Estudio de la diversidad genética de la población de gato doméstico (Felis catus) en Montería, Colombia.

Objetivo.  Medir  la  diversidad  y  estructura  genética  en  poblaciones  de  gatos domésticos (Felis catus) mediante marcadores de pelaje en el municipio de Montería(Colombia).  Materiales y métodos.  Se realizaron muestreos aleatorios  de  enero  a junio  del  año  2014,  en  animales  adultos  presentes  en  seis  barrios  de  Montería, donde se caracterizó fenotípicamente cada animal; la nomenclatura utilizada está en concordancia con el COMMITTE ON STANDARDIZED GENETIC NOMENCLATURE FOR CATS (1968). Las características genéticas presentadas en este estudio son: el locus ligado al sexo Orange (O) y los loci autosómicos  Non-agouti(a), Blotched tabby (Tb),  Dilution  (d),  Pelo  largo  (l) Manchado  de  blanco  (S) y  Dominante blanco  (W). Los  parámetros  genéticos  poblacionales:  frecuencia  alélica,  diversidad  genética,equilibrio  Hardy-Weinberg  y  estructura  poblacional  fueron  calculados  a  través  del programa PopGene 1.31; la estructura genética y la distancia genética se evaluaron mediante el programa FSTAT v. 2.9.3.2.  La elaboración del dendrograma se realizó empleando el programa  MEGA 5.  Resultados.  El  gen  Manchado de blanco  mostró la  mayor  frecuencia  mientras  el  marcador  Dominante  blanco  presentó  los  valoresmás  bajos  de  las  frecuencias  alélicas.  Se  registraron  bajos  niveles  de  variabilidad genética  a  nivel  global  y  poblacional,  así  mismo,  se  obtuvo  una  escasa diferenciación  genética  entre  las  poblaciones,  acompañado  de  un  elevado  flujo génico;  se  observó  un  exceso  de  homocigotos  a  nivel  subpoblacional  y  a  nivel poblacional,  no  hubo  equilibrio  Hardy-Weinberg  en  todas  las  poblaciones  con relación  a  los  marcadores  Orange  y  Manchado  de  blanco.  Conclusiones.  Las poblaciones  se  encuentran  muy  relacionadas  genéticamente,  situación  que  puede obedecer  a  su  cercanía  geográfica,  además  se  evidenció  una  posible  selecciónnatural y artificial de los marcadores Orange y Manchado de blanco

Genetic characterization of the domestic pig (Sus scrofa domestica) in Cerete-Colombia, using microsatellite markers

ABSTRACT Objective. The purpose of this study was to characterize a population of domestic pig (Sus scrofa domestica) in Cereté, Córdoba, using 20 microsatellite; calculate heterozygosity per locus and average heterozygosity. Materials and methods. Hair samples were collected from 62 specimens. DNA was extracted by proteinase K digestion and phenol-chloroform purification. Information from 20 microsatellites was selected out of those recommended for swine biodiversity studies. PCR products were separated by a vertical polyacrylamide gel electrophoresis. The bands were visualized by staining with silver nitrate. Results. All microsatellites used were polymorphic. Between 3 (SW1067) and 15 (IFNG) alleles were detected with an average number of 6.7 and a total de 134 alleles. The average expected and observed heterozygosities were 0.5278 and 0.5479, respectively. PIC values ranged between 0.1999 and 0.8300 for loci SW1067 and SW911, respectively. Conclusions. Levels of observed and expected heterozygosity found in the present study indicate that the domestic pig (Sus scrofa domestica) in Córdoba Cereté show high degree of genetic variabilit

Genetic diversity detection of the domestic horse (Equus caballus) by genes associated with coat color

ABSTRACT Objective. To assess the population structure and genetic diversity in populations of domestic horse (Equus caballus) in the municipality Cienaga de Oro-Córdoba (Colombia). Materials and methods. Random sampling were conducted between August and October 2013, in adult animals on farms seven districts, which was carried out phenotypic characterization of each animal, based on autosomal markers encoding morphological Extension (E) , Agouti (A), Cream (C), White (W), Gray (G), Tobiano (TO), Overo (O) and Roan (RN). Population genetic parameters: allele frequency, genetic diversity, gene flow, Hardy-Weinberg equilibrium and genetic distance were calculated through the program POPGENE 1.31; the genetic structure was assessed using the program FSTAT v. 2.9.3.2. Results. 341 individuals were analyzed in the seven populations studied, where the Extension gene Was the MOST faq frequently as the Overo and Tobiano genes showed the lowest values. Insignificant values of genetic variability and population recorded a global level, likewise, low genetic differentiation among populations, accompanied by a high gene flow was obtained; an excess of heterozygotes at population and global level was observed; to this is added the presence of Hardy-Weinberg equilibrium in all populations relative to the markers studied and low genetic distance values were reported. Conclusions. The populations are highly genetically related, a situation that may result from the existing geographical proximity between them, favoring genetic exchange and the establishment of a metapopulation

Genetic characterization of the domestic pig (Sus scrofa domestica) in Cerete-Colombia, using microsatellite markers

Objective. The purpose of this study was to characterize a population of domestic pig (Sus scrofa domestica) in Cereté, Córdoba, using 20 microsatellite; calculate heterozygosity per locus and average heterozygosity. Materials and methods. Hair samples were collected from 62 specimens. DNA was extracted by proteinase K digestion and phenol-chloroform purification. Information from 20 microsatellites was selected out of those recommended for swine biodiversity studies. PCR products were separated by a vertical polyacrylamide gel electrophoresis. The bands were visualized by staining with silver nitrate. Results. All microsatellites used were polymorphic. Between 3 (SW1067) and 15 (IFNG) alleles were detected with an average number of 6.7 and a total de 134 alleles. The average expected and observed heterozygosities were 0.5278 and 0.5479, respectively. PIC values ranged between 0.1999 and 0.8300 for loci SW1067 and SW911, respectively. Conclusions. Levels of observed and expected heterozygosity found in the present study indicate that the domestic pig (Sus scrofa domestica) in Córdoba Cereté show high degree of genetic variability.Objetivo. El objetivo del presente estudio fue caracterizar una población de cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) en Cereté, Córdoba utilizando 20 microsatélites; calcular la heterocigosidad por locus y la heterocigosidad media. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de bulbos de pelo de 62 ejemplares. El ADN se extrajo mediante digestión con proteinasa K y una purificación con fenol-cloroformo. Se utilizó la información proporcionada por 20 marcadores microsatélites de los recomendados para estudios de biodiversidad porcina. Los productos de PCR se separaron mediante electroforesis vertical en gel de poliacrilamida. Las bandas se visualizaron por tinción con nitrato de plata Resultados. Todos los microsatélites utilizados fueron polimórficos. Se detectaron, entre 3 (SW1067) y 15 (IFNG) alelos, con un número medio de alelos de 6.7 y un total de 134. Las heterocigosidades media esperadas y observadas fueron 0.5278 y 0.5479 respectivamente. Los valores del PIC oscilaron entre 0.1999 y 0.8300 para los loci SW1067 y SW911 respectivamente. Conclusiones. Los niveles de heterocigosidad observada y esperada encontrados en el presente estudio, indican que el cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) en Cereté Córdoba muestran alto grado de variabilidad genética

Genetic diversity of domestic pigs in Tierralta (Colombia) using microsatellites

Background: according to several authors, domestic pigs come from different wild boar populations with varied geographic distribution and are grouped in the genus Sus. Pig domestication occurred gradually. The first animals were small and gathered in small numbers. Several civilizations domesticated this animal as an important source of protein. Tierralta, in Córdoba province, has a large population of domestic pigs, which are a mixture of creole and other breeds. The genetic characterization of populations is used to check the status of genetic diversity, a conclusive element in determining breeding strategies and genetic conservation programs. PCR is the most commonly used technique for studying highly polymorphic markers, such as microsatellites or SSRs. The use of microsatellites is a powerful tool in genetic studies. They have been used for characterization studies of genetic diversity, genetic relationships between populations, paternity testing, inbreeding and genetic bottlenecks. Objective: the purpose of this study was to determine the genetic diversity of domestic pigs in Tierralta (Córdoba, Colombia) using 20 microsatellites. Methods: fifty four samples were studied. Twenty microsatellites recommended by the FAO/ISAG for swine biodiversity studies were used. Results: all the microsatellites were polymorphic, and were detected between 3 (SW911) and 14 (TNFB) alleles (the average number was 6.9 alleles) and a total of 138 alleles were detected. Average expected heterozygosity was 0.5259 and the observed heterozygosity was 0.5120. PIC values ranged from 0.3212 to 0.7980 for loci SW2410 and IFNG, respectively. Conclusions: the results suggest that the analyzed population represents a group with high genetic diversity.Antecedentes: vários autores concordam em afirmar que os porcos domésticos vêm de diferentes populações de javalis com distribuição geográfica variada e estão agrupados no gênero Sus. Aceita-se que a domesticação ocorreu lenta e gradualmente e que os primeiros animais eram pequenos e que eles se reuniram em pequenos números. A preferência para a domesticação desses animais em várias civilizações deveu-se ao fato de que eles eram uma importante fonte de proteína. O departamento de Córdoba é uma das regiões com o maior número de porcos domésticos, composto principalmente da raça crioulo misturado com outras raças. A caracterização genética de populações nos permite verificar o estado da diversidade genética, um elemento conclusivo para determinar estratégias de melhoramento e programas de conservação genética. A PCR é uma das técnicas utilizadas no estudo de marcadores polimórficos, como microssatélites ou SSR. Os microssatélites são uma ferramenta poderosa para estudos genéticos, que tem sido usado para estudos de caracterização da diversidade genética, relações genéticas entre populações, testes de paternidade, endogamia e gargalos genéticos, entre outros. Objetivo: o objetivo deste estudo foi determinar a diversidade genética do porco doméstico em Tierralta (Córdoba, Colombia) utilizando-se 20 microssatélites. Método: foram estudados 54 amostras neste grupo. Foram usados 20 microssatélites recomendado pela FAO/ISAG para estudos de biodiversidade suína. Resultados: foram utilizados vinte microssatélites recomendados pela FAO/ISAG para estudos de biodiversidade suína. Determinou-se que todos os microssatélites utilizados foram polimórficos e foram detectados entre 3 (SW911) e 14 (TNFB) alelos, com um número médio de 6,9 alelos e um total de 138 alelos. A heterozigosidade média esperada foi de 0,5259 e o observado foi de 0,5120. Os valores PIC variaram entre 0,3212-0,7980 para loci SW2410 e IFNG, respectivamente. Conclusões: os resultados sugerem que se trata de uma população significativamente diversa.Antecedentes: varios autores concuerdan en afirmar que los cerdos domésticos provienen de diferentes poblaciones de jabalí salvaje con distinta distribución geográfica y se agrupan en el género Sus. Es aceptado que la domesticación del cerdo, ocurrió de manera lenta y progresiva y que los primeros animales eran pequeños, se reunían en grupos poco numerosos. La preferencia para la domesticación de estos animales en varias civilizaciones, se debió a que ellos representaban una importante fuente proteica. El departamento de Córdoba es una de las regiones de Colombia con mayor población de cerdo doméstico, formada en su mayoría por la mezcla de la raza criolla con otras razas. La caracterización genética de las poblaciones, permite comprobar el estado de la diversidad genética, elemento concluyente en la determinación de estrategias de crianza y de programas genéticos de conservación. La PCR es la técnica más utilizada para el estudio de marcadores extremadamente polimórficos como son los microsatélites o SSRs. Los microsatélites son una poderosa herramienta para estudios genéticos, los cuales han sido utilizados para estudios de caracterización y diversidad genética, relaciones genéticas entre poblaciones, pruebas de paternidad, consanguinidad, cuellos de botella genéticos, entre otros. Objetivo: el objetivo del presente estudio fue determinar la diversidad genética de la población de cerdo doméstico en Tierralta (Córdoba, Córdoba). Método: fueron estudiadas 54 muestras de este grupo. Se usaron 20 microsatélites de los recomendados por la FAO/ISAG para estudios de biodiversidad porcina. Resultados: se determinó que todos los microsatélites utilizados resultaron polimórficos y se detectaron entre 3 (SW911) y 14 (TNFB) alelos, con un número medio de alelos de 6,9 y un total de 138 alelos. La heterocigosidad media esperada fue 0,5259 y la observada 0,5120. Los valores del PIC oscilaron entre 0,3212 y 0,7980 para los loci SW2410 y IFNG, respectivamente. Conclusión: los resultados sugieren que la población de cerdos analizada, representa un grupo con alta diversidad genética

Genetic diversity detection of the domestic horse (Equus caballus) by genes associated with coat color

Objective. To assess the population structure and genetic diversity in populations of domestic horse (Equus caballus) in the municipality Cienaga de Oro-Córdoba (Colombia). Materials and methods. Random sampling were conducted between August and October 2013, in adult animals on farms seven districts, which was carried out phenotypic characterization of each animal, based on autosomal markers encoding morphological Extension (E) , Agouti (A), Cream (C), White (W), Gray (G), Tobiano (TO), Overo (O) and Roan (RN). Population genetic parameters: allele frequency, genetic diversity, gene flow, Hardy-Weinberg equilibrium and genetic distance were calculated through the program POPGENE 1.31; the genetic structure was assessed using the program FSTAT v. 2.9.3.2. Results. 341 individuals were analyzed in the seven populations studied, where the Extension gene Was the MOST faq frequently as the Overo and Tobiano genes showed the lowest values. Insignificant values of genetic variability and population recorded a global level, likewise, low genetic differentiation among populations, accompanied by a high gene flow was obtained; an excess of heterozygotes at population and global level was observed; to this is added the presence of Hardy-Weinberg equilibrium in all populations relative to the markers studied and low genetic distance values ​​were reported. Conclusions. The populations are highly genetically related, a situation that may result from the existing geographical proximity between them, favoring genetic exchange and the establishment of a metapopulation.Objetivo. Evaluar la estructura poblacional y la diversidad genética en poblaciones de caballo doméstico (Equus caballus), en el municipio Ciénaga de Oro, Córdoba (Colombia). Materiales y métodos. Se realizaron muestreos aleatorios entre los meses de Agosto y Octubre del año 2013, en animales adultos presentes en las fincas de siete corregimientos, donde se llevó a cabo la caracterización fenotípica a cada animal, atendiendo a los marcadores autosómicos de codificación morfológica Extension (E), Agouti (A), Cream (C), White (W), Gris (G), Tobiano (TO), Overo (O) y Roan (RN). Los parámetros genéticos poblacionales: frecuencia alélica, diversidad genética, flujo génico, equilibrio Hardy-Weinberg y distancia génica, fueron calculados a través del programa PopGene 1.31; la estructura genética se evaluó mediante el programa FSTAT v. 2.9.3.2. Resultados. Se analizaron 341 individuos en las siete poblaciones estudiadas, donde El marcador Extensión fue el de mayor frecuencia mientras los genes Overo y Tobiano presentaron los menores valores. Se registraron cifras poco significativas de variabilidad genética a nivel global y poblacional, así mismo, se obtuvo una escasa diferenciación genética entre las poblaciones, acompañado de un elevado flujo génico; se observó un exceso de heterocigotos a nivel poblacional y a nivel total, a esto se le suma la presencia de equilibrio Hardy-Weinberg en todas las poblaciones con relación a los marcadores estudiados y se reportaron valores bajos de distancia genética. Conclusiones. Las poblaciones se encuentran muy relacionadas genéticamente, situación que puede obedecer a la cercanía geográfica existente entre ellas, favoreciendo el intercambio genético y la constitución de una metapoblación