaliers spécialisés, et dans une moindre mesure, la promotion de systèmes d’exploitation plus diversifiés dans les productions végétales (de type polyculture-élevage) auprès des éleveurs. Le développement de la production de céréales biologiques en système spécialisé est lié à trois facteurs clé : la réussite de la conversion de quelques pionniers vendéens, qui peut jouer un rôle moteur par la suite ; la poursuite des efforts entrepris en terme d’appui technique et d’animation de groupes de producteurs en conversion ; la sécurisation économique des producteurs en conversion (garantie de débouchés des céréales C1 et C2). Le développement de la vente de céréales par des exploitants en systèmes de polyculture élevage est conditionné par la mise en place par des organisations de producteurs d’une forme de collecte spécifique, de petite échelle et donc coûteuse

Perspectives de la distribution des produits issus de l’agriculture biologique dans les Pays de la Loire

La distribution représente un levier important de développement de la filière biologique régionale. Si cette idée est admise par les professionnels de l’agriculture biologique, ils demeurent souvent réticents à l’égard de la logique des distributeurs. Les résultats de l’étude mettent en évidence l’importance de leurs attentes. Pour informer les consommateurs sur le bio, la relation avec les chefs de rayon des GMS joue un rôle particulièrement déterminant dans la largeur des gammes de produits offerts aux consommateurs. A cet effet, dans les GMS comme dans les magasins spécialisés, les professionnels doivent envisager de communiquer plus clairement sur le bio en tant que mode de production respectueux de l’environnement, car ce signe n’est pas seulement (pas d’abord ?) porteur d’une qualité alimentaire moins risquée. Ce qui implique que les producteurs et les distributeurs s’accordent, comme c’est le cas chez Auchan plusieurs fois par an, pour ajuster le message à tenir auprès du public client

Diagnostic et perspectives de développement de la filière fruits et légumes biologiques des Pays de la Loire

Sur les 1700 producteurs de fruits et légumes en Pays de la Loire, 150 (seulement) sont concernés par la production de fruits et de légumes biologiques, dispersés sur les cinq départements. La production de fruits et légumes biologiques est donc une production de niche dont l’importance sur le plan national est faible (6ème région productrice de légumes biologiques). La filière se caractérise par la présence de nombreux acteurs, souvent indépendants, voire isolés. Ce secteur est structuré en micro-filières, mettant en relation souvent directe des producteurs et des grossistes, des distributeurs ou des consommateurs. Nous retracerons ici les principales caractéristiques des acteurs intervenant sur le secteur : producteurs d’une part et grossistes – transformateurs de l’autre. Puis nous analyserons l’organisation de la filière. Enfin nous proposerons des pistes de développement . 1. Présentation des acteurs régionaux a- Les producteurs * La population biologique enquêtée est très hétérogène quant aux systèmes d’exploitation, aux parcours et aux métiers des producteurs. Ceux-ci sont globalement jeunes (38 ans), leur niveau de formation est élevé. Leurs parcours professionnels sont variés : reprise d’une exploitation maraîchère biologique ; installation en agrobiologie, après avoir exercé une activité dans l’agriculture et éventuellement dans la bio. pendant 10 ans ; ou conversion de l’exploitation à mi-parcours, après avoir exploité en conventionnel pendant près de 10 ans. Les motivations de ces producteurs pour l’AB sont de deux types principaux : - des motivations économiques – les producteurs sont intéressés par la bonne valorisation des produits, par la possibilité d’utiliser la main-d’œuvre et d’augmenter le chiffre d’affaires par hectare. Nous avons qualifié ces producteurs « d’entrepreneurs » ou « d’opportunistes » ; - des motivations idéologiques et sociales - certains producteurs y recherchent une meilleure reconnaissance professionnelle et sociale. Ils sont attirés par les objectifs de protection de l’environnement et de production de produits sains et bons de la bio.. Parmi ces producteurs nous avons distingué des « contestataires », des « producteurs en relance professionnelle » et beaucoup de « repreneurs professionnalisés ». Sur le plan des structures et des systèmes d’exploitation, la population d’horticulteurs biologiques est également hétérogène. Les systèmes de production se caractérisent par le degré de spécialisation et par le mode de valorisation des produits : - Les poly-maraîchers de proximité, représentant 39% de la population enquêtée, vendent en direct, sur les marchés ou à la ferme : ils cultivent un nombre important d’espèces pour répondre à une demande diversifiée du consomma-teur ; ils sont souvent spécialisés en maraîchage. Sans être très techniques ou spécialistes de certaines cultures, ils sont motivés par la vente. - Les maraîchers et arboriculteurs vendant en gros représentent chacun un quart des enquêtés : ils ont souvent d’autres ateliers sur l’exploitation. Spécialisés dans un nombre restreint de cultures horticoles, ils vendent à des grossistes. Ils ont souvent pu réaliser des investissements importants et sont mieux équipés que les poly-maraîchers. La production maraîchère peut aussi être assurée par des éleveurs diversifiés ou des Centres d’aide par le travail (CAT). * La population d’horticulteurs biologiques paraît plutôt dynamique puisque 81% des producteurs formulent des projets. Leur première préoccupation est d’améliorer la rentabilité de l’outil de production. 20% des producteurs souhaitent aussi développer leur production de fruits ou de légumes biologiques : dans un objectif de maintien de l’emploi et de valorisation d’une main-d’œuvre disponible, ou bien avec un souci de réorientation des activités de l’exploitation en fonction de la rentabilité. Cependant, ce dynamisme est parfois le fait d’exploitants en situation précaire : en effet 36% des enquêtés, convertis récemment, expriment des difficultés importantes - techniques, commerciales, de main-d’œuvre ou économiques -, qui pourraient remettre en cause l’exploitation ou du moins sa continuité en bio.. Ce diagnostic entraîne donc une incertitude sur l’évolution à venir de la production des exploitants enquêtés. En revanche, nous pensons qu’il existe un réel potentiel de développement des conversions ou des installations en horticulture biologique. Les exploitants conventionnels enquêtés constituent une population sensible à l’hypothèse du mode de production agriculture biologique, puisqu’un tiers des enquêtés déclare « avoir déjà pensé à convertir son exploitation à l’agriculture biologique ». Cependant, peu ont aujourd’hui un projet concret de conversion. Les quatre principaux freins à la conversion cités sont : la technique - la conversion constitue souvent un saut technique important et comporte donc de forts risques – l’absence de motivation économique, le surcroît de travail et la nécessité de trouver des débouchés. Face à la conversion, les enquêté s’inscrivent dans quatre types de logiques : - des producteurs satisfaits de la valorisation en direct de leurs produits, qui ne trouvent pas d’avantage à passer à la bio, ou pour qui le frein technique est trop important ; - des producteurs sensibles aux arguments environnementaux, mais qui s’orienteraient plutôt vers l’agriculture raisonnée, moins risquée et plus proche techniquement de ce qu’ils font ; - des agriculteurs en OP, culturellement sensibilisés à l’agriculture raisonnée, ou déjà engagés dans cette démarche, qui ne voient pas d’intérêt réel à l’agriculture biologique ; - des producteurs en OP qui souhaitent passer à la bio, mais qui ne veulent pas commercialiser leurs produits par eux-mêmes. Il existe donc un potentiel significatif de conversion des horticulteurs conventionnels, qui ne pourra s’exprimer que dans un cadre économique structuré, et avec un accompagnement technique important. b- Les grossistes et transformateurs * Une diversité de profils d’entreprises Il est impossible de dégager un profil-type de l’entreprise transformatrice de fruits et légumes biologiques (au sens large, incluant le négoce). Notre enquête a révélé une importante diversité et hétérogénéité des configurations, tant du point de vue de l’histoire du projet productif (origine, motivations, genèse) que de la structuration du système d’offre (organisation de l’activité, taille, relations avec les acteurs amont et aval de la filière…) et de l’offre (couple métier/mission, choix d’activité et des prestations). Le tissu d’entreprises transformatrices de produits Bio est essentiellement composé de PME voire de petites entreprises et très petites entreprises. Les non spécialisés ont intégré le bio pour des raisons essentiellement économiques, comme levier possible de croissance alors que les spécialisés expriment, en priorité, des raisons éthiques, ce qui n’empêche pas la présence de mobiles économiques et la volonté d’engager des projets de développement respectueux de leurs principes. L’éthique de la Bio constitue en quelque sorte un critère de reconnaissance et/ou d’exclusion, il apparaît donc difficile de considérer globalement ces acteurs, car ils se revendiquent de courants ou d’approches différentes de la bio. Il existe donc des niveaux et des repères multiples de légitimité. * Nous constatons une très large diversité des stratégies affichées par les entreprises. Les non spécialisés bio ont en majorité un projet individuel, motivés par des objectifs économiques (croissance, conquête de nouveaux marchés….). Les projets productifs s’appuient sur une structure industrielle ou néo-artisanale existante, dans laquelle le bio n’est qu’une déclinaison de l’activité. Les spécialisés Bio ont des projets productifs, à dominante artisanale et individuelle, et très intégrés (c’est à dire intégration de toutes les phases du process de transformation) ; il n’existe aucun outil industriel de transformation. * Orientations stratégiques et projets de développement Le bio n’est pas une priorité pour les non spécialisés, qui cherchent peu à le développer de manière offensive et proactive; certains étudieront les demandes éventuelles de leurs clients et de la grande distribution (par exemple, produits bio sous MDD). Les spécialisés bio récemment installés consolident d’abord leur activité avant de se développer de manière modeste . Les plus anciens, ayant les moyens et l’opportunité de se développer, s’engagent dans des activités de diversification de leurs produits (élargissement de leur offre de produits transformés) et vers des marchés hors région. 2. une filière inorganisée * La vente directe et le gros : les deux univers du secteur des fruits et légumes biologiques Le mode de distribution de l’offre structure le secteur des fruits et légumes biologiques en deux « univers » : - L’univers de la vente directe. Il concerne presque tous les producteurs, mais pour les deux tiers d’entre eux, c’est le principal mode de valorisation des produits. Ainsi ces acteurs sont des producteurs-détaillants. Ce sont souvent des professionnels indépendants, qui organisent leur système de production de manière à offrir à leurs clients une gamme satisfaisante. Toutefois, un tiers de ces producteurs-détaillants s’organisent à petite échelle pour la vente (complément de gamme, gestion coordonnée des transports). - L’univers du gros et mi-gros. Il concerne 20% des horticulteurs biologiques. Ici, les fruits et légumes sont vendus à des grossistes, des distributeurs ou des restaurateurs. La plupart des producteurs développent des circuits spécifiques en direct, alors que d’autres délèguent à une OP ou à une coopérative la vente de leurs produits. Cependant, la délégation de la vente reste un comportement minoritaire. Dans tous les cas, les producteurs semblent très attachés à leur liberté commerciale. Nombreux sont ceux qui souhaitent que la filière s’organise d’avantage, mais presque aucun producteur ne souhaite adhérer à une OP ou perdre sa liberté de négociation. * Forces et faiblesses des organisations de producteurs pour l’activité de vente en bio. Pour toutes les OP et coopératives engagées dans la vente de fruits et légumes biologiques dans la région, cette activité est minoritaire : elle représente de l’ordre de 1% de l’activité de la structure. Aucun agent n’est spécialisé dans la vente de produits biologiques. Ainsi, ces acteurs souffrent souvent d’une méconnaissance du marché des produits biologiques et des circuits existant. Les stratégies des acteurs sont orientées en fonction de conceptions divergentes du rôle d’une organisation de producteurs d’une part et de la conversions à l’agriculture biologique de l’autre. - Ainsi certains acteurs sont guidés dans leurs dynamiques par les valeurs de liberté de choix des producteurs et de devoir d’accompagnement de l’organisation de producteurs. Ces acteurs suivent les producteurs adhérents dans leur démarche en agriculture biologique et n’ont donc pas nécessairement de connaissance préalable du marché des produits qu’ils assument de vendre. - D’autres acteurs sont avant tout guidés par la volonté de répondre aux demandes du marché afin d’assurer une bonne valorisation des produits des adhérents. C’est parce que leurs clients leurs demandent des produits biologiques qu’ils accompagnent les producteurs dans leurs démarches de conversion. Ces acteurs ont un rapport au marché et une conception de l’agriculture biologique de type plus entrepreneuriale que les précédents. * Un effort de structuration à travers Bio Loire Océan Une association régionale, Bio Loire Océan, regroupe une trentaine de producteurs de fruits et légumes biologiques. Ses objectifs affichés sont d’une part de réguler le fonctionnement du marché et d’assurer une bonne valorisation des produits, et d’autre part de construire une image des fruits et légumes biologiques des Pays de la Loire autour des notions de savoir faire et de qualité. A ces fins, l’association développe un outil pour améliorer la circulation de l’information commerciale et technique : la constitution de réseaux de producteurs par culture autour de référents identifiés. Ce projet est une réponse à l’attente des producteurs indépendant : il leur donnera un outil d’information et d’aide à la décision commerciale et technique sans pour autant limiter leur liberté commerciale. Cependant ce dispositif soulève plusieurs questions : - Comment impulser une déontologie commerciale commune efficace et une image de qualité des produits régionale sans inciter tous les intervenants à adhérer à l’association ? - Comment concilier un objectif de régulation du marché et la préservation des libertés de négociation commerciale des producteurs ? - Quid du développement des débouchés et de l’accueil de nouveaux producteurs ? * Les acteurs de l’aval soulignent également les difficultés inhérentes au manque de structuration actuel de la filière. Les relations avec l’amont de la filière soulignent le très faible degré de structuration de la filière Fruits & Légumes. Chaque acteur apprend progressivement à « se débrouiller », en gérant les contraintes au fur et à mesure qu’elles se présentent (recherche de fournisseur hors région, changement de fournisseur pour se « dépanner », recours ponctuel ou régulier à l’importation…). Dans ce contexte de tensions, ces pratiques contribuent à favoriser la multiplication des intermédiaires et l’augmentation des coûts d’achats des matières premières. La prédominance des relations d’approvisionnement « en confiance » est liée aux petites volumes et aux difficultés de lisser l’activité de transformation Bio. 3. Enjeux et perspectives La structuration actuelle de la filière fruits et légumes est encore très émergente ; malgré quelques initiatives récentes on ne peut pas réellement considérer qu’une démarche constructive soit engagée et animée sous l’action des acteurs du secteur de la production et de la transformation. Aujourd’hui plusieurs scénarios de développement de la filière peuvent être envisagés : le repli, la stabilité, la croissance. La réalisation de ces scénarios dépend de l’évolution du marché mais aussi (et surtout) de la structuration de la filière autour d’acteurs moteurs et de projets de développement collectifs. Il nous semble que les acteurs de la filière sont aujourd’hui confrontés à plusieurs enjeux dans une perspective de développement : - Le développement de structures fédératrices pour construire et gérer les relations au sein de la filière ; - La construction d’une offre de soutien et de formation dédiée, pour favoriser le développement de compétences techniques et rompre un certain isolement des acteurs ; - Le développement d’une dynamique régionale par la construction d’un espace de cohésion autour de stratégies partagées ; - Le soutien des acteurs dans la recherche d’avantages concurrentiels durables et défendables

Genes of the most conserved WOX clade in plants affect root and flower development in Arabidopsis

Background: The Wuschel related homeobox (WOX) family proteins are key regulators implicated in the determination of cell fate in plants by preventing cell differentiation. A recent WOX phylogeny, based on WOX homeodomains, showed that all of the Physcomitrella patens and Selaginella moellendorffii WOX proteins clustered into a single orthologous group. We hypothesized that members of this group might preferentially share a significant part of their function in phylogenetically distant organisms. Hence, we first validated the limits of the WOX13 orthologous group (WOX13 OG) using the occurrence of other clade specific signatures and conserved intron insertion sites. Secondly, a functional analysis using expression data and mutants was undertaken. Results: The WOX13 OG contained the most conserved plant WOX proteins including the only WOX detected in the highly proliferating basal unicellular and photosynthetic organism Ostreococcus tauri. A large expansion of the WOX family was observed after the separation of mosses from other land plants and before monocots and dicots have arisen. In Arabidopsis thaliana, AtWOX13 was dynamically expressed during primary and lateral root initiation and development, in gynoecium and during embryo development. AtWOX13 appeared to affect the floral transition. An intriguing clade, represented by the functional AtWOX14 gene inside the WOX13 OG, was only found in the Brassicaceae. Compared to AtWOX13, the gene expression profile of AtWOX14 was restricted to the early stages of lateral root formation and specific to developing anthers. A mutational insertion upstream of the AtWOX14 homeodomain sequence led to abnormal root development, a delay in the floral transition and premature anther differentiation. Conclusion: Our data provide evidence in favor of the WOX13 OG as the clade containing the most conserved WOX genes and established a functional link to organ initiation and development in Arabidopsis, most likely by preventing premature differentiation. The future use of Ostreococcus tauri and Physcomitrella patens as biological models should allow us to obtain a better insight into the functional importance of WOX13 OG genes

CATMA: a complete Arabidopsis GST database

The Complete Arabidopsis Transcriptome Micro Array (CATMA) database contains gene sequence tag (GST) and gene model sequences for over 70% of the predicted genes in the Arabidopsis thaliana genome as well as primer sequences for GST amplification and a wide range of supplementary information. All CATMA GST sequences are specific to the gene for which they were designed, and all gene models were predicted from a complete reannotation of the genome using uniform parameters. The database is searchable by sequence name, sequence homology or direct SQL query, and is available through the CATMA website at http://www.catma.or

Analysis of CATMA transcriptome data identifies hundreds of novel functional genes and improves gene models in the Arabidopsis genome

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Since the finishing of the sequencing of the <it>Arabidopsis thaliana </it>genome, the Arabidopsis community and the annotator centers have been working on the improvement of gene annotation at the structural and functional levels. In this context, we have used the large CATMA resource on the Arabidopsis transcriptome to search for genes missed by different annotation processes. Probes on the CATMA microarrays are specific gene sequence tags (GSTs) based on the CDS models predicted by the Eugene software. Among the 24 576 CATMA v2 GSTs, 677 are in regions considered as intergenic by the TAIR annotation. We analyzed the cognate transcriptome data in the CATMA resource and carried out data-mining to characterize novel genes and improve gene models.</p> <p>Results</p> <p>The statistical analysis of the results of more than 500 hybridized samples distributed among 12 organs provides an experimental validation for 465 novel genes. The hybridization evidence was confirmed by RT-PCR approaches for 88% of the 465 novel genes. Comparisons with the current annotation show that these novel genes often encode small proteins, with an average size of 137 aa. Our approach has also led to the improvement of pre-existing gene models through both the extension of 16 CDS and the identification of 13 gene models erroneously constituted of two merged CDS.</p> <p>Conclusion</p> <p>This work is a noticeable step forward in the improvement of the Arabidopsis genome annotation. We increased the number of Arabidopsis validated genes by 465 novel transcribed genes to which we associated several functional annotations such as expression profiles, sequence conservation in plants, cognate transcripts and protein motifs.</p